보고서 정보
주관연구기관 |
서울대학교 Seoul National University |
연구책임자 |
정구흥
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참여연구자 |
김희준
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보고서유형 | 최종보고서 |
발행국가 | 대한민국 |
언어 |
한국어
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발행년월 | 2004-10 |
과제시작연도 |
2003 |
주관부처 |
과학기술부 |
사업 관리 기관 |
한국과학재단 Korea Science and Engineering Foundtion |
등록번호 |
TRKO200900069475 |
과제고유번호 |
1350015224 |
사업명 |
기초연구지원 |
DB 구축일자 |
2013-04-18
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키워드 |
B형 간염 바이러스.간암.단백질 상호 작용.host factor.2차원 전기 영동 분석.질량 분석.Hepatitis B virus.Hepatocellular carcinoma.protein-protein interaction.host factor.2-D gel electrophoresis.Mass spectrometry.
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초록
▼
HBV genome 복제의 시작으로, HBV polymerase에 의한 priming 과정에 연관된
host factor를 규명하며 또한 HBV polymerase와 pregonomic RNA의 packaing에 관여하
는 host factor를 규명한다. 이들 host factor의 규명과 함께 이 factor들과 HBV
gene product와의 상호 관계를 밝혀낸다. 또한 HBV 관련 간암 proteome 분석을 통하
여 간암 관련 유전자들을 발굴하고 이들의 단백질 상호작용을 규명하고 mass
spe
HBV genome 복제의 시작으로, HBV polymerase에 의한 priming 과정에 연관된
host factor를 규명하며 또한 HBV polymerase와 pregonomic RNA의 packaing에 관여하
는 host factor를 규명한다. 이들 host factor의 규명과 함께 이 factor들과 HBV
gene product와의 상호 관계를 밝혀낸다. 또한 HBV 관련 간암 proteome 분석을 통하
여 간암 관련 유전자들을 발굴하고 이들의 단백질 상호작용을 규명하고 mass
spectrometry를 이용한 새로운 단백질 상호작용 분석 방법을 모색한다. 이를 통하여
HBV의 replication 기작을 보다 심도 깊게 이해할 수 있도록 하고, 더 나아가 항 HBV
및 간암 치료제 개발에 보다 접근 할 수 있도록 하는 것이 기본 목표이다.
HBV 단백질 (polymerase, core protein 등)과 상호작용을 하는 단백질을 발굴하여
HBV 단백질의 기능과 관련된 host factor 발굴 및 그 기능을 연구한다. 단백질 상호
작용의 효과적인 검색을 위해서 mass spectroscopy를 이용한다. 또한 HBV 관련 간
암 조직에 대한 proteome 분석을 통하여 HBV 관련 간암에 관련된 단백질들을 발굴
하고 그 단백질의 단백질 상호작용 검색을 통하여 새로운 host factor 발굴 및 기능연
구를 수행한다. 이를 위해 2-DE, MALDI-MS, immunoprecipitation 실험 방법을 이
용한다.
1. 2-DE와 MALDI-MS를 이용하여, 간암 환자들로부터 정상, 간경화, 간암 조직의
proteome을 분석하여 단백질 발현상에서 유의한 차이를 보이는 21개의 간암 관련 유
전자를 발굴하였다.
2. HBV와 간암 사이의 관계 규명을 위한 작업으로, HBV 관련 간암 환자, HCV 관
련 간암 환자, 비바이러스성 간암환자와 같은 세 그룹의 환자로부터 비간암 조직과
간암 조직을 분리하여 proteome 변화를 분석하였다. 그 결과 60개의 간암 관련 유전
자를 발굴하여 HBV, HCV 관련 여부에 따른 단백질 발현 변화를 규명하였다.
3. HBV의 core 단백질을 E. coli에서 과발현시킨 후 이를 이용하여 HBV core
affinity colum과 MALDI-MS 분석을 통하여 protein-protein interaction을 나타내는
새로운 host factor을 검색하였다. 그 결과 cytokeratin, B23과 같은 새로운 host
factor를 발굴하였다.
