초록 ▼

Ⅳ. 연구개발결과
현재 연구에 필요한 세포주인 K562와 HEK293TN을 확보하여 배양하였으며, 수퍼인핸서 복합체를 추출하는데 필요한 dCas9, sgRNA, BirA 단백질을 발현하는 stable cell line을 제작하기 위한 lentivirus를 제작 완료하였다. 이후 타겟 수퍼인핸서를 가진 K562 세포에 바이러스를 도입하여 dCas9, BirA 단백질이 발현되며, dCas9에 특이적으로 biotin이 결합함을 확인하였다. K562 세포에서 발현되는 sgRNA에 의해 dCas9이 원하는 수퍼인핸서 자리에 결합함을 q

Ⅳ. 연구개발결과
현재 연구에 필요한 세포주인 K562와 HEK293TN을 확보하여 배양하였으며, 수퍼인핸서 복합체를 추출하는데 필요한 dCas9, sgRNA, BirA 단백질을 발현하는 stable cell line을 제작하기 위한 lentivirus를 제작 완료하였다. 이후 타겟 수퍼인핸서를 가진 K562 세포에 바이러스를 도입하여 dCas9, BirA 단백질이 발현되며, dCas9에 특이적으로 biotin이 결합함을 확인하였다. K562 세포에서 발현되는 sgRNA에 의해 dCas9이 원하는 수퍼인핸서 자리에 결합함을 qPCR과 ChIP-seq을 이용하여 분석하였다.

(출처 : 요약문 4p)

Abstract ▼

Super-enhancer is a region of the genome comprising multiple enhancers that is collectively bound by various transcription factors and RNA polymerases to drive transcription of genes involved in cell identity. Although the concept of super-enhancer has suggested less than a decade ago, super-enhance

Super-enhancer is a region of the genome comprising multiple enhancers that is collectively bound by various transcription factors and RNA polymerases to drive transcription of genes involved in cell identity. Although the concept of super-enhancer has suggested less than a decade ago, super-enhancer has been studied extensively by a variety of methods including genome-wide sequencing techniques such as CHIP-seq, ATAC-seq, and single-cell RNA seq. However, biochemical approaches have not been made due to the heterogeneity and complexity of the super-enhancer complexes. To understand molecular basis of super-enhancer complex formation, we aim to extract and purify super-enhancer complex in situ and apply cryo-electron microscopy (cryo-EM). To do this, we chose a model system – K562 cells and β-globin cluster – and am generating deactivated Cas9, single guide RNA (sgRNA), and BirA expressing stable cell lines via lentiviral injection and screening. In the next year of the research period, we will optimize the in situ purification of intact super-enhancer complex and identify its components by mass spectrometry, DNA-sequencing and RNA-sequencing. In addition, we will visualize the purified complex via cryo-EM for further sample preparation optimization.

(source : Summary 5p)

목차 Contents

• 표지 ... 1
• 제 출 문 ... 2
• 보고서 초록 ... 3
• 요 약 문 ... 4
• SUMMARY ... 5
• CONTENTS ... 6
• 목차 ... 7
• 제1장 연구개발과제의 개요 ... 8
• 1. 연구의 목표 ... 8
• 2. 연구의 중요성 ... 8
• (1) RNA 전사 연구의 중요성 ... 8
• (2) 세포 정체성과 수퍼인핸서 연구의 중요성 ... 10
• (3) 수퍼인핸서 구조 규명 연구의 중요성 ... 11
• (4) 유전자좌 (Locus) 특이적 수퍼인핸서 연구의 중요성 ... 12
• 제2장 국내외 기술개발 현황 ... 13
• 1. Cryo-EM을 이용한 RNA 중합효소의 구조 연구 ... 13
• 2. 수퍼인핸서 (super-enhancer) ... 13
• 3. 수퍼인핸서 복합체 재조합 ... 14
• 제3장 연구개발수행 내용 및 결과 ... 16
• 1. 연구추진 전략 ... 16
• 2. 연구과제 타임라인 ... 16
• 3. 당해년도 연구 결과 ... 16
• 4. 향후 계획 ... 19
• 제4장 목표달성도 및 관련분야에의 기여도 ... 21
• 1. 목표 달성도 ... 21
• 2. 관련분야 기여도 ... 21
• 제5장 연구개발결과의 활용계획 ... 22
• 제6장 참고문헌 ... 23
• 끝페이지 ... 25