한국 재래닭에서 지질대사 관련 유전자에 존재하는 유해성 nsSNP 발굴 및 생물학적 기능 예측 Discovery of Deleterious nsSNPs on the Genes related to the Lipid Metabolism and Prediction of Changes on Biological Function in Korean Native Chicken원문보기
한국 재래닭은 맛이나 기호성에서 한국 소비자들의 입맛에 적합한 것으로 알려져 있는데, 이러한 한국 재래닭의 특성을 결정짓는 유전적 요소들이 어떤 것들이 있는지 많이 밝혀지지 않았다. 본 연구에서는, 맛을 결정하는 요인 중 하나인 지질의 대사와 관련된 유전자들 내에 존재하는 nsSNP 연구를 통해서, 한국 재래닭의 유전적 특성을 설명하기 위한 자료를 확보하고자 분석을 실시하였다. 지질대사와 관련한 81개 유전자에 대하여 한국 재래닭에 공통으로 존재하는 nsSNP를 139개 동정하였으며, 이 중 9개의 유전자에 존재하는 14개의 nsSNP가 유해성 nsSNP로 확인되었다. 이들 9개 유전자에 대해 단백질 도메인 예측을 실시하였으며, 그 결과, 유해성 nsSNP들에 의해 바뀐 아미노산들이 모두 주요도메인의 외부에 존재함을 알 수 있었다. 이는 한국 재래닭에서 공통으로 발견한 nsSNP들이 유전자의 고유 기능에 큰 영향을 미치기 보다는 다소 미미한 변화를 통해 한국 재래닭 고유의 특성을 형성하는데 더 큰 역할을 한 것으로 사료된다. 이러한 부분들은 차후 실험을 통해 밝혀져야 할 부분이며, 한국 재래닭의 맛과 관련된 형질 개량을 위한 분자육종 기술 개발에 주요한 자료로 활용될 수 있을 것으로 기대되어진다.
한국 재래닭은 맛이나 기호성에서 한국 소비자들의 입맛에 적합한 것으로 알려져 있는데, 이러한 한국 재래닭의 특성을 결정짓는 유전적 요소들이 어떤 것들이 있는지 많이 밝혀지지 않았다. 본 연구에서는, 맛을 결정하는 요인 중 하나인 지질의 대사와 관련된 유전자들 내에 존재하는 nsSNP 연구를 통해서, 한국 재래닭의 유전적 특성을 설명하기 위한 자료를 확보하고자 분석을 실시하였다. 지질대사와 관련한 81개 유전자에 대하여 한국 재래닭에 공통으로 존재하는 nsSNP를 139개 동정하였으며, 이 중 9개의 유전자에 존재하는 14개의 nsSNP가 유해성 nsSNP로 확인되었다. 이들 9개 유전자에 대해 단백질 도메인 예측을 실시하였으며, 그 결과, 유해성 nsSNP들에 의해 바뀐 아미노산들이 모두 주요도메인의 외부에 존재함을 알 수 있었다. 이는 한국 재래닭에서 공통으로 발견한 nsSNP들이 유전자의 고유 기능에 큰 영향을 미치기 보다는 다소 미미한 변화를 통해 한국 재래닭 고유의 특성을 형성하는데 더 큰 역할을 한 것으로 사료된다. 이러한 부분들은 차후 실험을 통해 밝혀져야 할 부분이며, 한국 재래닭의 맛과 관련된 형질 개량을 위한 분자육종 기술 개발에 주요한 자료로 활용될 수 있을 것으로 기대되어진다.
In this study, we aimed to identify the nonsynonymous single nucleotide polymorphisms (nsSNPs) located in lipid metabolism-related genes because lipids are an important factor affecting the taste and flavor of meat, and they predict the functional consequences. The results showed that we identified ...
