초록 ▼

본 연구과제는 한국의 호발암인 간암의 암유전체 분석 및 HLA에 결합되어 있는 펩티돔 분석을 통해 간암 특이적 면역원체를 동정 및 검증하는 것으로 아래의 세가지로 수행됨.

○ 한국인 유래 간암세포주의 mRNA-SEQ, HLA A 펩티돔 분석 및 DB 구축
- 한국인 유래 간암세포주 13개 및 외국인 유래 대표적 간암 세포주 4개에 대한 mRNA-SEQ, HLA A 펩티돔 분석을 수행. Public data (외부생산 데이터 및 자체 생산해 기공개된 데이터)를 이용 간암 특이 유전자 동정했으며, 향후 HLA A33:

본 연구과제는 한국의 호발암인 간암의 암유전체 분석 및 HLA에 결합되어 있는 펩티돔 분석을 통해 간암 특이적 면역원체를 동정 및 검증하는 것으로 아래의 세가지로 수행됨.

○ 한국인 유래 간암세포주의 mRNA-SEQ, HLA A 펩티돔 분석 및 DB 구축
- 한국인 유래 간암세포주 13개 및 외국인 유래 대표적 간암 세포주 4개에 대한 mRNA-SEQ, HLA A 펩티돔 분석을 수행. Public data (외부생산 데이터 및 자체 생산해 기공개된 데이터)를 이용 간암 특이 유전자 동정했으며, 향후 HLA A33:03 특이적 펩티드 동정의 기반으로 활용할 수 있는 DB 구축 완료

○ HLA A*33형 한국인 유래 간암 30례의 mRNA-SEQ 및 HLA A 펩티돔 분석
- 간암세포주 데이터와 public data 비교분석을 통한 간암 특이 유전자 10개 이상을 동정 하였고 2000개 이상의 HLA A*33결합 펩티드를 동정하였으며 생 IEDB 등록 데이터 및 HLA-펩티드 결합예측 알고리즘을 이용한 물정보학 분석을 통해서 HLA A*33 결합 펩티드를 예측하고 유의미한 펩티드 후보군을 선정하였음.

○ UV ligand exchange 실험을 이용한 HLA A*33-펩티드 결합의 실험적 검증
- 후보 펩티드와 HLA A *33 의 결합친화력을 검증하기 위한 UV ligand exchange 실험의 수행을 위해 HLA A*33 재조합 단백질 발현하는 벡터를 구축하고 선별된 후보 펩티드를 합성하였음.

HLA A type에 따라 peptide binding pattern이 달라지기 때문에 type별 연구는 대단히 중요하며, 특별히 HLA A*33의 빈도가 상대적으로 높은 한국인 및 아시안에 호발하는 간암과 연계된 연구는 향후 해당 인구집단에서의 항암 백신 개발에 필수적임. 본 연구를 통해 간암에서 동정된 간암 특이적 HLA A*33 결합 펩티드는 추가적인 validation을 거쳐 특허 출원 및 간암 백신으로 개발하고자 함.

(출처 : 요약서 3p)

Abstract ▼

Purpose&Contents
Immune checkpoint inhibitors are making new breakthroughs in cancer treatment. In combination with immune checkpoint inhibitors, new strategies for priming tumor-specific T-cells are under development. Mutanome-based tumor vaccine is one of the promising new strategies. The aim o

Purpose&Contents
Immune checkpoint inhibitors are making new breakthroughs in cancer treatment. In combination with immune checkpoint inhibitors, new strategies for priming tumor-specific T-cells are under development. Mutanome-based tumor vaccine is one of the promising new strategies. The aim of this study is to identify liver cancer-specific immunome by analyzing liver cancer genome and HLA A peptidome analyses.

Results
There are three main research areas.
1. Cancer genomics
- Analyzing liver cancer immunome by analyzing liver cancer genomics data (mutation and expression data). Both public and our own data will be used.
- mRNA-sequencing of liver cancer cases (cancer vs. normal). The same set of samples will be analyzed for HLA A peptidome analysis.
- mRNA-SEQ data will be analyzed for HLA typing, mutation detection, gene expression and pathway analyses.
- 20 liver cancer cell lines, established from Korean patients, and 30 cases of HLA A*33 liver cancer will be analyzed.

2. HLA A peptidome analysis
- Immunoprecipitation of cell or tissue lysates using HLA A antibody.
- Peptide release from HLA A-peptide complexes, followed by de novo sequencing using mass spectrometry.
- In silico prediction of HLA A-peptide binding
- Integrated analysis of peptidome, mRNA-seq data, and public data.
- 20 liver cancer cell lines, established from Korean patients, and 30 cases of HLA A*33 liver cancer will be analyzed.

3. Immunogenicity testing of liver cancer specific HLA A*33 peptides
- Chemical synthesis of liver cancer specific HLA A*33 peptide candidates
- Treat peripheral mononuclear cells from HLA A*33 liver cancer patients (30 cases) with peptides
- Test whether those peptides induce T-cell activation and proliferation by monitoring for example, IFN-gamma

Expected Contribution
1. Development of therapeutic vaccine for HLA A*33 liver cancer
- Liver cancer specific peptides that bind to HLA A*33 can be used for the development of therapeutic vaccines.

2. Development of a new diagnostic method for the early detection of liver cancer
- Immunogenicity testing using liver cancer specific peptides can be used as a new diagnostic method. If PBMCs from a patient proliferate to liver cancer specific peptides, it means that there are T-cell repertoire that recognize these tumor-specific peptides, indicating that there may be tumor cells with those peptides in that patient.

3. Companion diagnositcs for immune checkpoint inhibitor
- immune checkpoint inhibitors are expensive
- Companion diagnostics is important for the efficient use of immune checkpoint inhibitors
- The presence of T-cell repertoire that recognize tumor-specific peptides may be indicative of favorable response to immune checkpoint inhibitors

(출처 : SUMMARY 5p)

목차 Contents

• 표지 ... 1
• 제 출 문 ... 2
• 보고서 요약서 ... 3
• 국문 요약문 ... 4
• SUMMARY ... 5
• 목차 ... 6
• 1. 연구개발과제의 개요 ... 7
• 1-1. 연구개발 목적 ... 7
• 1-2. 연구개발의 필요성 ... 7
• 1-3. 연구개발 범위 ... 7
• 2. 국내외 기술개발 현황 ... 8
• 3. 연구수행 내용 및 결과 ... 10
• 4. 목표달성도 및 관련분야 기여도 ... 26
• 4-1. 목표달성도 ... 26
• 4-2. 관련분야 기여도 ... 29
• 5. 연구결과의 활용계획 ... 30
• 6. 연구과정에서 수집한 해외과학기술정보 ... 31
• 7. 연구개발성과의 보안등급 ... 31
• 8. 국가과학기술종합정보시스템에 등록한 연구시설·장비 현황 ... 31
• 9. 연구개발과제 수행에 따른 연구실 등의 안전조치 이행실적 ... 32
• 10. 연구개발과제의 대표적 연구실적 ... 32
• 11. 기타사항 ... 33
• 12. 참고문헌 ... 33
• [별첨2]최종보고서 평가 면제요청서 (매출액 달성) ... 34
• [별첨3]최종보고서 비공개 승인요청서 ... 35
• [별첨4]임상‧오믹스 정보생산 실적서 ... 36
• [별첨5]실적 증빙자료 ... 38
• 끝페이지 ... 42