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문제 정의
- 따라서 난균근균과 난과 식물의 특이적 관계 상 위기에 처한 복주머니란과 광릉요강꽃의 보존 및 보호를 위해서는 난균근균에 대한 기초적인 연구가 필요하다. 본 연구는 멸종위기식물로 지정된 복주머니란속의 광릉요강꽃과 복주머니란에 공생하는 난균근균의 형태적 및 분자적 특성을 구명하여, 이들 두 난과식물 종의 보존을 위한 기초자료로 활용하고자 수행되었다.
- 본 연구에서는 두 종류의 복주머니난속 식물에서 다양한 난균근균을 확인하였다. 따라서 본 연구결과와 더불어 이들 균을 분리 배양하여 두 종류의 난에서 종자의 발아, 원괴체(protocorm)의 발달 및 성체의 생장에 특정 공생균이 미치는 영향을 확인하는 후속 연구는 위기에 처한 이들 난의 보존 및 복원 노력에 중요한 정보를 제공할 것이다.
제안 방법
- 5% KOH 용액에 넣어 121℃에서 15분간 고압멸균하여 뿌리를 연화시킨 후 여러 번 물로 헹구어 KOH를 제거하였다. 1%의 HCl 용액에 24시간 담가둔 후, 0.05% tryphan blue에 넣어 121℃에서 10분간 고압멸균하여 염색하고 acidic glycerol에서 탈색 후 광학현미경으로 관찰하였다.
- PCR 반응물은 1% agarose gel 상에서 전기영동하여 DNA band를 확인하고, insert로 사용할 700~800 bp의 DNA를 gel과 함께 오려내어 정제하였다. 이를 pGEM-T Easy Vector(50 ng/µl; Promega Co.
- Prime Taq Premix에 10 pM의 ITS1-OF primer와 ITS4-OF primer를 각각 2 µl, 20 ng의 template DNA 2 µl에 4 µl의 멸균수를 넣어 전체 부피가 20µl이 되도록 맞춘 후 이를 2720 Thermal cycler(Applied Biosystems)를 이용하여 PCR 하였다.
- , USA)에 transformation하여 X-gal이 첨가된 LB 배지에 배양하였다. Transformation된 colony를 취해 LB/ampicillin 배지에 배양한 후, 배양액을 이용하여 PCR 반응을 수행하였다. 증폭된 DNA는 정제하여 ABI 3730XL capillary DNA Sequencer(Perkin-Elmer.
- 분석된 염기서열간의 유사도를 통해 계통을 추론하였으며, 이를 통하여 난균근균 간의 유연관계를 분석하였다. 계통도에서 각 분지의 신뢰도를 계산하기 위하여 실행한 bootstrap 분석은 1000 replicates를 선택하였고, 계통 분석을 위한 outgroup으로 목이(Auricularia auriculajudae)를 사용하였다.
- 먼저 96℃에서 2분간 predenaturation하였다. 다음으로 94℃에서 30초간 denaturation, 60℃에서 40초간 annealing, 72℃에서 1분간 elongation 하였고, 이 3단계를 1 cycle로 하여 총 35 cycles을 진행하였다. 마지막으로 72℃에서 10분간 안정화시킨 다음, 전기영동하기 전까지 4℃에서 보관하였다.
- 그러나 현미경적 관찰을 통해 나타난 형태의 다양성이 서로 다른 균을 의미하는지를 판단할 수는 없었다. 따라서 본 연구에서는 뿌리에서 DNA를 추출하여 균 특이 프라이머를 이용하여 rDNA의 ITS 지역을 증폭한 후 염기서열을 분석하였다. 분자적인 분석은 배지에서 배양하기 어려운 균들의 분류를 돕고, 따라서 많은 연구자들이 난과 균 연합체의 생태학을 조사하는데 분자적인 분류 기술을 사용하고 있다(Dearnaley, 2007).
- 6)를 이용하여 계통수로 나타내었다. 분석된 염기서열간의 유사도를 통해 계통을 추론하였으며, 이를 통하여 난균근균 간의 유연관계를 분석하였다. 계통도에서 각 분지의 신뢰도를 계산하기 위하여 실행한 bootstrap 분석은 1000 replicates를 선택하였고, 계통 분석을 위한 outgroup으로 목이(Auricularia auriculajudae)를 사용하였다.
- 마지막으로 72℃에서 10분간 안정화시킨 다음, 전기영동하기 전까지 4℃에서 보관하였다. 증폭된 PCR 산물은 1XTAE buffer(40 mM Tris-acetate, 1 mM EDTA, pH 8.0)를 사용하여 1.5% agarose gel에서 약 20분간 전기영동을 실시하였으며, 0.5mg/ml ethidium bromide로 1분간 염색하고 흐르는 물에서 5분간 탈색한 후 UV transilluminator 상에서 밴드를 확인하였다.