In this study, we aimed to identify the nonsynonymous single nucleotide polymorphisms (nsSNPs) located in lipid metabolism-related genes because lipids are an important factor affecting the taste and flavor of meat, and they predict the functional consequences. The results showed that we identified 139 common nsSNPs in all five Korean native chicken (KNC) lines from the 81 genes related to lipid metabolism. Furthermore, sorting intolerant from tolerant (SIFT) and polymorphism phenotyping v2 (Polyphen-2) analyses predicted that among the genes, 14 nsSNPs of nine genes might be deleterious. Protein domain prediction of the nine genes revealed that all deleterious nsSNPs identified in this study were located outside the functional domain. This observation suggests that the common deleterious nsSNPs might be dispensable and have a minor effect on the traits of the KNCs.
In this study, we aimed to identify the nonsynonymous single nucleotide polymorphisms (nsSNPs) located in lipid metabolism-related genes because lipids are an important factor affecting the taste and flavor of meat, and they predict the functional consequences. The results showed that we identified 139 common nsSNPs in all five Korean native chicken (KNC) lines from the 81 genes related to lipid metabolism. Furthermore, sorting intolerant from tolerant (SIFT) and polymorphism phenotyping v2 (Polyphen-2) analyses predicted that among the genes, 14 nsSNPs of nine genes might be deleterious. Protein domain prediction of the nine genes revealed that all deleterious nsSNPs identified in this study were located outside the functional domain. This observation suggests that the common deleterious nsSNPs might be dispensable and have a minor effect on the traits of the KNCs.
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문제 정의
지질대사와 연관된 유전자 내 변이에 대한 연구는 한국 재래닭이 가지고 있는 맛의 특성을 이해하는데 큰 도움이 될 것으로 기대된다. 따라서 본 연구에서는 Seo 등(2015)이 보고한 한국 재래닭의 변이들 중 지질대사 관련 유전자 내에 존재하는 nsSNP를 대상으로 유해성에 대한 특성을 분석하고, 기능 변이 예측을 수행하였다. 본 연구의 결과는 향후 한국 재래닭의 육질 관련 형질의 분자 육종 기술 개발을 위한 기초 자료로 중요하게 활용될 것으로 기대된다.
지방산은 식육의 풍미에 영향을 미치며, 또한 양질의 지방산은 건강에 도움을 주는 것으로 알려져 있다. 본 연구는 전반적인 지질대사와 관련하여 한국 재래닭 특이 유해성 nsSNP의 발굴 및 기능변화를 예측하기 위해 진행되었다. 흥미롭게도, 상당히 많은 수의 지질대사 관련 유전자에 nsSNP가 존재했으며, 한국 재래닭에서 새롭게 발견된 다수의 nsSNP를 확인할 수 있었다.
본 연구에서는 지질 대사와 관련한 유전자들에 존재하는 nsSNP를 한국 재래닭에서 발굴하고, 특히 유전자의 기능 변화를 유발하는 유해성 nsSNP를 연구하였다. 한국 재래닭은 관능검사에서 맛과 기호도가 우수한 것으로 나타났으며, 특히 식육 내 불포화지방산의 함량이 많은 것으로 알려져 있다 (Kweon et al.
한국 재래닭은 맛이나 기호성에서 한국 소비자들의 입맛에 적합한 것으로 알려져 있는데, 이러한 한국 재래닭의 특성을 결정짓는 유전적 요소들이 어떤 것들이 있는지 많이 밝혀지지 않았다. 본 연구에서는, 맛을 결정하는 요인 중 하나인 지질의 대사와 관련된 유전자들 내에 존재하는 nsSNP연구를 통해서, 한국 재래닭의 유전적 특성을 설명하기 위한 자료를 확보하고자 분석을 실시하였다. 지질대사와 관련한 81개 유전자에 대하여 한국 재래닭에 공통으로 존재하는nsSNP를 139개 동정하였으며, 이 중 9개의 유전자에 존재하는 14개의 nsSNP가 유해성 nsSNP로 확인되었다.
유해성이 평가된 nsSNP가 각 유전자의 주요 도메인 지역 내에 존재하는지 여부를 확인하기 위한 분석을 실시하였다. 각 유전자들의 아미노산 서열을 Ensembl(http://www.
