[논문]제주마 집단의 세대 경과에 따른 모색 유전자 변화 연구

김남영; 채현석; 백광수; 조인철; 정영훈; 우제훈; 박설화; 김지향; 이성수; 양영훈

doi:10.12750/jet.2015.30.3.183

제주마 집단의 세대 경과에 따른 모색 유전자 변화 연구
A Study on the Changes of Coat Color-Related Genes according to Generational Changes in Jeju Horses 원문보기

Journal of embryo transfer = 한국수정란이식학회지, v.30 no.3, 2015년, pp.183 - 188

김남영 (농촌진흥청 국립축산과학원) , 채현석 (농촌진흥청 국립축산과학원) , 백광수 (농촌진흥청 국립축산과학원) , 조인철 (농촌진흥청 국립축산과학원) , 정영훈 (농촌진흥청 국립축산과학원) , 우제훈 (농촌진흥청 국립축산과학원) , 박설화 (농촌진흥청 국립축산과학원) , 김지향 (농촌진흥청 국립축산과학원) , 이성수 (농촌진흥청 국립축산과학원) , 양영훈 (제주대학교)

초록
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본 연구는 제주마 집단의 모색유전자 분포 특성 및 세대별 모색 유전자 변화 양상을 분석하기 위해 제주특별자치도에서 관리하는 제주마, 1,462두에 대한 모색 관련 유전자인 MC1R, ASIP, ECA3-inversion, STX17을 분석하였다. 흑모색과 관련된 MC1R 유전자의 $E^+/E^+$와 $E^+/E^e$ 유전자형 빈도는 각각 0.122와 0.447로 조사되었고, 적색(chestnut) 유전자형인 $E^e/E^e$ 유전자형 빈도는 0.429로 확인되었다. ASIP 유전자의 $A^A/A^A$, $A^A/A^a$ 및 $A^a/A^a$ 유전자형 빈도는 각각 0.46, 0.448, 0.091로 확인되어 $A^a/A^a$ 유전자형 빈도가 낮았다. 토비아노(Tobiano) 형태를 발현하는 To/To와 +/To 유전자형은 각각 0.001과 0.119로 토비아노 형태의 모색은 12%를 점유하고 있었다. 회색 모색과 관련된 STX17의 G/G와 G/g 유전자형의 빈도는 각각 0.002와 0.680로 나타나 제주마 집단에 회색마는 68.2%를 점유하였다. 세대별 모색 변화는 MC1R, ASIP 유전자에서는 큰 변화를 확인할 수 없었다. ECA3-inversion에서는 토비아노를 발현하는 To allele은 세대변화에 따라 유의적으로 감소하였고(p<0.05), 회색 모색과 관련된 STX17 G allele은 세대변화에 따라 유의적으로 증가하였다(p<0.05). 본 연구결과, 제주마 집단의 모색 다양성을 유지하기 위해서는 종마 선정 단계에 모색 유전자의 검토가 필요한 것으로 사료되었다.

Abstract ▼ AI-Helper

This study analyzed the coat color-related genes of MC1R, ASIP, ECA3-inversion, and STX17 of 1,462 Jeju horses administered by the Jeju Special Self-Governing Province. This was done to investigate the distributional characteristics of coat color-related genes in the Jeju horse group and the changes of its coat color-related genes by generation. The genotype frequency of the MC1R gene of $E^+/E^+$ and $E^+/E^e$ related to black coat color was 0.122 and 0.447, respectively, while $E^e/E^e$ of the chestnut genotype was 0.429. The genotype frequency of the ASIP gene of $A^A/A^A$, $A^A/A^a$, and $A^a/A^a$ was 0.46, 0.448, and 0.091, respectively, where the genotype frequency of $A^a/A^a$ turned out to be relatively low. The To/To and +/To genotype that manifests the Tobiano shape was 0.001 and 0.119, respectively, with the share of Tobiano shape around 12%. The genotype frequency of G/G and G/g of STX17 related to grey coat color was 0.002 and 0.680, respectively, with the share of grey horses among the Jeju horse group at 68.2%. As for the change of coat color genes by generation, no large changes were observed in the MC1R and ASIP genes. In ECA3-inversion, the To allele that manifests Tobiano significantly decreased following the generational change (p<0.05), while the STX17 G allele related to grey coat color significantly increased following the generational change (p<0.05). It will be necessary to examine the coat color genes when selecting breeding horses so that the diversity of coat colors among the Jeju horse group can be maintained.

