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단백질 아미노산의 단순 곡면 표현 기법
Simple Surface Representation for Protein Amino Acids 원문보기

한국정보처리학회 2016년도 춘계학술발표대회, 2016 Apr. 29, 2016년, pp.687 - 688  

김구진 (경북대학교 컴퓨터학부)

초록

본 논문에서는 잔기 유연성(residue flexibility)을 가진 단백질 아미노산에 대한 기하학적인 계산 효율성을 높이기 위해 아미노산을 단순 곡면으로 표현하는 기법을 제안한다. 잔기 유연성을 가진 아미노산은 고정된 백본(backbone)에 대해 잔기가 회전하는 특성을 갖는다. 단순 곡면 표현기법을 이용하여 아미노산의 충돌 감지 속도 효율성을 높일 수 있다.

AI 본문요약
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문제 정의

  • 본 논문에서는 각 아미노산 별로, 서로 공유결합된 원자들의 열(sequence)을 밀접하게 둘러싸는 단순 곡면들을 계산함으로써, 단백질 분자를 단순 곡면들의 집합으로 표현하고자 한다. 각 아미노산은 기하학적인 계층 구조를 가지며, 잔기가 회전할 경우 회전축의 위치 및 이에 대한 하위 원자들의 상대적인 거리가 거의 일정하게 유지된다.
  • 본 논문에서는 각 아미노산을 단순 곡면으로 표현하는 방법을 제안하였다. 제안된 단순 곡면 표현은 잔기 유연성을 가진 아미노산의 최소 거리 및 충돌 탐지 계산의 효율성을 높일 수 있다.

가설 설정

  • ., An-1 이 링을 구성하고, 모든 Ai(0≤i<n)와 A(i+1)%n 사이에 공유결합이 잇다고 가정하다.
  • 공유결합된 원자 쌍 A1, A2 가지 주어지고, 이들은 링에 포함되지 않는다고 가정하다. A1, A2 의 중심점이 각 p1, p2이고 반경이 r1, r2 (r1≤r2)라 하자.
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