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서지분석을 통한 노화 관련 유전자 정보 데이터베이스 구축
Construction of the Aging Related Gene Database using Text-mining 원문보기

한국콘텐츠학회 2013년도 춘계 종합학술대회 논문집, 2013 May 24, 2013년, pp.41 - 42  

유석종 (한국과학기술정보연구원 국가슈퍼컴퓨팅연구소) ,  박준호 (충북대학교 정보통신공학부) ,  유재수 (충북대학교 정보통신공학부)

초록
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최근 노령화가 급속히 진행되면서 노화에 대한 연구가 활발히 진행되고 있다. 하지만 노화현상은 광범위한 표현형을 지니고 있는 생명현상으로 이에 대한 체계적인 연구를 지원하기 위한 웹포털 사이트가 필요한 실정이다. 특히 노화에 따른 질병과의 연관성 및 관련 유전자에 대한 정보를 수집하고 이를 체계적으로 분석할 수 있는 통합정보시스템은 향후 노화연구를 지원하기 위한 가장 핵심적인 요소라고 할 수 있다. 본 연구에서는 기존 노화와 관련된 461개의 유전자를 기반으로 관련된 질병과의 연관성을 OMIM 데이터베이스를 활용하여 분석하였다. 또한 관련 단백질의 기능을 GO데이터베이스 분석을 통해 유전자의 기능을 분석하였다. Pubmed에서 제공하는 노화관련 논문들의 MeSH 정보 분석을 통해서 노화와 관련된 용어를 분석하였다. 노화와 관련된 64개의 유전자를 키워드로 NCBI의 pubmed 데이터베이스로부터 관련논문을 다운로드 받아 생물학적 상호작용 정보를 추출했다. 생물학적 상호작용은 NCBI에서 제공하는 Metamap 데이터베이스를 기반으로 각각의 생물학적 용어를 정의했다. 현재 노화 유전자 64개에 대해 128,729개의 생물학적 상호작용 정보를 추출했고, 8대 노인성만성질환에 대해 301,176개의 생물학적 상호작용 정보를 추출하였다.

AI 본문요약
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문제 정의

  • 노화에 대한 기존 연구를 이를 다양한 관점에서 분석 하는 것은 향후 노화 연구에 대한 시작점으로 현재 이를 제공하기위한 종합적인 분석은 이루어지고 있지 못했다. 본 연구에서는 노화에 관여하는 유전자에 대해 질병 및단백질의 기능분석을 추가하여 연구자가 노화 관련 유전자의 다양한 정보를 열람할 수 있도록 데이터베이스를 구축하였다. 또한 노화에 관여하는 유전자에 대해 질병및 단백질의 기능분석을 추가하여 연구자가 노화 관련 유전자의 다양한 정보를 열람할 수 있도록 데이터베이스를 구축하였으며, 서지분석을 통해 기존 문헌에서 노화와 관련된 생물학적 상호작용정보를 추출하여 생물학적 조절기작에 대한 네트워크를 구축함으로써 향후 노화관련 연구에 활용할 수 있도록 하였다.
  • 현재 국제적으로는 GenAge 데이터베이스 [1]가 가장 많은 노화관련 유전자정보를 제공하고 있으 며, 분자 수준, 생리학적 수준, 병리학적 수준의 노화 관련 데이터를 통합하여 노화의 전반적인 형질에의 정보는 Digital Ageing Atlas(DAA)[2]가 제공하고 있다. 본 연구에서는 이러한 다차원의 생물학적 네트워크를 생성하기 위해 서지분석을 위한 텍스트마이닝기법 개발과 이를 기반으로 생물학적 네트워크의 데이터베이스화 및 이를 연구자가 손쉽게 열람하고 그 생물학적 의미를 파악할 수 있도록 하였다.
  • 노화와 관련된 중요 유전자는 이미 GenAge데이터베이스를 통해 보고되었다. 본 연구에서는 향후 서지분석을 통해 찾아진 유전자를 지속적으로 관리할 수 있도록 AgingDic 데이터베이스 내에 유전자 정보 및 관련 정보를 수록하고자 했다. 특히 서지분석을 통해 찾아진 유전자와 기존 보고된 유전자간의 상관성과 향후 관련된 유전자들이 관여하는 신호전달 네트워크 등을 지속적으로 확장할 필요성이 있기 때문에 데이터베이스 설계시 확장성을 고려해 설계했다.
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