[국내논문]ERIC-PCR genomic fingerprinting에 의한 주요 식중독 그람 음성 세균 4속의 구별 Differentiation of Four Major Gram-negative Foodborne Pathogenic Bacterial Genera by Using ERIC-PCR Genomic Fingerprinting원문보기
본 연구에서는 높은 분리능을 가지고 있을 뿐만 아니라 실험의 재현성과 경제성의 측면에서도 많은 장점을 갖고 있는 ERIC DNA sequence를 응용한 ERIC-PCR을 이용하여 Salmonella, E. coli, Shigella, Vibrio 등 4속의 주요 그람 음성 식중독유발 세균들의 분리 동정 방법을 확립하고자 하였다. ERIC-PCR 결과, E. coli의 경우 0.3kb, 0.42kb 및 1.2kb의 band가 모든 균주에서 공통적으로 확인되었고, Salmonella속으로부터는 0.22kb, 0.4kb 및 0.7kb의 band가 증폭되었다. Shigella속은 모든 표준균주와 분리균주로부터 0.33kb와 1.25kb의 band가 증폭되었으며, S. sonnei의 경우 위의 주요 2개 band 이외에도 대부분의 균주에서 0.44kb, 2.0kb 및 3.05kb의 band가 증폭되어 다른 종의 Shigella와 구별되는 fingerprinting pattern을 나타내었다. 그리고 V. parahaemolyticus의 경우 표준균주와 분리균주 모두 0.51kb와 1.5kb의 band가 증폭되어 V. cholerae, V. mimicus 등과 같은 다른 종의 Vibrio와 구별되는 fingerprinting pattern을 나타내었다. 이와 같이 4속의 모든 식중독 균주마다 ERIC-PCR후 생성되는 fingerprinting pattern에서 3-5개의 공통적인 band가 증폭되는 것이 확인되어 이를 이용한 속 수준의 분리 동정과 이러한 주요 band들 이외의 부수적인 band들을 고려하여 종 수준까지의 분리도 가능함을 확인하였다. 따라서 본 연구의 결과는 ERIC 반복적 DNA 염기서열을 이용한 ERIC-PCR이 식중독균의 분리 동정 방법으로 사용될 수 있음을 확인하였으며, 나아가 더 많은 속(genus)의 식중독세균을 대상으로 한 새로운 분리 동정 방법을 확립하는데도 응용이 될 수 있을 것이다.
본 연구에서는 높은 분리능을 가지고 있을 뿐만 아니라 실험의 재현성과 경제성의 측면에서도 많은 장점을 갖고 있는 ERIC DNA sequence를 응용한 ERIC-PCR을 이용하여 Salmonella, E. coli, Shigella, Vibrio 등 4속의 주요 그람 음성 식중독유발 세균들의 분리 동정 방법을 확립하고자 하였다. ERIC-PCR 결과, E. coli의 경우 0.3kb, 0.42kb 및 1.2kb의 band가 모든 균주에서 공통적으로 확인되었고, Salmonella속으로부터는 0.22kb, 0.4kb 및 0.7kb의 band가 증폭되었다. Shigella속은 모든 표준균주와 분리균주로부터 0.33kb와 1.25kb의 band가 증폭되었으며, S. sonnei의 경우 위의 주요 2개 band 이외에도 대부분의 균주에서 0.44kb, 2.0kb 및 3.05kb의 band가 증폭되어 다른 종의 Shigella와 구별되는 fingerprinting pattern을 나타내었다. 그리고 V. parahaemolyticus의 경우 표준균주와 분리균주 모두 0.51kb와 1.5kb의 band가 증폭되어 V. cholerae, V. mimicus 등과 같은 다른 종의 Vibrio와 구별되는 fingerprinting pattern을 나타내었다. 이와 같이 4속의 모든 식중독 균주마다 ERIC-PCR후 생성되는 fingerprinting pattern에서 3-5개의 공통적인 band가 증폭되는 것이 확인되어 이를 이용한 속 수준의 분리 동정과 이러한 주요 band들 이외의 부수적인 band들을 고려하여 종 수준까지의 분리도 가능함을 확인하였다. 따라서 본 연구의 결과는 ERIC 반복적 DNA 염기서열을 이용한 ERIC-PCR이 식중독균의 분리 동정 방법으로 사용될 수 있음을 확인하였으며, 나아가 더 많은 속(genus)의 식중독세균을 대상으로 한 새로운 분리 동정 방법을 확립하는데도 응용이 될 수 있을 것이다.
