[논문]배추 유전체 염기서열 해독 전략과 현황

문정환; 권수진; 박범석

doi:10.5010/jpb.2010.37.2.153

배추 유전체 염기서열 해독 전략과 현황
The strategy and current status of Brassica rapa genome project 원문보기

Journal of plant biotechnology = 식물생명공학회지, v.37 no.2, 2010년, pp.153 - 165

문정환 (농촌진흥청 국립농업과학원 농업생명자원부 유전자분석개발과) , 권수진 (농촌진흥청 국립농업과학원 농업생명자원부 유전자분석개발과) , 박범석 (농촌진흥청 국립농업과학원 농업생명자원부 유전자분석개발과)

Abstract ▼ AI-Helper

Brassica rapa is considered an ideal candidate to act as a reference species for Brassica genomic studies. Among the three basic Brassica species, B. rapa (AA genome) has the smallest genome (529 Mbp), compared to B. nigra (BB genome, 632 Mbp) and B. oleracea (CC genome, 696 Mbp). There is also a large collection of available cultivars of B. rapa, as well as a broad array of B. rapa genomic resources available. Under international consensus, various genomic studies on B. rapa have been conducted, including the construction of a physical map based on 22.5X genome coverage, end sequencing of 146,000 BACs, sequencing of >150,000 expressed sequence tags, and successful phase 2 shotgun sequencing of 589 euchromatic region-tiling BACs based on comparative positioning with the Arabidopsis genome. These sequenced BACs mapped onto the B. rapa genome provide beginning points for genome sequencing of each chromosome. Applying this strategy, all of the 10 chromosomes of B. rapa have been assigned to the sequencing centers in seven countries, Korea, UK, China, India, Canada, Australia, and Japan. The two longest chromosomes, A3 and A9, have been sequenced except for several gaps, by NAAS in Korea. Meanwhile a China group, including IVF and BGI, performed whole genome sequencing with Illumina system. These Sanger and NGS sequence data will be integrated to assemble a draft sequence of B. rapa. The imminent B. rapa genome sequence offers novel insights into the organization and evolution of the Brassica genome. In parallel, the transfer of knowledge from B. rapa to other Brassica crops would be expected.

AI 본문요약
AI-Helper

* AI 자동 식별 결과로 적합하지 않은 문장이 있을 수 있으니, 이용에 유의하시기 바랍니다.

문제 정의

염기서열 분석 기술과 기기의 개발은 발전 속도가 매우 빠른 분야로서 프로젝트가 진행되는 중에 분석 능력이 크게 향상되고 분석 비용도 크게 감소한 차세대 염기 서열 분석기기가 상용화 되었다. 따라서 BrGSP 참여국에서는 GS-FLX 염기서열 분석기를 사용하여 10개 이상의 BAC 클론을 함께 분석하여 clone-by-clone 분석의 단점을 보완하고자 시도를 하였다. 이에 한국도 GS-FLX와 ABI 3730xl을 병행한 BAC 클론 분석을 수행하여 약 20% 정도의 비용을 절감할 수 있었지만, 서열 통합 작업이 복잡하고 GS-FLX의 pyrosequencing에서 나타나는 poly-mononucleotide 의 해독 불능 등의 문제점도 노출되었다.
info). 본고는 농촌진흥청 국립농업과학원의 배추 유전체 해독 연구를 통해 수행된 연구 결과를 중심으로 작성하였다.
유전체 염기서열 후 주석달기 (annotation)와 유전자 기능 연구를 목적으로 배추의 발현 유전자 (EST) 152,253개의 염기서열을 분석하였다. EST 분석을 위하여 배추의 다양한 조직과 발달 단계에서 그리고 병 처리 및 수분 스트레스 처리 후 등 총 33종의 cDNA 유전자은행을 제작하고 각 cDNA 유전자은행별로 분석되는 EST의 중복성을 고려하여 EST 데이터를 생산하였다.

