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한국 전통유래식품(청국장)에서 분리한 Enterococcus faecium JB00008 (KACC 92186P) 유산균주의 유전체 분석
Draft genome sequences of Enterococcus faecium JB00008 (KACC 92186P) isolated from Korean fermented soybean paste (Cheonggukjang) 원문보기

Korean journal of microbiology = 미생물학회지, v.54 no.2, 2018년, pp.171 - 173  

박종빈 (강원대학교 동물생명과학과) ,  진귀득 (강원대학교 동물생명과학과) ,  김은배 (강원대학교 동물생명과학과)

초록
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본 연구에서 이용된 Enterococcus faecium JB00008 (KACC 92186P) 균주는 전통발효식품인 청국장에서 분리되었다. 이 균주는 Escherichia coil에 대해 높은 항균활성능력을 보였다. 우리는 이 균주의 유전체염기 서열을 분석하였다. 유전체 초안은 500 bp 이상의 contig 34개로 조립되었으며, 크기가 2,847,295 bp이고, G + C 함량(%)는 37.84%이다. 유전체 초안에서 항균활성물질(bacteriocin) 중 하나인 enterocin과 연관된 유전자가 5개 확인되었다.

Abstract AI-Helper 아이콘AI-Helper

Enterococcus faecium was commonly used as a probiotics and feed additives to human and animals because of their beneficial effects. We sequenced the genome of E. faecium JB00008 (KACC 92186P) isolated from a Korean fermented soybean paste (Cheonggukjang) that showed antibacterial activity against Es...

주제어

AI 본문요약
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제안 방법

  • 이 균주는 Escherichia coil에 대해 높은 항균활성능력을 보였다. 우리는 이 균주의 유전체의 염기 서열을 분석하였다. 유전체 초안은 500 bp 이상의 contig 34개로 조립되었으며, 크기가 2,847,295 bp이고, G + C 함량(%)는 37.

대상 데이터

  • The Illumina and MinION reads, in which 95% of bases have quality scores of ≥ 31, were selected.
  • 본 연구에서 이용된 Enterococcus faecium JB00008 (KACC 92186P) 균주는 전통발효식품인 청국장에서 분리되었다. 이 균주는 Escherichia coil에 대해 높은 항균활성능력을 보였다.
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참고문헌 (10)

  1. Fisher, K. and Phillips, C. 2009. The ecology, epidemiology and virulence of Enterococcus. Microbiology 155, 1749-1757. 

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  8. Overbeek, R., Olson, R., Pusch, G.D., Olsen, G.J., Davis, J.J., Disz, T., Edwards, R.A., Gerdes, S., Parrello, B., Shukla, M., et al. 2013. The SEED and the rapid annotation of microbial genomes using subsystems technology (RAST). Nucleic Acids Res. 42, D206-D214. 

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  10. Park, J., Jin, G.D., Pak, J.I., Won, J., and Kim, E.B. 2017. Development of a rapid identification method for the differentiation of Enterococcus species using a species-specific multiplex PCR based on comparative genomics. Curr. Microbiol. 74, 476-483. 

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