선택한 단어 수는 입니다.
최소 단어 이상 선택하여야 합니다.
최소 단어 이상 선택하여야 합니다.
선택한 단어 수는 30입니다.
최대 10 단어까지만 선택 가능합니다.
최대 10 단어까지만 선택 가능합니다.
문제 정의
- 따라서 본 연구에서는 빨강불가사리에 내장에 서식하는 세균을 분리 배양하고 16S rRNA 분석을 통하여 세균 군집 구조 및 질병세균에 대한 항균활성에 대하여 조사하고자 한다.
제안 방법
- 2.5% Chelex (Chelex ® 100 Molecular Biology Grade Resin, BIO-RAD, USA)를 이용하여 분리된 균주에서 DNA를 추출하였다. 분리된 균주를 2.
- 빨강불가사리의 내장으로부터 총 103균주를 분리하였다. 분리된 균주는 EzBiocloud와 NCBI를 이용하여 16S rRNA 유전자의 유사한 염기서열을 비교 분석한 후 계통수를 작성하였다(Fig. 1).
- 본 연구에 사용된 인체유해세균과 어류질병세균은 미생물 자원센터(Korean Collection for Type Cultures, KCTC)와 한국 미생물 보존센터(Korean Culture Center of Microorganisms, KCCM)에서 분양 받고 25%(v/v) glycerol을 이용하여 stock화 시켜 -80℃에서 보관하여 사용하였다. 유해세균들은 각각의 배지에 배양하였고(Table 1), 분리된 균주는 각각 Marine Broth (MB, Difco., USA)와 R2A Broth (Difco., USA) 배지에 접종시켜 25℃에서 48시간 동안 배양하였다. 배양한 균주의 상등액 100 μl를 멸균된 8 mm paper disc (ADVANTEC.
- 증폭시킨 염기서열은 (주)솔젠트(Daejeon., Korea)에 분석 의뢰 하였고, 분석한 염기서열을 EzBioCloud (https://www.ezbiocloud.net/) 및 NCBI (National Center Biotechnology Information)를 이용해 염기서열을 비교하여 가장 가까운 속 또는 종을 확인하였다. Mega 6.
- 본 연구에 사용 된 빨강불가사리(Certonardoa semiregularis)는 제주도 서귀포시 우도에서 채집하였다. 채집한 불가사리는 멸균된 인공해수로 세척한 후, 멸균된 핀셋과 가위를 사용하여 내장을 잘라내어 멸균한 0.85% 생리식염수에 넣어 균질화 시켰다. 균질화 된 시료는 원액부터 10-5까지 연속희석법으로 희석하여 Marine Agar (MA, Difco.
대상 데이터
- 본 연구에 사용 된 빨강불가사리(Certonardoa semiregularis)는 제주도 서귀포시 우도에서 채집하였다. 채집한 불가사리는 멸균된 인공해수로 세척한 후, 멸균된 핀셋과 가위를 사용하여 내장을 잘라내어 멸균한 0.
- 본 연구에 사용된 인체유해세균과 어류질병세균은 미생물 자원센터(Korean Collection for Type Cultures, KCTC)와 한국 미생물 보존센터(Korean Culture Center of Microorganisms, KCCM)에서 분양 받고 25%(v/v) glycerol을 이용하여 stock화 시켜 -80℃에서 보관하여 사용하였다. 유해세균들은 각각의 배지에 배양하였고(Table 1), 분리된 균주는 각각 Marine Broth (MB, Difco.
데이터처리
- net/) 및 NCBI (National Center Biotechnology Information)를 이용해 염기서열을 비교하여 가장 가까운 속 또는 종을 확인하였다. Mega 6.0 software [32]에 포함된 Clustal X 프로그램[37]을 사용하여 본 연구에서 확인된 염기 서열과 EzBioCloud에서 나타난 염기서열의 multiple alignment정렬을 수행 한 후 neighbor-joining phylogenetic tree를 작성하였고, 신뢰성을 평가하기 위해 1,000회 bootstrap하여 계통수를 작성하였다[29, 31].
성능/효과
- 16S rRNA 유전자 염기서열을 통하여 세균 군집의 다양성을 분석한 결과, 빨강불가사리의 세균 군집 구조는 Proteobacteria (Alpha-proteobacteria, Beta-proteobacteria, Gamma- proteobacteria), Bacteroidetes, Actinobacteria, Firmicutes로 총 4개의 문(Phylum), 8개의 강(Class), 15개 목(Order), 19개의 과(Family)와 24개의 속(Genus)으로 구성되었다. 본 연구에서 Proteobacteria 96%, Bacteroidetes 3.
- 는 각각 98~100%, 97~99%, 98~99%의 상동성을 나타내었다. Bacteroidetes 그룹의 균주는 Aquimarina sp., Mesonia sp., Pedobacter sp.가 각각 기존의 염기서열과 98%, 99%, 97~98%의 상동성을, Actinobacteria 그룹에 속한 Kocuria sp.는 99%의 상동성을 나타내었고, Firmicutes 그룹의 Paenibacillus sp. 또한 99%의 상동성이 확인 되었다.
