초록 ▼

본 연구 과제에서 수행한 연구는 다양한 시스템생물학 모델링 방법의 융합,여러 가지 생체정보 데이터베이스들의 융합, 생물학 관련 지식 베이스 구축 및 그 활용, 그리고 이 각 모든 부분들을 하나의 통합된 프레임워크로 융합함으로써 일반적인 시스템생물학에서의 생체 시스템 모델링 및 실험, 분석 등을 수행할 수 있는 기반 시스템을 구축하고자 하는 것이다. 연구 결과를 정리해보면 다음과 같다
1. 모델 라이브러리
- 시스템 생물학 핵심 모델 기반 조사 : 모델을 만들고 이를 시뮬레이션 하기 위한 프레임워크를 개발하기 위해서는 우선

본 연구 과제에서 수행한 연구는 다양한 시스템생물학 모델링 방법의 융합,여러 가지 생체정보 데이터베이스들의 융합, 생물학 관련 지식 베이스 구축 및 그 활용, 그리고 이 각 모든 부분들을 하나의 통합된 프레임워크로 융합함으로써 일반적인 시스템생물학에서의 생체 시스템 모델링 및 실험, 분석 등을 수행할 수 있는 기반 시스템을 구축하고자 하는 것이다. 연구 결과를 정리해보면 다음과 같다
1. 모델 라이브러리
- 시스템 생물학 핵심 모델 기반 조사 : 모델을 만들고 이를 시뮬레이션 하기 위한 프레임워크를 개발하기 위해서는 우선적으로 기존의 알려진 모델링 방법론에 대한 조사가 필요
- 모델 라이브러리 구축 : SBML, CellML 과 같이 호환이 가능한 생체 내 네트워크 모델들을 모아 Model repository를 구축하여 연구자가 필요로 하는 모델들에 보다 손쉽게 접근할 수 있도록 함
- Gene RUBY : 유전자 조절 네트워크 구축 소프트웨어 시작품(GeneRUBY)을 구현
- MONET : GeneRUBY를 바탕으로 더욱 향상된 알고리즘 적용을 통해, 유전자 조절 네트워크 구축 소프트웨어로서 현장에서 사용이 가능한 수준의 MONET 시스템을 개발
2. 데이터 라이브러리
- 기존의 구축된 생물학적 데이터베이스 상세 구조 분석:기존에 구축되어있는 생물학 관련DB를 분야에 따라 구분한 다음,각 분야에서 대표적인DB를 선택하여 그 구조를 분석
- 이종의 데이터베이스 통합을 위한 시작품(Prototype) BIRDIE 구현 : 제작한 BIRDIE는 기존 데이터베이스의 문제점인 이종의 데이터베이스에 대한 접근 제한성 개선하여 서로 다른 생물학 DB도 마치 하나의 DB인 것처럼 검색 가능한 DBMS
- UNICORN : BIRDIE 를 바탕으로 생물 정보에 대한 접근 모델을 제안하고, 바이오정보 통합 검색 시스템인 UNICORN을 개발
3. 지식 라이브러리
- 단백질 서열 모티프 사이의 연관성을 탐사하여 MOCHA 데이터베이스 구축
- 온톨로지 분석

Abstract ▼

Analysis of data specificity for each module library
-Analysis of biological model's specificity for model library
-Analysis of biological information databases's specificity for data library
-Analysis and make insure of domain knowledge for knowledge library
Design of library system for

Analysis of data specificity for each module library
-Analysis of biological model's specificity for model library
-Analysis of biological information databases's specificity for data library
-Analysis and make insure of domain knowledge for knowledge library
Design of library system for systematic metabolic network analysis
-Design of model library system
-Design of data library system
-Design of knowledge library system

목차 Contents

• 제 1 장. 연구개발과제의 개요...11
• 1 절. 연구개발의 목적...11
• 2 절. 연구개발의 필요성...12
• 1. 기술적 측면...12
• 2. 경제.산업적 측면...13
• 3. 사회.문화적 측면...13
• 3 절. 연구개발 범위 및 세부 내용...14
• 제 2 장. 국내외 기술개발 현황...15
• 1 절. 국내외 관련 분야 기술 개발 현황...15
• 2 절. 연구 개발 결과가 국내외 기술개발현황에서 차지하는 위치...19
• 1. 모델 라이브러리...19
• 2. 데이터라이브러리...19
• 3. 지식라이브러리...20
• 제 3 장. 연구개발수행 내용 및 결과...21
• 1 절. 모델 라이브러리...21
• 1. 시스템 생물학 핵심 모델 기반 조사...21
• 2. 모델 라이브러리 구축...21
• 3. Gene RUBY...22
• 4. MONET...22
• 2 절. 데이터 라이브러리...24
• 1. 기존의 구축된 생물학적 데이터베이스 상세 구조 분석...24
• 2. 이종의 데이터베이스 통합을 위한 시작품(Prototype) BIRDIE 구현...25
• 3. UNICORN...26
• 3 절. 지식 라이브러리...28
• 1. 단백질 서열 모티프 사이의 연관성을 탐사하여 MOCHA 데이터베이스 구축...28
• 2. 온톨로지 분석...29
• 제 4 장. 목표달성도 및 관련분야에의 기여도...31
• 제 5 장. 연구개발결과의 활용계획...34
• 1 절. 모델 라이브러리...34
• 2 절. 데이터 라이브러리...34
• 3 절. 지식 라이브러리...34
• 제 6 장. 연구개발과정에서 수집한 해외과학기술정보...35