대상 데이터
- 경기도 포천시 국립수목원 주변에 서식하고 있는 광릉요강꽃 6개체와 복주머니란 5개체에서 뿌리를 채취하였다. 난의 뿌리는 2~3 cm 길이로 잘라 증류수로 여러 번 헹군 후 다음과 같은 방법으로 염색하여 관찰하였다(Koske and Gemma, 1989).
- 광릉요강꽃과 복주머니란의 뿌리에서 얻어진 총 11개 서열을 분자분석에 사용하였다. 대부분의 난균근균은 Tulasnellaceae에 속하는 균으로 나타났으며, 광릉요강꽃에서는 추가로 외생균을 형성하는 담자균류 1종(uncultured ectomycorrhiza)을 확인할 수 있었다(Table 1).
- 실험에 사용된 PCR 반응액은 0.2 ml microtube에 Prime Taq DNA Polymerase 1 units/10 µl, 2×reaction buffer, 4 mM MgCl2, enzyme stabilizer, 침강제, loading dye, 2 mM dNTP를 모두 혼합한 pH 9.0의 용액인 (주)GENET BIO사의 Prime Taq Premix(G-2000) 제품을 사용하였고, 담자균류에 특이적 primer인 ITS1-OF(5´-AACTTGGTCATTTAGAGGAAGT3´)와 ITS4-OF(5´-GTTACTAGGGGAATCCTTGTT-3´)를 쌍으로 사용하여 rDNA의 internal transcribed spacer(ITS) 지역을 증폭시켰다(Taylor and McCormick, 2008).
이론/모형
- 난의 뿌리는 무작위적으로 선택하여 100 mg씩 나누어 멸균수로 깨끗이 씻어낸 뒤, 1.8 ml tube에 AP1 buffer 속에서 micropestle로 충분히 갈아 균질하게 만든 후, DNeasy Plant mini kit(GeneAll, Korea) 제품의 방법에 따라 genomic DNA를 추출하였다. 추출된 genomic DNA는 20 ng/µl로 농도를 맞춘 후 PCR 반응에 사용하였다.
성능/효과
- 광릉요강꽃과 복주머니란의 뿌리 세포를 염색하여 관찰한 결과 두 난의 뿌리 세포에 난균근균이 공생하고 있는 것을 확인할 수 있었다. 균사는 균구(peloton)를 형성하고 있었으며, 균구의 생성과 분해 단계가 다양하게 관찰되었다(Fig.
- 총 4종류의 Tulasnellaceae와 1종류의 담자균류가 동정되었다. 광릉요강꽃에 감염되어있는 난균근균은 3종류의 Tulasnellaceae와 한 종류의 담자균류가 감염되어 있는 것으로 나타났으며, 복주머니란에는 2종류의 Tulasnellaceae가 나타났다. 한 종류의 균(Tulasnellaceae 3)만이 광릉요강꽃과 복주머니란 모두에서 나타났다.
- 광릉요강꽃과 복주머니란의 뿌리에서 얻어진 총 11개 서열을 분자분석에 사용하였다. 대부분의 난균근균은 Tulasnellaceae에 속하는 균으로 나타났으며, 광릉요강꽃에서는 추가로 외생균을 형성하는 담자균류 1종(uncultured ectomycorrhiza)을 확인할 수 있었다(Table 1). 총 4종류의 Tulasnellaceae와 1종류의 담자균류가 동정되었다.
- 또한 이 식물들은 무당버섯류 같은 외생균근을 형성하는 버섯류와도 공생관계에 있다는 것이 보고되는데 일반적으로 독립영양을 하는 난은 Rhizoctonia 형태의 균이 공생하는 반면 종속영양을 하는 난의 경우는 외생균근균과 공생하는 것으로 알려져 있다. 본 실험에서도 2종의 복주머니란속에 속하는 난과 식물들이 Tulasnellaceae와 관련되어 있다는 것을 확인할 수 있었으나 다른 종류의 Rhizoctonia 형태의 종은 발견되지 않았다. 또한 본 연구결과에서 광릉요강꽃에서 외생균근을 형성하는 균이 1종 발견되었으며 이 균과 광릉요강꽃과의 관련성에 관한 연구가 더 필요할 것으로 생각된다.
