[국가R&D연구보고서]수출입 식물병 검역을 위한 진단기술 개발 Development of molecular diagnostic methods for quarantine plant pathogens원문보기
보고서 정보
주관연구기관
서울대학교 Seoul National University
보고서유형
최종보고서
발행국가
대한민국
언어
한국어
발행년월
2013-07
과제시작연도
2012
주관부처
농림축산식품부 Ministry of Agriculture, Food and Rural Affairs(MAFRA)
연구관리전문기관
농림수산식품기술기획평가원 Korea Institute of Planning and Evalution for Technology of Food, Agriculture, Forestry and Fisherie
등록번호
TRKO201400000151
과제고유번호
1545004055
사업명
수출전략기술개발사업
DB 구축일자
2014-05-07
초록▼
Ⅳ. 개발결과 검역대상 곰팡이, 세균, 바이러스를 포함한 식물병원체를 효과적으로 진단하기 위하여, 많은 종류의 검역 대상 병원체들의 시료를 확보하였다. 확보한 시료와 기존에 알려진 병원체의 염기서열 정보들을 바탕으로 다양한 방법의 분자생물학적 기법들을 이용하여 진단키트를 개발하였다. 곰팡이의 경우 곡류, 채소류, 화훼류 수입 식물에서 빈번히 검출될 가능성이 있는 검역종과 근연종 곰팡이의 검출과 동정을 위해 총 32종 PCR 증폭용 프라이머를 개발하였으며, 과수 및 수목류 검역대상 주요 곰팡이의 진단 기술 개발을 위해 분자적 마
Ⅳ. 개발결과 검역대상 곰팡이, 세균, 바이러스를 포함한 식물병원체를 효과적으로 진단하기 위하여, 많은 종류의 검역 대상 병원체들의 시료를 확보하였다. 확보한 시료와 기존에 알려진 병원체의 염기서열 정보들을 바탕으로 다양한 방법의 분자생물학적 기법들을 이용하여 진단키트를 개발하였다. 곰팡이의 경우 곡류, 채소류, 화훼류 수입 식물에서 빈번히 검출될 가능성이 있는 검역종과 근연종 곰팡이의 검출과 동정을 위해 총 32종 PCR 증폭용 프라이머를 개발하였으며, 과수 및 수목류 검역대상 주요 곰팡이의 진단 기술 개발을 위해 분자적 마커를 만들어 PCR을 이용하여 쉽고 빠르게 검출 할 수 있는 방법을 개발하였다. 병원성 세균의 경우 국내 식물검역대상 병원세균 5종에 대한 전체 염기서열을 결정하였으며, PCR 및 Taqman PCR용 프라이머를 개발하였다. 식물바이러스의 경우 총 22종의 RNA바이러스에 대한 RT-PCR를 이용한 동정 기법을 개발하였고, 검역용 10종의 식물 바이러스를 대상으로 ELISA와 RT-PCR을 이용한 동정방법을 개발하였다. 식물병원균 정보, 분자 표지 정보를 포함한 각종 실험적 결과, 계통분류학적 정보 등을 웹에서 입력, 수정, 삭제 기능을 포함하는 관리 시스템을 구축하였으며, 유전체 정보를 활용하여 상동성 검색 프로그램인 BLAST와 다중서열정렬을 수행하는 ClustalW 및 다중서열 정렬에 기반한 계통분류학적 분석을 수행할 수 있는 QIMS 시스템을 개발하였다.
Abstract▼
Ⅳ. The results For efficient development of detecting quarantine plant pathogens including fungi, bacteria, and viruses, many plant samples infected with plant pathogens were obtained. With obtained samples, we developed detection kits using diverse molecular biological methods based on known seq
Ⅳ. The results For efficient development of detecting quarantine plant pathogens including fungi, bacteria, and viruses, many plant samples infected with plant pathogens were obtained. With obtained samples, we developed detection kits using diverse molecular biological methods based on known sequences for pathogens. In case of fungi, we developed a total of 32 primer pairs for PCR to detect fungi which could be frequently identified in crops, vegetables, and flowering plants. For fungi infecting trees, molecular markers based on PCR were developed. In case of pathogenic bacteria, whole genome sequences for five bacteria were determined and detection methods based on PCR and Taqman PCR were developed. In case of quarantine plant viruses, RT-PCR based detection tools were developed for a total of 22 different viruses. In addition, we developed detection methods for 10 quarantine plant viruses based on ELISA and RT-PCR. Moreover, the development of QIMS turned out to be functionally well operating as the detection of 100% homogeny based on molecular marker sequences, from the internally stored molecular marker database, had been proved. For the blind test, the result retrieved in link with NCBI non-redundant database showed a genus level accuracy and provided basis for the identification. This would be improved to yield more accurate information with consistent updates of the corresponding database.
목차 Contents
표지 ... 1
제 출 문 ... 3
요 약 문 ... 5
SUMMARY(영문요약문) ... 6
CONTENTS(영문목차) ... 7
목 차 ... 8
제 1 장 개발과제의 개요 ... 9
제 1절 연구개발의 목적 및 필요성 ... 9
제 2 절 연구개발의 범위 ... 10
제 2 장 국내외 기술개발 현황 ... 11
제 1 절 국내외 관련 특허 분석 ... 11
제 2 절 국내외 관련 논문 분석 ... 13
제 3 절 국내외 기타 데이터베이스 분석 ... 13
제 3 장 개발수행 내용 및 결과 ... 18
제 1 절 주요 검역대상 식물 바이러스의 RT-PCR 진단기법 및 진단용 표준시료개발 ... 18
제 2 절 식물병원균 검역 정보 관리 시스템 (QIMS) 구축을 위한 데이터베이스 구축 및 관리 시스템 개발 ... 46
제 3 절 곡류, 채소, 화훼류 작물 검역대상 주요 곰팡이의 진단기술 개발 ... 63
제 4 절 과수 및 수목류 검역대상 주요 곰팡이의 진단기술 개발 ... 121
제 5 절 주요 검역대상 식물 병원성 세균의 진단기법 및 진단용 표준시료개발 ... 190
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