OECD등 국제기구와 현재 국회에 계류 중인 물 관리기본법 제정(안)등에서 물 이용자에 대한 수익자 부담 원칙을 요구하고 있어, 농업용수의 대부분을 관리하고 있는 한국농어촌공사 관리지역의 농업용수 이용료(구 조합비) 면제에 대한 문제점이 제기되고 일부 전문가들 사이에서도 농업용수 이용료 부과의 필요성이 지속적으로 제기되고 있는 실정이다. 이러한 시점에서 과거 농업용수 이용료(구 조합비) 부과 및 면제의 역사를 살펴보고, 농업용수 및 농업 농촌의 특성을 고려한 농업용수 이용에 따른 수익자 부담원칙에 대하여 검토하였다. 농업용수 이용료는 1908년 수리조합이 시작된 이후 1999년까지 조합비 형태로 부과하다가 2000년 농업용 수관련 3개 기관이 공사로 통합하면서 면제가 되었고, 지난 10년 동안 외부(OECD 등)의 요구뿐만 아니라 내부적으로도 농업용수관리 비용증가로 인한 이용료 부과가 필요하다는 주장이 제기되었다. 한편 이용료 부과시 농업인 경제적 부담증가, 농업용수관리 정책의 혼선, 농업인 반발로 인한 사회문제화, 이용료 징수의 실효성 및 실익성에 대한 문제가 발생될 수 있다. 따라서 농업용수이용에 대하여 단순히 수익자 부담원칙 준수를 요구만 할 것이 아니라 면제에 대한 역사적, 사회경제적인 배경과 농업 농촌의 특성을 이해하고 국내외적으로 대두되는 수익자 부담원칙에 대하여 어떻게 합리적인 방법과 사회적인 합의를 이끌어 낼 것인가 장기적인 연구와 검토가 필요하다. 또한 비용부담측면만이 아니라 농업인의 물 관리 참여(PIM, Participatory Irrigation Management)등을 통한 수익자부담 원칙 달성 및 비용절감을 유도할 수 있는 제 3의 방안을 찾아야 한다.