제안 방법

배추 유전체는 애기장대에 비하여 약 70% 정도로 위축되었기 때문에 평균 120 kbp 크기의 배추 BAC 클론은 애기장대 약 165 kbp에 해당하므로 이론적으로 약 600개의 배추 BAC 클론은 애기장대 유전자 지역 유전체 약 100 Mbp를 커버할 수 있다. 2008년 중반까지 우리는 589개의 최소 중첩되는 BAC 클론을 선발하고 염기서열 분석하여 배추 염색체에 mapping 하였다 (Mun et al. 2009). 한편 분석된 BAC의 mapping에는 추가적인 FISH 분석과 물리지도 contig 정보가 이용되기도 하였다 (그림 2).
이와 더불어 BrGSP 참가국의 필요에 따라서 gap이 없이 완벽한 염기서열 해독 (phase 3)을 할 수도 있다. BAC 염기서열 해독은 해당 클론을 삽입단편의 길이가 5 kbp 이내인 짧은 sublibrary로 만든 후 원래 BAC 클론 크기의 약 7-8X 양을 ABI 3730xl을 사용하여 shotgun 방식으로 분석하여 수행하였고, Phred/Phrap/Consed software package를 이용하여 염기서열 contig를 제작하였다.
BAC 유전자은행 3종으로부터 총 99,456개 BAC 클론을 선정하고 (배추 유전체 크기의 약 22.5 배 길이), 5종의 제한효소 (EcoRI, BamHI, XbaI, XhoI, and HaeIII)를 동시에 사용하여 절단한 후 4가지 형광색의 SNaPshot 시약으로 3'-end를 표지하여 ABI 3730xl 자동염기서열 분석장치로 제한효소별 단편의 크기를 분석하였다.
유전체 염기서열 후 주석달기 (annotation)와 유전자 기능 연구를 목적으로 배추의 발현 유전자 (EST) 152,253개의 염기서열을 분석하였다. EST 분석을 위하여 배추의 다양한 조직과 발달 단계에서 그리고 병 처리 및 수분 스트레스 처리 후 등 총 33종의 cDNA 유전자은행을 제작하고 각 cDNA 유전자은행별로 분석되는 EST의 중복성을 고려하여 EST 데이터를 생산하였다. 2006년까지 생산된 EST 127,144개의 자료는 NCBI에 등록공개 하였다.
염기서열분석이 완료된 seed BAC 589개의 염기서열은 NCBI의 HTGS (High Throughput Genome Sequence) 데이터베이스에 등록하였다. Seed BAC 염기서열을 배추의 cDNA 염기서열로 최적화시킨 FGENESH (www.softberry.com) 프로그램을 사용하여 단백질을 암호화하는 유전자 구조를 예측하였다 (표 2). 배추 유전자는 구조적으로 양배추의 것들과 매우 유사하였다 (Town et al.
배추 세포유전지도는 FISH 방법으로 분석한 33개 STS (sequence tagged site) 마커와 반복서열 5종의 염색체상의 위치를 유전지도와 비교함으로써 각각의 염색체와 연관군지도를 일치시켜 작성하였다 (Lim et al. 2005; Kim et al. 2006). 현재까지 유전자를 포함하는 BAC 클론 100 여개와 중요 반복서열의 염색체상의 위치를 FISH 분석을 통하여 결정하였고, 이를 통해 10개 염색체의 동원체 위치, 이질염색질 (heterochromatin)의 크기와 패턴, rDNA 등 다양한 반복서열의 종류와 분포가 파악되었다.
분석된 cDNA의 염기서열 정보를 이용한 유전자칩 (microarray)은 조직과 발달, 생물적/비생물적 자극에 따른 유전자의 발현 패턴을 조사하는데 널리 사용되어 왔다. 배추에서 2 종, 즉 KBGP-24K와 KBGP-50K, 유전자칩이 각 유전자 당 6개 (KBGP-24K) 혹은 7개 (KBGP-24K) 표지(probe)를 갖도록 NimbleGen 방식으로 제작되었다. 24K 칩은 20개 cDNA 유전자은행의 127,144 ESTs로 조립된 23,932 unigene을 반영하고, 50K 칩은 약 8,500개의 추가적인 unigene과 seed BAC 염기서열에서 분석된 17,454개 CDS를 합쳐 약 50,000개의 유전자 그룹을 반영하여 제작되었다.
비교유전체 방법으로 선정된 seed BAC은 모두 “phase 2” - (염기서열 결정 후 조립한 contig의 방향과 contig 사이의 gap을 알며 contig의 길이 합이 원래 BAC 클론의 90% 이상) - 이상 수준으로 염기서열을 분석하였고, 이 염기서열에 근거하여 SSR (simple sequence repeat) 및 IBP (intron based polymorphism) 마커들을 개발하고 유전지도에 seed BAC의 위치를 정하였다.
Clone-by-clone 전략은 각 염색체별 seed BAC을 기점으로 서열을 신장하여 연결하는 전략이므로 우선 seed BAC을 다수 확보하는 것이 중요하다. 애기장대의 유전자 지역이 배추 유전체에 기본적으로 3배수화되어 분포한다는 사실에 근거하여, 배추의 BES와 애기장대의 유전체 서열을 비교하여 애기장대 진정염색질 영역을 최대한 커버하면서 최소 중첩하도록 배추 BAC 클론들을 선발하고, 이들을 분자마커를 이용하여 배추 염색체에 위치시켜서 seed BAC으로 선발하였다 (그림 2). 이러한 전략을 바탕으로 약 46,000개 배추 BAC 클론의 BES를 애기장대와 BLASTZ 분석하였다.
비교유전체 방법으로 선정된 seed BAC은 모두 “phase 2” - (염기서열 결정 후 조립한 contig의 방향과 contig 사이의 gap을 알며 contig의 길이 합이 원래 BAC 클론의 90% 이상) - 이상 수준으로 염기서열을 분석하였고, 이 염기서열에 근거하여 SSR (simple sequence repeat) 및 IBP (intron based polymorphism) 마커들을 개발하고 유전지도에 seed BAC의 위치를 정하였다. 염기서열이 분석된 seed BAC은 모두 핵산지문분석 (fingerprinting)하여 물리지도의 contig에 포함시켜 clone-by-clone 염기서열을 진행할 때 다음 염기서열을 결정할 BAC 클론 선발에 이용하였다.
애기장대의 유전자 지역이 배추 유전체에 기본적으로 3배수화되어 분포한다는 사실에 근거하여, 배추의 BES와 애기장대의 유전체 서열을 비교하여 애기장대 진정염색질 영역을 최대한 커버하면서 최소 중첩하도록 배추 BAC 클론들을 선발하고, 이들을 분자마커를 이용하여 배추 염색체에 위치시켜서 seed BAC으로 선발하였다 (그림 2). 이러한 전략을 바탕으로 약 46,000개 배추 BAC 클론의 BES를 애기장대와 BLASTZ 분석하였다. 이 때 각 BES가 < E^-6 조건에서 가장 유사성이 높은 애기장대 염기서열 한 곳만 선정하도록 한 후, BAC 클론의 양쪽 BES가 애기장대의 동일 염색체에서 30-500 kbp 이내에 올바른 방향을 갖는 클론 4,647개를 선발 정리하였다 (Yang et al.
Chiifu-401-42를 유전체 연구 소재로 선택하였다. 프로젝트 초기에 한국 주도로 BAC (bacterial artificial chromosome) 유전자은행 제작, 핵형분석, 분자마커 개발 및 유전지도 작성 등을 시작으로 clone-by-clone 염기서열 분석전략에 따라 BAC 말단 염기서열 및 물리지도 정보를 기반으로 참여국들이 할당된 염색체별 염기서열 분석을 수행하였다 (http://www.brassica.info). 본고는 농촌진흥청 국립농업과학원의 배추 유전체 해독 연구를 통해 수행된 연구 결과를 중심으로 작성하였다.

