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문제 정의
- 이런 품종 구분에 쓰인 마커는 고유의 것이 아니어서 앞으로 상업화가 된다면 로얄티 문제가 야기될 수 있다. 따라서, 본 연구는 경북농업기술원 감시험장에서 수집한 감품종을 재료로 하여 품종구분을 할 수 있는 EST-SSR 마커를 개발하고 수집된 종들의 유연관계를 분석하여 육종의 기초자료로 활용하고자 한다.
- 본 연구는 감 수집종의 분류 및 품종 육종을 위하여 ESTSSR 마커를 개발해 유전적 유연관계를 분석하고, 형태적 유연관계를 비교 분석하여 DNA 마커의 효율성을 극대화한 연구 결과이다. 경북농업기술원 상주감시험장에서 수집한 42품종을 대상으로 6가지의 양적형질(과실크기, 과고, 과경, 과경굵기, 과경길이, 종자크기)과 19가지의 질적형질 (횡단면, 종단면, 골의 정도, 얕은 동심원 균열, 옆모양, 정부열과, 세로홈, 꽃받침 끝 주름, 배꼽 홈길이, 꽃받침 쪽의 홈, 꽃받침 크기)을 사용하여 형태적 유연관계를 분석하였다.
가설 설정
- A: Calyx size. B: Calyx attachment of fruit. C: Groove at calyx end of fruit.
- B: Calyx attachment of fruit. C: Groove at calyx end of fruit. D: Attitude of calyx.
- C: Groove at calyx end of fruit. D: Attitude of calyx. E: Cracking at calyx end of fruit.
- E: Cracking at calyx end of fruit. F: Fruit general shape in lateral view. G: Longitudinal grooving of fruit.
- G: Longitudinal grooving of fruit. H: Shallow concentric cracking around apex of fruit. I: Fruit cracking of apex.
- J: Grooving at apex of fruit. K: Fruit general shape in cross section. L: Fruit shape of apex in longitudinal section.
- K: Fruit general shape in cross section. L: Fruit shape of apex in longitudinal section. M: Fruit astringency.
- L: Fruit shape of apex in longitudinal section. M: Fruit astringency. N: Presence of fruit brown specks in fresh.
제안 방법
- 10 μL first strand cDNA synthesis mix와 15 μL 5X 2nd strand synthesis buffer, 1.5 μL dNTP mixture(10 mM)를 제작한 후 DEPC수로 총량을 71 μL로 조정하였다.
- 2 μL 5X 1st strand synthesis buffer, 0.5 μL dNTP mixture(10 mM), 0.5 μL RNase inhibitor(20 unit/μL), 1 μL Oligo dT RA primer(1 μg/μL), 0.5 μL M-MLV reverse transcriptase를 혼합하고 5.5 μL의 주형 RNA를 첨가하여 총량을 10 μL로 조정하였다.
- 30 μ L second strand cDNA, 5 μL 10X Ex Taq buffer, 4 μL dNTP mixture(2.5 mM), 1μL CA primer(20 pmole/μL, 5´-CGTGGTACCATGGTCTAGAGT-3´), 1 μL RA primer (20 pmole/μL, 5´-CTGATCTAGACCTGCAGGCTC-3´), 0.5 μL TaKaRa Ex TaqTM(5 unit/μL), 8.5 μl nuclearase free water로 혼합하고 총 반응액은 50 μL로 조정한 후 PCR을 수행하였다.
- 42개 감 수집종의 형태형질을 가지고 NTsys program을 사용해 유연관계를 나타내는 phylogenetic tree를 작성하였다. 형태적 유연관계에서는 여러 그룹이 형성되었지만 coefficient가 0.
- 5 μL 2X rapid ligation buffer, 1 μL T4 DNA ligase(3 unit/μL), pGEM-T Easy Vector (50 ng/μL)와 cDNA PCR product를 1 : 1 비율로 맞춘 후 nuclearase free water로 총량을 10 μL로 조정하고 4℃에서 12 시간 반응하였다.
