[논문]주황해변해면(Hymeniacidon sinapium) 공생세균 군집의 계절적 차이

정종빈; 박진숙

doi:10.7845/kjm.2012.063

주황해변해면(Hymeniacidon sinapium) 공생세균 군집의 계절적 차이
Seasonal Differences of Bacterial Communities Associated with the Marine Sponge, Hymeniacidon sinapium 원문보기

Korean journal of microbiology = 미생물학회지, v.48 no.4, 2012년, pp.262 - 269

초록
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ARDRA (amplified ribosomal DNA restriction analysis) 방법을 이용하여 주황해변해면(Hymeniacidon sinapium)의 배양 가능한 공생세균 군집에 대하여 봄과 여름의 계절에 따른 차이를 분석하였다. 공생세균의 배양은 변형된 Zobell 배지와 MA 배지를 사용하였다. 분리된 균주의 16S rDNA를 증폭하고 제한효소 HaeIII와 MspI을 이용하여 제한효소 type을 구별하였다. 그 결과 봄 해면인 경우 23개, 여름인 경우 28개의 ARDRA type을 구별할 수 있었다. 각 type 별로 1-3개의 분리균주를 선별하여 부분 염기서열 분석 결과, 알려진 세균 종과 94% 이상의 유사도를 나타내었다. 봄 해면으로부터 분리된 세균들은 Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria, 4개의 문(phylum)에 속하였으며 여름 해면의 공생세균은 Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes, 5개의 문에 포함되었다. Gammaproteobacteria는 봄 해면에서 33.8%, 여름 해면에서 67.4%가 각각 관찰되어 두 계절에서 우점 하는 세균그룹으로 나타났으며 여름철에 증가하는 경향을 나타내었다. Firmicutes와 Actinobacteria의 경우 봄 해면에서 각각30.2%, 8.3%로 관찰된 반면 여름해면에서는 6.9%, 0%로 관찰되어 여름철에 감소하는 세균 그룹이었다. Betaproteobacteria(4.7%)와 Bacteroidetes (4.7%)는 여름 해면에서만 관찰되었다. H. sinapium 해면에서 봄철에 비해 여름철에 더 다양한 세균그룹을 발견할 수 있었으며 동일한 해면 종일지라도 계절에 따라 공생세균 군집에 차이를 나타냄을 알 수 있었다.

Abstract ▼ AI-Helper

Seasonal differences of the cultivable bacterial communities associated with the marine sponge, Hymeniacidon sinapium, between spring and summer were analyzed through the Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis (ARDRA). For the cultivation of the bacterial isolates, modified Zobell and MA media were used. The 16S rDNA of individual strains were amplified and fragmented by using two restriction enzymes, HaeIII and MspI. As a result, 23 ARDRA types from the spring sponge and 28 types from the summer sponge were obtained. The partial sequencing result of 1 to 3 selected strains from each types showed over 94% similarities with the known species from the public database. The bacterial communities from the sponge, captured on spring, contained 4 phyla: Actinobacteria, Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, and Firmicutes. There were 5 phyla observed from the bacterial communities associated with the sponge, captured on summer: Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Firmicutes, and Bacteroidetes. Gammaproteobacteria was predominant group in both spring and summer, accounted for 33.8% of total in spring and 67.4% in summer, showed increase pattern on summer. Because Firmicutes and Actinobacteria participated in 30.2% and 8.3% of the spring sponge while they represented only 6.9% and 0% of the summer sponge, both bacterial groups showed decrease drift on summer. Betaproteobacteria (4.7%) and Bacteroidetes (4.7%) were only observed on the sponge captured on summer. On the sponge, Hymeniacidon sinapium, more diverse bacterial communities were shown on summer than on spring, and even from the same sponge, there were seasonal differences.

주제어

AI 본문요약
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문제 정의

본 연구에서는 공생 세균 군집에 있어 계절에 따른 변화를 파악하고자 서해안의 충남 태안군 청포대로부터 봄철과 여름철에 각각 H. sinapium을 채집하여 배양 가능한(cultivable) 종속영양 세균의 공생세균 군집구조를 16S rDNA-ARDRA (Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis) 방법에 의해 분석하였다.
, 2012). 본 연구에서는 조간대에 서식하는 Hymeniacidon sinapium (주황해면해면)을 대상으로 서식지의 환경 변화가 공생세균군집의 변화에 영향을 끼치는지 파악하고자 하였다.

