Rhizina undulata의 PCR 검정 및 유전적 특성 분석을 목적으로, rDNA ITS 영역의 염기배열 해석 및 PCR 방법에 의한 토양으로부터 R. undulata의 진단법을 개발하였다. 18S rDNA 부분의 염기서열 분석 결과, 공시한 4종의 균주 모두 1,375 nt의 크기로 동일하였으며, 염기배열도 100% 일치하였다. 한편, rDNA ITS 영역의 염기배열은 585 nt이었고, PDK-1, PTT-1 및 PDJ-9 균주는 염기배열이 100% 동일하였으나, PDS-5균주에서는 두 곳에서 염기의 치환이 발견되었다. 이와 같은 염기배열을 분석하여 제작한 R. undulata rDNA ITS 영역 특이적 primer를 이용한 PCR 검정 결과, R. undulata 균주들에서만 약 525 bp 크기의 ITS 영역 특이적인 증폭산물이 검출되었다. PCR 방법에 의하여 검출할 수 있는 토양 중의 R. undulata 최소 균사량의 한계를 확인하기 위해서, 순수 배양한 R. undulata 균사현탁액을 순차 희석하여 100g의 사양토에 혼합한 다음, 농도별로 균사 혼합한 각각의 토양 시료로부터 추출한 total DNA의 PCR 증폭산물을 분석한 결과, PCR 방법에 의하여 100g의 토양 중에 1 ng의 R. undulata 균사가 함유되어 있는 경우까지 검출이 가능하였다.
Rhizina undulata의 PCR 검정 및 유전적 특성 분석을 목적으로, rDNA ITS 영역의 염기배열 해석 및 PCR 방법에 의한 토양으로부터 R. undulata의 진단법을 개발하였다. 18S rDNA 부분의 염기서열 분석 결과, 공시한 4종의 균주 모두 1,375 nt의 크기로 동일하였으며, 염기배열도 100% 일치하였다. 한편, rDNA ITS 영역의 염기배열은 585 nt이었고, PDK-1, PTT-1 및 PDJ-9 균주는 염기배열이 100% 동일하였으나, PDS-5균주에서는 두 곳에서 염기의 치환이 발견되었다. 이와 같은 염기배열을 분석하여 제작한 R. undulata rDNA ITS 영역 특이적 primer를 이용한 PCR 검정 결과, R. undulata 균주들에서만 약 525 bp 크기의 ITS 영역 특이적인 증폭산물이 검출되었다. PCR 방법에 의하여 검출할 수 있는 토양 중의 R. undulata 최소 균사량의 한계를 확인하기 위해서, 순수 배양한 R. undulata 균사현탁액을 순차 희석하여 100g의 사양토에 혼합한 다음, 농도별로 균사 혼합한 각각의 토양 시료로부터 추출한 total DNA의 PCR 증폭산물을 분석한 결과, PCR 방법에 의하여 100g의 토양 중에 1 ng의 R. undulata 균사가 함유되어 있는 경우까지 검출이 가능하였다.
To investigate genetic diversity and PCR detection of Rhizina undulata, PCR detection and sequence analysis of rDNA ITS region of R. undulata in soil were analyzed and developed. The length of partial 18S rDNA from four R. undulata isolates were 1,375 nt. The sequence similarity of R. undulata isola...
To investigate genetic diversity and PCR detection of Rhizina undulata, PCR detection and sequence analysis of rDNA ITS region of R. undulata in soil were analyzed and developed. The length of partial 18S rDNA from four R. undulata isolates were 1,375 nt. The sequence similarity of R. undulata isolates was 100%. The rDNA ITS regions of R. undulata isolates were 585 nt long. Nucleotide sequencing of the ITS regions showed that PDK-1, PTT-1 and PDJ-9 isolates had 100% sequence identity. But, PDS-5 isolate differed from the three isolates by two nucleotide substitution. R. undulata-specific primers designed by the sequence of ITS region were used in PCR detection of R. undulata. PCR products about 525 bp size, which is specific to R. undulata, were amplified from total DNAs of R. undulata isolates. To assay the sensitivity of PCR detection by R. undulata ITS-specific primer, purely cultured mycelial suspension of R. undulata was serially diluted and mixed with 100g of sterile sandy loam soil, respectively. And then, PCR products of total DNAs extracted from each mycelium-soil mixtures were analysed. The PCR protocol could detected up to 1ng mycelium of R. undulata within 100g of soil.
To investigate genetic diversity and PCR detection of Rhizina undulata, PCR detection and sequence analysis of rDNA ITS region of R. undulata in soil were analyzed and developed. The length of partial 18S rDNA from four R. undulata isolates were 1,375 nt. The sequence similarity of R. undulata isolates was 100%. The rDNA ITS regions of R. undulata isolates were 585 nt long. Nucleotide sequencing of the ITS regions showed that PDK-1, PTT-1 and PDJ-9 isolates had 100% sequence identity. But, PDS-5 isolate differed from the three isolates by two nucleotide substitution. R. undulata-specific primers designed by the sequence of ITS region were used in PCR detection of R. undulata. PCR products about 525 bp size, which is specific to R. undulata, were amplified from total DNAs of R. undulata isolates. To assay the sensitivity of PCR detection by R. undulata ITS-specific primer, purely cultured mycelial suspension of R. undulata was serially diluted and mixed with 100g of sterile sandy loam soil, respectively. And then, PCR products of total DNAs extracted from each mycelium-soil mixtures were analysed. The PCR protocol could detected up to 1ng mycelium of R. undulata within 100g of soil.
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