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제주용암 해수 환경에서 분리한 Marinobacter salarius HL2708#2의 유전체 해독
Complete genome sequence of Marinobacter salarius HL2708#2 isolated from a lava sea water environment on Jeju Island 원문보기

Korean journal of microbiology = 미생물학회지, v.55 no.1, 2019년, pp.69 - 73  

오현명 (부경대학교 기초교양교육원) ,  김대현 ((주)콧데) ,  한성정 ((주)콧데) ,  송종호 ((주)콧데 제주 천연유기농화장품 사업부) ,  김국현 ((주)콧데 제주 천연유기농화장품 사업부) ,  장동일 ((주)콧데)

초록
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향장원료 개선을 위한 미생물 탐색 실험을 통하여 Marinobacter salarius HL2708#2을 제주도의 용암 해수 환경에서 분리하였다. 균주 HL278#2의 완전한 게놈 서열을 분석하였으며, 원형 염색체는 4,304,603 bp이고 57.21% G+C이고 플라스미드는 244,163 bp이고 53.14% G+C였다. 4,180개의 단백질 코딩서열이 과 49개의 tRNA와 18개의 rRNA 유전자와 함께 확인되었다. 균주 HL2708# 2의 게놈은 알콜, 말토덱스트린/전분 및 단당류 대사 유전자를 보유하고 있었다. 호염성 및 중금속 저항성을 담당하는 유전자와 방향족 및 알칸 계열 탄화수소를 대사하는 유전자를 가지고 있는 것으로 분석되었다. Marinobacter salarius가 질산염 및 아질산염 환원능력이 없다고 알려져 있는 것과 달리, HL2708#2 균주는 질산염/아질산염 환원 효소, 질산염/질산염 운반체 및 질산염 모노 옥시게나제를 가지고 있는 것으로 보아 세포 체외의 니트로알켄을 활용할 수 있는 능력을 가진 것으로 사료된다.

Abstract ▼ AI-Helper 아이콘AI-Helper

During screening of microbes for compounds having cosmetic benefits, we isolated Marinobacter salarius HL2708#2 from lava seawater on Jeju Island, Republic of Korea. The complete genome sequence was determined. Strain HL27080#2 features a circular chromosome of 4,304,603 bp with 57.21% G+C content a...

주제어

#Marinobacter salarius   #complete genome sequence   #lava   #seawater  

표/그림 (2)

AI 본문요약
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제안 방법

  • , 2013). To correct sequencing errors that can occur at both ends of a contig, the SMRT resequencing protocol was performed with an assembly in which the first half of the contig was switched with the second half.
  • 향장원료 개선을 위한 미생물 탐색 실험을 통하여 Marinobacter salarius HL2708#2을 제주도의 용암 해수 환경에서 분리하였다. 균주 HL278#2의 완전한 게놈 서열을 분석하였으며, 원형 염색체는 4,304,603 bp이고 57.21% G+C이고 플라스미드는 244,163 bp이고 53.14% G+C였다. 4,180개의 단백질 코딩서열이 과 49개의 tRNA와 18개의 rRNA 유전자와 함께 확인되었다.
  • 향장원료 개선을 위한 미생물 탐색 실험을 통하여 Marinobacter salarius HL2708#2을 제주도의 용암 해수 환경에서 분리하였다. 균주 HL278#2의 완전한 게놈 서열을 분석하였으며, 원형 염색체는 4,304,603 bp이고 57.

이론/모형

  • Genomic DNA was extracted using the i-genomic BYF mini kit (iNtRON Biotechnology) following the manufacturer’s protocols. Genome sequencing of strain HL2708#2 was performed using PacBio RS II single-molecule real-time (SMRT) sequencing technology (Pacific Biosciences). A standard PacBio library with inserts averaging 20 kb were prepared using 5 µg of genomic DNA and were sequenced, yielding over 113 × genome coverage.
  • , 2011). The graphical circular map of the complete genome was constructed and visualized using Circos v0.67 (Krzywinski et al., 2009).
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참고문헌 (13)

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  11. Petersen TN, Brunak S, von Heijne G, and Nielsen H. 2011. SignalP 4.0: discriminating signal peptides from transmembrane regions. Nat. Methods 8, 785. 

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  13. Wu CH, Apweiler R, Bairoch A, Natale DA, Barker WC, Boeckmann B, Ferro S, Gasteiger E, Huang H, Lopez R, et al. 2006. The universal protein resource (UniProt): an expanding universe of protein information. Nucleic Acids Res. 34, D187-D191. 

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