제안 방법

, 2007)로 neighbor-joining 방법을 이용하여 각각의 계통수를 작성하였다. 1,000회 반복 bootstrap 분석에 의해 계통수의 견고성을 확인하였다.
16S rDNA-ARDRA fingerprinting type에 따라 각각의 type별로 1–3개의 분리 균주들을 선택하여 봄 해면에서 26균주, 여름 해면에서 43균주, 총 69균주의 부분 염기 서열(500 bp 이상)을 분석하였다.
ARDRA 분석에 의해 봄 해면의 23개의 type, 여름 해면의 28개의 type으로 나뉜, H. sinapium 해면으로부터 분리된 세균들에 대하여 각 ARDRA type 별로 1–3개의 분리 균주를 선별하여 부분 염기서열을 분석하였다.
ARDRA(amplified ribosomal DNA restriction analysis)방법을 이용하여 주황해변해면(Hymeniacidon sinapium)의 배양 가능한 공생세균 군집에 대하여 봄과 여름의 계절에 따른 차이를 분석하였다. 공생세균의 배양은 변형된 Zobell 배지와 MA 배지를 사용하였다.
PCR 반응은 100ng의 주형 DNA와 5U e-Taq polymerase(Solgent, Korea), 10 mM dNTP, 10× e-Taq buffer, 10 pmol primer를 최종 반응량이 50 μl가 되도록 혼합하여 수행하였다. GeneAmp PCR system 2700 thermal cycler (Applied Biosystems, Version 2.0, USA)를 이용하여 94℃에서 5분간 초기 변성시킨후, 94℃에서 40초간 변성, 55℃에서 40초간 냉각, 72℃에서 1분간 신장, 이 과정을 30 cycle 반복 수행한 후 최종적으로 72℃에서 10분간 신장시켰다. 증폭된 DNA의 확인을 위해서 PCR 반응액 3 μl를 취하여 1% agarose gel (Bio-Rad, USA)을 이용하여 Mupid-ex (ADVANCE, Japan)로 100V, 25분간 1×TAE buffer (40 mM Tris-acetate, 1 mM EDTA, pH 8.
PCR 반응은 100ng의 주형 DNA와 5U e-Taq polymerase(Solgent, Korea), 10 mM dNTP, 10× e-Taq buffer, 10 pmol primer를 최종 반응량이 50 μl가 되도록 혼합하여 수행하였다.
각각 10-4까지 순차 희석한 후 변형된 ZoBell 배지(peptone 5 g, yeast extract 1 g, FePO44H2O 0.01g, NaCl 23.6 g, MgSO47H2O 5.94 g, MgCl26H2O 4.53g, CaCl2 1.3g, KCl 0.64g, agar 15g, DW 1 L, pH 7.2)와 MA 배지(marine agar 2216, Difco, USA)에 100 μl씩 도말하여 26℃에서 7일간 배양하였다.
결정된 16S rRNA 유전자의 염기서열은 GenBank (http://ncbi.nlm.nih.gov)에 등록하고(accession no.: KC416027–KC416095), 기 등록된 염기서열을 대상으로 Blast search를 수행하였다.
sinapium은 우리나라의 서해안과 제주도 지역의 조간대에 흔히 분포하는 해면 종으로 사계절이 존재하는 우리나라의 경우 좀 더 심한 계절적 변화에 노출되어 있다고 할 수 있다. 따라서 공생세균 군집의 계절적 변화가 일어나는지를 알아보기 위하여 우리나라 사계절 중 비교적 환경 변화의 폭이 작다고 생각되는 봄철과 여름철에 해면을 채집하여 공생세균 다양성을 비교하였다.
