[보고서] 3세대 유전자 조작 기술을 이용한 인간 유전자 녹아웃 라이브러리 개발

배상수

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[국가R&D연구보고서] 3세대 유전자 조작 기술을 이용한 인간 유전자 녹아웃 라이브러리 개발
A library of RNA-guided Endonuclease spanning the human genome 원문보기

보고서 정보
주관연구기관	한양대학교 HanYang University
연구책임자	배상수
보고서유형	최종보고서
발행국가	대한민국
언어	한국어
발행년월	2016-11
과제시작연도	2015
주관부처	과학기술정보통신부 Ministry of Science and ICT
연구관리전문기관	한국연구재단 National Research Foundation of Korea
등록번호	TRKO201800006619
과제고유번호	1345239189
사업명	이공학개인기초연구지원
DB 구축일자	2018-05-12
DOI	https://doi.org/10.23000/TRKO201800006619

초록 ▼

(1) 유전자 타겟 사이트 검색 프로그램 개발
- 본 연구진은 크리스퍼 유전자가위 타겟 사이트를 찾아주고, 오작동 타겟을 수초 이내의 매우 빠른 시간 안에 찾아줄 수 있는 Cas-OFFinder라는 독창적 프로그램을 개발하였음.
- 이 연구결과는 생물정보학 최고 권위지인 Bioinformatics (IF 5.766, 현재 130회 인용됨) 저널에 2014년 출간되었음.
- 컴퓨터 프로그램에 익숙하지 않은 연구자들도 누구나 쉽게 사용할 수 있도록 웹 인터페이스를 통해 공개하였음. (http://www.rgenome.net/cas-offinder/)

(2) 작동 효율이 높을 가능성이 있는 타겟 검색 방법 개발
- 본 연구진은 TALEN, RGEN을 이용하여 완전 녹아웃이 일어날 가능성이 높은 타겟을 예측해주는 프로그램을 개발하였고, 실제 실험을 통해 검증해 내었음.
- 이 연구결과는 세계적인 권위지인 Nature Methods (IF 25.328, 현재 63회 인용됨) 저널에 2014년 출간되었음.
- 컴퓨터 프로그램에 익숙하지 않은 연구자들도 누구나 쉽게 사용할 수 있도록 웹 인터페이스를 통해 공개하였음. (http://www.rgenome.net/mich-calculator/)

(3) 인간의 전체 유전자에 대하여 타겟 라이브러리 데이터베이스 구축
- 인간의 2만여개의 유전자에 대한 모든 RGEN 타겟 사이트를 검색하였고, 이에 대한 오작동 가능 사이트들을 Cas-OFFinder 프로그램을 통해 모두 찾아내었음.
- 전체 500만 타겟 사이트에 대해 오작동 가능성, GC 성분, 미세상동염기서열 점수, CDS 커버리지 등을 계산해 내었고, 이를 바탕으로 인간 전체 유전자를 녹아웃하는 라이브러리 데이터베이스를 구축 완료하였음.

(4) 본 과제 관련 주요 연구 성과 (SCI 2편, 국제학회 발표 3회, 국내학회 발표 1회)
- SCI 논문(제1저자): Cas-OFFinder: a fast and versatile algorithm that searches for potential off-target sites of Cas9 RNA-guided endonucleases, Bioinformatics (IF 5.766, 현재 130회 인용됨), 2014년 5월.
- SCI 논문(제1저자): Microhomology-based choice of Cas9 nuclease target sites, Nature Methods (IF 25.328, 현재 63회 인용됨), 2014년 7월.
- 국제학회(발표자): BIT’s 5th Annual World Congress of Molecular & Cell Biology 2015, 중국, 2015년 4월.
- 국내학회(발표자): 한국식물생명공학회 정기학술대회, 한국, 2015년 6월.
- 국제학회(발표자): CiRA/ISSCR 2016 International Symposium, 일본, 2016년 3월.
- 국제학회(발표자): The first A3 Roundtable Meeting on Chemical Probe Research Hub, 일본, 2016년 9월.

(출처 : Ⅰ. 연구결과 요약문 3p)

목차 Contents

표지 ... 1
목차 ... 2
Ⅰ. 연구결과 요약문 ... 3
Ⅱ. 연구내용 및 결과 ... 4
1. 연구과제의 개요 ... 4
2. 국내외 기술개발 현황 ... 5
3. 연구수행 내용 및 결과 ... 5
4. 목표 달성도 및 관련 분야에의 기여도 ... 6
5. 연구결과의 활용계획 ... 7
6. 연구과정에서 수집한 해외과학기술정보 ... 7
Ⅲ. 연구성과 ... 8
끝페이지 ... 9

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