- EST-SSR primer에서 증폭된 band의 유, 무에 따라서, 나타난 band는 1로 하고, 나타나지 않은 band는 0으로 하여 유전적 다양성 지표인 polymorphic information content 값의 분석을 PCR 을 통해 증폭된 산물의 크기를 QX DNA size marker (FX174/HaeIII) band를 기준으로 측정하여 작성하였으며, Noise cut off 20%, 100% contrast (1∼100%)로 조절하여 확인이 가능한 밴드만을 선발하였으며 band peak의 붉은색 부분과 data table의 size(bp), conc.
- PCR 산물 중 1 μL를 1.0% agarose gel에 전기영동하고 ethidium bromide에 염색한 후, UV transilluminator에서 cDNA 합성을 확인 하였다.
- PCR 조건은 94℃ 5 분간 반응하고 다시 94℃에서 30 초, 56∼58℃에서 30 초, 72℃ 45 초로 35 cycle 증폭하고 72℃ 5 분간 추가로 반응하였다. PCR 산물은 QIAxcel(QIAGEN Co., Germany)을 사용하여 증폭된 band를 확인하였으며, QX DNA size marker(FX174/ HaeIII)를 통해 크기를 확인하였다. EST-SSR primer에서 증폭된 band의 유, 무에 따라서, 나타난 band는 1로 하고, 나타나지 않은 band는 0으로 하여 유전적 다양성 지표인 polymorphic information content 값의 분석을 PCR 을 통해 증폭된 산물의 크기를 QX DNA size marker (FX174/HaeIII) band를 기준으로 측정하여 작성하였으며, Noise cut off 20%, 100% contrast (1∼100%)로 조절하여 확인이 가능한 밴드만을 선발하였으며 band peak의 붉은색 부분과 data table의 size(bp), conc.
- PCR용액의 조성은 4 μL HiPi PCR Premix(Elpisbio. Korea)를 10 ng의 genomic DNA, forward primer 및 reverse primer는 각각 1 μL(20 pmole/μL)을 섞은 후 nuclearase free water를 사용해 20 μL로 조정한 후, PCR을 수행하였다.
- 2007. Persimmon (Diospyros kaki L.)］에 따라 과실에 관련된 6개 질적형질인 과실무게, 과실횡경, 과경길이, 과 경굵기, 과실종경 등이며, 19개의 양적형질은 과실횡단면 일반적모양, 과실종단면의 정단부 모양, 과실직경대비 꽃받침크기, 꽃받침 자세, 종자색, 과즙량, 과실옆에서 본 일반적인 모양, 과정부 골의 정도, 과정부 동심원균열, 과정부 열과, 과실 세로 홈, 과실 배꼽 홈 깊이, 꽃받침의 홈, 과피색, 과육색, 과육 갈색 반점정도, 종자측면 모양, 떫은 맛, 꽃받침 부착정도 등의 형태적인 특성을 조사하였다.
- cDNA가 pGEM-T-easy vector에 삽입이 확인된 plasmid DNA를 SolGent사(SolGent Co., Korea)에 의뢰하여 염기서열을 분석하였다. 얻어진 염기서열을 분석한 결과를 Microsatellite analysis 프로그램(http://www.
- 경북농업기술원 상주감시험장에서 수집한 42품종에 각 품종의 과실크기, 과실의 횡단면과 종단면 등 25개의 형태적 특징을 조사한 것과 EST-SSR 마커에 의해 조사된 자료를 이용하여 NTsys software 프로그램을 사용하여 dendrogram을 작성하였다. NTsys software 프로그램을 사용하여 유연관계를 분석한 후, phylogenetic tree를 작성하였으며, 분석조건은 비가중산술법(UPGMA; unweighted pair group method with arithmetic)을 사용하였다.
