$\require{mediawiki-texvc}$

연합인증

연합인증 가입 기관의 연구자들은 소속기관의 인증정보(ID와 암호)를 이용해 다른 대학, 연구기관, 서비스 공급자의 다양한 온라인 자원과 연구 데이터를 이용할 수 있습니다.

이는 여행자가 자국에서 발행 받은 여권으로 세계 각국을 자유롭게 여행할 수 있는 것과 같습니다.

연합인증으로 이용이 가능한 서비스는 NTIS, DataON, Edison, Kafe, Webinar 등이 있습니다.

한번의 인증절차만으로 연합인증 가입 서비스에 추가 로그인 없이 이용이 가능합니다.

다만, 연합인증을 위해서는 최초 1회만 인증 절차가 필요합니다. (회원이 아닐 경우 회원 가입이 필요합니다.)

연합인증 절차는 다음과 같습니다.

최초이용시에는
ScienceON에 로그인 → 연합인증 서비스 접속 → 로그인 (본인 확인 또는 회원가입) → 서비스 이용

그 이후에는
ScienceON 로그인 → 연합인증 서비스 접속 → 서비스 이용

연합인증을 활용하시면 KISTI가 제공하는 다양한 서비스를 편리하게 이용하실 수 있습니다.

도라지에서의 RAPD 마커 분석과 Actin 유전자 염기서열에서 유래한 CAPS 분자표지 개발
Development of a CAPS Marker Derived from the Pg-Actin Gene Sequences and RAPD Markers in Platycodon grandiflorum 원문보기

韓國資源植物學會誌 = Korean journal of plant resources, v.28 no.5, 2015년, pp.648 - 655  

김문휘 (안동대학교 원예육종학과) ,  정은아 (안동대학교 원예육종학과) ,  정정수 (안동대학교 원예육종학과) ,  권순태 (안동대학교 원예육종학과) ,  전익조 (안동대학교 원예육종학과) ,  정정학 (안동대학교 원예육종학과) ,  이제민 (경북대학교 원예과학과) ,  염인화 (안동대학교 원예육종학과)

초록
AI-Helper 아이콘AI-Helper

본 연구에서는 도라지의 품종 구분 및 유전적 다양성 분석에 활용될 수 있는 분자표지 개발을 위하여 RAPD 마커를 활용하여 분석하였으며, 동시에 actin유전자 염기서열에서 유래한 분자표지를 제작하였다. 총 30개의 RAPD 분자표지를 활용한 분석을 진행하였으나, 재현성과 안정성이 확보된 DNA 상의 다형성은 확보할 수 없었다. 이에, 도라지 actin (Pg-actin) 유전자에 존재하는 Single Nucleotide Polymorphism (SNP)을 이용하여 품종 간 구분에 활용 가능한 분자마커로의 전환을 탐색하였다. 도라지 genomic DNA에 actin 유래 유전자를 사용하여 2개의 actin homologs를 확보하였으며, 이를 염기서열 분석하여 3.4 kb의 Pg-actin fragment와 Pg-actin과 28.6%의 유사도를 가진 1.4 kb의 actin homologue를 획득하였다. 획득된 Pg-actin은 4개의 exon과 3개의 intron으로 구성된 유전자로, DNA 다형성 탐색을 통해 intron 3의 286 bp 위치에서 SNP (G ↔ A)를 발견하였으며, 이를 활용도 높은 CAPS marker로 전환하여 PgActin-Int3 마커를 개발하였다. Pg-Actin-Int3 마커를 32개의 도라지 유전자원에 적용시켜 본 결과 품종 간의 차이를 보이는 부분이 확인되었다. 본 연구에서 확보된 도라지 DNA 염기서열정보는 도라지의 유전적 다양성 분석 및 도라지 분자육종에 활용될 수 있을 것이라 전망된다.

Abstract AI-Helper 아이콘AI-Helper

Balloon flower (Platycodon grandiflorum A. DC.) is a perennial plant of mainly Campanulaceae family, which have been widely used as a food ingredient and herbal medicine in East Asia. Although demands on related products and yearly cultivation area for balloon flower are increasing, diverse fundamen...

주제어

AI 본문요약
AI-Helper 아이콘 AI-Helper

* AI 자동 식별 결과로 적합하지 않은 문장이 있을 수 있으니, 이용에 유의하시기 바랍니다.