제안 방법
net)를 이용하였다. 5계통 모두에서 공통적으로 확인된 SNP 정보는 또 하나의 VCF 파일로 저장하였으며, SnpEff(version 4.0e)와 Ensembl Gallus gallus gene set version 75(Galgal 4.75)를 이용하여 각 변이들의 정보에 대한 주석을 달았다. 변이정보 주석을 이용하여 한국 재래닭 5계통에서 공통적으로 존재하는 nsSNP 리스트를 작성하였다.
5계통의 한국 재래닭에서 공통으로 존재하는 특이 nsSNP중에서, 지질대사와 관련된 유전자 내에 존재하는 nsSNP들만을 선발하여 분석을 수행하였다(Table 1). nsSNP를 보유한 지질대사 관련 유전자는 총 81개였으며, nsSNP의 수는 총 139개로 확인되었다.
gov)를 이용한 Gene Ontology(GO) 분석을 진행하였다. GO 분석을 통해 유전자들의 생물학적 과정(biological process; BP)과 분자 기능(molecular function; MF) 그리고 세포 구성요소(cellularcomponent; CC)에 대한 연관관계를 확인하였다.
org)을 통해 모았으며, 사용된 서열들의 ID는 ENSGALT00-000020069(PLA2G6), ENSGALT00000037168(PIGN), ENSGALT00000045909(IMPA1), ENSGALT00000042839(ALMS1),ENSGALT00000009745(CYP2R1), ENSGALT00000010268(CH25H), ENSGALT00000010304(LIPA), ENSGALT0000-0032933(LEPR), ENSGALT00000001830(PLCH2)이다. NCBI의 blast(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov) 프로그램 중 blastp suite를 이용하여 각각의 아미노산 서열을 입력하고, 데이터베이스에서 가장 유사하게 보존된 단백질 도메인 부분을 예측하여 변이지역의 위치와 비교 분석을 실시하였다.
Pathway Studio version 11(Ariadne Genomics, USA) 프로그램을 이용하여 지질대사와 연관된 유전자 리스트와 한국재래닭 5계통에서 공통적으로 존재하는 nsSNP를 보유한 유전자 리스트를 비교하여 본 연구에 필요한 유전자들을 선발하였다.
결론적으로, 본 연구는 한국 재래닭 NGS 데이터로부터 지질대사 관련 유전자에 존재하는 nsSNP를 발굴하여 염기서열변이에 의한 단백질 기능변화에 대한 예측을 실시하였다. 여러 가지 생물정보학적 프로그램들을 이용하여 분석한 결과는 이러한 nsSNP들로 인하여 한국 재래닭의 지질대사나, 그와 관련한 여러 가지 생리적 특성이 바뀔 수 있음을 시사한다.
다음은, PolyPhen-2를 이용하여 앞서 발굴한 유해성 nsSNP에 의한 아미노산 변이에 따른 기능 변화 가능성을 재평가하였다(Table 4). 결과적으로, PLA2G6와 CH25H, LEPR(H/R)등에서 나타났던 유해성 nsSNP은 그 영향이 미미한 것으로 예측됐지만, PIGN이나 LEPR(N/I), PLCH2 등에서 존재했던 유해성 nsSNP들은 충분히 유해성이 있음을 확인하였다.
마지막으로 Pathway Studio 프로그램을 이용하여 유해성 nsSNP를 가진 유전자들의 세포 내 상호작용과 관여하는 생리기작들을 살펴보았다(Fig. 2). 이 유전자들이 갖는 BP으로는, GO분석에서도 나타났듯이 지질의 대사와 관련이 있으며, 또한 지방 축적 및 지방세포의 분화, 세포사멸, 에너지 항상성에도 관여함을 알 수 있었다.
75)를 이용하여 각 변이들의 정보에 대한 주석을 달았다. 변이정보 주석을 이용하여 한국 재래닭 5계통에서 공통적으로 존재하는 nsSNP 리스트를 작성하였다.