주제어

AI 본문요약
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문제 정의

따라서 본 연구는 모색 관련 유전자 분석을 통해 제주마 모색의 유전적 다양성을 확인하고, 세대 경과에 따른 모색 유전자 변화 양상을 구명하여 제주마의 모색 정립 및 모색 다양성 확보를 위한 기초자료를 수집하고자 수행되었다.
본 연구는 제주마 집단의 모색유전자 분포 특성 및 세대별 모색 유전자 변화 양상을 분석하기 위해 제주특별자치도에서 관리하는 제주마, 1,462두에 대한 모색 관련 유전자인 MC1R, ASIP, ECA3-inversion, STX17을 분석하였다. 흑모색과 관련된 MC1R 유전자의 E ⁺/E⁺와 E ⁺/E ^e 유전자형 빈도는 각각 0.

제안 방법

ECA3-inversion 유전자형 결정은 Kim(2012) 등이 보고한 방법을 이용하였다. 3개의 PCR primer를 이용하여 증폭된 PCR 산물은 QIAxcel Advanced (Qiagen, Germany) 자동전기영동 장치를 이용하여 유전자형을 확인하였다.
6-kb 중복 유전자형의 확인을 위해 Han(2009) 등이 보고한 방법을 변형하여 이용하였다. PCR primer F+R과 gF+R primer를 이용하여 증폭된 산물을 각각 QIAxcel Advanced(Qiagen, Germany) 자동전기영동 장치를 이용하여 유전자형을 확인하였다.
PCR 반응은 1× reaction buffer, 20 mM dNTP, 각 유전자별 10∼7.5 pmol primer, 0.5∼0.75 unit HS Prime Taq DNA Polymerase(GENETBIO, Korea), 25∼50 ng genomic DNA를 혼합하여 반응하였다.
STX17 유전자 intron 6번 4.6-kb 중복 유전자형의 확인을 위해 Han(2009) 등이 보고한 방법을 변형하여 이용하였다. PCR primer F+R과 gF+R primer를 이용하여 증폭된 산물을 각각 QIAxcel Advanced(Qiagen, Germany) 자동전기영동 장치를 이용하여 유전자형을 확인하였다.
Biotinylated PCR 산물은 염기서열 분석을 위해 Streptavidin Sepharose HP beads(GE Healthcare, Sweden)와 흡착 후 변성, 세척하여 pyrosequencing primer를 혼합하여 80℃에서 변성, 냉각하였다. 냉각된 반응물은 PyroMark Gold Reagents(Qiagen, Germany)를 혼합하여 PyroMark Q96 ID(Qiagen, Germany)로 유전자형을 결정하였다.
말의 모색 관련 유전자인 MC1R, ASIP, ECA3-inversion, STX17의 유전자형 결정을 위해 공시재료의 DNA를 주형으로 중합효소연쇄반응(polymerase chain reaction, PCR)을 통해 유전자 절편을 증폭하였다. PCR 반응은 1× reaction buffer, 20 mM dNTP, 각 유전자별 10∼7.
유전자의 증폭은 DNA Engine Tetrad 2(Bio-Rad, USA)를 이용하여 94℃, 5분 초기 변성 후, 94℃ 30초, 각 primer에 따른 적정 결합 온도에서 30∼45초, 72℃ 30초～1분으로 구성된 연쇄반응을 30℃40회 반복한 후 최종 72℃에서 5분간 신장하였다(Table 1).

