폐수처리에 중요한 역할을 담당하고 있는 세균 군집의 다양성과 폐수종류에 따른 군집차이를 알아보기 위해 분자생물학적 분석방법을 사용하였다. 국내 폐수처리장 슬러지 시료로부터 16S rDNA 클론 라이브러리를 구축하였고, HaeIII RFLP pattern과 염기서열을 분석하였다. 하수처리장 시료에서는 총 1,151개의 클론에서 699개의 서로 다른 RFLP pattern이, 화학산업 폐수처리장 시료에서는 총 1,228개의 클론에서 300개의 서로 다른 RFLP pattern이 관찰되었다. Shannon-Weiner diversity index의 계산결과 하수처리장 슬러지 시료는 8.7,화학산업 폐수처리장 슬러지 시료는 6.1로 하수처리장시료가 더 다양한 군집을 구성하고 있었다. 두 시료에서 우점하는 RFLP pattern에 해당되는 40개의 클론을 선정하여 염기서열 분석과 상동성 검색을 수행하였다. 분석된 서열의 $70\%$인 28개의 클론은 배양이 보고되지 않은 균주의 16S rRNA와 유사도가 높았고, 두 시료 모두 ${\beta}-Proteobacteria$가 우점하였다. 그러나, 하수처리장의 경우 활성슬러지에서 분리된 균주들과 유사한 군집이 많았던 반면, 화학산업 페수처리장의 경우 고온이며, 혐기성이고,탄화수소나 황이 많이 존재하는 환경에서 분리된 균주들과 유사한 군집이 많았다. 이러한 결과는 유입수의 조성에 따른 차이로 생각된다.
폐수처리에 중요한 역할을 담당하고 있는 세균 군집의 다양성과 폐수종류에 따른 군집차이를 알아보기 위해 분자생물학적 분석방법을 사용하였다. 국내 폐수처리장 슬러지 시료로부터 16S rDNA 클론 라이브러리를 구축하였고, HaeIII RFLP pattern과 염기서열을 분석하였다. 하수처리장 시료에서는 총 1,151개의 클론에서 699개의 서로 다른 RFLP pattern이, 화학산업 폐수처리장 시료에서는 총 1,228개의 클론에서 300개의 서로 다른 RFLP pattern이 관찰되었다. Shannon-Weiner diversity index의 계산결과 하수처리장 슬러지 시료는 8.7,화학산업 폐수처리장 슬러지 시료는 6.1로 하수처리장시료가 더 다양한 군집을 구성하고 있었다. 두 시료에서 우점하는 RFLP pattern에 해당되는 40개의 클론을 선정하여 염기서열 분석과 상동성 검색을 수행하였다. 분석된 서열의 $70\%$인 28개의 클론은 배양이 보고되지 않은 균주의 16S rRNA와 유사도가 높았고, 두 시료 모두 ${\beta}-Proteobacteria$가 우점하였다. 그러나, 하수처리장의 경우 활성슬러지에서 분리된 균주들과 유사한 군집이 많았던 반면, 화학산업 페수처리장의 경우 고온이며, 혐기성이고,탄화수소나 황이 많이 존재하는 환경에서 분리된 균주들과 유사한 군집이 많았다. 이러한 결과는 유입수의 조성에 따른 차이로 생각된다.
Diversity of the bacterial communities and the relation between community structure and components of wastewater were analyzed by 16S rRNA-based molecular techniques. Clone libraries of the 16S rDNAs from the sludges were constructed by PCR and cloning. The 1,151 clones from a sludge sample of sewa...
