[논문]하수처리장에서의 암모니아 전환 미생물군의 생태학적 연구

박홍근; 김영모; 이재우; 김성표

doi:10.11001/jksww.2012.26.3.399

하수처리장에서의 암모니아 전환 미생물군의 생태학적 연구
Microbial ecology of the anaerobic and aerobic ammonia-oxidizers in full-scale wastewater treatment systems 원문보기

上下水道學會誌 = Journal of Korean Society of Water and Wastewater, v.26 no.3, 2012년, pp.399 - 408

박홍근 (콜럼비아대학교 지구환경공학과) , 김영모 (콜럼비아대학교 지구환경공학과) , 이재우 (고려대학교 환경시스템공학과) , 김성표 (고려대학교 환경시스템공학과)

Abstract ▼ AI-Helper

The overall goal of this study was to characterize and quantify ammonia-oxidizing bacteria (AOB) in four different full-scale sequence batch reactor (SBR) wastewater treatment plants. Also, this study focused on assessing the occurrence of the alternative ammonia-oxidizing microbes such as anammox (anaerobic ammonia oxidation) bacteria (AMX) and ammonia-oxidizing archaea (AOA) in these systems. Based on total AOB numbers and the estimated cell density in the mixed liquor samples, AOB constituted 0.3 - 1.8% of the total bacterial population in the four WWTPs. Based on clone library, Nitrosomonas ureae-like AOB were dominant in plant A and B, while plant C and D had Nitrosomonas nitrosa-like AOB as major AOB group. The four different AMX primer sets targeting AMX 16S rRNA gene produced PCR amplicons distantly related to Chlamydia and Planctomycetales group bacteria. However, it was not clear these groups of bacteria perform anammox reaction in the SBR plants. Also, molecular evidence of AOA was found in one of the SBR plants, with a sequence located in the deep branch of the sediment creanarchaeota group.

주제어

AI 본문요약
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문제 정의

본 연구는 하수처리장 활성슬러지 내의 암모니아 전환 미생물들의 존재 여부확인과 분류에 관한 연구를 수행하여 추후 각각 미생물들의 정량분석에 대한 기반을 마련하고자 하는 것을 목표로 하였다. 이를 위해, 본 연구에서는 4개의 실규모 연속회분식 하수처리장에서의 AOB, AOA 그리고 AMX 의 다양성에 관한 연구를 각각 amoA와 16S rRNA gene을 통하여 수행하였고, 유전자 증폭을 통하여 AOB의 정량분석을 실시하여 이를 이용한 각 하수처리장의 비질산화율을 도출하였으며 AOB 다양성과 하수처리장 운전인자와의 상관관계를 규명하고자 하였다.
하였다. 이를 위해, 본 연구에서는 4개의 실규모 연속회분식 하수처리장에서의 AOB, AOA 그리고 AMX 의 다양성에 관한 연구를 각각 amoA와 16S rRNA gene을 통하여 수행하였고, 유전자 증폭을 통하여 AOB의 정량분석을 실시하여 이를 이용한 각 하수처리장의 비질산화율을 도출하였으며 AOB 다양성과 하수처리장 운전인자와의 상관관계를 규명하고자 하였다.

가설 설정

각 하수처리장의 AOB정량과 비질산화율 계산을 위해 한 AOB 내에 평균 1.3개의 genome이 존재하고 있다고 가정하였으며(Hermans-son and Lindgren, 2001), Nitrosomonas sp.는 2개의 amoA operon/genome을 갖고 있고 Nitrosospira sp.
는 2개의 amoA operon/genome을 갖고 있고 Nitrosospira sp. 는 3개의 operon/genome 을 갖고 있다고 가정하였다 (Jeanette et al. 2002). 또한, 클론 라이브러리 결과를 바탕으로하여 unknown AOB는 모두 N.
0으로 나타났다 [식1]. 박테리아의 평균 세포밀도는2.2X10¹¹ cells/g (Harms et al. , 2003) 또한 active biomass (VSSa)는 총 VSS의 36% 에 해당한다는 (Wentzel et al. 1998) 가정하에 X_TOT쇼L을 계산하였다 [식2].