Widespread distributions of repetitive DNA elements in bacteria genomes are useful for analysis of genomes and should be exploited to differentiate food-borne pathogenic bacteria among and within species. Enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC) sequence has been used for ERIC-PCR geno...
Widespread distributions of repetitive DNA elements in bacteria genomes are useful for analysis of genomes and should be exploited to differentiate food-borne pathogenic bacteria among and within species. Enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC) sequence has been used for ERIC-PCR genomic fingerprinting to identify and differentiate bacterial strains from various environmental sources. ERIC-PCH genomic fingerprinting was applied to detect and differentiate four major Gram-negative food-borne bacterial pathogens, Esherichia coli, Salmonella, Shigella, and Vibrio. Target DNA fragments of pathogens were amplified by ERIC-PCR reactions. Dendrograms of subsequent PCR fingerprinting patterns for each strain were constructed, through which relative similarity coefficients or genetic distances between different strains were obtained numerically. Numerical comparisons revealed ERIC-PCR genotyping is effective for differentiation of strains among and within species of food-borne bacterial pathogens, showing ERIC-PCR fingerprinting methods can be utilized to differentiate isolates from outbreak and to determine their clonal relationships among outbreaks.
Widespread distributions of repetitive DNA elements in bacteria genomes are useful for analysis of genomes and should be exploited to differentiate food-borne pathogenic bacteria among and within species. Enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC) sequence has been used for ERIC-PCR genomic fingerprinting to identify and differentiate bacterial strains from various environmental sources. ERIC-PCH genomic fingerprinting was applied to detect and differentiate four major Gram-negative food-borne bacterial pathogens, Esherichia coli, Salmonella, Shigella, and Vibrio. Target DNA fragments of pathogens were amplified by ERIC-PCR reactions. Dendrograms of subsequent PCR fingerprinting patterns for each strain were constructed, through which relative similarity coefficients or genetic distances between different strains were obtained numerically. Numerical comparisons revealed ERIC-PCR genotyping is effective for differentiation of strains among and within species of food-borne bacterial pathogens, showing ERIC-PCR fingerprinting methods can be utilized to differentiate isolates from outbreak and to determine their clonal relationships among outbreaks.
* AI 자동 식별 결과로 적합하지 않은 문장이 있을 수 있으니, 이용에 유의하시기 바랍니다.
문제 정의
Shigella, Vibrio 등 4속의 주요 그람 음성식중독 유발 세균들의 분리 . 동정 방법을 확립하고자 하였다. ERIC-PCR 결과, E.
coli, Shigella, Vibrio 등 4속의 주요 그람 음성식중독 유발 세균들로부터 유전체 fingerprinting pattern을 얻었다. 이와 같이 얻어진 유전체 fingerprinting pattern을 사용하여 동일 속내에서 표준균주들과 식품 혹은 임상에서 분리된 분리균주들과의 dendrogram 상에서 상호 비교 분석을 통하여 유추된 유전적 근연관계를 바탕으로 하여 식중독 유발세균의 동정 및 오염경로 파악 방법을 확립하고자 하였다.
제안 방법
, Shigella spp., Vibrio spp의 tot시 DNA를 각각 추출하였다. 각각의 균주를 5mL의 TSB 배지에 접종하여 3℃에서 24시간 진탕배양 후, 15,000rpm으로 5분간 원심분리하여 균체를 수확한 다음, 1 mL의 1 M NaCl을 넣어서 2회 세척한 후, 다시 원심분리하여 균체를 수확한 후 700μL의 lXTE(10mM Tris-HCl, 1 mM EDTA) 용액에 현탁시켰다.
