초록 ▼

□ 연구의 목적 및 내용
본 연구는 유전체 관련 링크드오믹스 데이터를 구축하고, 연구맞춤형 시맨틱 검색과 파편화된 유전자 발현 데이터를 통합 분석할 수 있는 연구지원 플랫폼 개발을 목적으로 하였음. 이를 위해서 유전체 데이터 검색 및 병합 모듈을 개발하고 유전체 온톨로지를 구축함으로써 연구자들의 통합적인 데이터 분석을 용이하도록 하였음. 또한 여러 다양한 속성을 가진 오믹스 데이터를 통합하고 링크드 오믹스 데이터베이스 구축하였음. 단백질 상호작용을 기반으로 한 유전자 네트워크 분석 모듈과 Enrichment 분석 모듈을 개발하

□ 연구의 목적 및 내용
본 연구는 유전체 관련 링크드오믹스 데이터를 구축하고, 연구맞춤형 시맨틱 검색과 파편화된 유전자 발현 데이터를 통합 분석할 수 있는 연구지원 플랫폼 개발을 목적으로 하였음. 이를 위해서 유전체 데이터 검색 및 병합 모듈을 개발하고 유전체 온톨로지를 구축함으로써 연구자들의 통합적인 데이터 분석을 용이하도록 하였음. 또한 여러 다양한 속성을 가진 오믹스 데이터를 통합하고 링크드 오믹스 데이터베이스 구축하였음. 단백질 상호작용을 기반으로 한 유전자 네트워크 분석 모듈과 Enrichment 분석 모듈을 개발하고 환자생존율을 반영한 바이오마커 분석을 진행하였음. 또한 바이오 연구에 도움을 주기 위해서 개발된 유전체 데이터 분석 도구를 공개하고 통합적인 분석 및 유전체 분석 리포팅 기능을 포함한 편의기능을 추가하려 하였음.

□ 연구결과
본 연구에서는 유전체 데이터 온톨로지를 구축하고 유전체 데이터를 검색하고 병합하는 모듈을 개발하였으며 이를 통해서 연구자가 유전체에 보다 용이하게 접근할 수 있도록 하였음. 또한 단백질 상호작용 데이터, 생물학 패스웨이 데이터, miRNA 데이터, 약물정보오믹스 데이터 통합 하고 시맨틱 매핑 기술을 통한 통합 데이터베이스 구성 링크드 오믹스 데이터를 구축함으로써 차후 여러 연구에서 사용할 수 있도록 하였음.
또한 데이터 분석을 위해서 단백질 상호작용을 반영한 유전자 네트워크 분석 모듈을 개발하여 연구자가 관찰하고 싶은 유전자 그룹의 현재 단백질 상호작용 네트워크 상의 연결관계를 보여줄 수 있도록 하였으며 Enrichment 분석 모듈을 통해 여러 Gene Group을 연구자가 관심있어 하는 유전체 혹은 단백질 그룹과 관계가 있는지를 분석할 수 있도록 하였으며 환자 생존률에 기반을 한 연구 데이터의 분류 및 데이터 분석을 가능하도록 하였음. 이를 위해서 유전체 데이터를 분석할 수 있도록 모듈을 개발 및 공개하여 연구자들의 분석 설계에 따른 데이터 분석을 쉽게 할 수 있도록 하였으며 온라인 유전체 데이터 사이트를 만들어서 분석에 활용할 수 있도록 하였음. 또한 수집한 유전체 데이터를 유지할 수 있도록 하여 차후 유전체 데이터의 변경에 대응할 수 있도록 하였음.

□ 연구결과의 활용계획
본 연구에서 통합된 유전체 데이터 분석 서비스를 개인 연구자들이 활용할 수 있도록 간소화 및 GUI 개선을 통해서 쉽게 접근 가능할 수 있는 통합 플랫폼으로 개선해 연구 성과를 확대할 예정임.
또한 다른 생명공학 연구자의 사전 연구나 검증을 위해 필요한 High-throughput 데이터 검색과 수집을 공동 연구를 통해 질환 특이적 바이오 마커를 수집하려 함.
또한 임상에서 축적된 임상 데이터를 통합 분석 및 다양한 관점에서 분석이 가능하므로 의생명과학 연구자와 제약업계 연구자들의 암 연구와 약물 개발을 효율적으로 도울 수 있는 협업 연구를 진행할 계획임.
시스템 생물학, 의생명과학분야에서 통합 분석을 통한 진단 마커 혹은 약물 제시와 같은 연구를 위한 초기 도구로 활용 가능 하도록 사용자 편의성을 증대시킬 예정임.
추가 진행중인 과제에서 타겟이 명확한 주제를 바탕으로 본 연구에서 도출된 시맨틱 구조 설계와 비정형적 데이터의 통합에서 나온 성과물을 직접적으로 활용하여 질환 특이적인 네트워크 구조를 통해 직접 적용이 가능한 약물 재배치 연구를 진행할 예정임.