Diversity of the bacterial communities and the relation between community structure and components of wastewater were analyzed by 16S rRNA-based molecular techniques. Clone libraries of the 16S rDNAs from the sludges were constructed by PCR and cloning. The 1,151 clones from a sludge sample of sewage treatment plant were clustered into 699 RFLP phylotypes and the 1,228 clones from the wastewater disposal plant of chemical industry were clustered into 300 RFLP phylotypes. Shannon-Weiner diversity indices of two sampling sites were 8.7 and 6.1, indicating that the bacterial community structure of sewage treatment plant was more diverse than that of wastewater disposal plant of chemical industry. Forty clones belonging to predominant RFLP types were selected and sequenced. Seventy percent (28 clones) of the sequenced clones were related to the uncultured bacteria in public databases. The ${\beta}-Proteobacteria$ dominated in the bacterial communities of investigated two sludge samples. 16S rDNA sequences of the sewage treatment plant were similar to those of other activated sludges, while the bacterial community in wastewater disposal plant of chemical industry represented the strains identified from high-temperature, anaerobic, hydrocarbon-rich, and sulfur-rich environments. This result suggested that bacterial communities depended upon the components of wastewater.
Diversity of the bacterial communities and the relation between community structure and components of wastewater were analyzed by 16S rRNA-based molecular techniques. Clone libraries of the 16S rDNAs from the sludges were constructed by PCR and cloning. The 1,151 clones from a sludge sample of sewage treatment plant were clustered into 699 RFLP phylotypes and the 1,228 clones from the wastewater disposal plant of chemical industry were clustered into 300 RFLP phylotypes. Shannon-Weiner diversity indices of two sampling sites were 8.7 and 6.1, indicating that the bacterial community structure of sewage treatment plant was more diverse than that of wastewater disposal plant of chemical industry. Forty clones belonging to predominant RFLP types were selected and sequenced. Seventy percent (28 clones) of the sequenced clones were related to the uncultured bacteria in public databases. The ${\beta}-Proteobacteria$ dominated in the bacterial communities of investigated two sludge samples. 16S rDNA sequences of the sewage treatment plant were similar to those of other activated sludges, while the bacterial community in wastewater disposal plant of chemical industry represented the strains identified from high-temperature, anaerobic, hydrocarbon-rich, and sulfur-rich environments. This result suggested that bacterial communities depended upon the components of wastewater.
* AI 자동 식별 결과로 적합하지 않은 문장이 있을 수 있으니, 이용에 유의하시기 바랍니다.
문제 정의
PCR-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) 방법인 amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA)는 일부 세균 group 들의 종특이적 동정 방법으로 사용될 뿐만 아니라(27), 다양한 미생물이 서식하고 있는 생태계의 군집 분석에도 사용되고 있는 방법이다 (26). 본 연구에서는 서로 다른 성분의 유입수가 처리되는 2곳의 국내 폐수처리시설의 세균군 집 구조를 비교하고 군집의 구성원을 파악하기 위하여, 16S rDNA 클론 라이브러리를 제작하여 Haem RFLP 분석을 수행하였고, 우점하는 클론의 16S rDNA 염기서열 분석을 하였다.
제안 방법
16S rRNA 유전자 증폭에 이용된 eubacterial primed 27F (5' -AGA GTT TGA TCM TGG CTC AG-3, )와 1492R (5-GGY TAC CTT GTT ACG ACT T-3, )을 사용하였다. PCR 반응물의 조성은 IX 반응 용액 (100 mM Tris-HCl, 400 mM KC1, 1.5 mM MgCl2, 500gg/ml BSA, pH 8.3), 160 nM dNTPs, 0.3 primer, DNA 시료 (10-15 ng/|il)와 1.5 unit의 Taq polymerase를 첨가하여 총 50의 혼합물을 만들었다.
구축된 라이브러리의 클론들은 T7 (5-TAA TAC GAC TCA CTA TAG GGC GA-3)과 piGTr (5-CTC AAG CTA TGC ATC CAA CGC-3') primer 쌍을 사용하여 direct amplified PCR 을 수행하였다. PCR 반응물의 조성은 IX 반응 용액 (100mM Tris-HCl, 400 mM KC1, 1.5 mM MgCl2, 500 ug/ml BSA, pH 8.3), 160 |1M dNTPs, 0.25 JlM primer와 0.3 unit의 Taq polymerase를 첨가하여 총 15의 혼합물을 만들었다.
