2019년 12월, 처음 발생한 신종 코로나바이러스는 전 세계를 휩쓸었고 2021년 3월 현재까지도 팬데믹 상황이다. 높은 전염력을 특징으로 갖는 SARS-CoV-2는 조기 진단과 자가 격리 및 예방 수칙이 바이러스 감염을 막는데에 중요하다. 전 세계적으로 주로 사용하는 RT-PCR 진단 방법에서 미결정검체(presumptive-positive result)가 발생하는 문제가 있었고, ...
2019년 12월, 처음 발생한 신종 코로나바이러스는 전 세계를 휩쓸었고 2021년 3월 현재까지도 팬데믹 상황이다. 높은 전염력을 특징으로 갖는 SARS-CoV-2는 조기 진단과 자가 격리 및 예방 수칙이 바이러스 감염을 막는데에 중요하다. 전 세계적으로 주로 사용하는 RT-PCR 진단 방법에서 미결정검체(presumptive-positive result)가 발생하는 문제가 있었고, viral whole genome sequencing을 통해 원인을 밝히고자 하였다. 정상적으로 positive가 나온 샘플과 positive 미결정검체 총 10 sample의 viral whole genome sequencing을 분석하여 SARS-CoV-2 N gene에서 novel한 12 nucleotide deletion을 검출하였다. 변이가 발생한 영역은 hyper variable region이었고, N gene 프로브가 이 영역을 타겟하기 때문에 미결정검체가 발생했을 것이라 예상되었다. 따라서, 다량의 데이터를 분석하여 variable region을 제외한 영역에서 primer design을 하여 보다 정확한 진단 검사를 하는 것이 필요하다. 최근 영국, 남아공, 브라질에서 발생한 SARS-CoV-2의 경우, 다른 타입에 비해 S gene 영역에 많은 변이가 포함되어 있고, 빠른 속도로 확산하는 추세이다. 또한, S gene 변이로 인해 전염력이 증가하고, 면역 반응을 약화시키고, 중화항체의 수명을 단축시킨다는 보고가 있으므로, S gene을 타겟으로 하는 진단 키트일 경우 이를 고려하여 미결정검체가 발생하지 않도록 주의하여야 한다.
2019년 12월, 처음 발생한 신종 코로나바이러스는 전 세계를 휩쓸었고 2021년 3월 현재까지도 팬데믹 상황이다. 높은 전염력을 특징으로 갖는 SARS-CoV-2는 조기 진단과 자가 격리 및 예방 수칙이 바이러스 감염을 막는데에 중요하다. 전 세계적으로 주로 사용하는 RT-PCR 진단 방법에서 미결정검체(presumptive-positive result)가 발생하는 문제가 있었고, viral whole genome sequencing을 통해 원인을 밝히고자 하였다. 정상적으로 positive가 나온 샘플과 positive 미결정검체 총 10 sample의 viral whole genome sequencing을 분석하여 SARS-CoV-2 N gene에서 novel한 12 nucleotide deletion을 검출하였다. 변이가 발생한 영역은 hyper variable region이었고, N gene 프로브가 이 영역을 타겟하기 때문에 미결정검체가 발생했을 것이라 예상되었다. 따라서, 다량의 데이터를 분석하여 variable region을 제외한 영역에서 primer design을 하여 보다 정확한 진단 검사를 하는 것이 필요하다. 최근 영국, 남아공, 브라질에서 발생한 SARS-CoV-2의 경우, 다른 타입에 비해 S gene 영역에 많은 변이가 포함되어 있고, 빠른 속도로 확산하는 추세이다. 또한, S gene 변이로 인해 전염력이 증가하고, 면역 반응을 약화시키고, 중화항체의 수명을 단축시킨다는 보고가 있으므로, S gene을 타겟으로 하는 진단 키트일 경우 이를 고려하여 미결정검체가 발생하지 않도록 주의하여야 한다.
In December 2019, the first new coronavirus outbreak was in the pandemic situation as of March 2021 across the world. SARS-CoV-2, which is characterized by high transmissibility, is important for early diagnosis, self-quarantine and prevention tips to reduce viral transmission. While performing the ...
In December 2019, the first new coronavirus outbreak was in the pandemic situation as of March 2021 across the world. SARS-CoV-2, which is characterized by high transmissibility, is important for early diagnosis, self-quarantine and prevention tips to reduce viral transmission. While performing the RT-PCR diagnostic method that is mainly used worldwide, there was a problem that presumptive -positive result samples were generated. So, we tried to clarify the cause through viral whole genome sequencing. A total of 10 samples of viral whole genome sequencing, which are usually positive samples and positive presumptive-positive result samples, were analyzed, and as a result, a 12 nucleotide novel deletion variant was found in the SARS-CoV-2 N gene. The region where the variant occurred was the hyper variable region, and it was expected that presumptive -positive result samples were generated because the N gene probe targeted this region. Therefore, it is necessary to perform a more accurate diagnostic test by analyzing a large amount of data and designing primers in regions excluding variable regions. Recently, SARS-CoV-2 outbreaks in the United Kingdom, South Africa and Brazil contain more changes in the S gene region than other types and tend to spread rapidly. In addition, it has been reported that the S gene variant increases transmissibility, weakens the immune response, and attenuate neutralizing antibodies. In the case of a diagnostic kit that targets the S gene, it should consider this situation that not to generate presumptive-positive result samples.
In December 2019, the first new coronavirus outbreak was in the pandemic situation as of March 2021 across the world. SARS-CoV-2, which is characterized by high transmissibility, is important for early diagnosis, self-quarantine and prevention tips to reduce viral transmission. While performing the RT-PCR diagnostic method that is mainly used worldwide, there was a problem that presumptive -positive result samples were generated. So, we tried to clarify the cause through viral whole genome sequencing. A total of 10 samples of viral whole genome sequencing, which are usually positive samples and positive presumptive-positive result samples, were analyzed, and as a result, a 12 nucleotide novel deletion variant was found in the SARS-CoV-2 N gene. The region where the variant occurred was the hyper variable region, and it was expected that presumptive -positive result samples were generated because the N gene probe targeted this region. Therefore, it is necessary to perform a more accurate diagnostic test by analyzing a large amount of data and designing primers in regions excluding variable regions. Recently, SARS-CoV-2 outbreaks in the United Kingdom, South Africa and Brazil contain more changes in the S gene region than other types and tend to spread rapidly. In addition, it has been reported that the S gene variant increases transmissibility, weakens the immune response, and attenuate neutralizing antibodies. In the case of a diagnostic kit that targets the S gene, it should consider this situation that not to generate presumptive-positive result samples.
※ AI-Helper는 부적절한 답변을 할 수 있습니다.