(출처 : 연구결과 요약문 4p)

Abstract ▼

□ Purpose& contents
The purpose of this study was to develop a research support platform for constructing genome related linked omics data and integrating research tailored semantic search and fragmented gene expression data. We developed a genome data retrieval and merge module and constructed a

□ Purpose& contents
The purpose of this study was to develop a research support platform for constructing genome related linked omics data and integrating research tailored semantic search and fragmented gene expression data. We developed a genome data retrieval and merge module and constructed a genome ontology to facilitate researchers' comprehensive data analysis. In addition, we tried to construct a linked omics database by integrating omics data with various properties and building a linked omics database. We also developed gene network analysis, enrichment analysis module based on protein interaction, marker analysis with consideration of survival data. To help biotech research, we developed a genome data analysis tool and module functions including integrated analysis and genome analysis reporting functions.

□ Result
We developed the modules to construct a genome data ontology and to search and merge genome data, which makes it easier for researchers to access the genome data. The modules also have the functions to integrate protein interaction data, biologic pathway data, miRNA data, drug information omics data, and to manage integrated database configuration through semantic mapping technology.
In order to analyze the data, we developed a gene network analysis module that reflects the protein interaction, so that the researcher can show the connection relation on the current protein interaction network of the gene group that the researcher wants to observe. The module included the enrichment analysis module for the researcher to analysis for interested various gene groups and to investigate whether there is a relationship with the genome or protein group of the patients. The classification and data analysis of the research data based on the patient survival rate were made possible.
For this purpose, we developed and released a module to analyze genomic data, making it easy to analyze the data according to the analysis design of the researchers, and make online genomic data sites available for analysis. Also, it is possible to keep the collected genome data so that it can cope with the change of the genome data.

□ Expected Contribution
We will expand the research results by improving the integration platform that can be easily accessed through simplification and GUI improvement so that the integrated genome data analysis service can be utilized by individual researchers.
In addition, we are trying to collect disease-specific biomarkers through collaborative research on high-throughput data retrieval and collection, which are necessary for prior research or verification by other biotech researchers.
We will carry out collaborative research that can effectively help cancer research and drug development of bioscience researchers and pharmaceutical industry researchers by integrating clinical data accumulated in clinical studies and analyzing them from various perspectives.
By enhancing the usability for the researchers, we anticipate to use this research tool in a system biology’s initial tool for research such as diagnosis markers or drug presentation through integrated analysis in the field of life sciences.
Based on the subject clearly defined in the ongoing project, we will carry out a drug relocation research that can be applied directly through the disease-specific network structure by directly utilizing the results from the semantic structure design derived from this study and the integration of atypical data.

(출처 : SUMMARY 5p)

목차 Contents

• 표지 ... 1
• 목차 ... 2
• 연구계획 요약문 ... 3
• 연구결과 요약문 ... 4
• 한글요약문 ... 4
• SUMMARY ... 5
• 연구내용 및 결과 ... 6
• 1. 연구개발과제의 개요 ... 6
• 2. 국내외 기술개발 현황 ... 7
• 3. 연구수행 내용 및 결과 ... 8
• 4. 목표달성도 및 관련분야에의 기여도 ... 15
• 5. 연구결과의 활용계획 ... 16
• 6. 연구과정에서 수집한 해외 과학기술정보 ... 16
• 7. 주관연구책임자 대표적 연구실적 ... 17
• 8. 참고문헌 ... 17
• 9. 연구성과 ... 18
• 10. 국가과학기술지식정보서비스에 등록한 연구시설‧장비 현황 ... 23
• 11. 연구개발과제 수행에 따른 연구실 등의 안전조치 이행실적 ... 24
• 12. 기타사항 ... 24
• [별첨1] 대 표 연 구 실 적 ... 25
• [별첨2] 세부 목표 관련 증빙 ... 39
• 끝페이지 ... 43