PCR 반응 조건은 95。<2에서 3분간 초기 열처리한 후, 95。(2에서 30초, 49P에서 30초, 72。(2에서 1분씩 30회 반복하고, 마지막에는 72。(3에서 10분간 처리한 후 반응을 중단시켰다. PCR 증폭산물은 0.8% agarose gel에서 전기영동하여 확인하였으며, Ultra Clean™ kit (MO Bio Laboratories Inc.)로 정제하였다. 정제된 PCR 산물은 pGEM-T vector (Promega, USA)와 E.
RFLP 분석을 통해 슬러지에 우점한다고 예상되는 클론의 염기서열과 Ribosomal Database Project (RDP; http://rdp.cme.msu. edu)와 GenBank (http://ncbi.nlm.nih.gov)의 database로부터 확인된 염기 서열을 ClustalX 프로그램을 이용하여 정렬하였다. PHYLIP package v3.
Radii를 이용한 PCR-RFLP 분석 결과에서 1% 이상의 우점을 보였던 phylotype에 포함되는 클론들 중에서 각각 2개씩의 클론을 무작위로 선정하여 16S rRNA 유전자의 염기서열을 분석하였다. 하수시료에서는 22개의 클론을, 화학산업 폐수시료에서는 18개의 클론을 선정하여 5, -말단부위에서 385-717 bp 크기의 염기서열을 분석하였다.
각 PCR product에 HaeHl (TaKaRa, Japan) 3 unit을 첨가 후 37℃ 에서 5시간 동안 반응시켰다. Restriction fragment (RF) pattern 은 3.5% NuSieve 3:1 agarose gel (BMA, USA)로 2시간 동안 전기 영동하여 확인하였다.
6 (10)을 이용하여 Jukes & Cantor distance model(13)과 neighbor-joining method (22)에 의해 염기서 열간의 유전적 거리와 phylogenetic tree를 추론하였다. 계통 수 조상 위치를 주정하기 위해 Methanothermobacter wolfeii를 outgroup으로 사용하였으며, branch의 신뢰도(bootstrap값)는 1,000회의 재구성된 (resampling) 자료로부터 새로운 tree를 작성하여 계산하였다 (9).
구축된 라이브러리의 클론들은 T7 (5-TAA TAC GAC TCA CTA TAG GGC GA-3)과 piGTr (5-CTC AAG CTA TGC ATC CAA CGC-3') primer 쌍을 사용하여 direct amplified PCR 을 수행하였다. PCR 반응물의 조성은 IX 반응 용액 (100mM Tris-HCl, 400 mM KC1, 1.
각 RF의 크기를 계산하여 RFLP pattern의 유사성이 높은 클론들의 cluster를 확인하였고, 클론 라이브러리의 다양성 지수로 coverage value (C), richness (S), Shannon-Weiner diversity index(H), Pielou's evenness index (e), Simpson dominance index (D)를 계산하였다(6). 또한 on-line Rarefaction Calculator (http://www2. biology.ualberta.ca/jbrzusto/rarefact.php)# 이용하여 Rarefaction 값을 계산하였다(15).
활성슬러지 시료로부터 핵산을 추출하기 위하여 Miller 등(1999)의 bead beating 방법을 변형하여 이용하였다 (19). 시료를 원심분리(14, 000 X g, 15분, 4℃) 하여 세균을 농축하였으며, 멸균된 0.1 mm zirconium glass bead (Biospec, USA) 0.5 g과 phosphate buffer (100 mM NaH2PO4, pH 8.0) 300 gl, SDS solution (10% SDS, 100 mM NaCl, 500 mM Tris-HCl, pH 8.0) 300111, cHoro- form:isoamylalcohol (24:1) 300 μ1를 넣고, MINI-BEADBEATER™ (Biospec)를 이용하여 2, 500 rpm에서 2분 동안 파쇄하였다. 파쇄된 시료를 원심분리 (14, 000 X g, 15분, 4℃) 한 후 상층액을 취하여 동량의 phenokchloroformrisoamylalcohol (25:24:1)과 chloro- form:isoamylalcohol (24:1)을 순서대로 각 1회 처리하였다.
전체 클론의 1% 이상의 빈도를 차지하는 RFLP group을 선정한 후, BaseStation™ DNA Fragment Analyzers (MJ Research, USA)를 사용하여 대표 클론의 염기 서열을 분석하였다.