- 본 연구는 감 수집종의 분류 및 품종 육종을 위하여 ESTSSR 마커를 개발해 유전적 유연관계를 분석하고, 형태적 유연관계를 비교 분석하여 DNA 마커의 효율성을 극대화한 연구 결과이다. 경북농업기술원 상주감시험장에서 수집한 42품종을 대상으로 6가지의 양적형질(과실크기, 과고, 과경, 과경굵기, 과경길이, 종자크기)과 19가지의 질적형질 (횡단면, 종단면, 골의 정도, 얕은 동심원 균열, 옆모양, 정부열과, 세로홈, 꽃받침 끝 주름, 배꼽 홈길이, 꽃받침 쪽의 홈, 꽃받침 크기)을 사용하여 형태적 유연관계를 분석하였다. 유전적 유연관계를 분석하기 위해 수집한 감에서 cDNA library를 만들어 sequence를 분석한 후, PCR을 통해 얻은 polymorphism이 인정되는 25개의 primer set에서 16개의 EST-SSR primer set를 선발하였다.
- 1과 같다. 과실무게(fruit weight), 과실횡경(fruit diameter), 과실종경(fruit height), 과경 굵기(fruit stalk thickness), 과경길이(fruit stalk length), 종자무게(seed weight)로 6가지 양적형질과 과실횡단면일반적인 모양(fruit general shape in cross section), 과실종단면의 정단부 모양(fruit shape of apex in longitudinal section), 꽃받침 크기(과실직경대비 꽃받침크기, calyx size), 꽃받침 자세(attitude of calyx), 종자색(seed color), 과즙량(fruit juice), 과형(fruit general shape in lateral view), 과정부 골의 정도(grooving at apex of fruit), 과정부 동심원 균열(shallow concentric cracking around apex of fruit), 과정부 열과(fruit cracking of apex), 과실 세로 홈(longitudinal grooving of fruit), 과실 배꼽 홈 깊이(calyx attachment of fruit), 꽃받침의 홈(groove at calyx end of fruit), 과피색(fruit color of skin), 과육색 (fruit color of fresh), 과육의 갈색 반점(presence of fruit brown specks in fresh), 종자측면 모양(seed shape in lateral view), 떫은 맛(fruit astringency), 꽃받침 부착 정도(cracking at calyx end of fruit) 등 19가지의 질적 형질을 조사하여 분포도를 작성한 결과는 Fig. 2와 같다. 6가지의 양적형질은 정규분포를 나타내었으며, 질적형질에서 꽃받침 자세, 꽃받침 끝의 주름, 꽃받침의 홈, 과정부 동심원 균열, 과즙, 과정부 열과, 과피색, 과육색, 과즙량, 떫은 맛, 과육 갈색반점 정도, 종자색 등은 한가지 특성이 높은 빈도로 나타나 변이의 폭이 좁은 반면에 꽃받침의 부착 정도, 꽃받침 크기, 과형, 과실의 종단면 과정부 모양과 횡단면 모양, 종자측면 모양 등은 넓은 변이 폭을 보여 형태적 품종 구분에 활용도가 높은 형질로 판단되었다.
- EST-SSR 마커 다형성 분석을 위해 개발한 25개의 ESTSSR primer set를 사용하였다. 먼저 5개 수집종의 DNA 샘플을 이용하여 1차 PCR 검정을 하고 PCR이 성공적으로 이루어졌음을 확인 후 모든 품종에 대한 2차 PCR 검정을 하였다. PCR용액의 조성은 4 μL HiPi PCR Premix(Elpisbio.
- 01)를 이용하여 EST-SSR 마커로 이용될 forward primer와 reverse primer 25개를 선발하였다. 선발된 25개의 primer set를 Microsatellite analysis 프로그램(http:// www.wsmartins.net/websat/)을 사용하여 sequence상의 EST-SSR site를 분석한 결과 총 146개의 EST-SSR site를 찾아낸 후 이 부분을 사용하여 EST- SSR primer를 제작하였다. 다형성 분석을 위해 개발한 25개의 ESTSSR primer pair을 사용하여, 먼저 5개 수집종의 DNA를 이용하여 1차 PCR 후 2.
- 0% agarose gel에 전기영동하고 ethidium bromide에 염색한 후, UV transilluminator에서 cDNA 합성을 확인 하였다. 앞에서 제작한 cDNA library PCR을 효소와 불순물을 제거하기 위해 PCR purification kit(QIAGEN Co., Germany)로 정제하고 pGEM-T Easy Vector(Promega Co., USA)에 ligation하였다. 5 μL 2X rapid ligation buffer, 1 μL T4 DNA ligase(3 unit/μL), pGEM-T Easy Vector (50 ng/μL)와 cDNA PCR product를 1 : 1 비율로 맞춘 후 nuclearase free water로 총량을 10 μL로 조정하고 4℃에서 12 시간 반응하였다.
