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다염기변이 유전체와 메타유전체 조립 및 일배체형 추출
Assembly and haplotype inference of polymorphic genomes and metagenomes 원문보기

보고서 정보
주관연구기관 연세대학교 산학협력단
보고서유형최종보고서
발행국가대한민국
언어 한국어
발행년월2010-06
과제시작연도 2009
주관부처 교육과학기술부
사업 관리 기관 한국연구재단
National Research Foundation of Korea
등록번호 TRKO201100004116
과제고유번호 1345101291
DB 구축일자 2013-04-18
키워드 인강유전체 일배체형,다염기변이유전체,메타유전체,유전체 서열조립,유전체 서열조립 평가,데이터베이스구축Human haplotypes,Polymorphic genome,Metagenome,Genome Assembly,Quality assessment,Database construction

초록 ▼

특정 환경에서 생존하는 많은 미생물들로 구성된 유전체집합은 염기변이로 인해 서열조립의 복잡성이 증가한다. 본 연구는 미생물들의 유전체집합에 특화된 서열결정방법을 개발하는 것을 목표로 한다. 이를 위해 메타유전체의 서열조립으로부터 일배체형을 유추하는 것과 인간유전체와 서열조립으로부터 일배체형을 유추하는 방법론을 개발하였다. 이 과정에서 유전체 서열 조립을 평가할 수 있는 툴(tool)과, 메타유전체에서 상대적인 비교를 가능하게 해주는 브라우저(browser)를 개발하였다. 또한 연구 수행 과정에서 축적된 Next-generation

Abstract

목차 Contents

  • 표지 ... 1
  • 제출문 ... 3
  • 보고서 요약서 ... 4
  • 요약문 ... 5
  • Summary ... 6
  • Contents ... 7
  • 목차 ... 8
  • 제1장 연구개발과제의 개요 ... 9
  • 제2장 국내외 기술개발 현황 ... 10
  • 제3장 연구개발수행 내용 및 결과 ... 11
  • 제1절 RNA Editing Project ... 11
  • 제2절 다염기변이 혹은 메타유전체들을 상호비교하기 위한 브라우저(comparative browser) 개발 ... 12
  • 제3절 다염기변이 혹은 메타유전체 조립을 위한 Quality assessment tool 개발 ... 13
  • 제4절 인간유전체에서 일배체형을 추출하는 알고리즘 개발 ... 15
  • 제5절 메타유전체에서 일배체형을 추출하는 알고리즘 개발 ... 16
  • 제6절 BARM : 유전자 조립 알고리즘과 레퍼런스 얼라인머트 방법을 접목한 메타유전체 비닝 방법 ... 18
  • 제7절 유전체 특징과 유전체 조각 길이의 상관관계에 대한 뉴클레오티드 빈도에 기반을 둔 비교 연구 ... 20
  • 제8절 유전체 조립 방법을 접목한 올리고뉴클레오티드 빈도 기반 메타유전체 비닝 방법 ... 21
  • 제9절 Microarray data classifier consisting of k-Top Scoring rank-comparison decision rules with a variable number of genes ... 22
  • 제10절 차세대 시퀀싱으로 생성된 페어드 엔드 리드를 이용한 CNV 발견 기법 ... 23
  • 제11절 고차원 데이터를 위한 관측값 기반의 자동화된 유사도 추론 ... 23
  • 제12절 COPY NUMBER VARIATIONS DETECTING APPARATUS AND METHOD ... 23
  • 제13절 CLASS LABEL PREDICTING APPARATUS AND METHOD ... 24
  • 제4장 목표달성도 및 관련분야에의 기여도 ... 25
  • (1) 연구개발의 최종목표 ... 26
  • (2) 연차별 연구개발 목표 및 내용 ... 26
  • (3) 계획대비 달성도(선정시 제시된 연구목표) ... 27
  • (4) 위 연구목표(총연구기간)에서 중요도 순으로 4-5개 목표 추출 및 가중치 부여 ... 28
  • 제5장 연구개발결과의 활용계획 ... 29
  • 제6장 연구개발과정에서 수집한 해외과학기술정보 ... 30
  • 제7장 참고문헌 ... 31
  • 끝페이지 ... 32

연구자의 다른 보고서 :

참고문헌 (25)

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