- 2). 그 중 Proteobacteria 문의 Alpha-proteobacteria 강에서는 4목 5과 8속, Beta-proteobacteria강은 1목 2과 2속으로 비교적 제한적이었고 Gamma-proteobacteria 강의 경우 6개의 목, 8개의 과, 9개의 속 등의 분류군으로 나타났다(Table 2).
- 16S rRNA 유전자 염기서열을 통하여 세균 군집의 다양성을 분석한 결과, 빨강불가사리의 세균 군집 구조는 Proteobacteria (Alpha-proteobacteria, Beta-proteobacteria, Gamma- proteobacteria), Bacteroidetes, Actinobacteria, Firmicutes로 총 4개의 문(Phylum), 8개의 강(Class), 15개 목(Order), 19개의 과(Family)와 24개의 속(Genus)으로 구성되었다. 본 연구에서 Proteobacteria 96%, Bacteroidetes 3.9%, Actinobacteria 1.9%, Firmicutes 1% 로 4개의 그룹이 확인되었으며 Proteobacteria 문이 우점도가 가장 높은 것으로 나타났다. 이는 대부분의 해양 생태계에서 다른 분류군에 비해 Proteobacteria와 Bacteroidetes 분류군이 우점한다는 결과와 일치한다[1, 14](Fig.
- 58%의상동성을 보여주었다. 분리된 RSM43, RSR20 균주가 대조균 주와의 유전자 염기서열이 98% 이하의 상동성을 보였으므로 새로운 속 또는 종의 후보 균주로서의 가능성을 나타낸다. 이에 향후 표준 균주와 함께 형태학적, 생리학적, 생화학적 등의 신종 실험을 진행해야 할 것으로 사료된다.
- 빨강불가사리에서 분리된 103 균주는 4문 24속 41종으로 동정되었다. 표준균주와의 염기서열과 비교하였을 때, Proteobacteria 그룹에 속하는 균주 중 Lysobacer 속은 98%의 이하의 낮은 상동성을 나타내었다.
- 빨강불가사리의 내장으로부터 총 103균주를 분리하였다. 분리된 균주는 EzBiocloud와 NCBI를 이용하여 16S rRNA 유전자의 유사한 염기서열을 비교 분석한 후 계통수를 작성하였다(Fig.
- 빨강불가사리의 분류군은 Pseudomonas sp.가 23.8%로 가장 우점하고, Psychrobacter sp.와 Rheinheimera sp.가 각각 10.5%, Kiloniella sp.가 6.7%, Cobetia sp. 5.7%, Erythrobacter sp., Pseudoalteromonas sp., Vibrio sp가 각각 4.8%를 차지하였고, Brevundimonas sp.는 3.8%, Sulfitobacter sp., Limnobacter sp.가 각각 3%, Amphritea sp., Kocuria sp., Paracoccus sp., Pedobacter sp., Erythromicrobium sp.이 각각 2%, Sphingomonas sp., Aquimarina sp., Arenimonas sp., Hydrogenophaga sp., Loktanella sp., Lysobacter sp., Mesonia sp., Penibacillus sp.가 각각 1%의비율로 총 24개의 속으로 구성된다(Fig. 3).
- 또한 99%의 상동성이 확인 되었다. 이와 같이 16S rRNA 유전자의 염기서열을 비교 분석한 결과 103개의 균주 중 Proteobacteria (Gamma-proteobacteria) 에 속하는 균주인 RSM43은 Lysobacter spongiicola DSM21749T와 97.55%의 유사도를 나타내었고, Bacteroidetes 문에 속하는 균주인 RSR20은 Pedobacter panaciterrae Gsoil 042T 와 97.58%의상동성을 보여주었다. 분리된 RSM43, RSR20 균주가 대조균 주와의 유전자 염기서열이 98% 이하의 상동성을 보였으므로 새로운 속 또는 종의 후보 균주로서의 가능성을 나타낸다.
- 빨강불가사리에서 분리된 103 균주는 4문 24속 41종으로 동정되었다. 표준균주와의 염기서열과 비교하였을 때, Proteobacteria 그룹에 속하는 균주 중 Lysobacer 속은 98%의 이하의 낮은 상동성을 나타내었다. 이 외에 Amphritea sp.
후속연구
- 분리된 RSM43, RSR20 균주가 대조균 주와의 유전자 염기서열이 98% 이하의 상동성을 보였으므로 새로운 속 또는 종의 후보 균주로서의 가능성을 나타낸다. 이에 향후 표준 균주와 함께 형태학적, 생리학적, 생화학적 등의 신종 실험을 진행해야 할 것으로 사료된다.
※ AI-Helper는 부적절한 답변을 할 수 있습니다.