대상 데이터

본 연구에 이용된 공시재료는 제주특별자치도 축산진흥원에서 등록 관리되고 있는 제주마 1,462두에 대한 DNA 시료를 분양받아 분석에 이용하였다.
3) software를 이용하였다. 세대 간 모색유전자의 유전 양상은 제주특별자치도 축산진흥원에서 운영 중인 제주마 등록관리 정보시스템의 가계자료를 이용하여 확인하였다. 세대 경과에 따른 유전인자의 빈도 변화는 R 통계 패키지(version 3.

데이터처리

5세대), 종속변수 y_i는 각각 E ⁺ , A ^A , To와 G 유전인자의 빈도를 이용하였다. 모델의 계수는 t 검정을 이용하였고, 모형 검정은 F 검정을 이용하여 유의성을 나타내었다.
세대 간 모색유전자의 유전 양상은 제주특별자치도 축산진흥원에서 운영 중인 제주마 등록관리 정보시스템의 가계자료를 이용하여 확인하였다. 세대 경과에 따른 유전인자의 빈도 변화는 R 통계 패키지(version 3.0.3)를 이용하여 선형 회귀 분석하였다. 선형회귀 모형은 다음과 같다.

이론/모형

ECA3-inversion 유전자형 결정은 Kim(2012) 등이 보고한 방법을 이용하였다. 3개의 PCR primer를 이용하여 증폭된 PCR 산물은 QIAxcel Advanced (Qiagen, Germany) 자동전기영동 장치를 이용하여 유전자형을 확인하였다.
MC1R 유전자 g.901C>T 염기치환과 ASIP 유전자 exon 211-bp 절편의 삽입/결실 돌연변이(insertion/deletion mutation) 유전자형 결정은 Kim(2011) 등이 보고한 방법을 이용하였다.
제주마 1,465두의 모색 유전자 4종에 대한 대립인자와 유전자형 빈도 분석과 Hardy-Weinberg 평형에 대한 진단은 CER-VUS(version 3.0.3) software를 이용하였다. 세대 간 모색유전자의 유전 양상은 제주특별자치도 축산진흥원에서 운영 중인 제주마 등록관리 정보시스템의 가계자료를 이용하여 확인하였다.