대상 데이터

2009년 말까지 배추 BAC 클론 886개 (한국 681, 영국 200, 호주 5)의 염기서열 총 107 Mbp가 NCBI의 HTGS 데이터베이스에 등록되었다. 한국은 배추 염색체 중에서 가장 길이가 긴 염색체 두 개 A3와 A9의 염기서열 해독을 BAC 클론 884개를 분석하여 완성하였다 (표 3).
배추에서 2 종, 즉 KBGP-24K와 KBGP-50K, 유전자칩이 각 유전자 당 6개 (KBGP-24K) 혹은 7개 (KBGP-24K) 표지(probe)를 갖도록 NimbleGen 방식으로 제작되었다. 24K 칩은 20개 cDNA 유전자은행의 127,144 ESTs로 조립된 23,932 unigene을 반영하고, 50K 칩은 약 8,500개의 추가적인 unigene과 seed BAC 염기서열에서 분석된 17,454개 CDS를 합쳐 약 50,000개의 유전자 그룹을 반영하여 제작되었다.
특히 중요한 BAC 유전자은행은 2008년까지 총 5세트를 제작하였으며, 이들의 전체 길이는 배추 유전체의 53 배에 해당한다. BAC 유전자은행 제작에는 제한효소 EcoRI, BamHI, HindIII, 그리고 Sau3AI이 사용되었다.
pekinensis cv. Chiifu-401-42를 유전체 연구 소재로 선택하였다. 프로젝트 초기에 한국 주도로 BAC (bacterial artificial chromosome) 유전자은행 제작, 핵형분석, 분자마커 개발 및 유전지도 작성 등을 시작으로 clone-by-clone 염기서열 분석전략에 따라 BAC 말단 염기서열 및 물리지도 정보를 기반으로 참여국들이 할당된 염색체별 염기서열 분석을 수행하였다 (http://www.
배추와 애기장대 유전체 구조의 유사성으로 볼 때 배추의 BES와 애기장대 유전체 서열을 비교하여 배추 유전체 해독을 위한 seed BAC을 선발하는 것은 매우 효과적인 방법이다. 따라서 91,000개의 배추 BES를 애기장대 유전체 염기서열에 BLAST 분석하여 단일 BAC 클론의 양말단 염기서열이 애기장대에서 동일선상에 500 kbp 이내의 간격에 올바른 방향으로 염기서열 유사성을 보일 경우, 이들 BAC 클론들을 선발하고 이들로부터 애기장대 서열 기준으로 최소 중첩되면서 애기장대의 유전자 지역을 대부분 커버할 수 있는 600 여개의 배추 BAC 클론을 seed BAC (염색체별 염기서열의 기준점)으로 선정하였다 (Mun et al. 2009). 비교유전체 방법으로 선정된 seed BAC은 모두 “phase 2” - (염기서열 결정 후 조립한 contig의 방향과 contig 사이의 gap을 알며 contig의 길이 합이 원래 BAC 클론의 90% 이상) - 이상 수준으로 염기서열을 분석하였고, 이 염기서열에 근거하여 SSR (simple sequence repeat) 및 IBP (intron based polymorphism) 마커들을 개발하고 유전지도에 seed BAC의 위치를 정하였다.
Seed BAC 및 물리지도와 BES 정보를 통합 제공하는 배추 유전자 영역의 contig 160 Mbp는 각 염색체별로 seed BAC 으로부터 염기서열을 신장하여 완성하는데 사용되었다. 분석된 seed BAC의 염기서열 자료는 국립농업과학원 배추 유전체 웹사이트에서 열람할 수 있다.
염기서열분석이 완료된 seed BAC 589개의 염기서열은 NCBI의 HTGS (High Throughput Genome Sequence) 데이터베이스에 등록하였다. Seed BAC 염기서열을 배추의 cDNA 염기서열로 최적화시킨 FGENESH (www.
이 때 각 BES가 < E-6 조건에서 가장 유사성이 높은 애기장대 염기서열 한 곳만 선정하도록 한 후, BAC 클론의 양쪽 BES가 애기장대의 동일 염색체에서 30-500 kbp 이내에 올바른 방향을 갖는 클론 4,647개를 선발 정리하였다 (Yang et al. 2005).

이론/모형

우리는 배추 유전체의 물리지도를 SNaPshot 방법으로 제작하였다 (Mun et al. 2008). BAC 유전자은행 3종으로부터 총 99,456개 BAC 클론을 선정하고 (배추 유전체 크기의 약 22.
1%)였다. 이들 유전자의 발현 패턴의 변화는 각각의 조건에서 RT-PCR (reverse transcriptase PCR) 방법으로 확인하였다. 이러한 비생물적 스트레스에 반응하는 유전자 중에는 56개의 전사조절인자 (transcription factors)와 60 종의 스트레스 공통 반응 유전자가 포함되어 있었다.