한편 ERIC-PCR 반응 조건은 94방치시켰다. PCR 산물은 1.5% agarose(ix TAE) gel에서 120V로 1시간 전기 영동하고 ethidium bromide(5 ㎍/mL)로 염색한 후 transilluminator로 확인하였다. 산물의 크기는 1 kb DNA Ladder (Gibco-BRL laboratories, NY, USA)를 사용하여 즉정하였다.
그러므로 본 연구에서는 높은 분리능을 가지고 있을 뿐만 아니라 실험의 재현성과 경제성의 측면에서도 많은 장점을 갖고 있는 ERIC sequence를 사용한 ERIC-PCR을 적용하여 Salmonella, E. coli, Shigella, Vibrio 등 4속의 주요 그람 음성식중독 유발 세균들로부터 유전체 fingerprinting pattern을 얻었다. 이와 같이 얻어진 유전체 fingerprinting pattern을 사용하여 동일 속내에서 표준균주들과 식품 혹은 임상에서 분리된 분리균주들과의 dendrogram 상에서 상호 비교 분석을 통하여 유추된 유전적 근연관계를 바탕으로 하여 식중독 유발세균의 동정 및 오염경로 파악 방법을 확립하고자 하였다.
이 전의 보고에서 이들 4속의 식중독 유발 세균 중 각각 혹은 일부를 대상으로 반복성 염기서열을 이용한 PCR을 적용한 사례들은 있지만 그때 적용한 primer, PCR 반응 조건 및 전기영동조건 등이 다양하였다. 그러므로 본 연구에서는 위의 4속의 그람 음성식중독 세균들에 대하여 최적화된 동일한 primer 쌍을 이용하였고, 또한 동일한 PCR 반응 조건 및 전기영동조건을 적용하였다. 이와 같은 ERIC-PCR 반응을 통하여 위의 4속에 속하는 본 연구에 사용된 모든 균주들로부터 증폭된 band 수는 속마다 상이하였으며, 4속 중 Vibrio속으로부터 가장 적은 숫자(9개)의 단편이 증폭되었고, Salmonella속으로부터 가장 많은 숫자(14개)의 단편이 증폭되었다.
, MA, USA)에서 증폭시켰다. 본 연구에서 위의 4속의 식중독 유발 세균들은 Versalovic 등(17)에 의해 고안된 ERICIR과 ERIC2 primer set를 이용하여 중합반응을 실행하였다. 한편 ERIC-PCR 반응 조건은 94방치시켰다.
본 연구에서는 E. coli, Salmonella, Shigella, Vibrio 등 4속의 주요 그람 음성식중독 유발 세균들을 대상으로 반복성 염기서열인 ERIC DNA sequence를 응용한 ERIC-PCR을 실시하였다. 이 전의 보고에서 이들 4속의 식중독 유발 세균 중 각각 혹은 일부를 대상으로 반복성 염기서열을 이용한 PCR을 적용한 사례들은 있지만 그때 적용한 primer, PCR 반응 조건 및 전기영동조건 등이 다양하였다.
본 연구에서는 일반적으로 병원성 Vibrio속에 속하는 1개 V.cholerae 표준균주, 1개 V. mimicus 표준균주, 2개 V. pcwa- haemolyticus 표준균주 등의 4개 표준 균주와 바지락, 홍합 등 다양한 패류로부터 분리된 14개 V. parahaemolyticus 분리균주를 대상으로 ERIGPCR을 실시하였다. 그 결과 200bp에서 5.
최근 이와 같은.식중독세균들을 분자생물학적인 기술들을 사용하여 분리. 동정하는 방법이 많이 연구되어지고 있다.
국내. 외에서 발생한 Shigella속에 의한 식중독 중 S. sonnei에 의한 식중독 발생 보고가 가장 큰 비율을 차지하므로(6) 본 연구에서는 Shig이속에 속하는 4개 표준균주와 다양한 source로 부터 분리된 10개 S. sonnei 분리균주를 대상으로 ERIC-PCR을 실시하였다. 그 결과 330bp에서 4.
