HIV-1 역전사효소 억제제의 구조와 활성 사이의 정략적 상관관계 연구 : HEPT와 TIBO 유도체 Studies on quantitative structure-activity relationship (qsar) of hiv-1 reverse transcriptase inhibitors : hept and tibo derivatives원문보기
면역 결핍 증후군(AIDS)은 80년대 초에 발견된 이래로 가장 많이 연구된 질병중 하나이다. 치료제 개발을 위해 엄청난 양의 돈이 들고 많은 사람들의 노력이 있었지만, 면역 결핍 증후군 바이러스는 여전히 성공적인 치료제 개발이 어려운 실정이다. 면역 결핍 증후군 바이러스는 lentivirus군에 속하는 retrov- irus이다. 이러한 retrovirus와 관련된 효소들 중 ...
면역 결핍 증후군(AIDS)은 80년대 초에 발견된 이래로 가장 많이 연구된 질병중 하나이다. 치료제 개발을 위해 엄청난 양의 돈이 들고 많은 사람들의 노력이 있었지만, 면역 결핍 증후군 바이러스는 여전히 성공적인 치료제 개발이 어려운 실정이다. 면역 결핍 증후군 바이러스는 lentivirus군에 속하는 retrov- irus이다. 이러한 retrovirus와 관련된 효소들 중 역전사효소(RT)[27-29]와 단백질 분해효소(protease)[30-34]는 anti-AIDS 약을 개발하기 위한 표적으로 선호된다. 역전사 효소는 바이러스가 주 세포로 들어가자마자 상보적인 DNA 안으로 바이러스성 RNA의 복제를 수행하며, 이러한 과정을 전사라고 한다. 단백질 분해효소는 주로 비리온 성숙에 포함되고, 바이러스 감염 이후 단계에서 일어난다[24]. 본 연구는 QSAR을 이용하여 HIV-1 RT의 한 종류인 TIBO와 HEPT의 구조와 활성간의 상관관계를 설명하였다. 좋은 QSAR 모델은 통계적인 수치와 예측 정도를 모두 만족시켜야 한다. 구조와 활성 사이의 상관관계를 Accelrys사의 Cerius2 프로그램을 사용하여 분석하였다. Cerius2 molecular modeling software를 사용하여 생성된 다양한 descriptor들로부터 QSAR 모델들을 도출해내기 위해 Genetic Function Approximation(GFA)을 사용하였다. 생성된 QSAR 모델을 이용하여 training set에 포함되지 않은 또 다른 화합물들의 활성 정도를 예측, 비교함으로써 만들어진 QSAR 모델의 유용성을 확인할 수 있었다. 생성된 모델과 수식을 통해 HEPT 유도체는 소수성이 활성과 관련이 있는 반면, TIBO 유도체는 소수성과 비편재화, 몰 굴절도가 활성도와 관련이 있음을 알 수 있었다. 이러한 결과는 TIBO와 HEPT 유도체의 구조적인 특징을 파악하는데 유용하며, HIV-1 RT 억제 과정의 이해를 돕는다. 따라서, 본 연구를 통해 좀 더 강력하고 새로운 HIV-1 RT inhibitor를 제안할 수 있다.
면역 결핍 증후군(AIDS)은 80년대 초에 발견된 이래로 가장 많이 연구된 질병중 하나이다. 치료제 개발을 위해 엄청난 양의 돈이 들고 많은 사람들의 노력이 있었지만, 면역 결핍 증후군 바이러스는 여전히 성공적인 치료제 개발이 어려운 실정이다. 면역 결핍 증후군 바이러스는 lentivirus군에 속하는 retrov- irus이다. 이러한 retrovirus와 관련된 효소들 중 역전사효소(RT)[27-29]와 단백질 분해효소(protease)[30-34]는 anti-AIDS 약을 개발하기 위한 표적으로 선호된다. 역전사 효소는 바이러스가 주 세포로 들어가자마자 상보적인 DNA 안으로 바이러스성 RNA의 복제를 수행하며, 이러한 과정을 전사라고 한다. 단백질 분해효소는 주로 비리온 성숙에 포함되고, 바이러스 감염 이후 단계에서 일어난다[24]. 본 연구는 QSAR을 이용하여 HIV-1 RT의 한 종류인 TIBO와 HEPT의 구조와 활성간의 상관관계를 설명하였다. 좋은 QSAR 모델은 통계적인 수치와 예측 정도를 모두 만족시켜야 한다. 구조와 활성 사이의 상관관계를 Accelrys사의 Cerius2 프로그램을 사용하여 분석하였다. Cerius2 molecular modeling software를 사용하여 생성된 다양한 descriptor들로부터 QSAR 모델들을 도출해내기 위해 Genetic Function Approximation(GFA)을 사용하였다. 생성된 QSAR 모델을 이용하여 training set에 포함되지 않은 또 다른 화합물들의 활성 정도를 예측, 비교함으로써 만들어진 QSAR 모델의 유용성을 확인할 수 있었다. 생성된 모델과 수식을 통해 HEPT 유도체는 소수성이 활성과 관련이 있는 반면, TIBO 유도체는 소수성과 비편재화, 몰 굴절도가 활성도와 관련이 있음을 알 수 있었다. 이러한 결과는 TIBO와 HEPT 유도체의 구조적인 특징을 파악하는데 유용하며, HIV-1 RT 억제 과정의 이해를 돕는다. 따라서, 본 연구를 통해 좀 더 강력하고 새로운 HIV-1 RT inhibitor를 제안할 수 있다.