문제 정의

  • 위해 진행되었다. 또한, 분자표지 제작 및 활용을 통해 국내 도라지의 유전적 다양성 분석뿐만 아니라, 보다 체계적 인도라지 분자육종의 기초자료로 활용될 수 있도록 하기 위하여 본 연구가 시행되었다.
  • 본 연구는 도라지의 유전적 다양성 분석을 위하여 RAPD 마커를 활용한 분석 시도 및 actin 유전자 염기서열 유래 분자표지 제작을 위해 진행되었다. 또한, 분자표지 제작 및 활용을 통해 국내 도라지의 유전적 다양성 분석뿐만 아니라, 보다 체계적 인도라지 분자육종의 기초자료로 활용될 수 있도록 하기 위하여 본 연구가 시행되었다.
  • 또한, N8001과 OPC08의 분석을 통해 얻어진 산물을 DNA 다형성을 활용한 SCAR 마커로의 전환도 시도하였으나, 용이하지 않았다. 이에 보다 재현성 있고 안정적인 분자표지 개발을 위해 sequence-derived 분자표지 개발을 진행하였다.
본문요약 정보가 도움이 되었나요?

참고문헌 (32)

  1. Aggarwal, R.K., P.S. Hendre, R.K. Varshney, P.R. Bhat, V. Krishnakumar and L. Singh. 2007. Identification, characterization and utilization of EST-derived genic microsatellite markers for genome analyses of coffee and related species. Theor. Appl. Genet. 114(2):359-372. 

  2. Bang, K.H., C.G. Park, D.C. Jin, H.S. Kim, H.W. Park, C.H. Park and N.S. Seong. 2003. Discrimination of species specific DNA markers using RAPD and AFLP analysis between Atractylodes japonica Koidz. and Atractylodes macrocephala Koidz. Korean J. Medicinal Crop Sci. 11:268-273. 

  3. Drouin, G. and G.A. Dover. 1990. Independent gene evolution in the potato actin gene family demonstrated by phylogenetic procedures for resolving gene conversions and the phylogeny of angiosperm actin genes. J. Mol. Evol. 31(2):132-150. 

  4. Fedorov, A.A. 1957. Campanulaceae. In flora of the U.S.S.R., Vol. 24. Shishkin, B. K. (eds.), Akademia Nauk, Moskva Press, Russia. pp. 459-475. 

  5. Harn, C. and Y. Lee. 1976. Induction of plantlets in the anther culture of Platycodon grandiflorum. Korean J. Plant Tissue Cult. 4(1):1-3 (in Korean). 

  6. Hong, J.B. 1990. Plant actin gene. Mol. Biol. News 2(1):41-50 (in Korean). 

  7. Huang, S., B. Zhang, D. Milbourne, L. Cardle, G. Yang and J. Guo. 2000. Development of pepper SSR markers from sequence databases. Euphytica 117:163-167. 

  8. Jeong, C.H. and K.H. Shim. 2006. Chemical composition and antioxidative activities of Platycodon grandiflorum leaves and stems. Kor. J. Soc. Food Sci. Nutr. 35(5):511-515 (in Korean). 

  9. Kang, B.C., S.H. Nahm, J.H. Huh, H.S. Yoo, J.W. Yu, M.H. Lee and M.H. Kim. 2001. An interspecific (Capsicum annuum × C. chinese) F 2 linkage map in pepper using RFLP and AFLP markers. Theor. Appl. Genet. 102:531-539. 

  10. Kim, S.C., Y.H. Jung, K.C. Seong, S.J. Chun, C.H. Kim, C.K. Lim, J.H. Joa and D.S. Lee. 2014. Development of a SCAR marker for sex identification in asparagus. Korean J. Plant Res. 27(3):236-241. 

  11. Kim, T.W., S.J. Lee, M.B. Kim, C.G. Park, Y.W. Shin, Y.S. Cho and S.W. Lee. 2014. Differentiation of indigenous balloon flower (Platycodon grandiflorum DC.) germ lines in South Korea by using RAPD analyses. J. Plant Biotechnol. 41:19-25 (in Korean). 

  12. Konieczny, A. and F.M. Ausubel. 1993. A procedure for mapping arabidopsis mutations using co-dominant ecotype-specific PCR-based markers. Plant J. 4(2):403-410. 

  13. Lee, C.B. 1980. Illustrated flora of Korea, Haengmun Press, Seoul, Korea. p. 725. 

  14. Lee, J.M., S.H. Nahm, Y.M. Kim and B.D. Kim. 2004. Characterization and molecular genetic mapping of microsatellite loci in pepper. Theor. Appl. Genet. 108:619-627. 