반응물은 3% agarose gel을 사용하여 1× TAE buffer로 100 V, 30분간 전기 영동한 후 EtBr로 염색하여 Gel Logic 200을 이용하여 UV하에서 관찰하여 각 균주의 밴드유형을 확인하였다.
2)와 MA 배지(marine agar 2216, Difco, USA)에 100 μl씩 도말하여 26℃에서 7일간 배양하였다. 봄과 여름에 각각 채집된 해면으로부터 봄 해면에서 160개, 여름 해면에서 121개의 세균 균주를 각각 분리하고 분리된 균주들의 순수 분리를 위하여 동일한 배지에서 계대 배양하여 단일 콜로니를 얻었다.
공생세균의 배양은 변형된 Zobell 배지와 MA 배지를 사용하였다. 분리된 균주의 16S rDNA를 증폭하고 제한 효소 HaeIII와 MspI을 이용하여 제한효소 type을 구별하였다. 그 결과 봄 해면인 경우 23개, 여름인 경우 28개의 ARDRA type을구별할 수 있었다.
봄 해면의 경우 26균주, 여름 해면의 경우 43개의 균주에 대하여 염기서열을 분석하였으며 염기서 열이 분석된 총 69개의 분리 균주는 모두 기존에 보고된 세균 종과 94% 이상의 유사도를 나타내었다(Tables 1 and 2). 염기서열이 분석된 균주들의 동정 결과와 이들의 ARDRA type을 근거로 하여 처음 ARDRA 분석에 쓰여 졌던 281개의 균주들을 분석하고 이들의 분석 결과에 근거하여 군집의 차이를 분석하고 계통수를 작성하였다(Fig. 3).
염색체 DNA는 분리된 세균 균주의 각 콜로니로부터 gDNA Isolation kit (Qiagen, Germany)를 사용하여 분리하였으며 분리된 DNA는 PCR 반응의 주형으로 사용하였다. 16S rDNA의 증폭에는 27f (AGA GTT TGA TCC TGG CTC AG)와 1492r(TAC GGY TAC CTT GTT ACG AC)의 primer 쌍을 사용하였다.
0)에서 전기영동 하였다. 전기영동 후, EtBr (ethidium bromide, 50 ng/ml)에 10분간 염색하여 Gel Logic 200 (Kodak, USA)을 이용하여 UV하에서 약 1.5kb 단편을 확인하였다.
증폭된 DNA의 확인을 위해서 PCR 반응액 3 μl를 취하여 1% agarose gel (Bio-Rad, USA)을 이용하여 Mupid-ex (ADVANCE, Japan)로 100V, 25분간 1×TAE buffer (40 mM Tris-acetate, 1 mM EDTA, pH 8.0)에서 전기영동 하였다.
16S rDNA-ARDRA fingerprinting type에 따라 각각의 type별로 1–3개의 분리 균주들을 선택하여 봄 해면에서 26균주, 여름 해면에서 43균주, 총 69균주의 부분 염기 서열(500 bp 이상)을 분석하였다. 증폭된 PCR 산물은 Wizard SV Gel and PCR Clean-Up System(Promega, USA)을 이용하여 정제한 후 염기서열 분석(Macrogen, Korea)을 의뢰하였다. 결정된 16S rRNA 유전자의 염기서열은 GenBank (http://ncbi.
해면 H. sinapium의 계절에 따른 배양 가능한 공생세균 군집 구조의 변화를 관찰하기 위하여 각각 봄과 여름에 채집된 H.sinapium으로부터 배양 가능한 균주를 봄 해면과 여름 해면에서 총 281균주를 분리하여 16S rDNA의 ARDRA 분석을 수행하였다. 두 종의 제한 효소를 사용하여 16S rDNA-ARDRA 분석을 수행한 결과, 봄 해면의 160개 분리 균주에서 23개의 ARDRA type이 구분되었으며(Table 1), 여름 해면의 121개 분리 균주에서 28개의 서로 다른 ARDRA type이 구분되었다(Table 2).