성능/효과

2007). BES를 배추의 ESTs 및 애기장대의 CDS (coding sequences)와 비교한 결과 BES의 약 11%가 단백질을 암호화하는 유전자 (protein-coding genes)였다. BAC 염기서열을 조사했을 때 단백질 암호화 유전자가 평균 1.
BES 서열의 분석을 통하여 배추 유전체 구조의 특징을 파악할 수 있다. BES의 BLAST 분석 결과, BES의 약 25%가 동원체 또는 동원체 주변의 반복서열인 것으로 나타났다. 또한 약 15%의 BES는 다른 전이인자 혹은 반복서열로 나타났기 때문에 염색체의 FISH 분석 결과와 종합해보면 배추의 이질염색질 영역은 약 40%이고 유전체 염기서열 분석의 실제 대상인 유전자를 함유하는 진정염색질 영역은 약 60%인 것으로 추정되었다 (Yang et al.
유전체 해독에는 clone-by-clone 방법과 WGS 방법이 각각의 장단점을 가지고 병행되어 왔는데, 우리는 (엄밀히 말해 BrGSP는 협의에 의하여) 배추 유전체의 3배수체 구조의 복잡성 때문에 시간과 비용면에서 다소 불리하지만 분석 결과의 정밀성이 훨씬 높은 clone-by-clone 유전체 해독 전략을 선택하였다. Clone-by-clone 전략은 통상적으로 평균 120 kbp 이상의 BAC 클론으로 이루어진 완성도 높은 최소중첩경로 (minimum tiling path)를 기반으로 진행되는데, 이는 유전지도와 물리지도 및 세포유전학적 분석을 종합하여 만들 수 있다.
현재까지 유전자를 포함하는 BAC 클론 100 여개와 중요 반복서열의 염색체상의 위치를 FISH 분석을 통하여 결정하였고, 이를 통해 10개 염색체의 동원체 위치, 이질염색질 (heterochromatin)의 크기와 패턴, rDNA 등 다양한 반복서열의 종류와 분포가 파악되었다. 동원체를 구성하는 반복서열이 중기 염색체 분석에서 약 30%로 측정되었고, 특히 태사기 FISH에서 동원체 주변의 이질 염색질 영역 (pericentromeric heterochromatic region)이 38.2 um로 전체의 약 10%로 측정되어 배추의 전체 이질염색질은 약 40%인 것으로 추정되었다.
2005). 따라서 clone-by-clone 전략을 통해 배추 유전체를 해독할 경우 효율성과 정확성이 높을 것으로 사료된다.
Chiifu)와 계통은 다르지만 유전체 해독 초기의 완성도 높은 배추 유전지도였기 때문에 핵형분석을 위한 마커 제공, seed BAC의 염색체 상의 위치 결정, 새로 개발된 분자마커의 추가 등 배추 유전체 연구에 중요하게 사용되었다. 따라서 우리는 장원 유전지도에 유전자 표적 (gene-targeting) 또는 SSR 마커 등 500개 이상의 PCR 기반의 STS 마커를 추가하여 장원 유전지도를 유전체 해독에 이용하기 충분하도록 보강하였다. 2007년 말까지 총 513개의 염기서열이 분석된 seed BAC 클론이 장원 유전지도 작성에 사용되었는데, 이는 1,311 cM에 905개 유전좌위 (genetic loci)를 포함한다.
배추 unigene의 유전자 ontology 분석이나 길이 분포 분석을 애기장대와 비교했을 때 특정 영역으로의 편중은 발견되지 않았다. 또한 배추의 unigene과 애기장대의 유전체 정보를 비교했을 때, 85%의 unigene이 애기장대와 일치하였는데, 이는 애기장대 유전자 전체의 약 75%에 해당하였다. 일치하는 배추 unigene들은 편중되지 않게 애기장대 염색체에 골고루 매핑되는 양상을 보였다.
BES의 BLAST 분석 결과, BES의 약 25%가 동원체 또는 동원체 주변의 반복서열인 것으로 나타났다. 또한 약 15%의 BES는 다른 전이인자 혹은 반복서열로 나타났기 때문에 염색체의 FISH 분석 결과와 종합해보면 배추의 이질염색질 영역은 약 40%이고 유전체 염기서열 분석의 실제 대상인 유전자를 함유하는 진정염색질 영역은 약 60%인 것으로 추정되었다 (Yang et al. 2005; Lim et al. 2007). BES를 배추의 ESTs 및 애기장대의 CDS (coding sequences)와 비교한 결과 BES의 약 11%가 단백질을 암호화하는 유전자 (protein-coding genes)였다.
2004)가 알려져 있다. 배추의 BAC 클론 10,204개의 말단 염기서열을 분석한 결과 약 30%의 BAC 말단 서열에서 양쪽 끝에 제한효소 HindIII 자리가 있는 176 bp의 동원체 반복서열을 발견하였다. 배추의 동원체 반복서열은 82% 염기서열 유사성을 보이는 두 종류로 구성되어 있는데, 각각 CentBr1과 CentBr2로 명명하였다.
배추의 동원체 반복서열은 82% 염기서열 유사성을 보이는 두 종류로 구성되어 있는데, 각각 CentBr1과 CentBr2로 명명하였다. 배추의 동원체 반복서열을 이용한 FISH 분석에 의하면 CentBr1은 염색체 A1, A2, A4와 A6-A10에 주로 분포하고 CentBr2는 염색체 A3와 A5에서만 분포하는 것으로 나타났다. 한편 양배추의 whole-genome shotgun (WGS) 염기서열에서도 CentBr이 발견되었는데, 이는 CentBr이 배추류 식물의 공통적인 동원체 염기서열임을 의미한다.
5 배 길이), 5종의 제한효소 (EcoRI, BamHI, XbaI, XhoI, and HaeIII)를 동시에 사용하여 절단한 후 4가지 형광색의 SNaPshot 시약으로 3'-end를 표지하여 ABI 3730xl 자동염기서열 분석장치로 제한효소별 단편의 크기를 분석하였다. 분석 결과 93%에 해당하는 총 93,689 BAC 클론의 핵산지문이 성공적으로 분석되었는데, 이중에서 이질염색질의 반복서열을 포함하는 26,221 BAC 클론의 데이터를 제외하고 contig를 제작하였다. Contig 제작에 사용된 진정염색질을 포함하는 고품질의 67,468 BAC 클론은 배추 유전체의 약 15.
2006년까지 생산된 EST 127,144개의 자료는 NCBI에 등록공개 하였다. 분석된 EST는 Cap3 및 TGICL assembly program 사용, 97%일치도를 기준으로 조립했을 때 39,095개의 단일 조합 유전자서열 (unigene)로 정리되었다. 이는 추정되는 배추 유전자 수의 약 74-87% 정도였는데, 이 중에 16,898개는 조립된 (tentative consensus sequence) 서열이었고 22,199개는 단일서열 (singleton) 이었다.
이는 다양한 TRIM elements가 배추와 애기장대의 종 분화 이후에 배추 유전체에서 증폭되었음을 의미한다. 아직 배추 유전체에서 전이인자 TRIMs의 정확한 위치는 파악하지 못했지만, 애기장대의 경우 유전자 지역인 진정염색질에서의 TRIMs 분포 양상과 배추의 ESTs (expressed sequence tags) 염기서열에서 키메라 (chimeric) 형태의 TRIM이 발견됨을 볼 때, 배추에서도 TRIM elements가 유전자 지역에 주로 분포할 것으로 추정된다. TRIMs의 이러한 분포 양상은 진화적으로 중요한 의미를 갖는데, 이들의 이동과 증폭은 배추 유전체의 재구성은 물론 프로모터나 터미네이터의 재배치를 통하여 유전자의 기능이나 발현 양상에 영향을 주었을 것으로 유추된다.
3배에 해당하는 717 Mbp 였다. 이 contig들에는 핵산지문분석한 전체 BAC 클론의 약 15%에 달하는 다수의 Q 클론 (밴드의 50% 이상이 consensus map과 일치하지 않는 클론)이 포함되어 있었으나, 3개의 특별히 큰 contig에 전체 Q 클론의 48.3% 정도가 포함되었다. 따라서 이들 3개 contig를 중복오류 (false-positive overlaps)로 제외하면 나머지 contig에 포함되는 Q 클론은 약 7.
2 배 길이인데, 그 결과 1,417개 contig를 얻었다. 이 결과를 바탕으로 contig 구조의 신뢰성을 검정하여 최종적으로 1,428개 contig를 제작하였는데, contig의 평균 길이는 512 kbp로서 전체 길이는 배추 유전체의 1.3배에 해당하는 717 Mbp 였다. 이 contig들에는 핵산지문분석한 전체 BAC 클론의 약 15%에 달하는 다수의 Q 클론 (밴드의 50% 이상이 consensus map과 일치하지 않는 클론)이 포함되어 있었으나, 3개의 특별히 큰 contig에 전체 Q 클론의 48.
이러한 동원체 및 그 주변 특이 반복서열은 진정염색질과 이질염색질의 경계를 탐색하는데 중요한 단서로 이용될 수 있다. 이 외에도 배추 BAC 말단 염기서열을 조사한 결과 약 50%에 달하는 BAC 말단 염기서열은 애기장대의 유전체 염기서열과는 유사성이 없는 것으로 분석되었다. 이러한 사실들은 배추 특이적인 서열의 증폭이 배추 유전체의 팽창에 기여하고 있으며, 그들 대부분은 이질배수체 영역의 전이인자 혹은 반복서열에 의해 일어남을 의미한다 (Lim et al.
2005). 이들 BAC 클론은 애기장대 유전자 지역 약 93 Mbp를, 즉 전체 유전체의 약 78% 또는 유전자 지역의 약 92%에 해당하는 부분을 커버하였다. 선발된 BAC 클론을 대상으로 BAC-FISH 및 BES를 이용한 STS mapping을 통하여 배추 염색체 상의 위치를 결정하면 염기서열 시작을 위한 seed BAC을 확보하게 된다.
추정된 배추의 단백질 암호화 유전자들로 공개된 데이터베이스 자료와 유사성 분석을 하였을 때 약 18%의 배추 유전자들은 기 보고된 자료와 전혀 유사성이 없었다. 이상의 결과들은 EST unigene이 보여준 결과 및 FLC 주변의 염기서열 분석 결과 (Yang et al. 2006)와 일치한다. 배추 유전체 프로젝트의 선도 그룹인 국립농업과학원은 현재 EST와 완전장 유전자 자료를 이용하여 유전체 염기서열에 자동으로 주석을 달고 유전자의 구조와 기능을 예측할 수 있는 파이프라인을 개발 중인데, 완성 후에는 배추의 염기서열과 유전자에 대한 고품질의 정보를 연구자와 개발자들에게 제공할 것이다.
2007). 전이인자 CRB는 배추류의 이배체 3종과 이질사배체 3종의 동원체에서 모두 관찰되는 주요 인자였으나, TR238과 PCRBr은 A genome인 배추에서만 특이적으로 발견되었다. 이러한 동원체 및 그 주변 특이 반복서열은 진정염색질과 이질염색질의 경계를 탐색하는데 중요한 단서로 이용될 수 있다.
2009). 추정된 배추의 단백질 암호화 유전자들로 공개된 데이터베이스 자료와 유사성 분석을 하였을 때 약 18%의 배추 유전자들은 기 보고된 자료와 전혀 유사성이 없었다. 이상의 결과들은 EST unigene이 보여준 결과 및 FLC 주변의 염기서열 분석 결과 (Yang et al.
2006). 현재까지 유전자를 포함하는 BAC 클론 100 여개와 중요 반복서열의 염색체상의 위치를 FISH 분석을 통하여 결정하였고, 이를 통해 10개 염색체의 동원체 위치, 이질염색질 (heterochromatin)의 크기와 패턴, rDNA 등 다양한 반복서열의 종류와 분포가 파악되었다. 동원체를 구성하는 반복서열이 중기 염색체 분석에서 약 30%로 측정되었고, 특히 태사기 FISH에서 동원체 주변의 이질 염색질 영역 (pericentromeric heterochromatic region)이 38.

