[논문]생쥐의 배반포에서 특이적으로 발현되는 유전자 확인: 배아 줄기세포와 비교

최향순; 신미라; 전진현; 김남형

생쥐의 배반포에서 특이적으로 발현되는 유전자 확인: 배아 줄기세포와 비교
Identification of Differentially Expressed Genes in the Mouse Blastocyst: Comparison with Embryonic Stem Cells 원문보기

발생과 생식 = Development and reproduction, v.9 no.1, 2005년, pp.33 - 41

최향순 (충북대학교 동물분자발생 국가지정연구실) , 신미라 (삼성제일병원 여성의학연구소) , 전진현 (삼성제일병원 여성의학연구소) , 김남형 (충북대학교 동물분자발생 국가지정연구실)

초록
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배반포 단계의 난자에서 차이 나게 발현하는 유전자의 발굴을 통해 초기 동물 발생과 분화에 관한 기전을 알 수 있다. 본 연구에서는 새로운 차별발현 역전사효소중합법, 이름하여 에닐링 콘트롤 프라이머(ACP) 방법에 의해 생쥐 배반포에서 차이 나게 발현하는 유전자를 줄기세포와 비교하여 발굴하였다. 총 100개의 ACP를 사용하여 26개의 유전자 단편을 확인하였고, BLAST 탐색에 의해 유전자 정보 은행(GeneBank/EMBL)에 저장된 유전자와 동일하다는 것을 알았다. 이들 유전자 중에 15개의 유전자를 선별하여 역전사효소중합법에 의해 조사한 결과, 배반포에서 차이 나게 발현함을 재확인하였다. 이러한 결과는 ACP 방법이 특정 발달 단계에 있는 소량의 배아 샘플로부터 전사되는 유전자를 확인하는데 실용적으로 사용될 수 있다는 것을 보여주고 있다.

Abstract ▼ AI-Helper

Identification of differentially expressed genes at blastocyst stage embryos would provide insights into early development and differentiation. Here, we applied a new differential display reverse transcription polymerase chain reaction(DD RT-PCR) technology, called annealing control primers(ACP) system to identify the genes that are specifically or prominently expressed in mouse blastocysts compared to embryonic stem(ES) cells. Using 100 ACPs, 26 clones were perceived as differentially expressed genes in mouse blastocysts. A BLAST search revealed that cloned genes had significant sequence similarities with known genes in the GenBank/EMBL data base. Among them, 15 genes were selected and conformed by RT-PCR. This analysis suggests that the ACP system is a practical method for the identification of stage-specific genes using small numbers of mouse embryos.

주제어

AI 본문요약
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제안 방법

4kb for both blastocyst and embryonic stem cell. Using a combination of 100 arbitrary(DEG 101~105 kit, Seegene) primers and two anchored oligo(dT) pri- mers(dT-ACP 1 and dT-ACP2), a total of 26 clones was selected after ACP-based DD-RT-PCR, and we obtained partial sequence infonnation following sequencing. Example of the identification of three blastocyst DEGs(ATPase, H+ transporting, lysosomal accessory protein 2 [Atp6ap2], Cell division cycle 42 [Cdc 42] and ganglioside activator protein [Gm2a]) by this analysis are shown in Fig.

이론/모형

The plasmids were extracted and the inserts were subjected to dideoxy chain termination sequencing (Applied Biosystems, Model 373A Automated Sequencer, USA). The identity of each product was confirmed by sequence homology analysis using the Basic Local Alignment Search Tool (BLAST).

성능/효과

3. Confirmation of the mRNA expression patterns of 15 genes that were identified by ACP- RT-PCR as being representative DEGs in blastocyst(BL) and embiyonic stem(ES) cell by RT-PCR. Amplified DNA products were separated on a 1.
In conclusion, the results of this study suggest that the ACP- based strategy is a reliable technique for identifying DEGs in mouse embryos. We showed that several genes that are differentially expressed in blastocyst stage comparing to ES cells were identified using ACP-Technology.

후속연구

, 2000). Therefore to further understand the molecular basis of early development, it would be of interested to identify differentially expressed genes(DEGs) at specific stage during development and to characterize them in mammalian embryogenesis.

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