원심분리(14, 000 Xg, 30분, 4℃) 한 후, 건조시켜 DNA pellet을 얻었다. 추출된 핵산은 UltraClean™ kit (MO Bio Laboratories Inc., USA)로 정제하였고, 0.8% agarose gel에서 전기영동하여 확인하였다.
클론들의 염기서열과 RDP와 GenBank에 등록되어 있는 세균들의 염기서열을 바탕으로 phylogenetic tree를 작성하였다 (Fig.3). 하수시료는 B-Proteobacteria가 73%로 가장 많은 비중을 차지하였고, y-Proteobacteria와 CFB group0] 각각 18%와 9%의 빈도로 나타났다.
0) 300111, cHoro- form:isoamylalcohol (24:1) 300 μ1를 넣고, MINI-BEADBEATER™ (Biospec)를 이용하여 2, 500 rpm에서 2분 동안 파쇄하였다. 파쇄된 시료를 원심분리 (14, 000 X g, 15분, 4℃) 한 후 상층액을 취하여 동량의 phenokchloroformrisoamylalcohol (25:24:1)과 chloro- form:isoamylalcohol (24:1)을 순서대로 각 1회 처리하였다. 상증액을 취하여 동량의 cold isopropan이과 sodium acetate (최종농 도 0.
폐수처리장의 슬러지 시료에서 추출된 핵산을 이용하여 16S rDNA에 대한 PCR을 수행하였으며, 약 1.5 kb에 해당하는 증폭산물을 확인하였고, pGEM-T vector에 삽입하여 하수처리장 시료와 화학산업 폐수처리장 시료에서 각각 1, 151개와 1, 228개의 클론을 얻었다.
Radii를 이용한 PCR-RFLP 분석 결과에서 1% 이상의 우점을 보였던 phylotype에 포함되는 클론들 중에서 각각 2개씩의 클론을 무작위로 선정하여 16S rRNA 유전자의 염기서열을 분석하였다. 하수시료에서는 22개의 클론을, 화학산업 폐수시료에서는 18개의 클론을 선정하여 5, -말단부위에서 385-717 bp 크기의 염기서열을 분석하였다.
활성슬러지 시료로부터 핵산을 추출하기 위하여 Miller 등(1999)의 bead beating 방법을 변형하여 이용하였다 (19). 시료를 원심분리(14, 000 X g, 15분, 4℃) 하여 세균을 농축하였으며, 멸균된 0.
대상 데이터
16S rRNA 유전자 증폭에 이용된 eubacterial primed 27F (5' -AGA GTT TGA TCM TGG CTC AG-3, )와 1492R (5-GGY TAC CTT GTT ACG ACT T-3, )을 사용하였다. PCR 반응물의 조성은 IX 반응 용액 (100 mM Tris-HCl, 400 mM KC1, 1.
2001년 10월에 강원도 강릉시에 있는 하수처리장과 경기도 안산시에 위치한 화학산업 폐수처리장으로부터 활성슬러지를 채 취하였다.
)로 정제하였다. 정제된 PCR 산물은 pGEM-T vector (Promega, USA)와 E. coll XL1- blue 균주를 이용하여 클로닝하였으며, 각 시료당 약 1,000개 정도의 재조합 클론을 선별하였다.
데이터처리
2개의 시료로부터 얻어진 클론들이 세균군집의 다양성을 추정하기에 중분한 지 rarefaction 분석으로 평가하였다. 두 시료 모두 rarefaction curve가 포화상태에 도달하지 못하고 계속 증가하는 현상을 볼 수 있었다 (Fig.
각 RF의 크기를 계산하여 RFLP pattern의 유사성이 높은 클론들의 cluster를 확인하였고, 클론 라이브러리의 다양성 지수로 coverage value (C), richness (S), Shannon-Weiner diversity index(H), Pielou's evenness index (e), Simpson dominance index (D)를 계산하였다(6). 또한 on-line Rarefaction Calculator (http://www2.
