초록 ▼

본 연구 과제에서 수행한 연구는 다양한 시스템생물학 모델링 방법의 융합, 여러 가지 생체점보 데이터베이스들의 융합, 생물학 관련 지식 베이스 구축 및 그 활용, 그리고 이 각 모든 부분들을 하나의 통합된 프레임워크로 융합함으로써 일반적인 시스템생물학에서의 생체 시스템 모델링 및 실험, 분석 등을 수행할 수 있는 기반 시스템을 구축하고자 하는 것이다. 연구 결과를 정리해보면 다음과 같다1. 모델 라이브러리$\bullet$ 시스템 생물학 핵심 모델 기반 조사 모델을 만들고 이를 시뮬레이션 하기 위한 프레임워크를 개발

본 연구 과제에서 수행한 연구는 다양한 시스템생물학 모델링 방법의 융합, 여러 가지 생체점보 데이터베이스들의 융합, 생물학 관련 지식 베이스 구축 및 그 활용, 그리고 이 각 모든 부분들을 하나의 통합된 프레임워크로 융합함으로써 일반적인 시스템생물학에서의 생체 시스템 모델링 및 실험, 분석 등을 수행할 수 있는 기반 시스템을 구축하고자 하는 것이다. 연구 결과를 정리해보면 다음과 같다1. 모델 라이브러리$\bullet$ 시스템 생물학 핵심 모델 기반 조사 모델을 만들고 이를 시뮬레이션 하기 위한 프레임워크를 개발하기 위해서는 우선적으로 기존의 알려진 모델링 방법론에 대한 조사가 필요$\bullet$ 모델 라이브러리 구축 SBML, CellML 과 같이 호환이 가능한 생체 내 네트워크 모델들을 모아 Model repository를 구축하여 연구자가 필요로 하는 모델들에 보다 손쉽게 접근할 수 있도록 함$\bullet$ Cene RUBY 유전자 조절 네트워크 구축 소프트웨어 시작품(CeneRUBY)을 구현$\bullet$ MONET : CeneRUBY를 바탕으로 더욱 향상된 알고리즘 적용을 통해, 유전자 조절 네트워크 구축 소프트웨어로서 현장에서 사용이 가능한 수준의 MONET시스템을 개발2. 데이터 라이브러리$\bullet$ 기존의 구축된 샘물학적 데이터베이스 상세 구조 분석 : 기존에 구축되어있는 생물학 관련 DB를 분야에 따라 구분한 다음, 각 분야에서 대표적인 DB를 선택하여 그 구조를 분석$\bullet$ 이종의 데이터베이스 통합을 위한 시작품(prototype) BIRDIE 구현 : 제작한 BIRDIE는 기존 데이터베이스의 문제점인 이종의 데이터베이스에 대한 접근 제한성 개선하여 서로 다른 생물학 DB도 마치 하나의 DB인 것처럼 검색 가능한 DBMS$\bullet$ UHICORN : BIRDIE를 바탕으로 생물 정보에 대한 접근 모델을 제안하고, 바이오정보 통합 검색 시스템인 UNICORN을 개발3. 지식 라이브러리$\bullet$ 단백질 서열 모티프 사이의 연관성을 탐사하며 MOCHA 데이터베이스 구축$\bullet$ 온톨로지 분석