초록 ▼

□ 연구개요
한국재래닭 품종을 이용한 유전체 선발의 적용과 유전체 연구를 효율적으로 수행하기 위해 한국형 재래닭 유전체 선발용 SNP array를 제작하였다. 이 SNP panel은 기존의 Illumina 60k panel의 정보의 부족을 보완하고 Affymetrix 600k panel로 유전자형 추론(Imputation)의 다리(Bridge) 역할을 할 수 있는 panel로 제작되어 활용성을 확대하고 형질관련 마커탐색에 용이한 후보마커 및 추후 개량품종의 품종식별에 활용할 수 있는 마커 정보를 포함하여 설계하였다.

□ 연구개요
한국재래닭 품종을 이용한 유전체 선발의 적용과 유전체 연구를 효율적으로 수행하기 위해 한국형 재래닭 유전체 선발용 SNP array를 제작하였다. 이 SNP panel은 기존의 Illumina 60k panel의 정보의 부족을 보완하고 Affymetrix 600k panel로 유전자형 추론(Imputation)의 다리(Bridge) 역할을 할 수 있는 panel로 제작되어 활용성을 확대하고 형질관련 마커탐색에 용이한 후보마커 및 추후 개량품종의 품종식별에 활용할 수 있는 마커 정보를 포함하여 설계하였다.

□ 연구 목표대비 연구결과
- 국립축산과학원 유전체과의 한국재래닭 12계통 120 샘플의 참조 염기서열(G. gallus 5.0:NCBI)과 SNP annotation (100%)
- 확보된 한국재래닭 SNP를 이용한 품종 및 계통 간 차이 및 공통점을 확인하고 개량에 기초정보로 활용하기 위한 유전적 다양성 분석 (100%)
- LD와 Ne 분석을 통한 효율적인 반수체 추정 최소 마커 선발 및 예측 정확도 확인(100%)
- Imputation(유전자형 추론) 분석 및 시뮬레이션을 통한 선발 마커의 정확도 추정 및 검증(100%)
- 표현형 참조집단의 GWAS 분석 및 후보마커 확보(100%)
- 성장 및 산란 형질과 관련된 후보마커를 발굴하기 위해 재래닭과 실용 육용계(브로일러) 및 산란계와의 선발신호 비교분석으로 형질관련 후보 유전자 탐색(100%)
- 재래닭의 haplotype 추정을 위한 최소 마커 조합 및 형질관련 마커를 추가한 SNP array(60k 이내) 마커 조합 구성(100%)
- 한국재래닭의 GWAS 분석 결과를 chicken QTLdb mapping 및 이전 연구결과들과 비교분석하여 성장 및 육질 특성과 관련된 형질, 재래닭 품종구분 마커, MHC 면역관련 후보변이 탐색 및 SNP array반영(100%)
- 60K 마커조합의 in-silico 정밀 검증 과정을 통한 SNP panel 제작(100%)
- 국립축산과학원의 재래닭 계통 샘플을 이용한 유전자형 시범 분석(100%)
- 확보된 유전자형 정보를 이용한 유전자형 추론의 정확도 분석 및 유전체 육종가 시험(95%)

□ 연구개발성과의 활용 계획 및 기대효과(연구개발결과의 중요성)
- 본 연구개발의 결과는 이전의 Illumina 60k 유전자형을 Affymetrix 600k SNP 유전자형으로 약 10배 확장이 가능한 bridge 설계로 구성되어 한국재래닭의 유전체 연구에 유용하게 활용될 수 있음
- 또한, Bridge SNP panel 제작에 선발된 GWAS, 선발신호, QTLdb, MHC, 품종식별 후보마커들은 재래닭이 개량하고자하는 경제형질관련 후보마커를 탐색하거나 추후 개량 품종의 시장유통에 부정사용을 방지하는 유전적 마커 정보를 제공할 수 있음
- 현재 개발된 Bridge 60k SNP panel은 국립축산과학원 가금연구소에서 재래닭 산란 실용계 유전체 선발에 시범 사용하기 위해 유전자형 분석과 유전자형 추론 분석을 확인하여 정확도가 높은 결과를 얻었으며, 이는 향후 표현형 데이터 및 혈통정보와 연계하여 유전체 육종가 추정으로 재래닭 산란 실용계 개량을 단축, 효율화를 할 수 있을것으로 예상되며, 가금연구소 보유 12계통의 유지, 개량에 적극적으로 활용될 수 있을 것으로 예상됨

(출처 : 연구결과 요약문 2p)