LIPA와 LEPR에서 발굴한 유해성 nsSNP는 Seo 등(2015)의 연구를 통해 새롭게 발굴된 nsSNP였다. 여기서 발굴한 9개의 유전자들에 대한 아미노산 서열을 이용하여 blastp suite에서 단백질 도메인들을 예측하고, nsSNP에 의해 변환된 아미노산의 위치를 표시하여 제시하였다(Fig. 1). 9개 유전자에서 발견된 아미노산들은 모두 예측된 단백질 도메인 외부에 위치해 있음을 확인하였다.
한국 재래닭 5계통에서 공통적으로 존재하는 nsSNP를 보유한 지질대사 연관 유전자들의 기능적 경향성을 판단하기 위해 DAVID(Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery; http://david.abcc.ncifcrf.gov)를 이용한 Gene Ontology(GO) 분석을 진행하였다. GO 분석을 통해 유전자들의 생물학적 과정(biological process; BP)과 분자 기능(molecular function; MF) 그리고 세포 구성요소(cellularcomponent; CC)에 대한 연관관계를 확인하였다.
한국 재래닭 5계통에서 공통적으로 확인된 nsSNP를 보유하고 지질대사에 관여하는 81개의 유전자들만을 대상으로 gene ontology(GO) 분석을 수행하였다(Table 2). 이 유전자들이 속하는 BP는 스테로이드 대사, 지질 생합성, 인지질 대사, 유기 인산 대사, 글리세롤 지질 대사 기작 등에 주로 관여하며, CC로는 소포체와 소포체막, 세포소기관, 내세포막 등의 구성 요소로 존재하며, MF는 지질 결합, 인지질 결합, 전자 운반, 지질분해효소, 테트라피롤(tetrapyrrole) 결합 등의 주요 기능이 있는 것으로 확인되었다.
한국 재래닭 5계통의 변이정보가 저장된 각각의 Variant Call Format (VCF) 파일에서 5계통 모두에서 공통적으로 확인된 SNP를 추출하기 위해서 VCFtools(http://vcftools.sourceforge.net)를 이용하였다. 5계통 모두에서 공통적으로 확인된 SNP 정보는 또 하나의 VCF 파일로 저장하였으며, SnpEff(version 4.
대상 데이터
유해성이 평가된 nsSNP가 각 유전자의 주요 도메인 지역 내에 존재하는지 여부를 확인하기 위한 분석을 실시하였다. 각 유전자들의 아미노산 서열을 Ensembl(http://www.ensembl.org)을 통해 모았으며, 사용된 서열들의 ID는 ENSGALT00-000020069(PLA2G6), ENSGALT00000037168(PIGN), ENSGALT00000045909(IMPA1), ENSGALT00000042839(ALMS1),ENSGALT00000009745(CYP2R1), ENSGALT00000010268(CH25H), ENSGALT00000010304(LIPA), ENSGALT0000-0032933(LEPR), ENSGALT00000001830(PLCH2)이다. NCBI의 blast(http://blast.
본 연구에 이용된 유전체 데이터는 Seo 등(2015)의 연구를 통해 생산된 한국 재래닭 5수의 genomic resequence 데이터로, 변이정보파일로 가공하여 지질대사 관련 유전자 내에 존재하는 nsSNP를 대상으로 분석을 수행하였다. Seo 등(2015)은 국립축산과학원으로부터 제공받은 한국 재래닭 다섯 계통(적갈색, 황갈색, 회갈색, 흑색, 백색)의 수탉 각 1수(총 5수)의 혈액으로부터 DNA를 추출하여 HiSeq2000 sequencing platform(Illumina, San Diego, CA, USA)을 이용해 염기서열을 분석하였다.