  15. Lee, S.I. 1981. Chinese parmaceutics. Sooseowon Press, Seoul, Korea. p. 129. 

  16. Lim, K.H. 1971. A Medicinal phytology (The details). Dong Myoung Press, Seoul, Korea. p. 281. 

  17. Lin, K.H., H.F. Lo, S.P. Lee, C.G. Kuo, J.T. Chen and W.L., Yeh. 2006. RAPD markers for the identification of yield traits in tomatoes under heat stress via bulked segregant analysis. Hereditas 143:142-154. 

  18. Long, W., Y. Li, W. Zhou, H.Q. Ling and S. Zheng. 2013. Sequencebased SSR marker development and their application in defining the introgressions of LA0716 (Solanum pennellii) in the background of cv. M82 (Solanum lycopersicum). PLoS One 8(12):e81091. 

  19. Mabberley, D.J. 1987. The plant book. Cambridge University Press, Cambridge, United Kingdom. p. 461. 

  20. Nairn, C.J., L. Winesett and R.J. Ferl. 1988. Nucleotide sequence of an actin gene from Arabidopsis thaliana. Gene 65:247-257. 

  21. Paran, I. and R.W. Michelmore. 1993. Development of reliable PCR based markers linked to downy mildew resistance genes in lettuce. Theor. Appl. Genet. 85:985-993. 

  22. Park, C.G. 2006. Classification of Platycodon grandiflorum(JACQ.) A. DC. collections by growth characteristics and RAPD analysis. Department of Agronomy Grauate School, Ph.D. Thesis, Kyungpook National Univ., Korea. 

  23. Park, C.G., K.H. Bang, O.T. Kim, D.C. Jin, D.H. Kim, J.S. Sung, N.S. Seong, H.W. Park. and S.C. Lee. 2007. Development of SCAR marker for discriminating between violet flowered lines and white flowered lines in chinese bellflower (Platycodon grandiflorum A.). Kor. J. Medicinal Crop Sci. 15(1):1-5. 

  24. Park, S.J., J.W. Kim, S.J. Park and T.J. Kim. 2012. Effects of Platycodon grandiflorum including platycodin DinIgE/Ag-Induced type I hypersensitivity. Life Sci. 22:595-599 (in Korean). 

  25. Peremyslov, V.V., T.C. Mockler, S.A. Filichkin, S.E. Fox, P. Jaiswal, K.S. Makarova, E.V. Koonin and V.V. Dolja. 2011. Expression, splicing, and evolution of the myosin gene family in plants. Plant Physiol. 155(3):1191-1204. 

  26. Shin, S.S., J.S. Choi and M.K. Huh. 2009. ISSR markers of authentication for korean and chinese Platycodon grandiflorum. Kor. J. Oriental Physiol. Pathol. 23(1):214-218. 

  27. Shirasawa, K., S. Isobe, S. Tabata and H. Hirakawa. 2014. Kazusa Marker DataBase: A database for genomics, genetics, and molecular breeding in plants. Breed. Sci. 64(3):264-271. 

  28. Son, I.H., Y.H. Park, S.I. Lee, H.D. Yang and H.I. Moon. 2007. Neuroprotective activity of triterpenoid saponins from Platycodi radix against glutamate-induced toxicity in primary cultured rat cortical cells. Molecules 12(5):1147-1152. 

  29. Wen, S.S., D.W. He, C.M. Liao, J. Li, G.Q. Wen and X.H. Liu. 2014. Cloning and sequence analysis of an actin gene in aloe. Genet Mol. Res. 13(3):4949-4955. 

  30. Yi, G., J.M. Lee, S. Lee, D. Choi and B.D. Kim. 2006. Exploitation of pepper EST-SSRs and an SSR-based linkage map. Theor. Appl. Genet. 114(1):113-130. 

  31. Zhang, D., Q. Du, B. Xu, Z. Zhang and B. Li. 2010. The actin multigene family in Populus: organization, expression and phylogenetic analysis. Mol. Genet. Genomics 284(2):105-119. 

  32. Korean Statistical Information Service, 2010-2012 Search board: Wild green plants of cities and countries index. Retrieved Oct. 15. 2014. from the World Wide Web: http://kosis.kr/statHtml/statHtml.do?orgId136&tblIdDT_13606_A031&conn_pathI3. 

저자의 다른 논문 :

LOADING...
섹션별 컨텐츠 바로가기

AI-Helper ※ AI-Helper는 오픈소스 모델을 사용합니다.

AI-Helper 아이콘
AI-Helper
안녕하세요, AI-Helper입니다. 좌측 "선택된 텍스트"에서 텍스트를 선택하여 요약, 번역, 용어설명을 실행하세요.
※ AI-Helper는 부적절한 답변을 할 수 있습니다.

선택된 텍스트

맨위로