제안 방법

, 2005). AMX 검출을 위해서는 4개의 primer set를 이용하여 부분적인 AMX의 16S rRNA gene을 증폭하고자 하였다. Forward primer (Planc-0046F)는 모든 Planctomy- cetales를 타겟으로 하고 있으며, 각기 다른 네 개의reverse primers(Amx-0368R; all AMX, Amx-820R; Candidatus Brocadia, BS- 820R 와Scabr-1114R; Candidatus Scalin- dua.
AOB 개체 정량 분석을 위해 4개의 각기 다른 처리장으로부터 얻은 시료를 가지고 amoA 을 대상으로 real-time PCR을 수행하였다 Fig. 1. 처리장 C가 가장 많은 Total AOB를 가지고 있었으며 처리장 A의N.
AMX 검출을 위해서는 4개의 primer set를 이용하여 부분적인 AMX의 16S rRNA gene을 증폭하고자 하였다. Forward primer (Planc-0046F)는 모든 Planctomy- cetales를 타겟으로 하고 있으며, 각기 다른 네 개의reverse primers(Amx-0368R; all AMX, Amx-820R; Candidatus Brocadia, BS- 820R 와Scabr-1114R; Candidatus Scalin- dua.)를 사용하여 개별적인 PCR 증폭이 시행되었다. PCR mixture 는 AOB amoA PCR과 같았으며 증폭조건은 참고문헌을 따라 실시하였다 (Schmid et al.
각 처리장에서 채취한 슬러지는 원심분리기로 원심분리 한 후 상등액을 제거하여 얻은 시료(슬러지)를 즉시 PowerSoil DNA isolation kit (MO BIO Laboratories, Inc., CA, USA)을 이용하여 DNA를 추출하였다. 추출된 DNA정량 및 정성분석은 전기영동과 발색법을 사용하여 실시하였다.
서로 다른 공정 인자로 운영되는 네 개의 실규모 연속회분식 하수처리장을 대상으로 16S rRNA gene 기반으로 PCR을 수행하여 세 종류의 암모니아 전환미생물(AOB, AMX, AOA)의 군집구조와 염기서열을 분석하였고 서로 다른 세 종의 AOB를 정량화하였다. 그 결과, 우점 AOB는 N.
그러나, 오직。처리장 에서만 예상 PCR base pair length인 635bp의 product가 뚜렷이 확인되었다. 이에 band isolation을 실시하여 클로닝과 염기서열분석을 진행하였다. Fig.
Real-time PCR을 위한 standard DNA는 Nitrosomonas europaea (ATCC 19718), Nitrosospira multiformis (ATCC 25196), 그리고 정수처리장에서 채취한 Nitrosomonas oligotropha를 용하여 plasmid DNA로 제조, 정제한 후 사용하였다. 정제된 plasmid는 10배의 serial-dilution을 통하여 standard curve를 작성하였다.standard DNA real-time PCR은 duplication으로sample DNA real-time PCR은 triplication으로 각각 수행하였다.
증폭산물들은 1% agarose gel로 전기영동 수행하여 단일밴드를 검증한 후 QIAquick PCR Purification Kit (Qiagen, Valencia, CA)으로 정제하였다. 정제된 PCR product는 pGEM®-T easy vector (Promega, Madison, WI)에 삽입되었으며 그 후 JM109 Competent Cells (Promega, Madison, WI)에 형질전환하여 X-gal/IPTG와 100mg/L의 ampicillin으로 선택배양하여 plasmid를 증폭하였다.

대상 데이터

AOB amoA를 대상으로 하는 25 piL PCR 반응물을 위해, 3 mM MgCl₂, 0.2 mM인 각각의 dNTP, 25 U/mL Taq polymerase (Promega, Madison, WI), Thermophilic Taq polymerase buffer (Promega, Madison, WI), 200 nM 의 각각 primers, 0.1 mg/mL 의 BSA그리고 20 — 30 ng 의 1 ㎕ DNA template를 사용하였다. PCR 증폭조건은 95°C 5 분; 30 cycle인 95°C 60 초, 58°C 90초, 72°C 90초; final extension 72℃ 10분으로 구성되었다.
, 2007). Real-time PCR을 위한 standard DNA는 Nitrosomonas europaea (ATCC 19718), Nitrosospira multiformis (ATCC 25196), 그리고 정수처리장에서 채취한 Nitrosomonas oligotropha를 용하여 plasmid DNA로 제조, 정제한 후 사용하였다. 정제된 plasmid는 10배의 serial-dilution을 통하여 standard curve를 작성하였다.
본 연구에서는 뉴욕주(Guilderland), 펜실베니아주(Moon twp, Warminster)와 노스캐롤라이나주(Conover) 등지에 위치한 네 개의 서로 다른 실규모 연속회분식 반응조에서 슬러지를 각 1회 채취하였으며 처리장 세부 사항은 Table 1에 기술하였다.