지질대사 연관 유전자 내에 존재하는 nsSNP에 의한 아미노산 서열 변화에 따른 단백질의 기능 변화 예측 및 유해성을 평가하기 위해 SIFT(Sorting Intolerant From Tolerant; http://sift-dna.org)와 Polyphen-2(Phenotyping Polymorphism v2;http://genetics.bwh.harvard.edu/pph2/)를 이용하였다. 먼저 SIFT 프로그램을 이용하여 변이의 유해성이 예측되는 nsSNP를 선발하였으며, 재평가를 위해 Polyphen-2 프로그램을 이용하였다.
데이터처리
edu/pph2/)를 이용하였다. 먼저 SIFT 프로그램을 이용하여 변이의 유해성이 예측되는 nsSNP를 선발하였으며, 재평가를 위해 Polyphen-2 프로그램을 이용하였다. SIFT 프로그램은 0.
성능/효과
1). 9개 유전자에서 발견된 아미노산들은 모두 예측된 단백질 도메인 외부에 위치해 있음을 확인하였다.
SIFT는 단백질 코딩 서열의 변이가 해당 단백질의 기능에 손상을 미치는 정도를 정량적으로 예측하는 대표적인 분석 도구 중 하나이다. SIFT 점수가 0.05 이하인 유해성 nsSNP를 지닌 유전자는 총 9개였으며, 각각의 유전자들은 하나 또는 그 이상의 유해성 nsSNP를 보유한 것으로 확인되었다. 특히 ALMS1 유전자는 가장 많은 4개의 유해성 nsSNP를 보유한 것으로 확인되었다.
5계통의 한국 재래닭에서 공통으로 존재하는 특이 nsSNP중에서, 지질대사와 관련된 유전자 내에 존재하는 nsSNP들만을 선발하여 분석을 수행하였다(Table 1). nsSNP를 보유한 지질대사 관련 유전자는 총 81개였으며, nsSNP의 수는 총 139개로 확인되었다. 이 중 26개는 선행연구에서 새롭게 발견된 nsSNP임을 확인하였다(Seo et al.
다음은, PolyPhen-2를 이용하여 앞서 발굴한 유해성 nsSNP에 의한 아미노산 변이에 따른 기능 변화 가능성을 재평가하였다(Table 4). 결과적으로, PLA2G6와 CH25H, LEPR(H/R)등에서 나타났던 유해성 nsSNP은 그 영향이 미미한 것으로 예측됐지만, PIGN이나 LEPR(N/I), PLCH2 등에서 존재했던 유해성 nsSNP들은 충분히 유해성이 있음을 확인하였다. 그리고, IMPA1, ALMS1, CYP2R1, LIPA 등은 현재 데이터베이스에 등록된 내용이 없어, 그 유해성 여부를 재평가할 수 없었다.
본 연구에서 발견한 유해성 nsSNP들은 전문 예측 프로그램에서는 유해성이 있는 것으로 예측됐지만, 실제로 단백질도메인 내부에 존재하는 nsSNP들은 찾을 수 없었다. 이것은 물론 아직 단백질 도메인에 대한 모든 데이터가 완전하게 확립되지 못해서 nsSNP가 존재하는 부분이 도메인으로 인정되지 않았기 때문일 수도 있지만, 다른 한편으로는 nsSNP가 주요 도메인 바깥부분에 존재함으로써 미약한 구조적 또는 기능적 변화를 유발하면서 고정되었기 때문일 수도 있다.
결론적으로, 본 연구는 한국 재래닭 NGS 데이터로부터 지질대사 관련 유전자에 존재하는 nsSNP를 발굴하여 염기서열변이에 의한 단백질 기능변화에 대한 예측을 실시하였다. 여러 가지 생물정보학적 프로그램들을 이용하여 분석한 결과는 이러한 nsSNP들로 인하여 한국 재래닭의 지질대사나, 그와 관련한 여러 가지 생리적 특성이 바뀔 수 있음을 시사한다. 한국 재래닭 개량관련 마커로 전환하기 위해서는 이들 지질대사 유전자의 nsSNP에 의한 단백질 기능변화와 이에 따른 생리적 변화를 구명하는 추가 연구가 필요할 것으로 사료된다.