각각의 균주를 5mL의 TSB 배지에 접종하여 3℃에서 24시간 진탕배양 후, 15,000rpm으로 5분간 원심분리하여 균체를 수확한 다음, 1 mL의 1 M NaCl을 넣어서 2회 세척한 후, 다시 원심분리하여 균체를 수확한 후 700μL의 lXTE(10mM Tris-HCl, 1 mM EDTA) 용액에 현탁시켰다. 현탁된 세포에 100μL의 lysozyme(2mg/mL)과 30rL의 RNase A(10mg/mL)를 넣어서 37℃에서 20분간 방치한 후, lysozyme으로 분해가 안됐을 경우 60μL의 SDS(10%)를 가하였다. 이현탁액에 100μL의 sarkosyl(10%)과 60 μL의 proteinase K(10mg/mL)를 가한 후 37℃에서 1시간 동안 반응시켰다.
대상 데이터
실험에 사용된 4속(Salmonella, E. coll, Vibrio, Shigella 등)의 표준균주는 Table 1에 나타내었다. 또한 다양한 source로부터 분리된 4속의 분리균주는 Table 2에 나타내었다.
이론/모형
각 균주간 band pattern의 비교를 위하여 band intensity는 고려하지 않고 동일한 크기의 band들만을 동일 부위의 증폭 band로 가정하여 동일한 크기의 band 유무에 따라 1과 0으로 구분하여 Bio-Gene software(version 96, Vilber Lourmat, Marne la vallee, France) 프로그램에 입력한 뒤 UPGMA(unweighted paired group methods with arithmetic average)법 (18)을 이용하여 dendrogram을 작성하였으며, Jaccard coefficient 19, 20)를 근거로 유사도 값을 구하였다. 유사도 값은 0%에서 100%의 범위로 표시되었으며, 본 논문을 위하여 유사도 값이 90% 이상일 경우 genome상 ERIC sequence 분포도와 관련하여 유전적 연관성이 있는 것으로 사료되어 동일한 type으로 구분하였다.
본 연구에서는 높은 분리능을 가지고 있을 뿐만 아니라 실험의 재현성과 경제성의 측면에서도 많은 장점을 갖고 있는ERIC DNA sequence를 응용한 ERIC-PCR을 이용하여 Salmonella, E. coli. Shigella, Vibrio 등 4속의 주요 그람 음성식중독 유발 세균들의 분리 .
성능/효과
enter- itidis 등의 6개 표준 균주와 다양한 육제품에서 분리한 Salmonella spp. 6개 분리균주를 대상으로 ERIC-PCR을 실시한 결과 220 bp 에서 4.1 kb 범위에 걸쳐 5-14개의 band가 증폭되었다(Fig. 2. Panel A). 그리고 모든 표준균주와 분리균주로부터 비록 band intensity의 차이는 있었으나 0.
E. coli O157:H7을 포함하는 7개의 E. coll 표준균주와 다양한 source로부터 분리된 10개의 E. coli 균주를 대상으로 ERIC- PCR을 실시한 결과, 100bp에서 4.0kb 범위에 걸쳐 5-12개의 band가 증폭되었다(Fig. 1, Panel A). 그 중 0.
동정 방법을 확립하고자 하였다. ERIC-PCR 결과, E.coli의 경우 0.3 kb, 0.42 kb 및 1.2 kb의 band가 모든 균주에서 공통적으로 확인되었고, SdmaieUa속으로부터는 0.22 kb, 0.4 kb 및 0.7 kb의 band가 증폭되었다. Shigella속은 모든 표준균주와 분리균주로부터 0.
7 kb의 band가 증폭되었다. Shigella속은 모든 표준균주와 분리균주로부터 0.33 kb와 1.25 kb의 band가 증폭되었으며, S. sonnet 경우 위의 주요 2개 band 이외에도 대부분의 균주에서 0.44 kb, 2.0 kb 및 3.05 kb의 band가 증폭되어 다른 종의 Shigella와 구별되는 fingerprinting pattern을 나타내었다. 그리고 V.