The Acquired Immunodeficiency Syndrome(AIDS) is probably the most investigated disease since it was discovered in the earlier eighties. Huge amount of money and human effort have been spent in the search of a possible cure, but in spite of these, the AIDS virus is still resisting and no absolute suc...
The Acquired Immunodeficiency Syndrome(AIDS) is probably the most investigated disease since it was discovered in the earlier eighties. Huge amount of money and human effort have been spent in the search of a possible cure, but in spite of these, the AIDS virus is still resisting and no absolute successful chemotherapy is available to date. The AIDS virus is a retrovirus that belong to the lentivirus subfamily. Two of its enzymes became the preferred targets for developing anti-AIDS drugs : Reverse Transcriptase(RT)[27-29] and protease[30-34]. The RT is responsible for making a copy of the viral RNA into a complementary DNA as soon as the virus enters the host cell, a process named transcription. Protease is mainly involved in the virion maturation, a later stage in the virus life cycle.[24] Quantitative Structure-Activity Relationship(QSAR) have been applied in order to explain the structure requirements of HIV-1 RT inhibitory activity of TIBO and HEPT derivatives. The best QSAR models are satisfactory in both statistical significance and predictive ability. The structure-activity relationship was analyzed using for Cerius2 of Accelrys's molecular modeling program. We have used genetic function approximation(GFA) technique to genetic different QSAR models from various descriptors generated using Cerius2 molecular modeling software. The utility of this QSAR model was confirmed as compared and estimated activity of other compounds which were not included in the training set. The derived structural descriptors for HEPT indicate the importance of hydrophobic contributions toward the HIV-1 RT inhibition, but the descriptors for TIBO indicate the importance of hydrophobic, electronic and molar refractivity contribution toward the HIV-1 RT inhibition. These results can be useful in identifying the structural requirements of TIBO and HEPT derivatives and helpful for better understanding the HIV-1 RT inhibition. Eventually, they provide a beneficial basis to design new and more potent inhibitors of HIV-1 RT.
The Acquired Immunodeficiency Syndrome(AIDS) is probably the most investigated disease since it was discovered in the earlier eighties. Huge amount of money and human effort have been spent in the search of a possible cure, but in spite of these, the AIDS virus is still resisting and no absolute successful chemotherapy is available to date. The AIDS virus is a retrovirus that belong to the lentivirus subfamily. Two of its enzymes became the preferred targets for developing anti-AIDS drugs : Reverse Transcriptase(RT)[27-29] and protease[30-34]. The RT is responsible for making a copy of the viral RNA into a complementary DNA as soon as the virus enters the host cell, a process named transcription. Protease is mainly involved in the virion maturation, a later stage in the virus life cycle.[24] Quantitative Structure-Activity Relationship(QSAR) have been applied in order to explain the structure requirements of HIV-1 RT inhibitory activity of TIBO and HEPT derivatives. The best QSAR models are satisfactory in both statistical significance and predictive ability. The structure-activity relationship was analyzed using for Cerius2 of Accelrys's molecular modeling program. We have used genetic function approximation(GFA) technique to genetic different QSAR models from various descriptors generated using Cerius2 molecular modeling software. The utility of this QSAR model was confirmed as compared and estimated activity of other compounds which were not included in the training set. The derived structural descriptors for HEPT indicate the importance of hydrophobic contributions toward the HIV-1 RT inhibition, but the descriptors for TIBO indicate the importance of hydrophobic, electronic and molar refractivity contribution toward the HIV-1 RT inhibition. These results can be useful in identifying the structural requirements of TIBO and HEPT derivatives and helpful for better understanding the HIV-1 RT inhibition. Eventually, they provide a beneficial basis to design new and more potent inhibitors of HIV-1 RT.
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