이 유전자들이 갖는 BP으로는, GO분석에서도 나타났듯이 지질의 대사와 관련이 있으며, 또한 지방 축적 및 지방세포의 분화, 세포사멸, 에너지 항상성에도 관여함을 알 수 있었다. 유전자들의 상호 작용과 관련해서 LEPR와 LIPA, PLA2G6는 IL6와 인슐린을 매개로 하여 서로 길항작용이 있는 것으로 예측되었다.
2). 이 유전자들이 갖는 BP으로는, GO분석에서도 나타났듯이 지질의 대사와 관련이 있으며, 또한 지방 축적 및 지방세포의 분화, 세포사멸, 에너지 항상성에도 관여함을 알 수 있었다. 유전자들의 상호 작용과 관련해서 LEPR와 LIPA, PLA2G6는 IL6와 인슐린을 매개로 하여 서로 길항작용이 있는 것으로 예측되었다.
한국 재래닭 5계통에서 공통적으로 확인된 nsSNP를 보유하고 지질대사에 관여하는 81개의 유전자들만을 대상으로 gene ontology(GO) 분석을 수행하였다(Table 2). 이 유전자들이 속하는 BP는 스테로이드 대사, 지질 생합성, 인지질 대사, 유기 인산 대사, 글리세롤 지질 대사 기작 등에 주로 관여하며, CC로는 소포체와 소포체막, 세포소기관, 내세포막 등의 구성 요소로 존재하며, MF는 지질 결합, 인지질 결합, 전자 운반, 지질분해효소, 테트라피롤(tetrapyrrole) 결합 등의 주요 기능이 있는 것으로 확인되었다.
지질대사와 관련한 81개 유전자에 대하여 한국 재래닭에 공통으로 존재하는nsSNP를 139개 동정하였으며, 이 중 9개의 유전자에 존재하는 14개의 nsSNP가 유해성 nsSNP로 확인되었다. 이들 9개 유전자에 대해 단백질 도메인 예측을 실시하였으며, 그 결과, 유해성 nsSNP들에 의해 바뀐 아미노산들이 모두 주요도메인의 외부에 존재함을 알 수 있었다. 이는 한국 재래닭에서 공통으로 발견한 nsSNP들이 유전자의 고유 기능에 큰 영향을 미치기 보다는 다소 미미한 변화를 통해 한국 재래 닭 고유의 특성을 형성하는데 더 큰 역할을 한 것으로 사료된다.
본 연구에서는, 맛을 결정하는 요인 중 하나인 지질의 대사와 관련된 유전자들 내에 존재하는 nsSNP연구를 통해서, 한국 재래닭의 유전적 특성을 설명하기 위한 자료를 확보하고자 분석을 실시하였다. 지질대사와 관련한 81개 유전자에 대하여 한국 재래닭에 공통으로 존재하는nsSNP를 139개 동정하였으며, 이 중 9개의 유전자에 존재하는 14개의 nsSNP가 유해성 nsSNP로 확인되었다. 이들 9개 유전자에 대해 단백질 도메인 예측을 실시하였으며, 그 결과, 유해성 nsSNP들에 의해 바뀐 아미노산들이 모두 주요도메인의 외부에 존재함을 알 수 있었다.
특히 ALMS1 유전자는 가장 많은 4개의 유해성 nsSNP를 보유한 것으로 확인되었다.
본 연구는 전반적인 지질대사와 관련하여 한국 재래닭 특이 유해성 nsSNP의 발굴 및 기능변화를 예측하기 위해 진행되었다. 흥미롭게도, 상당히 많은 수의 지질대사 관련 유전자에 nsSNP가 존재했으며, 한국 재래닭에서 새롭게 발견된 다수의 nsSNP를 확인할 수 있었다.
