초록 ▼

□ 연구개요
환자 유래 B세포 림프종 조직을 이용하여 선행연구에서 whole genome sequencing으로 발견된 림프종특이 변이 유전자돌연변이를 차세대 염기서열법(NGS)를 이용한 포괄적 cancer panel을 구축하여 임상에 적용하고 여기에서 얻어진 유전자 프로화일을 통해 B세포 림프종 진단 및 치료, 예후 예측에 적합한 분자유전학적 특성을 파악한다. 본 연구진은 먼저 최적의 림프종 NGS 패널을 디자인하고 환자검체를 대상으로 검사를 시행하고 분자유전학적 특성을 보는 것을 목표로 하였다.

□ 연구 목표대

□ 연구개요
환자 유래 B세포 림프종 조직을 이용하여 선행연구에서 whole genome sequencing으로 발견된 림프종특이 변이 유전자돌연변이를 차세대 염기서열법(NGS)를 이용한 포괄적 cancer panel을 구축하여 임상에 적용하고 여기에서 얻어진 유전자 프로화일을 통해 B세포 림프종 진단 및 치료, 예후 예측에 적합한 분자유전학적 특성을 파악한다. 본 연구진은 먼저 최적의 림프종 NGS 패널을 디자인하고 환자검체를 대상으로 검사를 시행하고 분자유전학적 특성을 보는 것을 목표로 하였다.

□ 연구 목표대비 연구결과
-Immunity, NOTCH, Apoptosis/Cell cycle, NFκB, Epigenetic regulation, MAP Kinase, JAK-STAT, BCR, 림포마생성과 발달에 관련된 유전자를 모두 포함하도록 디자인하였다. 선천적으로 림프종의 위험도를 올리는 것으로 알려진 germline predisposition 관련 유전자 27개 추가하여 총 747개 유전자로 구성하였다. 점 돌연변이는 기존에 정확도가 높은 것으로 검증 및 확인된 GATK Mutect, Varscan 두 가지의 알고리즘을 적용. 분석 후 Integrated Genome Viewer로 다시 확인하였다. 유전자 복제수(Gene copy number)는 ExomeDepth 알고리즘으로 복제수 변화를 스크린 하고, CABANA(Copy number Analysis by BAse-level depth NormAlization) 법으로 추가 검증하였고 염색체 복제수(Chromosomal copy number): Off-target 분석 알고리즘을 적용하여 분석하였다. 차세대염기서열분석을 진행한 34개 검체에서 적정한 결과를 얻었으며, 평균 depth의 중간값은 132.8x (55.7~630x), on target이 34.1~74.6%를 보였다.
- 분석 결과로 발견 된 변이의 quality score, coverage depth, strand bias등 parameter를 참고하여 IGV (Integrative Genomics Viewer)로 확인하여 위양성 변이를 걸러내는 작업 진행하였다. 임상적으로 진단, 치료 및 예후 판정에 중요한 변이를 선별하고, 기보고는 없지만 임상적으로 유의할 가능성이 있어 추가적인 연구가 필요한 변이를 선별하는 판독 작업을 진행하였으며 판독을 진행한 34개의 검체 중 임상적으로 유의한 변이가 26검체에서(76.5%) 발견되었다. 임상적으로 유의한 변이를 가지는 검체는 평균 2.1개(1-5개)의 병적인 변이 (pathogenic variant)가 관찰되었다.

□ 연구개발결과의 중요성
본 연구는 B세포 림프종 조직 및 NK, T cell 계열의 림프종을 포함하여 한국인에서의 분자유전학적 특성을 도출하고 임상진료에 적용하기 위한 NGS패널을 구축하였다. 여기에 포함된 유전자는 8개의 암발생에 중요한 pathway 에서 선정하여 747개의 유전자로 구성하여 34개 환자 검체 중 7명을 제외한 27명의 검체에서 돌연변이를 검출할 수 있었다. 그 중 MYD88 L237P (COSM85940) 돌연변이는 모두 3명 그리고 CD79B는 2명의 DLBCL에서 발견되었는데 최근 논문에 따르면 MYD88과 CD79B 유전자의 돌연변이를 가지는 환자에서 BTK inhibitor로 알려진 ibrutinib 단일제제 치료에 더 효과가 좋은 것으로 알려져 targeted therapy의 가능성을 기대해 볼 수 있다.

(출처 : 연구결과 요약문 2p)

목차 Contents

• 표지 ... 1
• 연구결과 요약문 ... 2
• 목차 ... 3
• 1. 연구개발과제의 개요 ... 4
• 2. 연구수행내용 및 연구결과 ... 5
• 1) 림프종의 분자유전학적 특성에 기반한 NGS 패널 개발 ... 5
• 2) 분석 알고리즘 개발 ... 6
• 3) 패널의 검증 ... 7
• 4) 검체의 확보 및 처리 ... 8
• 5) 차세대염기서열 분석 결과 ... 10
• 3. 연구개발결과의 중요성 ... 16
• 4. 참고문헌 ... 17
• 5. 연구성과 ... 19
• 끝페이지 ... 19