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NTIS 바로가기EDISON SW 활용 경진대회 논문집. 제5회(2016년), 2016 Mar. 22, 2016년, pp.96 - 101
양진솔 (Department of Chemistry, Seoul National University) , 백민경 (Department of Chemistry, Seoul National University) , 석차옥 (Department of Chemistry, Seoul National University)
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핵심어 | 질문 | 논문에서 추출한 답변 |
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단백질-리간드 도킹이란? | 단백질-리간드 도킹은 단백질과 이에 대응하는 작은 리간드 분자가 단백질의 결합자리에 결합하여 이루는 복합체의 구조를 예측하는 방법으로, 1980 년대 처음 연구가 시작된 후 structure-based drug discovery 등에 유용하게 사용될 수 있는 방법으로 주목을 받으며 꾸준히 연구되고 있다.1,3 | |
단백질-리간드 도킹에서 무엇이 중요한가? | 앞서 언급한 바에서 알 수 있듯이 단백질-리간드 도킹에서는 가능한 리간드의 구조들을 잘 샘플링하는 것이 중요한데, 아무리 scoring 을 잘한다고 하더라도 실제와 들어맞는 binding pose 가 만들어지지 않는다면 결코 좋은 결과를 얻을 수 없기 때문이다. | |
단백질-리간드 복합체 구조를 예측하는 과정은? | 단백질-리간드 복합체 구조를 예측하기 위해서는 두 가지 중요한 과정이 필요하다. 먼저 가능한 다양한 binding mode 들을 나타내는 거대한 conformational space 을 다양하게 샘플링 할 수 있어야 하고, 그 후에는 각각의 예측된 binding mode 들의 interaction energy 를 정확히 예측할 수 있어야 한다. 시중에 나와 있는 많은 단백질-리간드 도킹프로그램들은 보통 torsion angle 에 변화를 주어 다양한 리간드 구조를 만들고 이를 scoring 하는 과정을 energy minimum 에 도달할 때까지 반복하여 리간드의 binding pose 를 예측하고 있다. |
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