또한 클론 라이브러리의 다양성 지수를 조사하기 위해 richness (S), Shannon-Weiner diversity index (H), evenness (e), Simpson dominance index (D)를 분석하였다. 그 결과 하수시료 는 세균군집의 다양성이 매우 높은 반면, 화학산업 폐수 시료는 특정 세균군집들이 우점함을 알 수 있었다.
분석된 염기 서열들은 RDP와 GenBank에 등록되어 있는 세균들의 16S rDNA서열과 비교하였다. 하수시료의 경우 분석된 클론 염기서열의 73%가, 화학산업 폐수시료의 경우 67%가 배양이 보고되지 않은 균주의 서열과 유사도가 높았다.
이론/모형
gov)의 database로부터 확인된 염기 서열을 ClustalX 프로그램을 이용하여 정렬하였다. PHYLIP package v3.6 (10)을 이용하여 Jukes & Cantor distance model(13)과 neighbor-joining method (22)에 의해 염기서 열간의 유전적 거리와 phylogenetic tree를 추론하였다. 계통 수 조상 위치를 주정하기 위해 Methanothermobacter wolfeii를 outgroup으로 사용하였으며, branch의 신뢰도(bootstrap값)는 1,000회의 재구성된 (resampling) 자료로부터 새로운 tree를 작성하여 계산하였다 (9).
증폭된 16S rDNA의 RFLP 분석은 Haelll를 이용하였다. 각 PCR product에 HaeHl (TaKaRa, Japan) 3 unit을 첨가 후 37℃ 에서 5시간 동안 반응시켰다.
성능/효과
vpl80 (AF220344)은 황이풍부한 석 유 저장소에서 분리되었으며, 배양 온도가 80 。(2이다(20). C2-196번 클론(우점빈도 8%)과 87% 서열의 유사도를 보인 uncultured bacterium clone BIOEST-12 (AJ548901)는 혐기적이고 황이 풍부한 곳에서 분리되었으며, RFLP phylotype C4 (우점빈도 4%)의 클론들(C4-187, C4-209)과 93% 서열의 유사도를 보인 uncultured gold mine bacterium D17 (AF337873)은 중금속으로 오염 된 광산에서 분리되었다. C5-314번 클론(우점빈도 3%)과 98% 서열의 유사도를 보인 An:ohacter stirmwi (L14625) 는 예전에 aerotolerant Campylobacter 종으로 알려졌던 것으로 그람 음성, 곡간 균이며 nitrate를 환원하고, 염농도가 높고 (3.
각 클론들의 Haelll RFLP pattern을 분석한 결과, 하수 시료에 서는 699개의 서로 다른 RFLP phylotype이, 화학산업 폐수 시료에서는 300개의 서로 다른 RFLP phylotype이 관찰되었다(Table 1). Clone number ratio [(total number of RFLP phylotypes/total 이one number) X 100]는 하수시료에서 60.7%, 화학산업 폐수 시료에서 244%로, 하수시료는 하나의 클론만을 포함하는 RFLP phylotype이 많았던 반면, 화학산업 폐수 시료는 특정 RFLP phylotype에 속하는 클론이 우세하였다.
PCR-RFLP 방법을 통해 슬러지에 우점하는 것으로 확인된 클론들의 염기서열 분석 결과, 대부분이 분리 . 동정되지 못하였기 때문에 그 특성이 정확히 알려지지 않은 균주들임을 알 수 있었다.
각 클론들의 Haelll RFLP pattern을 분석한 결과, 하수 시료에 서는 699개의 서로 다른 RFLP phylotype이, 화학산업 폐수 시료에서는 300개의 서로 다른 RFLP phylotype이 관찰되었다(Table 1). Clone number ratio [(total number of RFLP phylotypes/total 이one number) X 100]는 하수시료에서 60.
또한 클론 라이브러리의 다양성 지수를 조사하기 위해 richness (S), Shannon-Weiner diversity index (H), evenness (e), Simpson dominance index (D)를 분석하였다. 그 결과 하수시료 는 세균군집의 다양성이 매우 높은 반면, 화학산업 폐수 시료는 특정 세균군집들이 우점함을 알 수 있었다.
