$\require{mediawiki-texvc}$

연합인증

연합인증 가입 기관의 연구자들은 소속기관의 인증정보(ID와 암호)를 이용해 다른 대학, 연구기관, 서비스 공급자의 다양한 온라인 자원과 연구 데이터를 이용할 수 있습니다.

이는 여행자가 자국에서 발행 받은 여권으로 세계 각국을 자유롭게 여행할 수 있는 것과 같습니다.

연합인증으로 이용이 가능한 서비스는 NTIS, DataON, Edison, Kafe, Webinar 등이 있습니다.

한번의 인증절차만으로 연합인증 가입 서비스에 추가 로그인 없이 이용이 가능합니다.

다만, 연합인증을 위해서는 최초 1회만 인증 절차가 필요합니다. (회원이 아닐 경우 회원 가입이 필요합니다.)

연합인증 절차는 다음과 같습니다.

최초이용시에는
ScienceON에 로그인 → 연합인증 서비스 접속 → 로그인 (본인 확인 또는 회원가입) → 서비스 이용

그 이후에는
ScienceON 로그인 → 연합인증 서비스 접속 → 서비스 이용

연합인증을 활용하시면 KISTI가 제공하는 다양한 서비스를 편리하게 이용하실 수 있습니다.

Precise mapping of the transcription start sites of human microRNAs using DROSHA knockout cells 원문보기

BMC genomics, v.17, 2016년, pp.908 -   

Jeong, Geon (Department of Biochemistry, Chonnam National University Medical School, Gwangju, Korea) ,  Lim, Yeong-Hwan (Department of Biochemistry, Chonnam National University Medical School, Gwangju, Korea) ,  Kim, Young-Kook (Department of Biochemistry, Chonnam National University Medical School, Gwangju, Korea)

Abstract AI-Helper 아이콘AI-Helper

BackgroundThe expression of microRNAs (miRNAs) is primarily regulated during their transcription. However, the transcriptional regulation of miRNA genes has not been studied extensively owing to the lack of sufficient information about the promoters and transcription start sites of most miRNAs.Resul...

주제어

참고문헌 (30)

  1. 1. Ha M Kim VN Regulation of microRNA biogenesis Nat Rev Mol Cell Biol 2014 15 509 524 10.1038/nrm3838 25027649 

  2. 2. Kim YK Extracellular microRNAs as biomarkers in human disease Chonnam Med J 2015 51 51 57 10.4068/cmj.2015.51.2.51 26306299 

  3. 3. Esteller M Non-coding RNAs in human disease Nat Rev Genet 2011 12 861 874 10.1038/nrg3074 22094949 

  4. 4. Kim YK Kim VN Processing of intronic microRNAs EMBO J 2007 26 775 783 10.1038/sj.emboj.7601512 17255951 

  5. 5. Rodriguez A Griffiths-Jones S Ashurst JL Bradley A Identification of mammalian microRNA host genes and transcription units Genome Res 2004 14 1902 1910 10.1101/gr.2722704 15364901 

  6. 6. Morlando M Ballarino M Gromak N Pagano F Bozzoni I Proudfoot NJ Primary microRNA transcripts are processed co-transcriptionally Nat Struct Mol Biol 2008 15 902 909 10.1038/nsmb.1475 19172742 

  7. 7. Kataoka N Fujita M Ohno M Functional association of the Microprocessor complex with the spliceosome Mol Cell Biol 2009 29 3243 3254 10.1128/MCB.00360-09 19349299 

  8. 8. Agranat-Tamir L Shomron N Sperling J Sperling R Interplay between pre-mRNA splicing and microRNA biogenesis within the supraspliceosome Nucleic Acids Res 2014 42 4640 4651 10.1093/nar/gkt1413 24464992 

  9. 9. Marsico A Huska MR Lasserre J Hu H Vucicevic D Musahl A Orom U Vingron M PROmiRNA: a new miRNA promoter recognition method uncovers the complex regulation of intronic miRNAs Genome Biol 2013 14 R84 10.1186/gb-2013-14-8-r84 23958307 

  10. 10. Ozsolak F Poling LL Wang Z Liu H Liu XS Roeder RG Zhang X Song JS Fisher DE Chromatin structure analyses identify miRNA promoters Genes Dev 2008 22 3172 3183 10.1101/gad.1706508 19056895 

  11. 11. Saini HK Enright AJ Griffiths-Jones S Annotation of mammalian primary microRNAs BMC Genomics 2008 9 564 10.1186/1471-2164-9-564 19038026 

  12. 12. Corcoran DL Pandit KV Gordon B Bhattacharjee A Kaminski N Benos PV Features of mammalian microRNA promoters emerge from polymerase II chromatin immunoprecipitation data PLoS One 2009 4 10.1371/journal.pone.0005279 19390574 

  13. 13. Chien CH Sun YM Chang WC Chiang-Hsieh PY Lee TY Tsai WC Horng JT Tsou AP Huang HD Identifying transcriptional start sites of human microRNAs based on high-throughput sequencing data Nucleic Acids Res 2011 39 9345 9356 10.1093/nar/gkr604 21821656 