후속연구

org). 따라서 VCS 유전지도는 장원 유전지도에서 나타날 수 있는 유전적 재조합 (recombination)이나 분리 (segregation)의 불균형을 보완하는 역할을 할 것이다. 현재 3종의 유전지도에서 공통적으로 사용된 마커들을 이용하여 통합된 유전지도를 작성하는 연구가 진행 중이다.
carinata, BBCC, 2n=34)은 이질사배체 (allotetraploid)이다. 따라서 배추 유전체 연구는 배수체에서의 유전체 구조의 진화, 유전자 기능의 분화와 발현 조절 메카니즘 등을 연구하는데 필요한 중요한 정보를 제공할 것이다.
2006). 따라서 배추는 물론 다른 배추과 작물에 대한 유전체 분석 및 비교유전체 연구가 향후 지속적으로 수행되어야 할 것이다.
이는 추정되는 염색체의 유전자 지역의 길이에 비하여 A3는 90%, A9은 85% 완성된 것으로 추정된다. 따라서 스캐폴드 사이에 남아있는 장단 길이의 gap, 동원체 주변 및 염색체 말단의 telomere 부분과 유전자 지역의 경계 부분에 대한 세밀한 분석이 추가된다면 두 염색체의 염기서열 완성도는 더 높아질 것이다.
이러한 유전지도들의 고밀도 분자마커와 유전체 염기서열은 작물의 중요한 양적/질적 형질, 예를 들어 병저항성, 개화시기, 또는 유용한 이차대사산물 생산 등과 연관된 마커의 개발은 물론 관련 유전자의 탐색과 기능연구에 크게 활용될 것으로 기대된다. 또한 배추와 애기장대를 비롯한 추가적인 배추류 유전체 염기서열의 생산과 축적은 비교유전체적 방법을 통해 관심있는 orthologous 유전자들을 쉽게 동정 분리할 수 있는 기반을 제공하여 유전자의 기능과 발현을 연구하고 농업 및 관련 산업적으로 중요한 분자마커와 형질전환체를 개발하는데 크게 기여할 것이다.
배추 유전체 염기서열의 가장 중요한 수혜자는 배추류를 포함하는 쌍떡잎 작물의 유전학, 육종학, 분자생물학은 물론 유전체학, 생물정보학을 연구하는 과학자와 개발자들이 될 것이다. 많은 수의 배추 발현유전자 수집, 완전장 cDNA 세트, 그리고 완성도 높은 유전체 염기서열은 농산업적으로 중요한 유전자들을 동정/분리하고 기능을 연구하는데 활용될 수 있다. 다수의 분자마커가 잘 배열된 고밀도 유전지도, STS 마커와 관련 염기서열 정보는 이미 중요 형질과 연관된 분자마커의 개발 및 유전지도 기반 유전자 클로닝 (map-based cloning)에 사용되고 있다.
모델 식물들의 전체 유전체 구조가 해독됨으로써 얻어진 지식과 정보들은 현재의 생물학적 지식을 수정하거나 미래의 중요한 농업적 문제들에 해답을 제공할 것으로 기대된다. 식물의 유전체 정보가 생산, 축적되는 양이 증가하면서 벼과와 콩과의 몇몇 식물간의 비교유전체 연구가 이루어졌다 (Paterson et al.
다수의 분자마커가 잘 배열된 고밀도 유전지도, STS 마커와 관련 염기서열 정보는 이미 중요 형질과 연관된 분자마커의 개발 및 유전지도 기반 유전자 클로닝 (map-based cloning)에 사용되고 있다. 배추 유전체 염기서열 정보는 양배추, 유채, 브로콜리 등 경제적으로 중요하며 다양한 배추류 작물의 비교유전체 연구 및 유전자 개발에 확대 이용될 전망이다. 예를 들어, 배추의 유전체 정보와 소재를 이용하여 양적형질 (quantitative trait loci, QTL) 분석 또는 연관 매핑 (association mapping)으로 유채에서 가치 있는 식물유래 화합물 (phytochemical) 관련 유전자를 찾았다 (Meng, Huazhung, pers.
우리는 배추의 완성된 표준 유전체 염기서열과 배추류 작물들의 유전체계를 이해하는데 필요한 정보를 조만간 제공할 예정이다. 배추 유전체 염기서열의 가장 중요한 수혜자는 배추류를 포함하는 쌍떡잎 작물의 유전학, 육종학, 분자생물학은 물론 유전체학, 생물정보학을 연구하는 과학자와 개발자들이 될 것이다. 많은 수의 배추 발현유전자 수집, 완전장 cDNA 세트, 그리고 완성도 높은 유전체 염기서열은 농산업적으로 중요한 유전자들을 동정/분리하고 기능을 연구하는데 활용될 수 있다.
2006)와 일치한다. 배추 유전체 프로젝트의 선도 그룹인 국립농업과학원은 현재 EST와 완전장 유전자 자료를 이용하여 유전체 염기서열에 자동으로 주석을 달고 유전자의 구조와 기능을 예측할 수 있는 파이프라인을 개발 중인데, 완성 후에는 배추의 염기서열과 유전자에 대한 고품질의 정보를 연구자와 개발자들에게 제공할 것이다.
TILLING 돌연변이 집단은 주로 EMS (ethylmethane sulfonate) 처리에 의하여 제작되었는데, Chiifu (한국), rapid-cycle (미국), 그리고 R-O-18 (영국) 계통이 사용되었다. 배추의 유전 및 유전체 자료는 MBGP의 TILLING을 이용한 배추 유전자 기능 연구에 귀중한 정보를 제공할 것이다.
배추의 진화과정에서 유전체 반복성 증가와 이배체화는 잉여의 유전자가 소실되는 것 외에도 다양한 돌연변이를 수용하여 새로운 기능의 유전자의 탄생, 유전자 기능의 감소 또는 융합 등을 가능하게 하여 배추 유전자의 기능 분화에 기여했을 것으로 사료되는데, 배추류 식물의 진화 중 배수체 과정의 영향에 대한 심도 있는 연구가 진행되어야 할 것이다.
한편 애기장대와 일치하지 않는 15%에 해당하는 5,747개의 unigene은 배추에 특이적인 유전자를 반영하고 있을 것으로 생각된다. 분석된 EST의 염기서열을 보완하여 총 21,409개의 완전장 (full-length) 유전자를 확보하였는데, 이러한 자료와 소재는 배추 특이의 유전자 발현과 기능 연구는 물론 다른 배추류 작물의 유전자 기능분석 연구에 기여할 것으로 전망된다.
우리는 배추의 완성된 표준 유전체 염기서열과 배추류 작물들의 유전체계를 이해하는데 필요한 정보를 조만간 제공할 예정이다. 배추 유전체 염기서열의 가장 중요한 수혜자는 배추류를 포함하는 쌍떡잎 작물의 유전학, 육종학, 분자생물학은 물론 유전체학, 생물정보학을 연구하는 과학자와 개발자들이 될 것이다.
이러한 유전지도들의 고밀도 분자마커와 유전체 염기서열은 작물의 중요한 양적/질적 형질, 예를 들어 병저항성, 개화시기, 또는 유용한 이차대사산물 생산 등과 연관된 마커의 개발은 물론 관련 유전자의 탐색과 기능연구에 크게 활용될 것으로 기대된다. 또한 배추와 애기장대를 비롯한 추가적인 배추류 유전체 염기서열의 생산과 축적은 비교유전체적 방법을 통해 관심있는 orthologous 유전자들을 쉽게 동정 분리할 수 있는 기반을 제공하여 유전자의 기능과 발현을 연구하고 농업 및 관련 산업적으로 중요한 분자마커와 형질전환체를 개발하는데 크게 기여할 것이다.
한편 유전자 지역에 위치하는 BAC 클론들을 사용한 태사기 FISH 분석에 의하면, 태사기 염색체 1 um는 약 400-500 kbp인 것으로 계산되었다. 이상의 결과는 염기서열, 분자마커, 세포유전학적 결과를 통합하는 근거가 되었고, 유전자 지역에 대한 clone-by-clone 염기서열 분석을 수행하여 대다수의 유전자 구조를 밝히는데 이정표 역할을 할 것으로 기대된다.