- gov). 본 연구를 통해 얻은 난균근균의 염기서열은 NCBI에서 얻은 유사한 다른 서열과 함께 Clustal X(ver. 1.83)를 이용하여 align한 후 njplotWin95와 TreeView(ver. 1.6.6)를 이용하여 계통수로 나타내었다. 분석된 염기서열간의 유사도를 통해 계통을 추론하였으며, 이를 통하여 난균근균 간의 유연관계를 분석하였다.
- 대부분의 난균근균은 Tulasnellaceae에 속하는 균으로 나타났으며, 광릉요강꽃에서는 추가로 외생균을 형성하는 담자균류 1종(uncultured ectomycorrhiza)을 확인할 수 있었다(Table 1). 총 4종류의 Tulasnellaceae와 1종류의 담자균류가 동정되었다. 광릉요강꽃에 감염되어있는 난균근균은 3종류의 Tulasnellaceae와 한 종류의 담자균류가 감염되어 있는 것으로 나타났으며, 복주머니란에는 2종류의 Tulasnellaceae가 나타났다.
- 또한 본 연구결과에서 광릉요강꽃에서 외생균근을 형성하는 균이 1종 발견되었으며 이 균과 광릉요강꽃과의 관련성에 관한 연구가 더 필요할 것으로 생각된다. 특히 본 연구결과에서 나온 염기서열과 비교 가능한 Genbank 염기서열들은 대부분 뿌리 샘플로부터 얻어진 서열들이며, 따라서 종 수준에서 동정이 불가능하였다. 이들의 정확한 동정을 위해서는 뿌리로부터 균사를 분리, 배양하여 다양한 특성을 이용하여 분류학적 연구가 이루어져야 할 것이다.
- 광릉요강꽃에 감염되어있는 난균근균은 3종류의 Tulasnellaceae와 한 종류의 담자균류가 감염되어 있는 것으로 나타났으며, 복주머니란에는 2종류의 Tulasnellaceae가 나타났다. 한 종류의 균(Tulasnellaceae 3)만이 광릉요강꽃과 복주머니란 모두에서 나타났다. 이러한 결과는 몇몇 복주머니난에 속하는 종들의 nrLSU와 mtLSU의 서열을 기초로 한 연구(Shefferson et al.
후속연구
- 본 연구에서는 두 종류의 복주머니난속 식물에서 다양한 난균근균을 확인하였다. 따라서 본 연구결과와 더불어 이들 균을 분리 배양하여 두 종류의 난에서 종자의 발아, 원괴체(protocorm)의 발달 및 성체의 생장에 특정 공생균이 미치는 영향을 확인하는 후속 연구는 위기에 처한 이들 난의 보존 및 복원 노력에 중요한 정보를 제공할 것이다.
- 본 실험에서도 2종의 복주머니란속에 속하는 난과 식물들이 Tulasnellaceae와 관련되어 있다는 것을 확인할 수 있었으나 다른 종류의 Rhizoctonia 형태의 종은 발견되지 않았다. 또한 본 연구결과에서 광릉요강꽃에서 외생균근을 형성하는 균이 1종 발견되었으며 이 균과 광릉요강꽃과의 관련성에 관한 연구가 더 필요할 것으로 생각된다. 특히 본 연구결과에서 나온 염기서열과 비교 가능한 Genbank 염기서열들은 대부분 뿌리 샘플로부터 얻어진 서열들이며, 따라서 종 수준에서 동정이 불가능하였다.
- 복주머니란속에 속하는 두 종인 광릉요강꽃과 복주머니란은 산림청 지정 멸종위기식물(Critically Endangered; CR)이며(산림청 국립수목원, 2009), 광릉요강꽃은 환경부 특정 야생 식물 제40호로 지정되어 있을 뿐만 아니라 야생동식물보호법에 따른 멸종위기식물 1급으로 지정되어 보호되고 있다. 이 종들은 멸종위기에 처해 있으며, 증식 및 발아가 매우 어렵고, 또한 종 보존에 대한 요구가 시급한 식물로, 이들 종에 공생하는 난균근균에 대한 연구 및 발아 조건, 생리적 특성, 자생환경등에대한연구가시급하다. 특히 일본에서는 보호가 필요한 복주머니란속의 난과 난균근균과의 공생관계에 대한 다양한 연구가 진행되어 왔으나(Shimura et al.
- 특히 본 연구결과에서 나온 염기서열과 비교 가능한 Genbank 염기서열들은 대부분 뿌리 샘플로부터 얻어진 서열들이며, 따라서 종 수준에서 동정이 불가능하였다. 이들의 정확한 동정을 위해서는 뿌리로부터 균사를 분리, 배양하여 다양한 특성을 이용하여 분류학적 연구가 이루어져야 할 것이다.
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