- 경북농업기술원 상주감시험장에서 수집한 42품종을 대상으로 6가지의 양적형질(과실크기, 과고, 과경, 과경굵기, 과경길이, 종자크기)과 19가지의 질적형질 (횡단면, 종단면, 골의 정도, 얕은 동심원 균열, 옆모양, 정부열과, 세로홈, 꽃받침 끝 주름, 배꼽 홈길이, 꽃받침 쪽의 홈, 꽃받침 크기)을 사용하여 형태적 유연관계를 분석하였다. 유전적 유연관계를 분석하기 위해 수집한 감에서 cDNA library를 만들어 sequence를 분석한 후, PCR을 통해 얻은 polymorphism이 인정되는 25개의 primer set에서 16개의 EST-SSR primer set를 선발하였다. 수집한 감 42품종의 형태적 유연관계와 개발한 14개의 EST-SSR 마커를 이용하여 유전적인 유연관계를 분석한 결과 형태적 유연관계에서는 여러 그룹이 형성되었지만 coefficient가 0.
- 5 μL의 주형 RNA를 첨가하여 총량을 10 μL로 조정하였다. 이것을 실온에 10분간 반응시키고 42℃에서 1시간 처리하고 80℃에서 5분간 가열하여 first strand cDNA를 제작하였다.
- 5 μL nuclearase free water을 넣어 총 20 μL로 맞춘 후 37℃에서 1 시간 동안 반응시켰다. 제한효소로 처리한 plasmid DNA를 연쇄반응방지를 위해 10분 동안 얼음에서 처리한 후 0.8% agarose gel에서 전기영동하고 ethidium bromide에 염색한 후, UV transilluminator에서 cDNA 삽입 유, 무를 확인하였다.
- 추출한 plasmid DNA의 cDNA 유, 무를 확인하기 위해 제한효소 EcoRІ(TaKaRa Co., Japan)을 처리해 주었다. 1 μL plasmid DNA, 0.
- 침전물을 완전히 건조시킨 후 5 μL RNase free water에 용해한 후, second strand cDNA에 Ex TaqTM polymerase (TaKaRaCo., Japan)를 사용하여 양 말단에 제한효소 영역(EcoRI)을 가진 adaptor(GAATTC)를 합성하였다.
대상 데이터
- EST-SSR 마커 다형성 분석을 위해 개발한 25개의 ESTSSR primer set를 사용하였다. 먼저 5개 수집종의 DNA 샘플을 이용하여 1차 PCR 검정을 하고 PCR이 성공적으로 이루어졌음을 확인 후 모든 품종에 대한 2차 PCR 검정을 하였다.
- cDNA library는 cDNA Synthesis Kit(TaKaRa Co., Japan)와 cDNA PCR Library Kit(TaKaRa Co., Japan)를 같이 사용하여 제작하였다. 2 μL 5X 1st strand synthesis buffer, 0.
- 마커 개발을 위해 작성한 cDNA가 삽입된 총 252개의 plasmid를 sequencing하였다. 분석된 염기서열을 DNA STAR SeqMan II-expert sequence analysis software(version 5.
- 본 연구는 경북농업기술원 상주감시험장에서 보존중인종 가운데 완전떫은감 37종, 불완전떫은감 1종, 완전단감 2종, 불안전단감 2종을 포함하여 42개 수집 종을 이용하여 (Table 1), UPOV 조사 기준［(http://www.seed.go.kr. 2007.