  14. 14. Marson A Levine SS Cole MF Frampton GM Brambrink T Johnstone S Guenther MG Johnston WK Wernig M Newman J Connecting microRNA genes to the core transcriptional regulatory circuitry of embryonic stem cells Cell 2008 134 521 533 10.1016/j.cell.2008.07.020 18692474 

  15. 15. Georgakilas G Vlachos IS Paraskevopoulou MD Yang P Zhang Y Economides AN Hatzigeorgiou AG microTSS: accurate microRNA transcription start site identification reveals a significant number of divergent pri-miRNAs Nat Commun 2014 5 5700 10.1038/ncomms6700 25492647 

  16. 16. Chang TC Pertea M Lee S Salzberg SL Mendell JT Genome-wide annotation of microRNA primary transcript structures reveals novel regulatory mechanisms Genome Res 2015 25 1401 1409 10.1101/gr.193607.115 26290535 

  17. 17. Nepal C Coolen M Hadzhiev Y Cussigh D Mydel P Steen VM Carninci P Andersen JB Bally-Cuif L Muller F Lenhard B Transcriptional, post-transcriptional and chromatin-associated regulation of pri-miRNAs, pre-miRNAs and moRNAs Nucleic Acids Res 2016 44 3070 3081 10.1093/nar/gkv1354 26673698 

  18. 18. Kim YK Kim B Kim VN Re-evaluation of the roles of DROSHA, Export in 5, and DICER in microRNA biogenesis Proc Natl Acad Sci U S A 2016 113 E1881 1889 10.1073/pnas.1602532113 26976605 

  19. 19. Lee Y Kim M Han J Yeom KH Lee S Baek SH Kim VN MicroRNA genes are transcribed by RNA polymerase II EMBO J 2004 23 4051 4060 10.1038/sj.emboj.7600385 15372072 

  20. 20. Kim YK Wee G Park J Kim J Baek D Kim JS Kim VN TALEN-based knockout library for human microRNAs Nat Struct Mol Biol 2013 20 1458 1464 10.1038/nsmb.2701 24213537 

  21. 21. Consortium EP An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome Nature 2012 489 57 74 10.1038/nature11247 22955616 

  22. 22. Cooper SJ Trinklein ND Anton ED Nguyen L Myers RM Comprehensive analysis of transcriptional promoter structure and function in 1 % of the human genome Genome Res 2006 16 1 10 10.1101/gr.4222606 16344566 

  23. 23. Tabach Y Brosh R Buganim Y Reiner A Zuk O Yitzhaky A Koudritsky M Rotter V Domany E Wide-scale analysis of human functional transcription factor binding reveals a strong bias towards the transcription start site PLoS One 2007 2 10.1371/journal.pone.0000807 17726537 

  24. 24. Koudritsky M Domany E Positional distribution of human transcription factor binding sites Nucleic Acids Res 2008 36 6795 6805 10.1093/nar/gkn752 18953043 

  25. 25. Whitfield TW Wang J Collins PJ Partridge EC Aldred SF Trinklein ND Myers RM Weng Z Functional analysis of transcription factor binding sites in human promoters Genome Biol 2012 13 R50 10.1186/gb-2012-13-9-r50 22951020 

  26. 26. Kannan MB Solovieva V Blank V The small MAF transcription factors MAFF, MAFG and MAFK: current knowledge and perspectives Biochim Biophys Acta 1823 2012 1841 1846 

  27. 27. Ach RA Wang H Curry B Measuring microRNAs: comparisons of microarray and quantitative PCR measurements, and of different total RNA prep methods BMC Biotechnol 2008 8 69 10.1186/1472-6750-8-69 18783629 

  28. 28. Heo I Joo C Cho J Ha M Han J Kim VN Lin28 mediates the terminal uridylation of let-7 precursor MicroRNA Mol Cell 2008 32 276 284 10.1016/j.molcel.2008.09.014 18951094 

  29. 29. Langmead B Salzberg SL Fast gapped-read alignment with Bowtie 2 Nat Methods 2012 9 357 359 10.1038/nmeth.1923 22388286 

  30. 30. Kent WJ Sugnet CW Furey TS Roskin KM Pringle TH Zahler AM Haussler D The human genome browser at UCSC Genome Res 2002 12 996 1006 10.1101/gr.229102.ArticlepublishedonlinebeforeprintinMay2002 12045153 

관련 콘텐츠

원문 보기

원문 URL 링크

*원문 PDF 파일 및 링크정보가 존재하지 않을 경우 KISTI DDS 시스템에서 제공하는 원문복사서비스를 사용할 수 있습니다.

오픈액세스(OA) 유형

GOLD

오픈액세스 학술지에 출판된 논문

저작권 관리 안내
섹션별 컨텐츠 바로가기

AI-Helper ※ AI-Helper는 오픈소스 모델을 사용합니다.

AI-Helper 아이콘
AI-Helper
안녕하세요, AI-Helper입니다. 좌측 "선택된 텍스트"에서 텍스트를 선택하여 요약, 번역, 용어설명을 실행하세요.
※ AI-Helper는 부적절한 답변을 할 수 있습니다.

선택된 텍스트

맨위로