각 DNA fingerprint으] 연관성 분석 결과 실험균주들은 genetic similarity 90% 수준에서 7개의 type> 나타내었고(Fig. 3, PanelB), 분리균주 중 SHS-I1(S. sonnei S1)과 SHS-I5(S. sonnei S5)가 각각의 type을 형성하였다 (Fig. 6, Panel A). 한편 SHS-I1(S.
각 DNA fingerprint의 연관성 분석 결과, V. parahaemolyticus는 genetic similarity 90% 수준에서는 16개의 type으로 나뉘었으며 VIP-I2(K parahaemolyticus V3)과 VIP-I5(K parahaemolyticus V8), VIP-I9(K parahaemolyticus VI14)와 VIP-I12(/ para-haemolyticns VI17)이 각각 동일한 type을 형성하였다. 한편 genetic similarity 53% 수준에서는 VIC-R10 cholerae NIH 35A3)과 VIM-R1(K mimicus ATCC 33653)을 제외한 표준균주와 분리균주가 모두 한 type으로 분류되었다.
각 DNA fingerprint의 연관성 분석 결과, 실험 균주들은 genetic similarity 90% 수준에서 8개의 type으로 나뉘어졌으며, 55% 수준에서 2개의 type으로 나뉘어졌다. 이때'S emeritidis의 경우 표준균주와 분리균주는 dendrogram상에서 각기 다른 type을 독립적으로 형성하였다 (Fig.
parahaemolyticus 분리균주를 대상으로 ERIGPCR을 실시하였다. 그 결과 200bp에서 5.0kb 범위에 걸쳐 4-9개의 band가 증폭되었으며, V. parahaemolyticus의 경우 모든 표준균주와 분리균주에서 0.51 kb, 1.5 kb의 band가 확인되어 K cholerae, V. mimicus와는 다른 band pattern을 나타내었다(Fig. 4, Panel A). 물론 VIM-Rl(K7;rz(? mimicus)의 경우, V.
한편 genetic similarity 53% 수준에서는 VIC-R10 cholerae NIH 35A3)과 VIM-R1(K mimicus ATCC 33653)을 제외한 표준균주와 분리균주가 모두 한 type으로 분류되었다. 그리고 VIC-R1 (V. cholerae NIH 35A3)와 VIM-Rl(Ff mimicus ATCC 33653)는 각각 37%와 25% 수준에서 유사성을 갖는 것으로 나타났다(Fig.4, Panel B).
이와 같은 ERIC-PCR 반응을 통하여 위의 4속에 속하는 본 연구에 사용된 모든 균주들로부터 증폭된 band 수는 속마다 상이하였으며, 4속 중 Vibrio속으로부터 가장 적은 숫자(9개)의 단편이 증폭되었고, Salmonella속으로부터 가장 많은 숫자(14개)의 단편이 증폭되었다. 그리고 모든 4속의 식중독 세균균주마다 ER1C-PCR 후 생성되는 fingerprinting pattern에서 속마다 1-3개의 공통적이며 독특한 band가 생성되는 것이 확인되어 이러한 pattern을 이용한 속 수준의 분리. 동정과 그와 같은 주요 band들 이외의 부수적인 band들을 고려하여 종 수준까지의 분리도 가능함을 확인하였다.
0kb 범위에 걸쳐 4-12개의 band가 증폭되었다. 그리고 모든 균주로부터 0.33 kb와 1.25 kb의 band가 증폭되었으며 , S. sonnei 의 경우 0.33 kb와 1.25 kb band 이외에도 대부분의 균주에서 0.44 kb, 2.0 kb 및 3.05 kb으] band가 확인되어 Shigella속내의 다른 종과 구별되는 band pat- tem을 나타내었.다(Fig.