- 본 연구에 사용하기 위해 경북농업기술원 상주감시험장에서 수집한 42개을 대상으로 형태적 특성을 UPOV 기준에 따라 조사한 결과 Fig. 1과 같다. 과실무게(fruit weight), 과실횡경(fruit diameter), 과실종경(fruit height), 과경 굵기(fruit stalk thickness), 과경길이(fruit stalk length), 종자무게(seed weight)로 6가지 양적형질과 과실횡단면일반적인 모양(fruit general shape in cross section), 과실종단면의 정단부 모양(fruit shape of apex in longitudinal section), 꽃받침 크기(과실직경대비 꽃받침크기, calyx size), 꽃받침 자세(attitude of calyx), 종자색(seed color), 과즙량(fruit juice), 과형(fruit general shape in lateral view), 과정부 골의 정도(grooving at apex of fruit), 과정부 동심원 균열(shallow concentric cracking around apex of fruit), 과정부 열과(fruit cracking of apex), 과실 세로 홈(longitudinal grooving of fruit), 과실 배꼽 홈 깊이(calyx attachment of fruit), 꽃받침의 홈(groove at calyx end of fruit), 과피색(fruit color of skin), 과육색 (fruit color of fresh), 과육의 갈색 반점(presence of fruit brown specks in fresh), 종자측면 모양(seed shape in lateral view), 떫은 맛(fruit astringency), 꽃받침 부착 정도(cracking at calyx end of fruit) 등 19가지의 질적 형질을 조사하여 분포도를 작성한 결과는 Fig.
- 마커 개발을 위해 작성한 cDNA가 삽입된 총 252개의 plasmid를 sequencing하였다. 분석된 염기서열을 DNA STAR SeqMan II-expert sequence analysis software(version 5.01)를 이용하여 EST-SSR 마커로 이용될 forward primer와 reverse primer 25개를 선발하였다. 선발된 25개의 primer set를 Microsatellite analysis 프로그램(http:// www.
- 5% agarose gel에 전기영동을 수행 한 결과 primer별로 band를 확인할 수 있었다. 이중 재연성이 높은 EST-SSR 마커로 이용될 14개의 primer set를 선발하였다(Table 2). PCR로 증폭한 후 확인할 수 있는 band는 총 63개였고, PIC 값(대립인자 다형성에 미치는 값)은 0.
- 총 RNA는 Get pure RNA Kit(Dojindo Co., Japan)를 사용하여 추출하였다. ‘상주수꽃감’의 신선한 감 잎 0.
데이터처리
- , Korea)에 의뢰하여 염기서열을 분석하였다. 얻어진 염기서열을 분석한 결과를 Microsatellite analysis 프로그램(http://www.wsmartins.net/ websat/)을 사용하여 EST sequence상의 SSR site를 분석한 후, SSR site를 이용하여 forward primer와 reverse primer를 작성하였다. 최종적으로 선별된 EST sequence는 DDBJ/EMBL/GenBank nucleotide sequence database 에 등록하였고, 그 accession number는 AB734662에서 AB734675까지이다.
- NTsys software 프로그램을 사용하여 유연관계를 분석한 후, phylogenetic tree를 작성하였으며, 분석조건은 비가중산술법(UPGMA; unweighted pair group method with arithmetic)을 사용하였다. 형태적 유연관계와 유전적 유연관계의 유사성 검정은 NTsys software 프로그램 중 Mantel test를 통해 확인하였다.
이론/모형
- 경북농업기술원 상주감시험장에서 수집한 42품종에 각 품종의 과실크기, 과실의 횡단면과 종단면 등 25개의 형태적 특징을 조사한 것과 EST-SSR 마커에 의해 조사된 자료를 이용하여 NTsys software 프로그램을 사용하여 dendrogram을 작성하였다. NTsys software 프로그램을 사용하여 유연관계를 분석한 후, phylogenetic tree를 작성하였으며, 분석조건은 비가중산술법(UPGMA; unweighted pair group method with arithmetic)을 사용하였다. 형태적 유연관계와 유전적 유연관계의 유사성 검정은 NTsys software 프로그램 중 Mantel test를 통해 확인하였다.