질의응답

핵심어	질문	논문에서 추출한 답변
	배추과 작물의 형태적 다양성은 무엇으로부터 기인된 것인가?	배추과 작물은 크고 다양한 잎과 꽃 기관의 형태적 특징을 나타낸다. 이러한 형태적 다양성은 배추과 작물의 염색체 배수성 (polyploidy)에 기인하는 유전체 수준의 변화에 근거한다 (Lukens et al. 2004).
	배추과에서 작물로서 중요한 종으로 무엇이 있는가?	배추과는 13-19개의 족 (族)으로 구분할 수 있는데, 배추족 (Brassiceae tribe)은 약 240개 종을 포함한다. 작물로서 중요한 종들은 유지작물인 유채 (B. napus)와 갓 (B. juncea), 채소작물인 배추 (B. rapa)와 양배추 (B. oleracea), 그리고 양념작물인 흑겨자 (B. nigra) 등이 있다. 배추류 식물은 현재 이용되는 것 외에도 종간 교잡 등을 통한 새로운 채소작물의 개발은 물론 산업용 오일 등 물질 생산을 위한 분자농업 (molecular farming) 기주식물로의 개발 가능성도 크다.
	야생종 배추류 식물은 어떠한 기능을 가지고 있는가?	배추류 식물은 현재 이용되는 것 외에도 종간 교잡 등을 통한 새로운 채소작물의 개발은 물론 산업용 오일 등 물질 생산을 위한 분자농업 (molecular farming) 기주식물로의 개발 가능성도 크다. 또한 야생종들은 핵 및 세포질 웅성불임, 병충 저항성, 기상 스트레스 저항성 등 농업적으로 유용한 형질을 보유하고 있는 중요한 자원이다. 따라서 배추류 식물을 지속적으로 육종 프로그램에 도입하고 활용하기 위하여 배추의 유전체에 대한 연구와 이해가 필요하다.

참고문헌 (46)

Ananiev EV, Phillips RL, Rines HW (1998) Chromosomespecific molecular organization of maize (Zea mays L.) centromeric regions. Proc Natl Acad Sci USA 95:13073-13078

상세보기
Ayele M, Haas BJ, Kumar N, Wu H, Xiao Y, Van Aken S, Utterback TR, Wortman JR, White OR, Town CD (2005) Whole genome shotgun sequencing of Brassica oleracea and its application to gene discovery and annotation in Arabidopsis. Genome Res 15:487-495

상세보기
Beilstein MA, Al-Shehbaz IA, Kellogg EA (2006) Brassicaceae phylogeny and trichome evolution. Am J Bot 93: 607-619

상세보기
Bowers JE, Chapman BA, Rong J, Paterson AH (2003) Unravelling angiosperm genome evolution by phylogenetic analysis of chromosomal duplication events. Nature 422:433-438

상세보기
Cannon SB, Sterck L, Rombauts S, Sato S, Cheung F, Gouzy J, Wang X, Mudge J, Vasdewani J, Schiex T, Spannagl M, Monaghan E, Nicholson C, Humphray SJ, Schoof H, Mayer KF, Rogers J, Quetier F, Oldroyd GE, Debelle F, Cook DR, Retzel EF, Roe BA, Town CD, Tabata S, Van de Peer Y, Young ND (2006) Legume genome evolution viewed through the Medicago truncatula and Lotus japonicus genomes. Proc Natl Acad Sci USA 103:14959-14964

