초록 ▼

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1. 분석자 서문

지금까지 게놈서열이 해석된 것은 약 600종 이상으로 단백질 서열의 수로 따지면 500만 개 이상의 단백질 서열이 공공 데이터베이스에 저장, 공개되었다. 그러나 최근 10년 간의 폭발적인 유전자 정보의 증가에도 불구하고 생명에 대한 우리의 이해는 그 속도를 따라가고 있지 못하다. 게놈 프로젝트는 단순히 게놈의 염기서열 정보만을 읽었을 뿐 게놈을 구성하고 있는 여러 유전자, 단백질의 기능과 역할은 아직 밝혀내지 못했다.
한편, 개개의 단백질의

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1. 분석자 서문

지금까지 게놈서열이 해석된 것은 약 600종 이상으로 단백질 서열의 수로 따지면 500만 개 이상의 단백질 서열이 공공 데이터베이스에 저장, 공개되었다. 그러나 최근 10년 간의 폭발적인 유전자 정보의 증가에도 불구하고 생명에 대한 우리의 이해는 그 속도를 따라가고 있지 못하다. 게놈 프로젝트는 단순히 게놈의 염기서열 정보만을 읽었을 뿐 게놈을 구성하고 있는 여러 유전자, 단백질의 기능과 역할은 아직 밝혀내지 못했다.
한편, 개개의 단백질의 기능과 역할을 실험적으로 밝히는 것은 시간적으로나 비용적으로나 대단히 힘든 일로 인간의 단백질의 경우 현재까지 약 20% 정도만이 그 기능과 특성이 일부 밝혀졌을 뿐이다. 단백질의 구조는 단백질의 기능을 밝히는 데 중요한 단초를 제공하나 이 또한 현재까지 1% 정도만이 그 구조가 실험적으로 결정되었을 뿐이다. 단백질의 기능을 실험적으로 결정한다 하더라도 해당 단백질에 대한 정보가 전혀 없는 상태에서 시작하는 것은 이에 소요되는 시간과 비용을 생각해 볼 때 대단히 위험한 일이다. 그러므로 실험적인 접근에 앞서 적은 시간과 비용이 소요되는 컴퓨터를 이용한 접근 방법으로 관심이 가는 단백질의 성질에 대한 가설을 세우거나 특정 역할을 담당할 단백질의 범위를 좁힐 필요가 있다.
본 분석자료는 이러한 컴퓨터를 이용한 기능 예측 기법들을 포괄적으로 소개하고 있다. 일반연구자들은 컴퓨터를 이용하는 기법에 대해서 너무 어려워하거나 혹은 지나치게 신뢰를 하는 경우가 많은데, 이 자료에서는 각각의 기법이 가지는 장점과 한계점을 지적함으로써 일반연구자들이 해당 자료를 이용하는 데 필요한 배경지식을 전달하고 있다.


2. 목

1. 개요
1.1 용어

2. 유사성에 기반한 기능 예측
2.1 서열기반 기능예측의 과정
2.2 Family 분류 기법
2.3 기능구별잔기(function-discriminating residues)
2.4 Motif기반의 방법

3. 단백질 상호작용 예측
3.1 서열유사성을 이용한 방법
3.2 서열유사성을 이용하지 않는 방법

4. 서열유사성에 근거하지 않는 방법

5. 구조기반 기능예측
5.1 fold비교를 통한 기능 예측
5.2 국소구조주형 비교를 통한 기능 예측
5.3 국소구조의 특징 비교를 통한 예측

6. 결론

참고문헌



3. 원문정보
David Lee et al. , Predicting protein function from sequence and structure, nature reviews in molecular cell biology, 2007 년 12월

※ 이 자료의 분석은 University of Pittsburgh의 장진원님께서 수고해 주셨습니다.