대상 데이터

염색체 DNA는 분리된 세균 균주의 각 콜로니로부터 gDNA Isolation kit (Qiagen, Germany)를 사용하여 분리하였으며 분리된 DNA는 PCR 반응의 주형으로 사용하였다. 16S rDNA의 증폭에는 27f (AGA GTT TGA TCC TGG CTC AG)와 1492r(TAC GGY TAC CTT GTT ACG AC)의 primer 쌍을 사용하였다. PCR 반응은 100ng의 주형 DNA와 5U e-Taq polymerase(Solgent, Korea), 10 mM dNTP, 10× e-Taq buffer, 10 pmol primer를 최종 반응량이 50 μl가 되도록 혼합하여 수행하였다.
ARDRA 분석을 위해 2종의 제한효소 Fast Digest HaeIII (Thermo Scientific, Lithuania)와 Fast Digest MspI (Thermo Scientific, Lithuania)을 사용하였다. PCR 산물에 각각의 제한 효소를 첨가하여 37℃에서 5분간 반응시켰다.
ARDRA(amplified ribosomal DNA restriction analysis)방법을 이용하여 주황해변해면(Hymeniacidon sinapium)의 배양 가능한 공생세균 군집에 대하여 봄과 여름의 계절에 따른 차이를 분석하였다. 공생세균의 배양은 변형된 Zobell 배지와 MA 배지를 사용하였다. 분리된 균주의 16S rDNA를 증폭하고 제한 효소 HaeIII와 MspI을 이용하여 제한효소 type을 구별하였다.
sinapium에 공생하는 세균 군집의 계절적 변화를 조사하기 위하여 2011년 4월 9일(봄)과, 8월 2일(여름)에 각각 충남 태안군 남면 원청리 청포대의 조간대에서 멸균된 끌을 이용하여 해면을 채집하였다. 채집한 해면은 멸균된 인공해수(ASW)로 3회 세척 후 4℃에서 운반하여 12시간 이내에 실험에 사용하였다. 봄철과 여름철의 채집장소는 동일지역으로 각각의 GPS는 36° 38.
해양 해면 H. sinapium에 공생하는 세균 군집의 계절적 변화를 조사하기 위하여 2011년 4월 9일(봄)과, 8월 2일(여름)에 각각 충남 태안군 남면 원청리 청포대의 조간대에서 멸균된 끌을 이용하여 해면을 채집하였다. 채집한 해면은 멸균된 인공해수(ASW)로 3회 세척 후 4℃에서 운반하여 12시간 이내에 실험에 사용하였다.

이론/모형

ARDRA type의패턴 분석을 위해 FPQuest TM (Bio-Rad, Belgium)software를 이용하였다.
: KC416027–KC416095), 기 등록된 염기서열을 대상으로 Blast search를 수행하였다. 각 염기서열의 alignment는 CLUSTAL W(Thomson et al., 1994)를 이용하여 정렬하였고 Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0 (Tamura et al., 2007)로 neighbor-joining 방법을 이용하여 각각의 계통수를 작성하였다. 1,000회 반복 bootstrap 분석에 의해 계통수의 견고성을 확인하였다.