성능/효과
- 2와 같다. 6가지의 양적형질은 정규분포를 나타내었으며, 질적형질에서 꽃받침 자세, 꽃받침 끝의 주름, 꽃받침의 홈, 과정부 동심원 균열, 과즙, 과정부 열과, 과피색, 과육색, 과즙량, 떫은 맛, 과육 갈색반점 정도, 종자색 등은 한가지 특성이 높은 빈도로 나타나 변이의 폭이 좁은 반면에 꽃받침의 부착 정도, 꽃받침 크기, 과형, 과실의 종단면 과정부 모양과 횡단면 모양, 종자측면 모양 등은 넓은 변이 폭을 보여 형태적 품종 구분에 활용도가 높은 형질로 판단되었다.
- 이중 재연성이 높은 EST-SSR 마커로 이용될 14개의 primer set를 선발하였다(Table 2). PCR로 증폭한 후 확인할 수 있는 band는 총 63개였고, PIC 값(대립인자 다형성에 미치는 값)은 0.000에서 0.880까지 분포하였으며, 그 평균은 0.672이었으며, PIC 값이 0.7이상 인 마커들은 P52-109, P52-107, P52-58, P52-97, P66-61, P66-67, P66-132 였다. Fig.
- 밀수감과 시흥고종시, 영주고종시와 영주동우감, 밀양물감과 신주는 EST-SSR 마커에서 분석한 범위 내에서 유사한 유전적 거리로 나타났고, 선사환은 그룹에서 떨어져 있었다. 개발한 14개의 EST-SSR primer를 사용하여 유전적 유연관계를 분석 결과 coefficient가 0.77에서 크게 3개 그룹으로 분류되었는데, 여기에는 상주수수감과 상주수꽃감, 밀양반시와 밀양고동시, 영동반시와 영동수시는 같은 그룹으로 분석되었다(Fig. 4B). 또한 형태적 분석에서 동일하게 나타난 3쌍은 밀수감과 시흥고종시가 II 그룹과 III 그룹에 있었고, 영주동우감과 영주고종시는 I 그룹과 II 그룹에, 밀양 물감과 신주는 II 그룹과 III 그룹에 나누어져 있다.
- net/websat/)을 사용하여 sequence상의 EST-SSR site를 분석한 결과 총 146개의 EST-SSR site를 찾아낸 후 이 부분을 사용하여 EST- SSR primer를 제작하였다. 다형성 분석을 위해 개발한 25개의 ESTSSR primer pair을 사용하여, 먼저 5개 수집종의 DNA를 이용하여 1차 PCR 후 2.5% agarose gel에 전기영동을 수행 한 결과 primer별로 band를 확인할 수 있었다. 이중 재연성이 높은 EST-SSR 마커로 이용될 14개의 primer set를 선발하였다(Table 2).
- 또한 형태적 분석에서 동일하게 나타난 3쌍은 밀수감과 시흥고종시가 II 그룹과 III 그룹에 있었고, 영주동우감과 영주고종시는 I 그룹과 II 그룹에, 밀양 물감과 신주는 II 그룹과 III 그룹에 나누어져 있다. 따라서 형태적 분석과 유전적 분석의 상관관계를 조사한 결과 형태적 분석의 유사도 거리와 유전적 분석의 유사도 거리 간의 r값이 -0.03으로 유의성이 매우 낮게 연관되어 있었다 (Fig. 5).
- 4A). 밀수감과 시흥고종시, 영주고종시와 영주동우감, 밀양물감과 신주는 EST-SSR 마커에서 분석한 범위 내에서 유사한 유전적 거리로 나타났고, 선사환은 그룹에서 떨어져 있었다. 개발한 14개의 EST-SSR primer를 사용하여 유전적 유연관계를 분석 결과 coefficient가 0.
- 선발한 14개의 primer pair를 이용해 42개 수집종의 DNA를 PCR 분석한 결과 primer에 의해 나타난 band는 총 2∼5개가 증폭되었으며, 크기는 42 bp∼640 bp까지 분포하였고, 품종에 따라 차이가 확실한 band를 확인할 수 있었다 (Fig. 3).
