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[국내논문] 열역학적 데이터에 기반한 DNA/DNA 연쇄 결합 반응 시뮬레이션
Simulation of DNA/DNA Hybridization Chain Reaction Using Thermodynamic Data 원문보기

한국정보과학회 03 가을학술발표논문집(2), 2003 Oct., 2003년, pp.772 - 774  

장하영 (서울대학교 공과대학 컴퓨터공학부 바이오지능 연구실) ,  신수용 (서울대학교 공과대학 컴퓨터공학부 바이오지능 연구실) ,  장병탁 (서울대학교 공과대학 컴퓨터공학부 바이오지능 연구실)

초록
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DNA/DNA의 연쇄 결합 반응에 대한 시뮬레이션을 열역학적 데이터를 이용하여 구현하였다. 1-Base의 non Watson-Crick 결합과, dangling end(결합이 이루어진 두개의 DNA strand 중 한쪽 끝이 다른 쪽 끝보다 길거나 짧은 경우)를 허용하는 nearest-neighbor model을 사용하여 구현된 이 모델에서는 한번의 hybridization만을 예측하는 것이 아니라 연속적인 결합 반응의 시뮬레이션이 가능하다. 이를 통해서 분자 알고리즘의 설계와 검증이 가능할 뿐만 아니라, cross-homology의 검사를 통한 시퀀스의 검증까지도 가능하다. 이러한 in silico 에서의 접근 방식은 효율적인 분자 알고리즘의 개발과 신뢰성 있는 시퀀스의 설계에 도움이 될 수 있다.

AI 본문요약
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문제 정의

  • 본 논문에서는 현재 개발하고 있는 DNA 컴퓨팅 시뮬레이터인 NACST/Sim 의 여러 구성 요소 중 하나인 ONA/DNA 연쇄 결합 반응 시뮬레이터를 소개하겠다. 연쇄 결합 반응의 시뮬레이션은 열역학적인 데이터와 artificial chemistry를 기반으로 하여 이루어진다.
  • 본 논문에서는 1一Base의 non Watson-Crick 결합과, dangling end를 허용하는 nearest-neighbor mod 이을 사용하여 DNA/DNA의 연쇄 결합 반응을 시뮬레이션 하고 □ 결과를 제시하였다. 구현된 시뮬레이터는 NACST/se이[5]에서 사용된 m비tiobjective ev이니tiona「y algorithm에 대한 decision make「로 사용되는 것 뿐만 아니라 실제 실험에서 발생할 수 있는 모든 가능한 연쇄결합 반응을 시뮬레이션 할 수 있기 때문에 실제 실험에 앞서 DNA 컴퓨팅에 있어 발생할 수 있는 문제점들을 미리 확인해 볼 수 있다.
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