본 연구에서는 찰벼 품종에서의 전분 분지 효소의 차이에 따른 아밀로즈 분지에 미치는 영향을 규명하고자 벼의 전분 분지 조절 유전자들의 구조변이를 연쇄중합반응 절편 양상을 통하여 분석 하였다. 지금까지 알려진 전분 분지 효소 유전자들의 연쇄중합 반응 절편 양상 분석을 위해 SBEⅠ(Starch branching enzyme Ⅰ) 유전자의 genomic염기서열과 SBEⅡ와 SBEⅢ의 부분 염기서열을 기초로 하여 primer를 제작하였다. SBEⅠ의 promoter상위 지역에 있는 ORF86의 3'말단지역(XbhSB, 5'-tggccatggaggcgactc-3')과 TATA box를 포함한 SBEⅠ promoter지역의 특정 염기서열(SbBast, 5'-ccagccaggcgatcgtgt-3')을 primer로 제작하였다. 또한 SBEⅠ, Ⅱ, Ⅲ의 conserved region에서의 특이 염기서열 단편인 SBEⅠ (5'-cgatttgatggggttac-3'), SBEⅡ(5'-cgtgtagatgccgtggcttc-3'), SBEⅢ(5'-agatttgacggtgtaacctc-3') primer를 제작하였고 각 전분 분지에 공통적으로 존재하는 염기서열로 SBE(5'-ctcattcccataaa-3') primer를 제작하여 연쇄중합반응에 사용하였다. SBEⅠ, Ⅱ primer를 이용한 연쇄중합반응에서는 실험된 모든 품종에서 같은 양상을 나타내었고, SBEⅢ primer를 이용한 연쇄 중합반응에서는 3가지의 ...
본 연구에서는 찰벼 품종에서의 전분 분지 효소의 차이에 따른 아밀로즈 분지에 미치는 영향을 규명하고자 벼의 전분 분지 조절 유전자들의 구조변이를 연쇄중합반응 절편 양상을 통하여 분석 하였다. 지금까지 알려진 전분 분지 효소 유전자들의 연쇄중합 반응 절편 양상 분석을 위해 SBEⅠ(Starch branching enzyme Ⅰ) 유전자의 genomic염기서열과 SBEⅡ와 SBEⅢ의 부분 염기서열을 기초로 하여 primer를 제작하였다. SBEⅠ의 promoter상위 지역에 있는 ORF86의 3'말단지역(XbhSB, 5'-tggccatggaggcgactc-3')과 TATA box를 포함한 SBEⅠ promoter지역의 특정 염기서열(SbBast, 5'-ccagccaggcgatcgtgt-3')을 primer로 제작하였다. 또한 SBEⅠ, Ⅱ, Ⅲ의 conserved region에서의 특이 염기서열 단편인 SBEⅠ (5'-cgatttgatggggttac-3'), SBEⅡ(5'-cgtgtagatgccgtggcttc-3'), SBEⅢ(5'-agatttgacggtgtaacctc-3') primer를 제작하였고 각 전분 분지에 공통적으로 존재하는 염기서열로 SBE(5'-ctcattcccataaa-3') primer를 제작하여 연쇄중합반응에 사용하였다. SBEⅠ, Ⅱ primer를 이용한 연쇄중합반응에서는 실험된 모든 품종에서 같은 양상을 나타내었고, SBEⅢ primer를 이용한 연쇄 중합반응에서는 3가지의 변이 양상을 나타내었다. 특히, SBEⅠ promoter region의 연쇄중합반응 수행 결과 SBEⅠ promoter 영역에서는 두 가지 양상이 나타났는데, 두 가지 연쇄중합반응 산물의 염기서열을 결정해 본 결과 334 bp 크기의 tourist transposable- like element 단편의 삽입 유무로 인해 나타난 결과라는 것을 알았다. 따라서 tourist transposable-like element 삽입의 결과가 SBEⅠ 유전자 발현에 영향을 줄 것으로 생각된다.
