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[국내논문] 엽록체 전장유전체 정보를 이용한 Solanum hougasii 특이적 분자마커 개발
Development of Solanum hougasii-specific markers using the complete chloroplast genome sequences of Solanum species 원문보기

Journal of plant biotechnology = 식물생명공학회지, v.47 no.2, 2020년, pp.141 - 149  

김수정 (대구대학교 과학생명융합대학 원예학과) ,  박태호 (대구대학교 과학생명융합대학 원예학과)

초록
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Solanum hougasii는 감자 야생종 중의 하나로 다양한 종류의 병원균에 대해 저항성을 가지고 있어 감자 육종에서 중요한 재료로 이용되고 있다. S. hougasii는 이질6배체이나 4배체인 감자와 EBN이 4로 같아 직접적인 교배로 육종에 활용될 수 있다. 본 연구에서는 NGS 기술에 의해 완성된 S. hougasii의 엽록체 전장 유전체(cpDNA)와 이를 다른 Solanum종과의 비교를 통해 개발한 분자마커에 대해 보고하였다. S. hougasii의 전체 cpDNA의 크기는 155,549 bp였으며 그 구조는 다른 Solanum 종과 매우 유사하였다. S. hougasii의 cpDNA와 가지과에 속하는 10개 종의 cpDNA 코딩서열을 이용하여 분석한 계통수에서는 S. hougasii와 S. stoloniferum이 거의 동일한 유전체 구성을 보였으며, 다음으로 S. berthaultii 및 S. tuberosum과 유연관계가 가까운 것으로 확인되었다. S. hougasii와 다른 다섯 종의 Solanum과의 전체 cpDNA 다중 정렬을 통해 S. hougasii 특이적인 다섯 개의 InDel과 43개의 SNP 영역을 구명하였으며 이를 기반으로 최종적으로 PCR을 기반으로 한 네 개의 S. hougasii 특이적 마커를 개발하였다. 본 연구의 결과는 Solanum 종들을 대상으로 한 조금 더 세부적인 진화적 그리고 육종적 측면에서의 연구에 기여를 할 수 있을 것이다.

Abstract ▼ AI-Helper 아이콘AI-Helper

Solanum hougasii, one of the wild Solanum species, has been widely used in potato breeding since it exhibits excellent resistance to diverse important pathogens. S. hougasii can be directly crossed with the cultivated tetraploid potato (S. tuberosum) owing to its EBN (Endosperm Balanced Number) valu...

Keyword

#PCR-based marker   #cpDNA   #Potato   #SNPs   #Solanum hougasii  

AI 본문요약
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문제 정의

  • 본 연구에서는 앞서 Cho et al. (2018)에 의해 간략히 보고된 바 있는 S. hougasii의 전체 cpDNA에 대한 조금 더 상세한 정보를 제공하며, 이와 가지과(Solanaceae) 다른 종의 cpDNA와 비교 분석하고 이를 통해 개발한 PCR 기반의 S. hougasii 특이적 분자마커 개발에 대한 결과를 제공하고자 한다.
본문요약 정보가 도움이 되었나요?

질의응답

핵심어 질문 논문에서 추출한 답변
S. hougasii가 감자와 교배를 통한 품종 육성이 가능한 이유는 무엇인가? 2007). S. hougasii는 6배 체이나 EBN (Endosperm Balanced Number)이 4로 재배되고 있는 4배체 감자와 동일한 EBN을 가지고 있어 이론적으로 감자와 직접적인 교배를 통한 품종 육성에 이용될 수 있다 (Cho et al. 1997; Hawkes 1990; Haynes and Qu 2016; Ortiz and Ehlenfeldt 1992; Spooner et al.
Solanum hougasii는 무엇인가? Solanum hougasii는 감자 야생종 중의 하나로 다양한 종류의 병원균에 대해 저항성을 가지고 있어 감자 육종에서 중요한 재료로 이용되고 있다. S.
S. hougasii의 cpDNA 세부구조는 어떻게 구성되어 있는가? MF471372). 세부적인 구조는 18,373 bp의 SSC 영역과 85,990 bp의 LSC 영역을 연결하는 25,593 bp의 IR 영역으로 구성된 전형적인 4분할 구조이며, 다른 Solanum속의 다른 종들과 비교할 때 약간 긴 편이나, S. stoloniferum보다는 18 bp 짧은 것으로 나타났다(Table 1). 
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