성능/효과

봄 해면으로부터 분리된 세균들은 Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria, 4개의 문(phylum)에 속하였으며 여름 해면의 공생세균은 Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes, 5개의 문에 포함되었다. Gammaproteobacteria는 봄 해면에서 33.8%, 여름 해면에서 67.4%가 각각 관찰되어 두 계절에서 우점하는 세균그룹으로 나타났으며 여름철에 증가하는 경향을 나타내었다. Firmicutes와 Actinobacteria의 경우 봄 해면에서 각각 30.
두 계절의 해면으로부터 분리된, 배양 가능한 공생세균은 모두 Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, 6개의 문(phylum)에 포함되었다. Gammaproteobacteria는 봄에 33.8%, 여름에 67.4%가 관찰되어 H. sinapium 해면에 있어 두 계절에서 모두에서 우점하는 세균군집이었다(Table 3). 특히, Gammaproteobacteria에서 봄의 경우 Microbulbifer가 우점종인 반면 여름에는 Vibrio 종이 우점하였다(Tables 1 and 2).
4%를 점유하는 것으로 나타나 두 계절에서 가장 우점하는 세균그룹이었으며 이 세균 그룹은 여름철에 증가하는 경향을 나타내었다. Gammaproteobacteria의 종(species)구성은 봄에는 Microbulbifer 종이 우점하며 Vibrio 종이 소수를 차지하는 반면 여름철에는 Vibrio 종이 매우 증가하는 경향을 나타내었고 Vibrio에 이어 Shewanella와 Photobacterium이 우점종을 구성하였다(Tables 1 and 2). Alphaproteobacteria의 종 구성에 있어서는 봄과 여름 모두 Ruegeria 종이 우점하였으며 이 세균 종은 해양 환경에 흔히 분포하는 것으로 알려져 있다(Buchan et al.
7%)는 여름 해면에서만 관찰되었다. H. sinapium 해면에서 봄철에 비해 여름철에 더 다양한 세균그룹을 발견할 수 있었으며 동일한 해면 종일지라도 계절에 따라 공생세균 군집에 차이를 나타냄을 알 수 있었다.
HaeIII와 MspI, 2종의 제한 효소에 의한 ARDRA type 별로 1–3개씩 중복하여 16S rDNA의 부분 염기서열(500 bp 이상)을 분석한 결과, 봄 해면의 23개의 ARDRA type은 16S rDNA 염기 서열 상동성 96% 이상에서 15개 종으로 나타났으며(Tables 1 and 3), 여름 해면에서 나타난 28개의 ARDRA type은 16S rDNA 염기서열 상동성 94% 이상에서 21종의 공생세균으로 동정되었다(Tables 2 and 3). H.sinapium의 공생세균의 군집구조에 있어 봄에 비해 여름의 해면에서 좀 더 다양한 ARDRA type과 세균 종을 나타냄을 알 수 있었다. 봄 해면의 공생세균은 Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Actinobacteria, Firmicutes 4개의 문에 속하였으며, 여름 해면의 공생세균은 Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, 5개의 문(phylum)에 포함되어 문(phylum)수준에서 봄과 여름의 해면의 공생세균 군집 구성에 있어 차이를 나타내었다(Table 3 and Fig.
HaeIII와 MspI, 2종의 제한 효소에 의한 ARDRA type 별로 1–3개씩 중복하여 16S rDNA의 부분 염기서열(500 bp 이상)을 분석한 결과, 봄 해면의 23개의 ARDRA type은 16S rDNA 염기 서열 상동성 96% 이상에서 15개 종으로 나타났으며(Tables 1 and 3), 여름 해면에서 나타난 28개의 ARDRA type은 16S rDNA 염기서열 상동성 94% 이상에서 21종의 공생세균으로 동정되었다(Tables 2 and 3).
각 type 별로 1–3개의 분리균주를 선별하여 부분 염기서열 분석 결과, 알려진 세균 종과 94% 이상의 유사도를 나타내었다.
, 2005). 두 계절에 공통으로 나타난 종은 Ruegeria lacuscaerulensis 뿐으로 매우 적은 수의 공통 세균 종의 분포를 나타내었다(Tables 1 and 2). 이는 배양법의 한계를 감안하더라도 종 수준에서 세균 종의 분포가 계절적인 변동을 나타내는 것으로 볼 수 있다.
두 계절의 해면으로부터 분리된, 배양 가능한 공생세균은 모두 Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, 6개의 문(phylum)에 포함되었다. Gammaproteobacteria는 봄에 33.