본 연구에서는 찰벼 품종에서의 전분 분지 효소의 차이에 따른 아밀로즈 분지에 미치는 영향을 규명하고자 벼의 전분 분지 조절 유전자들의 구조변이를 연쇄중합반응 절편 양상을 통하여 분석 하였다. 지금까지 알려진 전분 분지 효소 유전자들의 연쇄중합 반응 절편 양상 분석을 위해 SBEⅠ(Starch branching enzyme Ⅰ) 유전자의 genomic염기서열과 SBEⅡ와 SBEⅢ의 부분 염기서열을 기초로 하여 primer를 제작하였다. SBEⅠ의 promoter상위 지역에 있는 ORF86의 3'말단지역(XbhSB, 5'-tggccatggaggcgactc-3')과 TATA box를 포함한 SBEⅠ promoter지역의 특정 염기서열(SbBast, 5'-ccagccaggcgatcgtgt-3')을 primer로 제작하였다. 또한 SBEⅠ, Ⅱ, Ⅲ의 conserved region에서의 특이 염기서열 단편인 SBEⅠ (5'-cgatttgatggggttac-3'), SBEⅡ(5'-cgtgtagatgccgtggcttc-3'), SBEⅢ(5'-agatttgacggtgtaacctc-3') primer를 제작하였고 각 전분 분지에 공통적으로 존재하는 염기서열로 SBE(5'-ctcattcccataaa-3') primer를 제작하여 연쇄중합반응에 사용하였다. SBEⅠ, Ⅱ primer를 이용한 연쇄중합반응에서는 실험된 모든 품종에서 같은 양상을 나타내었고, SBEⅢ primer를 이용한 연쇄 중합반응에서는 3가지의 변이 양상을 나타내었다. 특히, SBEⅠ promoter region의 연쇄중합반응 수행 결과 SBEⅠ promoter 영역에서는 두 가지 양상이 나타났는데, 두 가지 연쇄중합반응 산물의 염기서열을 결정해 본 결과 334 bp 크기의 tourist transposable- like element 단편의 삽입 유무로 인해 나타난 결과라는 것을 알았다. 따라서 tourist transposable-like element 삽입의 결과가 SBEⅠ 유전자 발현에 영향을 줄 것으로 생각된다.
Rice starch is composed of amylose and amylopectin. The rheological properties of rice starch are known to be varied not only with the content of amylose but also with the branching degree of amylopectin. The branching degree of the amylopectin is determined by the starch branching enzymes known as ...
Rice starch is composed of amylose and amylopectin. The rheological properties of rice starch are known to be varied not only with the content of amylose but also with the branching degree of amylopectin. The branching degree of the amylopectin is determined by the starch branching enzymes known as SBEⅠ, SBEⅡ and SBEⅢ. To study a relationship between genomic variation and branching degree of amylopectin in the waxy rice cultivars, the structural variation of starch branching enzyme genes were investigated by analyzing polymerase chain reaction(PCR) fragments derived from the genes. The pattern of PCR products showed no variation when SBEⅠ, Ⅱ primers were used, whereas two different patterns were found in the region of SBEⅠ promoter when XbhSB, SbBast primers were used in waxy cultivars. The sequence of two different PCR products showed that the difference were caused by the insertion of a 334 by tourist transposable-like element. This insertion may alter the levels of SBEⅠ gene expression in the corresponding cultivars, consequently resulting in changes in branching degree of amylopectin.
Rice starch is composed of amylose and amylopectin. The rheological properties of rice starch are known to be varied not only with the content of amylose but also with the branching degree of amylopectin. The branching degree of the amylopectin is determined by the starch branching enzymes known as SBEⅠ, SBEⅡ and SBEⅢ. To study a relationship between genomic variation and branching degree of amylopectin in the waxy rice cultivars, the structural variation of starch branching enzyme genes were investigated by analyzing polymerase chain reaction(PCR) fragments derived from the genes. The pattern of PCR products showed no variation when SBEⅠ, Ⅱ primers were used, whereas two different patterns were found in the region of SBEⅠ promoter when XbhSB, SbBast primers were used in waxy cultivars. The sequence of two different PCR products showed that the difference were caused by the insertion of a 334 by tourist transposable-like element. This insertion may alter the levels of SBEⅠ gene expression in the corresponding cultivars, consequently resulting in changes in branching degree of amylopectin.
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