- 유전적 유연관계를 분석하기 위해 수집한 감에서 cDNA library를 만들어 sequence를 분석한 후, PCR을 통해 얻은 polymorphism이 인정되는 25개의 primer set에서 16개의 EST-SSR primer set를 선발하였다. 수집한 감 42품종의 형태적 유연관계와 개발한 14개의 EST-SSR 마커를 이용하여 유전적인 유연관계를 분석한 결과 형태적 유연관계에서는 여러 그룹이 형성되었지만 coefficient가 0.02 이하로 형성되어 형태적 특성을 사용해 분류하기는 어려웠다. 유전적 유연관계는 coefficient 0.
- 02 이하로 형성되어 형태적 특성을 사용해 분류하기는 어려웠다. 유전적 유연관계는 coefficient 0.77에서 3개 그룹으로 분류되어, 상주수수감과 상주수꽃감, 밀양반시와 밀양고동시, 영동반시와 영동수시는 각각 같은 그룹으로 분류되었다. 형태적 분석과 유전적 분석의 상관관계를 조사한 결과 형태적 분석의 유사도 거리와 유전적 분석의 유사도 거리 간의 값이 -0.
- net/ websat/)을 사용하여 EST sequence상의 SSR site를 분석한 후, SSR site를 이용하여 forward primer와 reverse primer를 작성하였다. 최종적으로 선별된 EST sequence는 DDBJ/EMBL/GenBank nucleotide sequence database 에 등록하였고, 그 accession number는 AB734662에서 AB734675까지이다.
- 77에서 3개 그룹으로 분류되어, 상주수수감과 상주수꽃감, 밀양반시와 밀양고동시, 영동반시와 영동수시는 각각 같은 그룹으로 분류되었다. 형태적 분석과 유전적 분석의 상관관계를 조사한 결과 형태적 분석의 유사도 거리와 유전적 분석의 유사도 거리 간의 값이 -0.03으로 유의성이 매우 낮게 나왔다. 본 실험에서 얻어진 분자마커는 (EST- SSR 마커) 국내 감육종 효율 증진뿐만 아니라 우수형질을 도입하는데 유용하게 이용할 수 있을 것으로 기대된다.
후속연구
- 이는 Kwon et al.(2009)이 토마토에서 형태적 마커와 유전적 마커와의 관계가 0.644로 높게 나타나 어느 정도 품종 구분에 이용할 수 있을 것으로 보고하고 있으나, 본 실험에서는 낮은 값(-0.03)이 나타나 형태적 마커만으로는 감 품종을 정확하게 분류할 수 없어 육종 계획에 활용할 수 없을 것으로 판단된다. 한국의 재래감은 대부분 떫은감으로 경상남도와 전라남북도 및 강원도 , 영동지역을 중심으로 주로 분포되어 있다.
- (2010)은 20개의 SSR 마커로 48개의 감 유전자원을 분석하였다. 따라서 본 실험에서 14개의 EST-SSR 마커를 개발하여 정확하고 신속하게 품종 구분과 형질관련 및 감 품종 육종에 활용에 이용 가능성이 크다고 사료된다.
- 03으로 유의성이 매우 낮게 나왔다. 본 실험에서 얻어진 분자마커는 (EST- SSR 마커) 국내 감육종 효율 증진뿐만 아니라 우수형질을 도입하는데 유용하게 이용할 수 있을 것으로 기대된다.
- (2010) 은 당근의 EST sequence를 바탕으로 한 50개의 마커를 이용하여 당근의 계통 분류 및 여러 가지 형질관련 분자 마커 연구에 활용을 보고하였다. 본 연구에서 개발한 16개의 EST-SSR 마커는 감 품종 및 여러 가지 형질관련 연구에 활용이 가능 할 것으로 생각된다.
- 2006년 상주 감시험장에서는 108종의 토종감 분류를 재배 유래, 분포, 과실의 특성 등 형태적으로 분류하여 보고한바 있다(Sangju Persimmon Experiment Station, Gyeongbuk Agricultural Technology Administration, 2006). 본 연구의 결과로 얻어진 마커의 분류 결과의 coefficient가 0.02이하 이기 때문에 실질적인 형태적 분류는 어렵다고 판단됨으로 감의 분류 조사기준도 제고되어야 한다고 판단된다. 또한 Cho et al.
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