성능/효과

429로 확인되었다. ASIP 유전자의 A ^A/A^A , A ^A/A^a및 A^a/A^a 유전자형 빈도는 각각 0.46, 0.448, 0.091로 확인되어 A ^a/A^a 유전자형 빈도가 낮았다. 토비아노(Tobiano) 형태를 발현하는 To/To와 +/To 유전자형은 각각 0.
429 보다 높게 조사되었다(Table 2). ASIP 유전자형인 A ^A/A^A , A ^A/A^a 및 A^a/A^a 형의 빈도는 각각 0.46, 0.448, 0.091로 확인되어 A^a/A^a 형 빈도는 매우 낮은 것으로 조사되었다. 흑모색은 MC1R의 E⁺/— 형과 ASIP의 A^a/A^a 형의 조합으로 발현되므로, 제주마에서 흑모색 발현율은 5.
ECA3-inversion에서는 토비아노를 발현하는 To allele은 세대변화에 따라 유의적으로 감소하였고(p<0.05), 회색 모색과 관련된 STX17 G allele은 세대변화에 따라 유의적으로 증가하였다(p<0.05).
MC1R 유전자의 E ⁺와 E ^e는 allele의 세대별 빈도 변화는 0세대에서 각각 0.259와 0.74, 1세대에서는 각각 0.433과 0.566으로 유전인자가 다소 증감하는 경향이 있었으나, 1.5, 2, 2.5세대를 지나면서 세대 간 큰 변화 없이 유지되었다(Fig. 1).
본 연구결과, 제주마 집단의 기본 모색과 관련 있는 유전자인 MC1R과 ASIP는 세대 경과에 따른 큰 변화를 찾을 수는 없었으나, 얼루기 모색과 관련 있는 ECA3-inversion 유전인자와 유전자형 빈도가 점진적으로 감소하는 것으로 나타났다. 또한 회색마와 연관 있는 STX17의 회색 발현 인자와 인자형 빈도는 세대 경과에 따라 증가하는 것으로 나타났다. 이런 세대간 변화는 한정된 종마에 의한 증식에 기인된 것으로, 제주마 집단의 모색 다양성의 유지를 위해서는 종마 선정 단계에서 모색 관련 유전자들에 대한 검토도 필요한 것으로 사료된다.
065로 점진적으로 감소되었다. 본 결과에 의하면 제주마 집단에서 얼루기 모색은 세대가 경과됨에 따라 점진적으로 감소되어 종마 선정 시점에 얼루기 유전자의 도입을 고려하지 않으면 얼루기 모색은 지속적으로 감소될 것으로 사료된다.
본 연구결과, 제주마 집단의 기본 모색과 관련 있는 유전자인 MC1R과 ASIP는 세대 경과에 따른 큰 변화를 찾을 수는 없었으나, 얼루기 모색과 관련 있는 ECA3-inversion 유전인자와 유전자형 빈도가 점진적으로 감소하는 것으로 나타났다. 또한 회색마와 연관 있는 STX17의 회색 발현 인자와 인자형 빈도는 세대 경과에 따라 증가하는 것으로 나타났다.
얼루기 발현과 관련 있는 ECA3-inversion 마커의 To allele의 0세대 빈도는 0.126이었으나, 2.5세대에서는 0.034로 감소하였으며, 회귀분석 결과, β1이 —0.039로 나타나 세대 진행에 따라 To allele 빈도는 유의적으로 감소하였다(p<0.05).
제주마 집단에서 MC1R 유전자의 E +/E+ , E +/E e와 E e/Ee 유전자형 빈도는 각각 0.122, 0.447, 0.429로 나타나, 흑색 계열인 E+/— 빈도는 0.569로 적색 계열 E e/Ee는 0.429 보다 높게 조사되었다(Table 2).
6-kb의 중복으로 발현되는 회색모(Gray)는 말의 기본 모색에 대해 우성형질로 작용한다 (Pielberg 등, 2008). 제주마 집단에서 STX17의 유전자형 G/G, G/g 및 g/g의 빈도는 각각 0.002, 0.68, 0.317로 확인되었다. 회색 모색을 나타내는 유전자형 G/G와 G/g의 빈도 합이 0.
토비아노 모색의 확인은 ECA3-inversion 상태를 그 마커로 이용되고 있는데(Brooks 등, 2007), Kim(2012) 등이 분석에 의하면 제주마의 얼루기 모색은 모두 토비아노에 속하는 것으로 확인된 바 있다. 제주마 집단에서 얼루기 모색 점유율은 전체 12%로 ECA3-inversion의 인자형 To/To, +/To, +/+의 빈도는 각각 0.001, 0.119, 0.879로 확인되었다.
제주마 집단의 모색유전자 MC1R, ASIP, ECA3-inversion 및 STX17의 Hardy-Weinberg equilibrium을 검정한 결과, MC1R, ASIP와 ECA3-inversion에서는 평형상태를 유지하였으나(p>0.05), STX17에서는 평형상태를 이루지 않는 것으로 확인되었다(p<0.001).
제주마 집단의 세대 경과에 따른 모색 인자와 인자형의 빈도를 기초 세대인 0세대(181두)로부터 시작하여 1세대(30두), 1.5세대(578두), 2세대(197두) 그리고 2.5세대(272두)로 구분하여 분석한 바, 얼루기 모색과 관련된 ECA3-inversion의 인자 빈도와 회색 모색과 관련된 STX17의 인자 빈도에 변화를 확인할 수 있었다(Table 1).
764로 2배 증가하였다. 제주마에서 과거 회색마의 표현형 빈도가 13%에서 60.2%로 증가된 보고와 같이 유전자 수준에서도 회색 모색 유전자가 급격히 증가된 것으로 확인되었다.
회색 모색과 관련 있는 STX17 유전자에서 회색 모색을 발현하는 G allele의 빈도는 0세대에 0.192에서 2.5세대 0.386으로 증가하였으며, 회귀분석 결과 β1이 0.081로 세대 진행에 따라 G allele 빈도는 유의적으로 증가하였다(p<0.05).
317로 확인되었다. 회색 모색을 나타내는 유전자형 G/G와 G/g의 빈도 합이 0.682로 제주마 집단에서 회색 모색의 빈도가 높은 것을 확인할 수 있었다. 이는 Lee(1971)가 1960년대에 조사한 제주마 모색 빈도에서 회색 모색인 총마의 빈도가 13%이었던 것과 비교할 때 회색 인자의 빈도가 크게 증가된 것을 알 수 있다.
본 연구는 제주마 집단의 모색유전자 분포 특성 및 세대별 모색 유전자 변화 양상을 분석하기 위해 제주특별자치도에서 관리하는 제주마, 1,462두에 대한 모색 관련 유전자인 MC1R, ASIP, ECA3-inversion, STX17을 분석하였다. 흑모색과 관련된 MC1R 유전자의 E ⁺/E⁺와 E ⁺/E ^e 유전자형 빈도는 각각 0.122와 0.447로 조사되었고, 적색(chestnut) 유전자형인 E ^e/E^e 유전자형 빈도는 0.429로 확인되었다. ASIP 유전자의 A ^A/A^A , A ^A/A^a및 A^a/A^a 유전자형 빈도는 각각 0.