2개의 시료로부터 얻어진 클론들이 세균군집의 다양성을 추정하기에 중분한 지 rarefaction 분석으로 평가하였다. 두 시료 모두 rarefaction curve가 포화상태에 도달하지 못하고 계속 증가하는 현상을 볼 수 있었다 (Fig. 1).특히 직선의 기울기가 큰 하수시료의 경우는 화학산업 폐수시료보다 세균군집의 다양성이 더 높음을 알 수 있었다.
2). 또한, 하수시료에서는 하나의 클론만을 포함하는 RFLP phylotype의 클론이 전체 클론의 46.6%를 보였던 반면, 화학산업 폐수 시료에서는 14.3%의 낮은 빈도를 보였다. 도시 하수의 경우는 다양한 오염원이 섞여 있어 세균군집 구조가 매우 다양한 반면, 산업폐수의 경우는 특정 물질을 집중적으로 방출하기 때문에 그 물질의 분해에 관련된 일부 균주가 우점할 수 있는 환경이 제공되기 때문에 이러한 결과가 관찰된 것으로 생각된다.
Snaidr 등(1997)에 의해서드 활성슬러지로부터 in situ identification에 의해 Arcobacter 종이 활성슬러지에 존재함이 밝혀진 바 있다 (23). 이러한 결과를 바탕으로 볼 때 비병원성 환경 균주로서 Arcobacter7\ 활성슬러 지에 존재한다고 예상된다. C6-610번 클론(우점빈도 3%)과 97% 서열의 유사도를 보인 Petrobacter succinimandens (AY219713)는 고온의 석유저장소에서 분리된 균주로 nitrate의 환원에 관여하고 있고, C6-757번 클론(우점빈도 3%)과 98% 서열의 유사도를 보인 uncultured bacterium mlel-32 (AF280860)는 제약 관련 산업의 폐수를 처리하는 반응조에서 분리된 균주이다 (16).
일부 클론들에서는 같은 Haelll RFLP pattern을 보이나, 염기서열의 유사도는 낮았다. 이러한 클론들은 Hhal RFLP pattern으 로 구분이 가능하였고 (결과 미제시), PCR-RFLP 방법으로 정확한 세균군 집 분석을 하기 위해서는 2개 이상의 제한효소 사용이나, MERFLP (multiple enzyme RFLP)의 적용이 필요하다고 생각된다.
1).특히 직선의 기울기가 큰 하수시료의 경우는 화학산업 폐수시료보다 세균군집의 다양성이 더 높음을 알 수 있었다. 따라서 하.
따라서 하. 폐수처리장 슬러지의 세균군 집 구조가 매우 다양하며, 두 시료 모두 1,000개 이상의 클론으로 구성된 라이브러리의 분석이 필요함을 알 수 있었다. 기존의 연구에서는 경제적, 시간적 이유로 인하여 제한된 수의 클론들을 분석하는 경향이 있는데, 이러한 방법은 슬러지에서식하는 세균군집의 다양성을 과소평가할 가능성이 있다고 생각된다.
3). 하수시료는 B-Proteobacteria가 73%로 가장 많은 비중을 차지하였고, y-Proteobacteria와 CFB group0] 각각 18%와 9%의 빈도로 나타났다. 화학산업 폐수시료도 역시 (3-Proteobacteria가 22%로 높은 비율을 보이기는 했으나, CFB group이 33%로 가장 큰 비중을 차지하였고, 하수시료에서는 나타나지 않았던 OP11, Deferribacteres, low G+C Gram positive bacteria, £-Proteobacteria가 각각 17%, 11%, 11%, 6%의 빈도로 나타났다.
하수시료에서 가장 우점을 보였던 RFLP phylotypee 분석한 총클론의 6%를 차지하였던 반면, 화학산업 폐수 시료에서는 21.5%의 높은 빈도를 보였다 (Fig. 2). 또한, 하수시료에서는 하나의 클론만을 포함하는 RFLP phylotype의 클론이 전체 클론의 46.