이론/모형

PCR 증폭조건은 95°C 5 분; 30 cycle인 95°C 60 초, 58°C 90초, 72°C 90초; final extension 72℃ 10분으로 구성되었다. AOA amoA를 타겟으로 하는 PCR reagent 조성은AOB amoA PCR조성과 같았으며 증폭 조건은 참고문헌을 따라 실시하였다 (Mota et al., 2005). AMX 검출을 위해서는 4개의 primer set를 이용하여 부분적인 AMX의 16S rRNA gene을 증폭하고자 하였다.
)를 사용하여 개별적인 PCR 증폭이 시행되었다. PCR mixture 는 AOB amoA PCR과 같았으며 증폭조건은 참고문헌을 따라 실시하였다 (Schmid et al., 2005).
3. Phylogenetic tree of AOA amoA in the plant D. The tree tested with 1000 replicates of bootstrap using Neighbor-Joining method. The evolutionary distances were computed using the Poisson correction method.
정제된 PCR product는 pGEM®-T easy vector (Promega, Madison, WI)에 삽입되었으며 그 후 JM109 Competent Cells (Promega, Madison, WI)에 형질전환하여 X-gal/IPTG와 100mg/L의 ampicillin으로 선택배양하여 plasmid를 증폭하였다. Plasmid 내의 insert의 염기서열 분석은 ABI Hitachi 3730XL DNA Analyzer를 통하여 수행하였으며 염기서열의 얼라인먼트와 계통수의 제작은 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) search와 MEGA software(Kumar et al., 2004)를 이용하였다. 계통수는 1000번의 반복적 bootstrap을 이용한 Neighbor-Joining method를 사용하여 제작되었다.
The tree tested with 1000 replicates of bootstrap using Neighbor-Joining method. The evolutionary distances were computed using the Jukes-Cantor method. The tree was conducted in MEGA4.
The tree tested with 1000 replicates of bootstrap using Neighbor-Joining method. The evolutionary distances were computed using the Poisson correction method. The tree was conducted in MEGA4.
Parentheses represent the number of OTUs. The tree tested with 1000 replicates of bootstrap using Neighbor-Joining method. The evolutionary distances were computed using the Poisson correction method.
, 2004)를 이용하였다. 계통수는 1000번의 반복적 bootstrap을 이용한 Neighbor-Joining method를 사용하여 제작되었다.
, CA, USA)을 이용하여 DNA를 추출하였다. 추출된 DNA정량 및 정성분석은 전기영동과 발색법을 사용하여 실시하였다. 16S rRNA gene과 amoA 을 증폭하기 위하여 Table 2의 프라이머를 사용하였다.