Panel A). 그리고 모든 표준균주와 분리균주로부터 비록 band intensity의 차이는 있었으나 0.22 kb, 0.4 kb 및 0.7 kb의 주요 band가 확인되었다. 이러한 결과는 Burr 등(24)이 하수에서 분리된 Sahnonella를 대상으로 수행한 연구에서 200 bp에서 2.
따라서 본 연구의 결과는 ERIC 반복적 DNA 염기서열을 이용한 ERIC-PCR이 식중독균의 분리 . 동정 방법으로 사용될 수 있음을 확인하였으며, 나아가 더 많은 속(genus)의 식중독 세균을 대상으로 한 새로운 분리 . 동정 방법을 확립하는데도 응용이 될 수 있을 것이다.
그리고 모든 4속의 식중독 세균균주마다 ER1C-PCR 후 생성되는 fingerprinting pattern에서 속마다 1-3개의 공통적이며 독특한 band가 생성되는 것이 확인되어 이러한 pattern을 이용한 속 수준의 분리. 동정과 그와 같은 주요 band들 이외의 부수적인 band들을 고려하여 종 수준까지의 분리도 가능함을 확인하였다.
이와 같이 4속의 모든 식중독 균주마다 ERIC-PCR 후 생성되는 fingerprinting pattern에서 3-5개의 공통적인 band가증폭되는 것이 확인되어 이를 이용한 속수준의 분리 . 동정과 이러한 주요 band들 이외의 부수적인 band들을 고려하여 종 수준까지의 분리도 가능함을 확인하였다. 따라서 본 연구의 결과는 ERIC 반복적 DNA 염기서열을 이용한 ERIC-PCR이 식중독균의 분리 .
동정과 이러한 주요 band들 이외의 부수적인 band들을 고려하여 종 수준까지의 분리도 가능함을 확인하였다. 따라서 본 연구의 결과는 ERIC 반복적 DNA 염기서열을 이용한 ERIC-PCR이 식중독균의 분리 . 동정 방법으로 사용될 수 있음을 확인하였으며, 나아가 더 많은 속(genus)의 식중독 세균을 대상으로 한 새로운 분리 .
각 DNA fingerprint의 연관성 분석 결괴. 실험 균주들은 genetic similarity 90% 수준에서 16개의 type을 나타내었고(Fig. I. PanelB), 42% 수준에서는 두 type으로 양분되었으며, 이는 사용된 E coli 균주중 혈청형이 OI57:H7인 균주와 그 이외의 혈청형을 갖는 균주로 나뉘어진 것이었다. 그리고 유사한 band pattern을 나타내었던 ESC-R4오! ESC-R5는 DNA 연관성 분석에서 100% 일치하는 결과를 나타내었다.
각 균주간 band pattern의 비교를 위하여 band intensity는 고려하지 않고 동일한 크기의 band들만을 동일 부위의 증폭 band로 가정하여 동일한 크기의 band 유무에 따라 1과 0으로 구분하여 Bio-Gene software(version 96, Vilber Lourmat, Marne la vallee, France) 프로그램에 입력한 뒤 UPGMA(unweighted paired group methods with arithmetic average)법 (18)을 이용하여 dendrogram을 작성하였으며, Jaccard coefficient 19, 20)를 근거로 유사도 값을 구하였다. 유사도 값은 0%에서 100%의 범위로 표시되었으며, 본 논문을 위하여 유사도 값이 90% 이상일 경우 genome상 ERIC sequence 분포도와 관련하여 유전적 연관성이 있는 것으로 사료되어 동일한 type으로 구분하였다.