분석된 염기 서열들은 RDP와 GenBank에 등록되어 있는 세균들의 16S rDNA서열과 비교하였다. 하수시료의 경우 분석된 클론 염기서열의 73%가, 화학산업 폐수시료의 경우 67%가 배양이 보고되지 않은 균주의 서열과 유사도가 높았다.
하수시료는 B-Proteobacteria가 73%로 가장 많은 비중을 차지하였고, y-Proteobacteria와 CFB group0] 각각 18%와 9%의 빈도로 나타났다. 화학산업 폐수시료도 역시 (3-Proteobacteria가 22%로 높은 비율을 보이기는 했으나, CFB group이 33%로 가장 큰 비중을 차지하였고, 하수시료에서는 나타나지 않았던 OP11, Deferribacteres, low G+C Gram positive bacteria, £-Proteobacteria가 각각 17%, 11%, 11%, 6%의 빈도로 나타났다.
후속연구
따라서 하. 폐수처리장 내 슬러지의 세균군집 구조를 파악하기 위해서 앞으로도 더 많은 연구가 필요하며, 슬러지 미생물들의 역할을 파악하기 위해 오염물질 분해 등 기능과 관련된 유전자를 이용한 군집분석 연구도 필요할 것으로 생각된다.
참고문헌 (30)
Amann, R., H. Lemmer, and M. Wagner. 1998. Monitoring the community structure of wastewater treatment plants: a comparison of old and new techniques. FEMS Microbiol. Ecol. 25, 205- 215
Coates, J.D., U. Michaelidou, R.A. Bruce, S. M. O’connor, J. N. Crespi, and L. A. Achenbach. 1999. Ubiquity and diversity of dissimilatory (per) chlorate- reducing bacteria. Appl. Environ. Microbiol. 65, 5234-5241
Curds, C.R. and H. A. Hawkes. 1975. Ecological aspects of usedwater treatment. Vol. 1. The organisms and their ecology. Academic Press, London
Dabert, P., B. Sialve, J.P. Delgenes, R. Moletta, and J.J. Godon. 2001. Characterization of the microbial 16S rDNA diversity of an aerobic phosphorous-removal ecosystem and monitoring of its transition to nitrate respiration. Appl. Microbiol. Biotechnol. 55, 500-509
Dojka, M.A., P. Hugenholtz, S.K. Hack, and N.R. Pace. 1998. Microbial diversity in a hydrocarbon- and chlorinated-solventcontaminated aquifer undergoing intrinsic bioremediation. Appl. Environ. Microbiol. 64, 3869-3877
Dunbar, J., L.O. Ticknor, and C.R. Kuske. 2000. Assement of microbial diversity in four southwestern united states soils by 16S rRNA gene terminal restriction fragment analysis. Appl. Environ. Microbiol. 66, 2943-2950
Elshahed, M., J.M. Senko, F.Z. Najar, S.M. Kenton, B.A. Roe, T. A. Dewers, J.R. Spear, and L.R. Krumholz. 2003. Bacterial diversity and sulfur cycling in mesophilic sulfide-rich spring. Appl. Environ. Microbiol. 69, 5609-5621
Etchebehere, C., M.I. Errazquin, P. Dabert, and L. Muxi. 2002. Community analysis of a denitrifying reactor treating landfill leachate. FEMS Microbiol. Ecol. 40, 97-106
Felsenstein, J. 1985. Confidence limits on phylogenics, an approach using the bootstrap. Evolution 39, 783-791
Felsenstein, J. 2004. PHYLIP (Phylogeny Inference Package) version 3.6. Distributed by the author. Department of Genome Sciences, University of Washington, Seattle
Hugenholtz, P., C. Pitulle, K.L. Hershberger, and N. R. Pace. 1998. Novel division level bacteria diversity in a Yellowstone hot spring. J. Bacteriol. 180, 366-376
Jeon, C.O., D.S. Lee, and J.M. Park. 2003. Microbial communities in activated sludge performing enhanced biological phosphorous removal in a sequencing batch reactor. Water Res. 37, 2195-2205
Jukes, T.H. and C.R. Cantor. 1969. Evolution of protein molecules, p. 21-132. In: H. N. Munro (ed.), Mammalian Protein Metabolism. Academic Press, New York