상세보기
Chen M, Presting G, Barbazuk WB, Goicoechea JL, Blackmon B, Fang G, Kim H, Frisch D, Yu Y, Sun S, Higingbottom S, Phimphilai J, Phimphilai D, Thurmond S, Gaudette B, Li P, Liu J, Hatfield J, Main D, Farrar K, Henderson C, Barnett L, Costa R, Williams B, Walser S, Atkins M, Hall C, Budiman MA, Tomkins JP, Luo M, Bancroft I, Salse J, Regad F, Mohapatra T, Singh NK, Tyagi AK, Soderlund C, Dean RA, Wing RA (2002) An integrated physical and genetic map of the rice genome. Plant Cell 14:537-545

상세보기
Choi HK, Mun J-H, Kim DJ, Zhu H, Baek JM, Mudge J, Roe B, Ellis N, Doyle J, Kiss GB, Young ND, Cook DR (2004) Estimating genome conservation between crop and model legume species. Proc Natl Acad Sci USA 101:15289-15294

상세보기
Choi SR, Teakle GR, Plaha P, Kim JH, Allender CJ, Beynon E, Piao ZY, Soengas P, Han TH, King GJ, Barker GC, Hand P, Lydiate DJ, Batley J, Edwards D, Koo DH, Bang JW, Park BS, Lim YP (2007) The reference genetic linkage map for the multinational Brassica rapa genome sequencing project. Theor Appl Genet 115:777-792

상세보기
Copenhaver GP, Nickel K, Kuromori T, Benito MI, Kaul S, Lin X, Bevan M, Murphy G, Harris B, Parnell LD, Mc-Combie WR, Martienssen RA, Marra M, Preuss D (1999) Genetic definition and sequence analysis of Arabidopsis centromeres. Science 286:2468-2474

상세보기
Ding Y, Johnson MD, Chen WQ, Wong D, Chen YJ, Benson SC, Lam JY, Kim YM, Shizuya H (2001) Five-color-based high-information-content fingerprinting of bacterial artificial chromosome clones using type IIS restriction endonucleases. Genomics 74:142-154

상세보기
Economic Research Service USDA. (2008) Vegetables and melons outlook: http://www.ers.usda.gov/Publications/VGS/Tables/World.pdf
Gregory SG, Howell GR, Bentley DR (1997) Genome mapping by fluorescent fingerprinting. Genome Res 7:1162-1168

상세보기
Harrison GE, Heslop-Harrison JS (1995) Centromeric repetitive DNA sequences in the genus Brassica. Theor Appl Genet 90:157-165

상세보기
International Human Genome Sequencing Consortium (2001) A physical map of the human genome. Nature 409: 934-941

상세보기
Johnston JS, Pepper AE, Hall AE, Chen ZJ, Hodnett G, Drabek J, Lopez R, Price HJ (2005) Evolution of genome size in Brassicaceae. Ann Bot 95:229-235

상세보기
Kim JS, Chung TY, King GJ, Jin M, Yang TJ, Jin YM, Kim HI, Park BS (2006) A sequence-tagged linkage map of Brassica rapa. Genetics 174:29-39

상세보기
Koo DH, Plaha P, Lim YP, Hur Y, Bang JW (2004) A high-resolution karyotype of Brassica rapa ssp. pekinensis revealed by pachytene analysis and multicolor fluorescence in situ hybridization. Theor Appl Genet 109:1346-1352

상세보기
Kulikova O, Geurts R, Lamine M, Kim DJ, Cook DR, Leunissen J, de Jong H, Roe BA, Bisseling T(2004) Satellite repeats in the functional centromere and pericentromeric heterochromatin of Medicago truncatula. Chromosoma 113:276-283

상세보기
Kwon SJ, Kim DH, Lim MH, Long Y, Meng JL, Lim KB, Kim JA, Kim JS, Jin M, Kim HI, Ahn SN, Wessler SR, Yang TJ, Park BS (2007) Terminal repeat retrotransposon in miniature (TRIM) as DNA markers in Brassica relatives. Mol Genet Genom 278:361-370

상세보기
Lee SC, Lim MH, Kim JA, Lee SI, Kim JS, Jin M, Kwon SJ, Mun JH, Kim YK, Kim HU, Hur Y,Park BS (2008) Transcriptome analysis in Brassica rapa under the abiotic stresses using Brassica 24K oligo microarray. Mol Cells 26:595-606

상세보기
Lim KB, de Jong H, Yang TJ, Park JY, Kwon SJ, Kim JS, Lim MH, Kim JA, Jin M, Jin YM, Kim SH, Lim YP, Bang JW, Kim HI, Park BS (2005) Characterization of rDNAs and tandem repeats in the heterochromatin of Brassica rapa. Mol Cells 19:436-444

상세보기
Lim KB, Yang TJ, Hwang YJ, Kim JS, Park JY, Kwon SJ, Kim J, Choi BS, Lim MH, Jin M, Kim HI, de Jong H, Bancroft I, Lim YP, Park BS (2007) Characterization of the centromere and peri-centromere retrotransposons in Brassica rapa and their distribution in related Brassica species. Plant J 49:173-183

상세보기
Lukens LN, Quijada PA, Udall J, Pires JC, Schranz ME, Osborn TC (2004) Genome redundancy and plasticity within ancient and recent Brassica crop species. Biol J Linn Soc Lond 82:665-674

상세보기
Luo MC, Thomas C, You FM, Hsiao J, Ouyang S, Buell CR, Malandro M, McGuire PE, Anderson OD, Dvorak J (2003) High-throughput fingerprinting of bacterial artificial chromosomes using the SNaPshot labeling kit and sizing of restriction fragments by capillary electrophoresis. Genomics 82:378-389

상세보기
Lysak MA, Koch MA, Pecinka A, Schubert I (2005) Chromosome triplication found across the tribe Brassiceae. Genome Res 15:516-525

상세보기
Marra M, Kucaba T, Sekhon M, Hillier L, Martienssen R, Chinwalla A, Crockett J, Fedele J, Grover H, Gund C, McCombie WR, McDonald K, McPherson J, Mudd N, Parnell L, Schein J, Seim R, Shelby P, Waterston R, Wilson R (1999) A map for sequence analysis of the Arabidopsis thaliana genome. Nat Genet 22:265-270

상세보기
Mun J-H, Kim DJ, Choi HK, Gish J, Debelle F, Mudge J, Denny R, Endre G, Saurat O, Dudez AM, Kiss GB, Roe B, Young ND, Cook DR (2006) Distribution of microsatellites in the genome of Medicago truncatula: A resource of genetic markers that integrate genetic and physical maps. Genetics 172:2541-2555

상세보기
Mun J-H, Kwon SJ, Yang TJ, Kim HS, Choi BS, Baek S, Kim JS, Jin M, Kim JA, Lim MH, Lee SI, Kim HI, Kim H, Lim YP, Park BS (2008) The first generation of a BACbased physical map of Brassica rapa. BMC Genom 9:280

