초록 ▼

1) 주어진 유전자 DB에 대해 valid하면서 동시에 specificity가 높은 multiplex primer set을 빠짐없이 한 번에 모두 찾을 수 있는 분산 S/W 시스템
- 사용자로부터 주어진 single primer에 대한 filtering constraint 조건들을 만족하는 primer 들을 빠짐없이 모두 찾는 S/W 콤포넌트
- 앞서 구한 primer들 중에서 사용자로부터 주어진 cross hybridization에 대한 constraint 조건들을 만족하는 primer들을 빠짐없이 모두 찾는 S/W 컴

1) 주어진 유전자 DB에 대해 valid하면서 동시에 specificity가 높은 multiplex primer set을 빠짐없이 한 번에 모두 찾을 수 있는 분산 S/W 시스템
- 사용자로부터 주어진 single primer에 대한 filtering constraint 조건들을 만족하는 primer 들을 빠짐없이 모두 찾는 S/W 콤포넌트
- 앞서 구한 primer들 중에서 사용자로부터 주어진 cross hybridization에 대한 constraint 조건들을 만족하는 primer들을 빠짐없이 모두 찾는 S/W 컴포넌트
- 앞서 구한 primer들 중에서 사용자로부터 주어진 pair primer에 대한 filtering constraint 조건들을 만족하는 primer들을 빠짐없이 모두 찾는 S/W 컴포넌트
- 앞서 구한 primer들에 대해 ranking 기법을 적용하여 qPCR 실험 확률이 높은 순서대로 primer들을 정렬하여 사용자에게 반환하는 S/W 컴포넌트

2) 상기 시스템을 이용하여 MAGE 유전자 진단 기반 폐암 진단에 활용
- 주어진 서열 데이터베이스에 대해 사용자에 의해 주어진 여러 필터링 제약조건들을 만족하고 그 특이성이 검증된 유효한 모든 커버리지의 프라이머쌍들을 디자인
- 기존 방법의 MMRPs를 사용했을 때와 비교해서 nested-PCR을 사용하지 않고도 MAGE유 전자를 검출

( 출처 : 보고서 초록 3p )

Abstract ▼

Primer design is a fundamental technique that is widely used for polymerase chain reaction (PCR). Although many methods have been proposed for primer design, they require a great deal of manual effort to generate feasible and valid primers, including homology tests on off-target sequences using BLAS

Primer design is a fundamental technique that is widely used for polymerase chain reaction (PCR). Although many methods have been proposed for primer design, they require a great deal of manual effort to generate feasible and valid primers, including homology tests on off-target sequences using BLAST-like tools. That approach is inconvenient for many target sequences of quantitative PCR (qPCR) due to considering the same stringent and allele-invariant constraints.

To address this issue, we propose an entirely new method called MRPrimer that can design all feasible and valid primer pairs existing in a DNA database at once, while simultaneously checking a multitude of filtering constraints and validating primer specificity. Furthermore, MRPrimer suggests the best primer pair for each target sequence, based on a ranking method. Through qPCR analysis using 343 primer pairs and the corresponding sequencing and comparative analyses, we showed that the primer pairs designed by MRPrimer are very stable and effective for qPCR. In addition, MRPrimer is computationally efficient and scalable, and therefore useful for quickly constructing an entire collection of feasible and valid primers for frequently updated databases like RefSeq. Furthermore, we suggest that MRPrimer can be utilized conveniently for experiments requiring primer design, especially real-time qPCR.

( 출처 : SUMMARY 5p )

목차 Contents

• 표지 ... 1
• 제 출 문 ... 2
• 보고서 초록 ... 3
• 요 약 문 ... 4
• S U M M A R Y ... 5
• C O N T E N T S ... 6
• 목차 ... 7
• 제 1 장 연구개발과제의 개요 ... 8
• 1절 연구개발의 중요성 ... 8
• 1. 연구의 필요성 ... 8
• 2. 기존 방법들의 문제점 ... 10
• 2절 연구의 목적 및 범위 ... 12
• 제 2 장 국내외 기술개발 현황 ... 14
• 1절 기술개발현황 ... 14
• 2절 연구결과가 국내·외 기술개발현황에서 차지하는 위치 ... 15
• 제 3 장 연구개발수행 내용 및 결과 ... 16
• 1절 연구개발수행 내용 ... 16
• 1. MRPrimer 시스템 ... 16
• 2. MRPrimer 방법 ... 17
• 2절 연구개발수행 결과 ... 29
• 1. MRPrimer 실험 결과 ... 29
• 2. MAGE 유전자 검사 기반 폐암 진단 ... 31
• 제 4 장 목표달성도 및 관련분야에의 기여도 ... 43
• 1절 연구개발목표의 달성도 ... 43
• 2절 관련분야의 기술발전에의 기여도 ... 44
• 제 5 장 연구개발결과의 활용계획 ... 46
• 1절 추가연구 ... 46
• 2절 성과활용방향 ... 46
• 제 6 장 연구개발과정에서 수집한 해외과학기술정보 ... 47
• 1절 특정 하나의 서열을 위한 기존 연구들 ... 47
• 2절 다수의 서열을 위한 기존 연구들 ... 47
• 제 7 장 참고문헌 ... 49
• 끝페이지 ... 53