초록 ▼

본 연구는 국내에서 보고된 바가 없거나 드물게 보고되는 신변종 및 희귀 병원체자원의 수집 및 자원화를 통해 다양한 병원체자원의 확보 및 활용 기반 마련하는 것을 목적으로 한다. 국가병원체자원은행 1주 이하 등재되었거나 국내 분리된 바가 없는 특성의 병원체, 국내 유사 증례보고 3회 미만 또는 동정이 되지 않는 병원체 등 신변종 및 희귀 병원체의 수집, 특성 분석 및 기탁 연간 100주 수집 기탁하는 것이 연구 목표이다.
연구과제는 3년간 진행되었으며 균주수집과 동정을 위한 업무절차를 확립하였다. 균주 수집 성과를 높이기 위해

본 연구는 국내에서 보고된 바가 없거나 드물게 보고되는 신변종 및 희귀 병원체자원의 수집 및 자원화를 통해 다양한 병원체자원의 확보 및 활용 기반 마련하는 것을 목적으로 한다. 국가병원체자원은행 1주 이하 등재되었거나 국내 분리된 바가 없는 특성의 병원체, 국내 유사 증례보고 3회 미만 또는 동정이 되지 않는 병원체 등 신변종 및 희귀 병원체의 수집, 특성 분석 및 기탁 연간 100주 수집 기탁하는 것이 연구 목표이다.
연구과제는 3년간 진행되었으며 균주수집과 동정을 위한 업무절차를 확립하였다. 균주 수집 성과를 높이기 위해 국내 주요 임상검사실로 구성된 검체수집 네트워크를 구성하였다. 네트워크에는 지역과 기능을 고려하여 19개 기관이 참여하였다. 또한 대한임상미생물학회를 통해 검체를 수집하는 절차를 마련하였는데 균주를 보내준 기관에는 유전자염기서열분석 결과를 제공하였다. 마지막으로 임상적인 가치가 높은 균주를 수집하기 위해 국내외 주요 학술지에 발표한 균주를 수집하였다.
수집된 균주는 MALDI-TOF MS와 gene sequencing을 이용하여 동정을 시행하였고 sequencing data는 미국 NCBI BLAST와 천랩의 Truebac ID를 통하여 분석하였다. 세균의 경우 16S rRNA 유전자를 기본적으로 분석하였고 필요에 따라 atpD, rpoB, tuf 등의 유전자를 추가로 분석하였다. 진균의 경우 ITS 부위를 분석하여 균명을 동정하였다. 균명이 species level까지 동정된 경우 국가병원체자원은행 보유 자원과 비교하여 자원대상여부를 결정하였고 국내외 증례보고 건수도 참고하였다.
3년 연구 기간 중 1차 연도에 230건, 2차 연도에 232건, 3차 연도에 180건의 균주가 수집되었다. 대부분 수집 네트워크를 통해 확보되었고 일부 학회를 통해 의뢰된 균주도 포함되었다. 학술지에 발표된 균주는 1차에 6건, 2차에 9건, 3차에 8건이었다. 수집된 균주 중 자원화 대상은 각각 103균주, 93균주, 82균주이었다. 1차년 자원화 대상은 109균주, 2차는 101건으로 목표를 달성하였으며 3차년도는 증례보고 균주와 재분석한 균주를 모두 포함하여 98건이 자원화 대상으로 판단되었다. 신종으로 추정되는 균주가 연구기간 동안 다수 확인되었고 이 중 14건을 선별하여 whole genome sequencing을 실시하여 정확한 균명과 신종여부를 확인하였다. 신종으로 확인된 균주는 신종 등록을 지원할 예정이다.
연구가 진행되면서 등록자원의 종류가 다양해지고 검사실에서 보관하고 있는 희귀자원의 수가 감소하면서 향후 연구수행에 큰 어려움이 있을 것으로 예상된다. 이를 위해 학회와 연계를 통해 학술지에 발표된 균주를 확보하고 신종을 분석하여 등록할 수 있는 체계 마련이 필요하다고 판단된다.

(출처 : 요약문 7p)

Abstract ▼

This study aimed to establish the fundament for securing wide variety of clinical pathogen and utilization of microorganism by collecting rarely isolated pathogens or novel species in Korea. The criteria for rare pathogens are as below: one or zero case of species at NCCP, less than three case repor

This study aimed to establish the fundament for securing wide variety of clinical pathogen and utilization of microorganism by collecting rarely isolated pathogens or novel species in Korea. The criteria for rare pathogens are as below: one or zero case of species at NCCP, less than three case reports, unidentified strains. The annual target number of deposited strain is 100.
This study was three-year project and the study team established the systematic process for collection and identification of the strains. For the efficient collection of clinical isolates, we established the laboratory network consisting of 19 laboratories nationwide in Korea. And we collaborated with the academic society (The Korean Society of Clinical Microbiology) and informed the members of the KSCM to request rare pathogens for the definite identification. In addition, we searched infection case reports on the medical journals.
Isolates were identified with MALID-TOF MS and gene sequencing. Sequence data were analysed using NCBI BLAST and Chun lab's Truebac ID. For bacteria, main target gene was 16S rRNA and several other genes (atpD, rpoB, and tuf) were sequenced if necessary. For fungus, ITS region was sequenced. If identification was done to species level, we investigated deposit date of NCCP and case reports to judge the subject for registration as NCCP.
In the first year, we collected 230 strains and 109 were suitable for the registration. In the second year, we collected 232 strains and 102 were suitable. In the last year, we were able to collect 180 strains and 98 were suitable for deposit at NCCP. During study, we also collected strains suspected as novel species. We selected 14 strains and further analysed them using whole genome sequencing.
As the study proceed, is was getting more difficult to meet the target because registered strains increased at NCCP and stored rare strains at the laboratories were decreasing. To secure valuable clinical strains, it’s necessary to establish the system of deposit for case report strains.

(source : Summary 8p)

목차 Contents

• 표지 ... 1
• 최종결과보고서 ... 2
• 목차 ... 3
• 표목차 ... 5
• 그림목차 ... 6
• 요약문 ... 7
• Summary ... 8
• 학술연구개발용역과제 연구 결과 ... 9
• 제1장 최종 목표 ... 9
• 제2장 국내외 기술 현황 ... 11
• 제3장 최종 연구 내용 및 방법 ... 13
• 제4장 최종 연구 결과 ... 20
• 제5장 연구결과 고찰 및 결론 ... 65
• 제6장 연구성과 및 활용계획 ... 67
• 제7장 연구용역과제 진행과정에서 수집한 해외과학기술정보 ... 69
• 제8장 기타 중요변경사항 ... 70
• 제9장 연구비 사용 내역 및 연구원 분담표 ... 71
• 제10장 참고문헌 ... 73
• 끝페이지 ... 73