상세보기
Mun J-H, Kwon SJ, Yang TJ, Seol YJ, Jin M, Kim JA, Lim MH, Kim JS, Baek S, Choi BS, Yu HJ, Kim DS, Kim N, Lim KB, Lee SI, Hahn JH, Lim YP, Bancroft I, Park BS (2009) Genome-wide comparative analysis of the Brassica rapa gene space reveals genome shrinkage and differential loss of duplicated genes after whole genome triplication. Genome Biol 10:R111

상세보기
Nelson WM, Bharti AK, Butler E, Wei F, Fuks G, Kim H, Wing RA, Messing J, Soderlund C (2005) Whole-genome validation of high-information-content fingerprinting. Plant Physiol 139:27-38

상세보기
O'Neill CM, Bancroft I (2000) Comparative physical mapping of segments of the genome of Brassica oleracea var. alboglabra that are homoelogous to sequenced regions of chromosomes 4 and 5 of Arabidopsis thaliana. Plant J 23:233-243

상세보기
Park JY, Koo DH, Hong CP, Lee SJ, Jeon JW, Lee SH, Yun PY, Park BS, Kim HR, Bang JW, Plaha P, Bancroft I, Lim YP (2005) Physical mapping and microsynteny of Brassica rapa ssp. pekinensis genome corresponding to a 222 kbp gene-rich region of Arabidopsis chromosome 4 and partially duplicated on chromosome 5. Mol Genet Genom 274:579-588

상세보기
Paterson AH, Bowers JE, Peterson DG, Estill JC, Chapman BA (2003) Structure and evolution of cereal genomes. Curr Opin Genet Dev 13:644-650

상세보기
Quiniou SMA, Waldbieser GC, Duke MV (2007) A first generation BAC-based physical map of the channel catfish. BMC Genom 8:40

상세보기
Rana D, van den Boogaart T, O'Neill CM, Hynes L, Bent E, Macpherson L, Park JY, Lim YP, Bancroft I. (2004) Conservation of the microstructure of genome segments in Brassica napus and its diploid relatives. Plant J 40:725-33

상세보기
Schmidt R, Acarkan A, Boivin K (2001) Comparative structural genomics in the Brassicaceae family. Plant Physiol Biochem 39:253-262

상세보기
Soderlund C, Humphray S, Dunham I, French L (2000) Contigs built with fingerprints, markers, and FPC V4.7. Genome Res 11:934-941
The Arabidopsis Genome Initiative (2004) Analysis of the genome sequence of the flowering plant Arabidopsis thaliana. Nature 408:796-815

상세보기
Town CD, Cheung F, Maiti R, Crabtree J, Haas BJ, Wortman JR, Hine EE, Althoff R, Arbogast TS, Tallon LJ, Vigouroux M, Trick M, Bancroft I (2006) Comparative genomics of Brassica oleracea and Arabidopsis thaliana reveal gene loss, fragmentation, and dispersal after polyploidy. Plant Cell 18:1348-1359

상세보기
U N (1935) Genome analysis in Brassica with special reference to the experimental formation of B. napus and peculiar mode of fertilization. Jpn J Bot 7:389-452
Xu Z, Sun S, Covaleda L, Ding K, Zhang A, Wu C, Scheuring C, Zhang HB (2004) Genome physical mapping with largeinsert bacterial clones by fingerprint analysis: methodologies, source clone genome coverage, and contig map quality. Genomics 84:941-951

상세보기
Yang TJ, Kim JS, Kwon SJ, Lim KB, Choi BS, Kim JA, Jin M, Park JY, Lim MH, Kim HI, Lim YP, Kang JJ, Hong JH, Kim CB, Bhak J, Bancroft I, Park BS (2006) Sequencelevel analysis of the diploidization process in the triplicated FLOWERING LOCUS C region of Brassica rapa. Plant Cell 18:1339-1347

상세보기
Yang TJ, Kim JS, Lim KB, Kwon SJ, Kim JA, Jin M, Park JY, Lim MH, Kim HI, Kim SH, Lim YP, Park BS (2005) The Korea Brassica Genome Projects: a glimpse of the Brassica genome based on comparative genome analysis with Arabidopsis. Compar Funct Genom 6:138-146

상세보기
Yang TJ, Kwon SJ, Choi BS, Kim JS, Jin M, Lim KB, Park JY, Kim JA, Lim MH, Kim HI, Lee HJ, Lim YP, Paterson AH, Park BS (2007) Characterization of terminal-repeat retrotransposon in miniature (TRIM) in Brassica relatives. Theor Appl Genet 114:627-636

상세보기
Zhang X, Wessler SR (2004) Genome-wide comparative analysis of the transposable elements in the related species Arabidopsis thaliana and Brassica oleracea. Proc Natl Acad Sci USA 101:5589-5594

상세보기
Zhang Y, Huang Y, Zhang L, Li Y, Lu T, Lu Y, Feng Q, Zhao Q, Cheng Z, Xue Y, Wing RA, Han B (2004) Structural features of the rice chromosome 4 centromere. Nucl Acid Res 32:2023-2030

상세보기

저자의 다른 논문 :

LOADING...

표제어: PCR

동의어: Packet Collision Rate

용어 설명 출처 목록 (6)

용어 설명: PCR은 세균 특이성이 있는 primer를 이용하여 적은 수의 세균이 있을지라도 쉽게 검출할 수 있는 유용한 방법이며, 이를 이용하여 구강 내 치면세균막이나 타액에서 직접 세균을 검출할 수 있게 되었다[8].

내보내기 구분	파일저장 인쇄 메일전송
구성항목	기본정보 상세정보 관리번호, 논문명, 저널/프로시딩명, 저자 , 발행년, 권, 호, 시작페이지, 끝페이지, 발행기관 관리번호, 논문명, 대등논문명, 저자 , 저널/프로시딩명, 발행기관, 발행년, 발행언어, 권, 호, 시작페이지, 끝페이지, ISBN, ISSN, 주제분야, 키워드, 초록(한글), 초록(영문), 저자(소속기관)
저장형식	Text(ASCII format) Excel format RefWorks Direct Export RIS format (for Reference Manager, ProCite, EndNote), Scholar's Aids, Mendeley
메일정보	받는사람 (필수) @ 보내는사람 (선택) @ 제목 내용 KISTI 검색결과 이메일 서비스
안내	총 건의 자료가 검색되었습니다. 다운받으실 자료의 인덱스를 입력하세요. (1-10,000) 검색결과의 순서대로 최대 10,000건 까지 다운로드가 가능합니다. 데이타가 많을 경우 속도가 느려질 수 있습니다.(최대 2~3분 소요) 다운로드 파일은 UTF-8 형태로 저장됩니다. 파일의 내용이 제대로 보이지 않을실 때는 웹브라우저 상단의 보기 -> 인코딩 -> 자동선택 여부를 확인하십시오. ~ Text(ASCII format) Excel format

연합인증