Kanagawa, T., Y. Kamagata, S. Aruga, T. Kohno, M. Horn, and M. Wagner. 2000. Phylogenetic analysis of and oligonucleotide probe development for eikelboom type 021N filamentous bacteria isolated from bulking activated sludge. Appl. Environ. Microbiol. 66, 5043-5052
Krebs, C.J. 1989. Ecological Methodology. Harper & Row, New York
LaPara, T.M., C.H. Nakatsu, L. Pantea, and J.E. Alleman. 2000. Phylogenetic analysis of bacterial communities in mesophilic and thermophilic bioreators treating pharmaceutical wastewater. Appl Environ. Microbiol. 66, 3951-3959
Lee, H.W., S.Y. Lee, J.W. Lee, J.B. Park, E.S. Choi, and Y.K. Park. 2002. Molecular characterization of microbial community in nitrate-removing activated sludge. FEMS Microbiol. Ecol. 41, 85- 94
Manz, W., M. Wagner, R. Amann, and K.H. Schleifer. 1994. In situ characterization of the microbial consortia active in two wastewater treatment plants. Water Res. 28, 1715-1723
Miller, D.N., J.E. Bryant, E.L. Madsen, and W.C. Ghiorse. 1999. Evaluation and optimization of DNA extraction and purification procedures for soil and sediment samples. Appl. Environ. Microbiol. 65, 4715-4724
Orphan, V.J., L.T. Taylor, D. Hafenbradl, and E.F. Delong. 2000. Culture-dependent and culture-independent characterization of microbial assemblage associated with high-temperature petroleum reservoirs. Appl. Environ. Microbiol. 66, 700-711
Pillips, C.A. 2001. Arcobacter spp in food: isolation, identification and control. Trens in Food Sci & Technol. 12, 263-275
Saitou, N. and M. Nei. 1987. The neighbor-joining method: a new method for reconstruction phylogenetic trees. Mol. Biol. Evol. 4, 406-425
Snaidr, J., R. Amann, I. Huber, W. Ludwig, and K.H. Schleifer. 1997. Phylogenetic analysis and in situ identification of bacteria in activated sludge. Appl. Environ. Microbiol. 63, 2884-2896
Soddell, J.A. and R.J. Seviour. 1990. Microbiology of foaming in activated sludge plants. J. Appl. Bacteriol. 69, 145-176
Teske, A., K.U. Hinrichs, V. Edgcomb, A. de V. Gomez, D. Kysela, S. P. Sylva, M. L. Sogin, and H. W. Jannasch. 2002. Microbial diversity of hydrothermal sediments in the Guaymas Basin: Evidence for anaerobic methanotrophic communities. Appl. Environ. Microbiol. 68, 1994-2007
Urakawa, H., K. Kita-Tsukamoto, and K. Ohwada. 1999. Microbial diversity in marine sediments from Sagami Bay and Tokyo Bay, Japan, as determined by 16S rRNA gene analysis. Microbiology 145, 3305-3315
Ventura, M., M. Elli, R. Reniero, and R. Zink. 2001. Molecular microbial analysis of Bifidobacterium isolate from different environments by the species-specific amplified ribosomal DNA restriction analysis. FEMS Microbiol. Ecol. 36, 113-121
Wagner, M. and A. Loy. 2002. Bacterial community composition and function in sewage treatment systems. Curr. Opin. Biotechnol. 13, 218-227
Wintzingerode, F., B. Selent, W. Hegemann, and U.B. Gobel. 1999. Phylogenetic analysis of an anaerobic, trichlorobenzenetransformation microbial consortium. Appl. Environ. Microbiol. 65, 283-286
Zilles, J.L., J. Peccia, M.W. Kim, C.H. Hung, and D.R. Noguera. 2002. Involvement of Rhodocyclus-related organisms in full-scale wastewater treatment plants. Appl. Environ. Microbiol. 68, 2763- 2769
※ AI-Helper는 부적절한 답변을 할 수 있습니다.