4. 1, 2 차년도의 HBV 관련 간암 proteome 분석 결과 얻은 단백질 profile 중 heat
shock protein, antioxidant enzyme 등의 단백질을 선정하여, 간암 발달 단계가 다른
많은 수의 간암 환자 조직에 대하여 IHC와 immunoblot 분석을 통한case study를 수
행하였다. 또한 이들 단백질에 대한 protein-protein interaction 검색 실험을 통하여
10여가지의 새로운 host factor을 발굴하였다.
5. 단백질 상호작용 연구에 있어 우리가 찾아낸 단백질마다 어느 아미노산 잔기가
관여하는지를 조사하는 것이 중요하다.이를 위하여 간단한 펩타이드인 안지오텐신과
글루코즈와의 상호 작용을 모델로 하여 단백질 상호작용 분석을 위한 새로운 고분해
능 질량분석 방법을 모색하였다.
6. 이러한 연구 성과는 HBV의 단백질와 protein-protein interaction을 하는 host
factor 뿐 아니라 HBV 관련 간암에서 중요한 역할을 할 것으로 기대되는 단백질과
관련된 host factor 발굴을 통하여 HBV 관련 간암 발달 기작을 규명하는데 유용한
정보를 제공한다.
Abstract
▼
The purpose of this project is resolving of unknown factors implicated in steps of HBV polymerase priming and encapsidation. As well as the findings, the mechanistic detail of interaction between the factors and HBV gene product will be investigated. Also, to understand the mechanism of hepatocarci
The purpose of this project is resolving of unknown factors implicated in steps of HBV polymerase priming and encapsidation. As well as the findings, the mechanistic detail of interaction between the factors and HBV gene product will be investigated. Also, to understand the mechanism of hepatocarcinogensis, through the proteome analysis of HBV associated HCC, we find the HCC related proteins and then perform protein-protein interaction analysis. We search host factors that interated with HBV protein (polymerase, core protein etc..). We use mass spectroscopy for effective search of protein-protein interaction. Also, we searched proteins related with HBV associated HCC through proteome analysis about HBV related hepatocarcinogenesis and achieve new host factor finding and its functional study through protein-protein interaction. In this research, we use 2-DE, MALDI-MS, and immunoprecipitation method. 1. Using 2-DE and MALDI-MS,we performed the proteome analysis of three types liver tisse ( normal, cirrhotic, and tumor). As a reult, we found 21 proteins associated with HCC 2. For analysis of relationship between HBV and HCC, we performed the proteome analysis of three groups (HBV related, HCV related, non-viral reltaed HCCs) liver tissues. As a result, we found 60 HCC related genes. 3. Using overexpressed HBV core protein in E.coli system, we searched new host factors that interated with HBV core protein through MALDI-MS analysis and HBV core affinity colume. As a result, we found the new host factors such as cytokeratin, B23. 4. We had chosen heat shock proteins and antioxidant enzymes fo our HCC related protein profile.And then we performed the case study through the immunoblot and immunohistochemical analyses in large number of HCC patients. Also, we found the 10 host factors of through a protein-protein interaction experiment. 5. It is important that investigate in protein that we search in protein interaction research what amino acid residue is concerned.To develope the newmass spectrometry method for protein interaction analysis,we searched interatction with angitensin that is simple peptide and glucose by model. 6. In conclusion, we carried out an extensive proteomic analysis of liver tissues from large number of HCC patients and identified proteins showing interacted with HBV proteins of HCC related proteins. It is hoped that our results could help understand the molecular mechanism of HBV associated HCC and provide as diagnostic markers and therapeutic targets for HCC.
목차 Contents
- Ⅰ. 연구계획 요약문...3
- 1. 국문요약문...3
- Ⅱ. 연구결과 요약문...4
- 1. 국문요약문...4
- 2. 영문요약문...5
- Ⅲ. 연구내용...6
- 1. 서론...6
- 2. 연구방법 및 이론...13
- 3. 결과 및 고찰...20
- 4. 결론...47
- 5. 인용문헌...48
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