후속연구
즉, 도메인 내부에서 일어나는 nsSNP에 의한 아미노산의 변화는 너무 극단적인 영향을 끼쳐서 고정이 될 수 없는 반면, 외부에 있는 nsSNP에 의한 아미노산의 변화는 큰 악영향을 끼치지는 않지만, 미약한 영향을 끼치며 고정될 수 있을 것이다. 따라서 이들이 어떻게 한국 재래닭의 지질대사에 영향을 끼치는지는 차후 실험을 통해 보다 깊이 있는 연구가 진행되어야 할 부분이다.
따라서 본 연구에서는 Seo 등(2015)이 보고한 한국 재래닭의 변이들 중 지질대사 관련 유전자 내에 존재하는 nsSNP를 대상으로 유해성에 대한 특성을 분석하고, 기능 변이 예측을 수행하였다. 본 연구의 결과는 향후 한국 재래닭의 육질 관련 형질의 분자 육종 기술 개발을 위한 기초 자료로 중요하게 활용될 것으로 기대된다.
이는 한국 재래닭에서 공통으로 발견한 nsSNP들이 유전자의 고유 기능에 큰 영향을 미치기 보다는 다소 미미한 변화를 통해 한국 재래 닭 고유의 특성을 형성하는데 더 큰 역할을 한 것으로 사료된다. 이러한 부분들은 차후 실험을 통해 밝혀져야 할 부분이며, 한국 재래닭의 맛과 관련된 형질 개량을 위한 분자육종 기술 개발에 주요한 자료로 활용될 수 있을 것으로 기대되어진다.
지질대사는 신체의 에너지 상태에 따라 끊임없이 분해, 합성, 축적이 일어나며, 여러 유전자들이 관여한다. 지질대사와 연관된 유전자 내 변이에 대한 연구는 한국 재래닭이 가지고 있는 맛의 특성을 이해하는데 큰 도움이 될 것으로 기대된다. 따라서 본 연구에서는 Seo 등(2015)이 보고한 한국 재래닭의 변이들 중 지질대사 관련 유전자 내에 존재하는 nsSNP를 대상으로 유해성에 대한 특성을 분석하고, 기능 변이 예측을 수행하였다.
여러 가지 생물정보학적 프로그램들을 이용하여 분석한 결과는 이러한 nsSNP들로 인하여 한국 재래닭의 지질대사나, 그와 관련한 여러 가지 생리적 특성이 바뀔 수 있음을 시사한다. 한국 재래닭 개량관련 마커로 전환하기 위해서는 이들 지질대사 유전자의 nsSNP에 의한 단백질 기능변화와 이에 따른 생리적 변화를 구명하는 추가 연구가 필요할 것으로 사료된다.
질의응답
핵심어
질문
논문에서 추출한 답변
한국 재래닭 확립 과정은?
한국 재래닭은 전국에서 수집한 재래닭으로 기초 계군을 형성하여 10세대 이상 계대와 선발을 통해 5계통으로 확립되었다. 한국 재래닭은 맛, 연도, 기호성 등 관능검사에서 다른 닭들에 비해 한국 소비자들의 입맛에 적합한 것으로 알려져 있다(Kweon et al.
한국 재래닭의 특징은?
한국 재래닭은 전국에서 수집한 재래닭으로 기초 계군을 형성하여 10세대 이상 계대와 선발을 통해 5계통으로 확립되었다. 한국 재래닭은 맛, 연도, 기호성 등 관능검사에서 다른 닭들에 비해 한국 소비자들의 입맛에 적합한 것으로 알려져 있다(Kweon et al., 1995; Kim et al.
한국 재래닭 nonsynonymous SNP에 대한 연구 예는?
4∼4만개의 nsSNP가 있으며, 단독 또는 조합으로 질병을 유발할 수 있어 심도 깊은 가지 연구가 요구된다(Ng and Henikoff, 2006). 최근, Seo 등(2015)은 NGS 기법을 이용하여 한국 재래닭 5계통이 보유한 유전변이를 탐색하였으며, 75만 여개의 SNP가 5계통에서 공통으로 존재하고 있음을 보고하였으며, 이 중 45만 여개가 한국 재래닭 특이적이며, 이중 1,500여 개는 nsSNP인 것을 밝혀냈다.
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