성능/효과

AOA amoA 을 검출하기 위해Arch-amoAF/Arch-amoAR primer PCR을 수행 한 결과 모든 하수처리장 시료에서 multiple bands가 발견되었다. 이는 PCR조건이 본 시료와 완벽히 반응하기 위한 최적화 과정이 수행되지 않아 specificity가 낮았기 때문으로 사료되었다.
Anammox 16S rRNA gene을 대상으로 하는 PCR결과 amx368R primer는 모든 처리장에서 양성을, amx820 primer는 처리장 B에서, Scabr1114 primer는 처리장 A와 B에서 각각 PCR증폭 밴드를 확인하였다. Bs820 primer은 모든 처리장에서 PCR이 증폭되지 않았다.
167 fmol NH₃/X_AOA/h (C. Nitrosopumilus maritimus;(Konneke et al., 2005))등으로 앞서 기술한 네 처리장 시료의 AOB specific nitrification rate (12 - 59 fmol NH₃/X_AOB/h) 에 비하여 백배이상 차이나는 것으로 나타났다. 따라서, AOA의 정량이 AOB에 비하여 월등한 우점을 차지하지 않는다면 처리장 D에서 질산화에 대한 기여도는 그리 높지 않을 것으로 사료되었다.
europaea 와 Ni trosospira 비율이 네 처리장 중 가장 높았다. Total AOB에서 세가지 종(N. europaea, N. oligotropha, 그리고 Nitrosospira spp.)의 AOB 정량 수치를 빼서 계산한 unknown AOB의 경우 각각 처리장 A, B, C, D에서 35%, 81%, 97%와 66%의 Total AOB를 차지하는 것으로 나타났다. 이는 모든 처리장에서 TaqMan probe로 검출되지 않는 unknown AOB가 AOB의 주종을 이루고 있음을 알 수 있었다.
처리장 C가 가장 많은 Total AOB를 가지고 있었으며 처리장 A의N. europaea 와 Ni trosospira 비율이 네 처리장 중 가장 높았다. Total AOB에서 세가지 종(N.
처리장 C와 D는N. nitrosa-like AOB가 각각 7 OTUs (operational taxonomic units)와 11 OTUs가 검출되었으며 처리장 C의 대표적인 OTU와 N. nitrosa Nm90 (acc. No. AJ238495)의 시퀀스 유사도는 79%로 다소 낮았다. 또한 처리장 B에서 검출된 13 OTUs는 모두 N.
Table 3에 나타내었다. 계산된 각 처리장의 AOB는 6.0X10⁸ - 3.4X10⁹ cell/L로 나타났으며 이는 전체 박테리아중 0.3 - 1.8% 를 차지하는 것으로 나타났다. 또한 AOB정량을 바탕으로 계산된 비질산화율은 12 - 59 fmol NH₃/ X_AOB/h로 나타났다.
세 종의 AOB를 정량화하였다. 그 결과, 우점 AOB는 N. nitrosa 유사 AOB와 N. ureae 유사 AOB인 것으로 관찰되었으며, N. europaea, N. oligotropha, Nitrosospira가 차지하는 비율은 그리 크지 않은 것으로 나타났다. 한편, AMX의 분자생물학적 증거는 발견되었으나 BLAST결과 기존의 AMX와 유사도가 낮았으며 처리장。에서의 AOA의 존재 또한 염기서열로 규명할 수 있었다.
2006). 그러나 본 연구결과 처리장 D의 SRT 는 타 처리장에 비해 상대적으로 짧았던 것으로 나타났다. 또한, 본 연구에서는 primer set의 non-specificity에 의한 multiple-band PCR product가 전기영동시 확인되어 이를 이용한 AOA의 정량분석이 불가능하였다.
, 2005))등으로 앞서 기술한 네 처리장 시료의 AOB specific nitrification rate (12 - 59 fmol NH₃/X_AOB/h) 에 비하여 백배이상 차이나는 것으로 나타났다. 따라서, AOA의 정량이 AOB에 비하여 월등한 우점을 차지하지 않는다면 처리장 D에서 질산화에 대한 기여도는 그리 높지 않을 것으로 사료되었다.
AJ238495)의 시퀀스 유사도는 79%로 다소 낮았다. 또한 처리장 B에서 검출된 13 OTUs는 모두 N. ureae와 유사종으로 밝혀졌다. 문헌에 따르면 N.
또한, 세 개의 특정 TaqMan probe를 이용하여 검출 한 각기 다른 AOB cluster 결과물을 계통수에 표시하여 본 결과 이들 TaqMan probe는 각 처리장의 대표우점 AOB로 밝혀진 N. ureae와 N. nitrosa를 검출할 수 없는것으로 나타났다. 이는 앞서 기술한 Real-time PCR의 분석결과 unknown AOB가 모든 처리장에서의 우점이라는 것과 일치함을 알 수 있었다.
2002). 또한, 클론 라이브러리 결과를 바탕으로하여 unknown AOB는 모두 N. ureae와 N. nitrosa와 비슷한 AOB로 가정하였으며 그 결과 처리장 A, B, C, D의 amoA operon/genome은 각각 2.3, 2.2, 2.0, 2.0으로 나타났다 [식1]. 박테리아의 평균 세포밀도는2.
Bs820 primer은 모든 처리장에서 PCR이 증폭되지 않았다. 클론 라이브러리 결과 amx368로 증폭된 PCR product는 Chlamydia group 에 속해 있었으며 Scabr1114 primer로 증폭된 PCR의 염기서열은 Chlamydia와 Planctomycetales group bacteria로 밝혀졌다. amx820 primer의 PCR product는 Planctomycetales lineage 에 깊숙이 존재하고 있음을 알 수 있었다 Fig.

후속연구

암모니아 산화 미생물의 군집 및 개체수를 처리장 별로 비교 분석한 본 연구의 접근방법은 향후 하수처리 내 질소제거 공정특성과 연계된다면 하수처리장 개선 및 이들 미생물의 생태학적 특성을 보다 잘 이해하는데 도움을 줄 것으로 사료된다. 예를 들어 보면, 하수처리장 내 amoA 정량 수치와 일반 미생물의 16srRNA를 대상의 정량 수치값의 비율과의 질산화율의 관계, 또한 amoA 유전자의 발현과 질산화율에 대한 연구가 지속된다면 새로운 관점에서 하수처리장 질소 관리가 가능하리라 판단된다.

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표제어: PCR

동의어: Packet Collision Rate

용어 설명 출처 목록 (6)

용어 설명: PCR은 세균 특이성이 있는 primer를 이용하여 적은 수의 세균이 있을지라도 쉽게 검출할 수 있는 유용한 방법이며, 이를 이용하여 구강 내 치면세균막이나 타액에서 직접 세균을 검출할 수 있게 되었다[8].

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