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문제 정의
- 아미노산들이 치환되는 방향성이라돈지 서로간의 진화적으로 상위의 종의 서열을 측정할 때는 비대칭적인 행렬이 더 의미 있다는 사실올 알아내었다. 또한 각 아미노산의 특성에 따른 분류에서 흑정한 아미노산이 다른 그룹으로 옮겨가는데 허브역할올 하는 것도 알아 내었다. 시스테인과 트립토판은 자연계에 존재하는 비율이 다른 아미노산에 비해 적지만 PFMT행렬에서 극성 그룹의 시스테인이 소수성 그룹의 아미노산과 치환되는 확률이 높고 두 그룹올 이어지는 다리 역할을 한다는 사실은 홍미롭다.
- 이러한 정보着 이용하면 서열 간을 비교할 때 계틍학적인 관점에서 유사한 서열을 찾을 수 있을 것이다. 이는 BLOSUM62, PAM160과는 다른 점수행렬이 필요할 것이고 이를 극복하기 위해서 공틍조상(common ancestor)에서 상위생물로의 방향성을 가진 새로운 점수행렬을 만들었다 여기에 추가적으로 20개의 아미노산이 치환되는 경향성도 확인해 보았다.
가설 설정
- 여기서 2종(Ession yeast, baker yeast)은 외집단 (outgroup)으로 선택하고 나머지 3종(worm, human, fruit fly)을 비교했는데 2종(Ession yeast, baker yeast)올 선택한 이유는 계틍학적으로 봤올 때 나머지 3종(worm, human, fruit fly)의 공틍조상(common ancestor)에 가까운 기준점을 찾기 위해서였다. 그림1처럼 종간의 계통학적인 나무를 만들고 3종 (worm, human, fruit Hy)과 진화적인 거리가 가까운 종을 나머지 2종(fission yeast, baker yeast)에서 선택해서 그 종의 단백질 과와 아미노산이 같은 종을 3종(worm, human, fruit fly)에서 선택해서 그 종을 공통조상이라고 가정한다. 예를 들어 그림2에서 fission yeast와 baker yeast(2종의 순서는 바뀌어도 무관하다.
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