그러므로 본 연구에서는 위의 4속의 그람 음성식중독 세균들에 대하여 최적화된 동일한 primer 쌍을 이용하였고, 또한 동일한 PCR 반응 조건 및 전기영동조건을 적용하였다. 이와 같은 ERIC-PCR 반응을 통하여 위의 4속에 속하는 본 연구에 사용된 모든 균주들로부터 증폭된 band 수는 속마다 상이하였으며, 4속 중 Vibrio속으로부터 가장 적은 숫자(9개)의 단편이 증폭되었고, Salmonella속으로부터 가장 많은 숫자(14개)의 단편이 증폭되었다. 그리고 모든 4속의 식중독 세균균주마다 ER1C-PCR 후 생성되는 fingerprinting pattern에서 속마다 1-3개의 공통적이며 독특한 band가 생성되는 것이 확인되어 이러한 pattern을 이용한 속 수준의 분리.
mimicus 등과 같은 다른 종의 vibrio와 구별되는 fingerprinting pattene 나타내었다. 이와 같이 4속의 모든 식중독 균주마다 ERIC-PCR 후 생성되는 fingerprinting pattern에서 3-5개의 공통적인 band가증폭되는 것이 확인되어 이를 이용한 속수준의 분리 . 동정과 이러한 주요 band들 이외의 부수적인 band들을 고려하여 종 수준까지의 분리도 가능함을 확인하였다.
parahaemolyticus는 genetic similarity 90% 수준에서는 16개의 type으로 나뉘었으며 VIP-I2(K parahaemolyticus V3)과 VIP-I5(K parahaemolyticus V8), VIP-I9(K parahaemolyticus VI14)와 VIP-I12(/ para-haemolyticns VI17)이 각각 동일한 type을 형성하였다. 한편 genetic similarity 53% 수준에서는 VIC-R10 cholerae NIH 35A3)과 VIM-R1(K mimicus ATCC 33653)을 제외한 표준균주와 분리균주가 모두 한 type으로 분류되었다. 그리고 VIC-R1 (V.
그리고 유사한 band pattern을 나타내었던 ESC-R4오! ESC-R5는 DNA 연관성 분석에서 100% 일치하는 결과를 나타내었다. 한편 본 연구에서는 혈청형이 확인되지 않은 ESC-R1, ESC-R4 및 ESC-R6를 제외하고 각기 다른 혈청형을 갖는 것으로 확인된 E. coli 표준균주들에 대한 본 연구 결과에 의하면 균주마다 각기 다른 band pattern 및 낮은 genetic similarity를 나타내었다. 이러한 현상은 일반적으로 반복성 sequence# 이용한 PCR 기술이종(species) 수준, 더 나아가 균주 수준에서도 분리.
후속연구
동정 방법으로 사용될 수 있음을 확인하였으며, 나아가 더 많은 속(genus)의 식중독 세균을 대상으로 한 새로운 분리 . 동정 방법을 확립하는데도 응용이 될 수 있을 것이다.
참고문헌 (27)
Rajashekara G, Haverly E, Halvorson, DA, Ferris KE, Lauer DC, Nagaraja KV. Multidrug-resistant Salmonella typhimurium DT104 in poultry. J. Food Prot. 63: 155-161 (2000)
Johnson JR, Clabots C. Improved repetitive-element PCR fingerprinting of Salmonella enterica with the use of extremely elevated annealing temperatures. Clin. Diag. Lab. Immun. 7: 258-264 (2000)
Dombek PE, Johnson LK, Zimmerley ST, Sadowsky MJ. Use of repetitive DNA sequences and the PCR to differentiate Escherichia coli isolates from human and animal sources. Appl. Environ. Microbiol. 66: 2572-2577 (2000)
Johnson JR, O'Bryan TT. Improved repetitive-element PCR fingerprinting for resolving pathogenic and nonpathogenic phylogenetic groups within Escherichia coli. Clin. Diag. Lab. Immun. 7: 265-273 (2000)
Dalla-Costa LM, Irino K, Rodrigues J, Rivera ING, Trabulsi LR. Characterisation of diarrhoeagenic Escherichia coli clones by ribotyping and ERIC-PCR. J. Med. Microbiol. 47: 227-234 (1998)
Liu PYF, Lau YJ, Hu BS, Shyr JM, Shi ZY, Tsai WS, Lin YH, Tseng CY. Analysis of clonal relationships among isolates of Shigella sonnei by different molecular typing methods. J. Clin. Microbiol. 33: 1779-1783 (1995)
Navia MM, Capitano L, Ruiz J, Vargas M, Urassa H, Schellemberg D, Gascon J, Vila J. Typing and characterization of mechanisms of resistance of Shigella spp. isolated from feces of children under 5 years of age from Ifakara, Tanzania. J. Clin. Microbiol. 37: 3113-3117 (1999)
Clark CG, Kravetz AN, Dendy C, Wang G, Tyler KD, Johnson WM. Investigation of the 1994-5 Ukrainian Vibrio cholerae epidemic using molecular methods. Epidemiol. Infect. 121: 15-29 (1998)
