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NTIS 바로가기BT news : 한국생물공학회소식지, v.15 no.4, 2008년, pp.6 - 12
정규열 (포스텍 화학공학과) , 신기원 (포스텍 시스템 생명공학부)
초록이 없습니다.
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핵심어 | 질문 | 논문에서 추출한 답변 |
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Emulsion PCR의 과정은 무엇인가? | Emulsion PCR은 genome DNA를 fragmentation하여 얻은 DNA library를 공간적으로 separation하여 emulsion 안에서 증폭하게 함으로써 각각의 single fragment에 대한 clonal amplification을 가능하게 한 것이다(그림 6). 기름 성분에 continuous stirring이 이루어지는 가운데, PCR reagent, 한쪽 PCR primer가 표면에 수식된 microbead, DNA library 등이 포함된 aqueous phase를 dropwise로 떨어뜨려주게 되면 single DNA fragment와 single microbead 그리고 PCR reagent가 포함된 emulsion이 만들어 지게 되고, thermocycling을 통해 PCR을 진행하게 된다. 그렇게 되면 bead에 한쪽 primer가 고정된 상태이기 때문에 bead의 surface에 증폭된 DNA fragment가 PCR을 통해 수식되게 된다. 이때 하나의 bead에는 single DNA fragment에서 유래한 DNA만이 수식된다. 이렇게 증폭된 signal을 포함한 microbead는 microfabricated well이나 sequencing을 위한 기판 위에 고정되어 sequencing reaction에 이용될 수 있다. | |
next-generation sequencing technology 활용하여 개발된 시스템인 454 GS FLS sequencer, Genome Analyzer 그리고 SOLiD의 공통점은 무엇인가? | 첫 번째로는 2004년 Roche사에서 454 Cooperation 사와 손잡고, 454 GS FLS sequencer를 출시하였고, 2006년과 2007년에 각각 Illumina 사의 Genome Analyzer와, Applied Biosystems 사의 SOLiD가 차례로 출시되었다. 세 가지의 platform 모두 공통적으로 bacteriumfree한 clonal amplification 기술과 cyclic한 massively parallel sequencing 기술을 이용한다는 공통점이 있다. | |
Polony PCR이란 무엇인가? | Polony PCR은 oil-water phase separation 대신 polyacrylamide gel을 이용하여 single DNA fragment를 separation하고 그 자리에서 PCR을 하는 기술이다(그림 7). Gel 내에서 PCR reaction이 in situ로 진행되며, polyacrylamide gel이 DNA fragment의 diffusion을 막아 주기 때문에 각각의 single DNA fragment가 micron-scale의 colony를 만들게 되고(polony), 이 polony들이 개별적으로 동시에 sequencing에 활용될 수 있다. |
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