sinapium으로부터 배양 가능한 균주를 봄 해면과 여름 해면에서 총 281균주를 분리하여 16S rDNA의 ARDRA 분석을 수행하였다. 두 종의 제한 효소를 사용하여 16S rDNA-ARDRA 분석을 수행한 결과, 봄 해면의 160개 분리 균주에서 23개의 ARDRA type이 구분되었으며(Table 1), 여름 해면의 121개 분리 균주에서 28개의 서로 다른 ARDRA type이 구분되었다(Table 2). Table 1과 2에서는 대표 균주들의 ARDRA type 만을 표시하였다.
9%로 관찰되어 감소하는 경향을 나타내었다. 또한 Actinobacteria는 봄철에만 관찰되어(8.3%), 그람양성의 세균 문(phylum)인 Firmicutes와 Actinobacteria는 여름보다 봄철에 우세한 것으로 나타났다(Table 3 and Fig. 4). 이 세균 그룹들은 환경 변화에 비교적 내성이 강한 것으로 알려진 포자 형성 세균을 포함하는 그람양성 세균 문으로 겨울의 낮은 온도와 비교적 높아진 염도를 견뎌낸 봄철 해면에 있어, 환경 변화에 기인한 공생세균 군집 구성의 변동을 반영한 것으로 생각된다.
각 type 별로 1–3개의 분리균주를 선별하여 부분 염기서열 분석 결과, 알려진 세균 종과 94% 이상의 유사도를 나타내었다. 봄 해면으로부터 분리된 세균들은 Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria, 4개의 문(phylum)에 속하였으며 여름 해면의 공생세균은 Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes, 5개의 문에 포함되었다. Gammaproteobacteria는 봄 해면에서 33.
sinapium 해면으로부터 분리된 세균들에 대하여 각 ARDRA type 별로 1–3개의 분리 균주를 선별하여 부분 염기서열을 분석하였다. 봄 해면의 경우 26균주, 여름 해면의 경우 43개의 균주에 대하여 염기서열을 분석하였으며 염기서 열이 분석된 총 69개의 분리 균주는 모두 기존에 보고된 세균 종과 94% 이상의 유사도를 나타내었다(Tables 1 and 2). 염기서열이 분석된 균주들의 동정 결과와 이들의 ARDRA type을 근거로 하여 처음 ARDRA 분석에 쓰여 졌던 281개의 균주들을 분석하고 이들의 분석 결과에 근거하여 군집의 차이를 분석하고 계통수를 작성하였다(Fig.
sinapium의 공생세균의 군집구조에 있어 봄에 비해 여름의 해면에서 좀 더 다양한 ARDRA type과 세균 종을 나타냄을 알 수 있었다. 봄 해면의 공생세균은 Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Actinobacteria, Firmicutes 4개의 문에 속하였으며, 여름 해면의 공생세균은 Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, 5개의 문(phylum)에 포함되어 문(phylum)수준에서 봄과 여름의 해면의 공생세균 군집 구성에 있어 차이를 나타내었다(Table 3 and Fig. 4). Alphaproteobacteria 와 Gammaproteobacteria는 두 계절에 걸쳐 공통적으로 우점하는 세균 그룹이었으며 이는 배양 가능한 공생세균 군집 중 일반적으로 다양한 해면으로부터 높은 빈도로 발견되는 배양 가능한 공생세균 그룹이라는 이전의 보고들과 일치하는 결과이다(Li et al.
1), 총 23개의 서로 다른 ARDRA type으로 구분되었다. 여름 해면의 경우 MspI(Table 2의 아라비아 숫자)에 의해 15개의 type, HaeIII(Table 2의 알파벳)에 의해 22개의 type을 얻었으며, 이를 근거로 분석한 결과(Fig. 2), 총 28 개의 서로 다른 ARDRA type을 얻을 수 있었다.
요약하여 본 연구 결과에서 H. sinapium 해면의 공생세균 군집에 있어 계절에 따른 차이가 나타남을 알 수 있었다. 이는 중국의 황해(Yellow Sea)로부터 H.
, 2009b). 이번 연구를 통해 처음으로 해면과 같은 해양환경에서도 발견됨을 알 수 있었다.
, 2008; Cho and Park, 2009). 특히 Gammaproteobacteria는 H. sinapium의 세균의 군집구조에 있어 봄의 경우 33.8%, 여름의 경우 67.4%를 점유하는 것으로 나타나 두 계절에서 가장 우점하는 세균그룹이었으며 이 세균 그룹은 여름철에 증가하는 경향을 나타내었다. Gammaproteobacteria의 종(species)구성은 봄에는 Microbulbifer 종이 우점하며 Vibrio 종이 소수를 차지하는 반면 여름철에는 Vibrio 종이 매우 증가하는 경향을 나타내었고 Vibrio에 이어 Shewanella와 Photobacterium이 우점종을 구성하였다(Tables 1 and 2).