Hulton CS, Higgins CF, Sharp PM. ERIC sequences: a novel family of repetitive elements in the genomes of Escherichia coli, Salmonella typhimurium and other enterobacteria. Mol. Microbiol. 5: 825-834 (1991)
Martin B, Humbert O, Camara M, Guenzi E, Walker J, Mitchell T, Andrew P, Prudhomme M, Alloing G, Hakenbeck R. A highly conserved repeated DNA element located in the chromosome of Streptococcus pneumoniae. Nucleic Acids Res. 20: 3479-3483 (1992)
de Bruijn FJ. Use of repetitive (repetitive extragenic palindromic and enterobacterial repetitive intergeneric consensus) sequences and the polymerase chain reaction to fingerprint the genomes of Rhizobium meliloti isolates and other soil bacteria. Appl. Environ. Microbiol. 58: 2180-2187 (1992)
Versalovic J, Koeuth T, Lupski JR. Distribution of repetitive DNA sequences in eubacteria and application to fingerprinting of bacterial genomes. Nucleic Acids Res. 19: 6823-6831 (1991)
Li WH. Simple method for constructing phylogenetic trees from distance matrices. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 78: 1085-1089 (1981)
Loubinoux J, Lozniewski A, Lion C, Garin D, Weber M, Le Faou AE. Value of enterobacterial repetitive intergenic consensus PCR for study of Pasteurella multocida strains isolated from mouths of dogs. J. Clin. Microbiol. 37: 2488-2492 (1999)
Sander A, Ruess M, Bereswill S, Schuppler M, Steinbrueckner B. Comparison of different DNA fingerprinting techniques for molecular typing of Bartonella henselae isolates. J. Clin. Microbiol. 36: 2973-2981 (1998)
Rajashekara G, Koeuth T, Nevile S, Back A, Nagaraja KV, Lupski JR, Kapur V. SERE, a widely dispersed bacterial repetitive DNA element. J. Med. Microbiol. 47:489-497 (1998)
Baldy-Chudzik K, Niedbach J, Stosik M. rep-PCR fingerptinting as a tool for the analysis of genomic diversity in Escherichia coli strains isolated from an aqueous/freshwater environment. Cell. Mol. Biol. Lett. 8: 793-798 (2003)
Louws FJ, Fulbright DW, Stephens CT, de Bruijn FJ. Specific genomic fingerprints of phytopathogenic Xanthomonas and Pseudomonas pathovars and strains generated with repetitive sequences and PCR. Appl. Environ. Microbiol. 60: 2286-2295 (1994)
Burr MD, Josephson KL, Pepper IL. An evaluation of ERIC PCR and AP PCR fingerprinting for discriminating Salmonella serotypes. Lett. Appl. Microbiol. 27: 24-30 (1998)
Chmielewski R, Wieliczko A, Kuczkowski M, Mazurkiewicz M, Ugorski M. Comparison of ITS profiling, REP- and ERIC-PCR of Salmonella Enteritidis isolates from Poland. J. Vet. Med. 49: 163-168 (2002)
Khan AA, McCarthy S, Wang RF, Cerniglia CE. Characterization of United States outbreak isolates of Vibrio parahaemolyticus using enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC) PCR and development of a rapid PCR method for detection of O3:K6 isolates. FEMS Microbiol. Lett. 206: 209-214 (2002)
※ AI-Helper는 부적절한 답변을 할 수 있습니다.