초록 ▼

□ 연구개발 목표 및 내용
○ 최종 목표
본 연구는 자연어처리기술, 딥러닝의 attention 모델 및 LDA 토픽모델, 문장의 구조적 유사도 커널 등 여러 가지의 기계학습 기법을 이용, 의학 논문 및 초록, 특허 등 비정형화된 형태의 텍스트에 통제 색인어 MeSH 를 자동 추천하여 색인을 돕고 단백질, 유전자, 약물, 질병과 관련된 유의미한 생물학 개체 간의 상호작용 이벤트를 자동 추출하는 기술에 대해 연구한다.

○ 전체 내용
PubMed 생의학 논문 초록에 문서를 가장 잘 설명할 수 있는 통제 색인어

□ 연구개발 목표 및 내용
○ 최종 목표
본 연구는 자연어처리기술, 딥러닝의 attention 모델 및 LDA 토픽모델, 문장의 구조적 유사도 커널 등 여러 가지의 기계학습 기법을 이용, 의학 논문 및 초록, 특허 등 비정형화된 형태의 텍스트에 통제 색인어 MeSH 를 자동 추천하여 색인을 돕고 단백질, 유전자, 약물, 질병과 관련된 유의미한 생물학 개체 간의 상호작용 이벤트를 자동 추출하는 기술에 대해 연구한다.

○ 전체 내용
PubMed 생의학 논문 초록에 문서를 가장 잘 설명할 수 있는 통제 색인어 MeSH들을 예측하기 위해 dual triggered correspondence topic모델을 제안한다. 문서의 단어들은 LDA 모델을 통해 먼저 생성되며, 동일한 토픽 구조하에서 MeSH들이 순차적으로 생성한다. 문서에서 특정 위치를 샘플링한 후 MeSH는 그 단어 위치에 할당된 토픽으로부터 생성되는 데 토픽뿐 아니라 그 단어가 키워드로 해당 MeSH와 밀접하다면 단어에 의해 직접 MeSH가 생성될 수 있게 두 옵션을 두어 trade-off를 허용한다. transformer모델을 이용하여 여러가지 형태로 기학습된 LM(language model)을 생의학 개체간 상호작용 추출 문제에 fine-tuning한다. BERT, T5, GPT3등의 모델을 사용하여 상호작용을 추출하고 이를 해당 문제에 더 적합하게 개선한다.

○ 1단계
● 목표
본 연구는 자연어처리기술, 딥러닝의 attention 모델 및 LDA 토픽모델, 문장의 구조적 유사도 커널 등 여러 가지의 기계학습 기법을 이용, 의학 논문 및 초록, 특허 등 비정형화된 형태의 텍스트에 통제 색인어 MeSH 를 자동 추천하여 색인을 돕고 단백질, 유전자, 약물, 질병과 관련된 유의미한 생물학 개체 간의 상호작용 이벤트를 자동 추출하는 기술에 대해 연구한다.
● 내용
PubMed 생의학 논문 초록에 문서를 가장 잘 설명할 수 있는 통제 색인어 MeSH들을 예측하기 위해 dual triggered correspondence topic모델을 제안한다. 문서의 단어들은 LDA 모델을 통해 먼저 생성되며, 동일한 토픽 구조하에서 MeSH들이 순차적으로 생성한다. 문서에서 특정 위치를 샘플링한 후 MeSH는 그 단어 위치에 할당된 토픽으로부터 생성되는 데 토픽뿐 아니라 그 단어가 키워드로 해당 MeSH와 밀접하다면 단어에 의해 직접 MeSH가 생성될 수 있게 두 옵션을 두어 trade-off를 허용한다. transformer모델을 이용하여 여러가지 형태로 기학습된 LM(language model)을 생의학 개체간 상호작용 추출 문제에 fine-tuning한다. BERT, T5, GPT3등의 모델을 사용하여 상호작용을 추출하고 이를 해당 문제에 더 적합하게 개선한다.

□ 연구개발성과
- MeSH Term 개체간 상호작용 추출에 대한 기술 개발

□ 연구개발성과 활용계획 및 기대 효과
- MeSH 자동 부착 기술은 PubMed/MEDLINE 문헌에 대한 색인에 활용될 수 있고 큐레이터 비용을 절감
- 추출된 약물-질병, 유전자-질병, 약물-약물 등 개체 간 상호 작용 정보는 병원 정보 시스템이나 기존 DB와 연동되어 다양한 위험 요인 분석하여 질병 예방/관리, 약물부작용, 신약개발 등에 활용
- 기계학습기법 및 딥러닝, 텍스트 처리, 생의학 개체명 인식/통합 기술은 기존 리소스의 확장에 도움을 줄 수 있고 상호작용 추출은 생의학 도메인의 텍스트 이해나 바이오 QA에 활용

(출처 : 요약문 2p)

목차 Contents

• 표지 ... 1
• 요약문 ... 2
• 목차 ... 4
• 1. 연구개발과제의 개요 ... 5
• 2. 연구개발과제의 수행 과정 및 수행 내용 ... 7
• 3. 연구개발과제의 수행 결과 및 목표 달성 정도 ... 8
• 1) 연구수행 결과 ... 8
• 2) 목표 달성 수준 ... 9
• 4. 연구개발성과의 관련 분야에 대한 기여 정도 ... 9
• 5. 연구개발성과 및 활용 계획 ... 10
• 1) 연구성과 ... 10
• 2) 연구성과 활용계획 ... 11
• 6. 참고문헌 ... 12
• 끝페이지 ... 13