후속연구

05). 본 연구결과, 제주마 집단의 모색 다양성을 유지하기 위해서는 종마 선정 단계에 모색 유전자의 검토가 필요한 것으로 사료되었다.

질의응답

핵심어	질문	논문에서 추출한 답변
	말의 기본 모색은 무엇에 의해 발현되며 어떤 유전자가 관여하는가?	기본 모색에 해당하는 흑색, 적색, 적갈색은 Extension(E)과 Agouti(A) 좌위에 의해 발현되며, Melanocortin-1-receptor(MC1R)과 agouti signaling protein(ASIP) 유전자가 관여한다. Marklund 등(1996)은 MC1R 유전자의 단일과오돌연변이(single missense mutation)인 g.
	흰 털의 혼재 상태에 따라 말의 모색은 무엇으로 구분되는가?	말에 있어서 기본 모색은 흑색(Black), 적색(Chestnut), 적갈색(Bay)으로 분류되며, 희석모에는 크림색(Cream), 은회색(Silver), 던색 (Dun), 얼룩모(Dapple), 황갈색(Champagne)으로 구분될 수 있다. 또한 백색 털의 혼재한 상태에 따라 회색(Gray), 조모색 (Roan), 백색(White)으로 구분되며, 백반의 형태에 따라서 토비아노(Tobiano), 오베로(Overo), 세비노(Sabino) 유형 등으로 분류된다(Thiruvenkadan 등, 2008).
	제주마의 대표적인 모색 명칭은 무엇이 있는가?	Lee(1971)는 제주마의 모색 명칭을 외국 모색 분류와 연계하여 40여 종으로 세분한 바 있으며, Nam(2003)은 제주마 모색의 고어 명칭과 국문 명칭을 종합하여 49종으로 세분한 바 있다. 제주마의 대표적인 모색 명칭은 기본 모색으로 가라(흑색, Black), 적다 (적색, Chestnut), 유마(적갈색, Bay)로 구분되고 있으며, 회색 모(Gray)는 총마 그리고 유색 바탕에 백반이 발현된 얼루기 형태는 월라로 불리고 있다.

참고문헌 (18)

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저자의 다른 논문 :

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표제어: PCR

동의어: Packet Collision Rate

용어 설명 출처 목록 (6)

용어 설명: PCR은 세균 특이성이 있는 primer를 이용하여 적은 수의 세균이 있을지라도 쉽게 검출할 수 있는 유용한 방법이며, 이를 이용하여 구강 내 치면세균막이나 타액에서 직접 세균을 검출할 수 있게 되었다[8].

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