후속연구

, 2012) 이에 따른 대사적 특징의 변화가 예측되므로 해면의 대사와 밀접한 관계를 갖는 해면공생세균의 군집구조는 변동될 것으로 예측할 수 있다. 그러나 환경 변화에 따른 공생세균 군집의 변화에 관한 연구는 아직 몇몇 보고에 불과하여 지금까지는 일관된 결과를 얻을 수 없으며 연구들에 사용한 분자적 방법(DGGE, T-RFLP, culture-based ARDRA)의 한계를 고려할 때 해면 특이적 혹은 비특이적 공생세균 군집의 파악과 더불어 pyrosequencing 등 high-throughput method를 이용한 연구가 더욱 필요할 것으로 사료된다.
그러나 해면공생세균의 군집구조 연구에서 주변 해수에 존재하는 세균 군집은 사실상 배제하기 어려우므로 주변 해수의 세균 군집구조의 변화가 반영되었을 가능성을 고려해야 할 것이다. 또한 배양법에 의한 경우, 배지의 조성에 따른 영향이 크며(Park et al., 2002)다양성이 상당히 저평가된다는 점을 고려할 때(Jackson et al., 2012) 본 연구 결과에서 검출되지 않은 세균은 모든 경우에 있어 존재하지 않는 것이 아니라 군집구조 내의 비율이 적거나 배양조건에 제한되었을 가능성을 감안하여 평가해야 할 것이다. 해면은 환경변화에 대항하여 모양이나 내부 구조를 변화시키는 경우도 있어(Cao et al.

질의응답

핵심어	질문	논문에서 추출한 답변
	Bacteriosponges 혹은 high-microbial abundance (HMA) sponges라 불리는 해면의 특징은 무엇인가?	, 2012) 해양 및 담수에 서식하는 저서 무척추 동물 (sessile benthic invertebrate)로 여과섭식을 통하여 미생물을 먹이원으로 하거나 혹은 미생물의 미소서식지(micro-habitat)로 기능하면서 오랜 진화과정을 거쳐 미생물과 공생관계를 형성하고 있다. Bacteriosponges 혹은 high-microbial abundance (HMA) sponges라 불리는 해면은 공생 미생물이 해면 생체량의 40%에이르기도 하며, 해면에 공생하는 세균, 고세균, 시안세균, 녹조류, 홍조류, 규조류 등의 다양한 미생물 중 특히 세균은 해면에서 가장 많은 부분을 차지하며, 26문(plyum)에 이르는 매우 다양한 종들이 존재하는 것으로 알려져 있다(Cho and Park, 2009; Jackson et al., 2012).
	해면이란 무엇인가?	해면(Porifera)은 진화적으로 가장 오래된 중생동물(metazoan) 로 50만 년전 캠브리아기로 부터 기원한 것으로 알려져 있으며 (White et al., 2012) 해양 및 담수에 서식하는 저서 무척추 동물 (sessile benthic invertebrate)로 여과섭식을 통하여 미생물을 먹이원으로 하거나 혹은 미생물의 미소서식지(micro-habitat)로 기능하면서 오랜 진화과정을 거쳐 미생물과 공생관계를 형성하고 있다. Bacteriosponges 혹은 high-microbial abundance (HMA) sponges라 불리는 해면은 공생 미생물이 해면 생체량의 40%에이르기도 하며, 해면에 공생하는 세균, 고세균, 시안세균, 녹조류, 홍조류, 규조류 등의 다양한 미생물 중 특히 세균은 해면에서 가장 많은 부분을 차지하며, 26문(plyum)에 이르는 매우 다양한 종들이 존재하는 것으로 알려져 있다(Cho and Park, 2009; Jackson et al.
	H.sinapium으로부터 배양 가능한 균주를 봄 해면과 여름 해면에서 총 281균주를 분리하고 두 종의 제한 효소를 사용하여 16S rDNA-ARDRA 분석을 수행한 결과, 몇 개의 ARDRA type이 구분되었는가?	sinapium으로부터 배양 가능한 균주를 봄 해면과 여름 해면에서총 281균주를 분리하여 16S rDNA의 ARDRA 분석을 수행하였다. 두 종의 제한 효소를 사용하여 16S rDNA-ARDRA 분석을 수행한 결과, 봄 해면의 160개 분리 균주에서 23개의 ARDRA type이 구분되었으며(Table 1), 여름 해면의 121개 분리 균주에서 28개의 서로 다른 ARDRA type이 구분되었다(Table 2). Table 1과 2에서는 대표 균주들의 ARDRA type 만을 표시하였다.

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표제어: PCR

동의어: Packet Collision Rate

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용어 설명: PCR은 세균 특이성이 있는 primer를 이용하여 적은 수의 세균이 있을지라도 쉽게 검출할 수 있는 유용한 방법이며, 이를 이용하여 구강 내 치면세균막이나 타액에서 직접 세균을 검출할 수 있게 되었다[8].

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