[논문]해양모래로부터 분리된 Miniimonas arenae KCTC 19750T의 유전체 분석

박수제

doi:10.7845/kjm.2019.9073

해양모래로부터 분리된 Miniimonas arenae KCTC 19750T의 유전체 분석
Draft genome sequence of Miniimonas arenae KCTC 19750T isolated from sea sand 원문보기

박수제 (제주대학교 생물학과)

Actinobacteria 문 Beutenbergiaceae 과에 속하는 Miniimonas arenae KCTC $19750^T$는 해양모래에서 분리되었다. 본 연구에서는 KCTC $19750^T$의 비완전 유전체를 보고한다. 본 유전체는 3,402,690 bp의 크기와 73.6%의 평균 G + C 함량을 지니고 있으며, 2,947개의 단백질 코딩 유전자, 2개의 ribosomal RNA 및 44개의 transfer RNA로 구성되어 있다. 또한, 삼투압과 관련된 유전자를 포함하고 있다. 본 유전체 서열의 가용성은 Miniimonas 속의 유일한 구성원으로KCTC $19750^T$에 대한 더 많은 이해를 제공할 것이다.

Miniimonas arenae KCTC $19750^T$ belonging to family Beutenbergiaceae of the phylum Actinobacteria was isolated from sea sand. I report here the draft genome sequence of strain KCTC $19750^T$. The draft genome comprises a size of 3,402,690 bp, a mean G + C content of 73.6%, 2,957 coding sequences, 2 ribosomal RNA genes, and 44 transfer RNA genes. Also, we found that genes involved in osmotic stress response were identified in its genome. The availability of the genome sequences will provide a more understanding of strain KCTC $19750^T$ as a unique member of the genus Miniimonas.

* AI 자동 식별 결과로 적합하지 않은 문장이 있을 수 있으니, 이용에 유의하시기 바랍니다.

문제 정의

는 해양모래에서 분리되었다. 본 연구에서는 KCTC 19750^T의 비완전 유전체를 보고한다. 본 유전체는 3,402,690 bp의 크기와 73.

대상 데이터

Sequentially, whole-genome sequencing was conducted on a Miseq sequencer (Illumina) with paired-end read lengths of 151 bp. The qualified reads passed filtering a total of 7.52 Gb (ca. 710X in depth) in sequenced raw reads (about 11.9 Gb) using FastQC(http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/) and Trimmomatics (Bolger et al., 2014) used into scaffold assembly. De novo assembly of the qualified and cleaned reads was performed by SOAPdenovo2 (v.
본 연구에서는 KCTC 19750^T의 비완전 유전체를 보고한다. 본 유전체는 3,402,690 bp의 크기와 73.6%의 평균 G + C 함량을 지니고 있으며, 2,947개의 단백질 코딩 유전자, 2개의 ribosomal RNA 및 44개의 transfer RNA로 구성되어 있다. 또한, 삼투압과 관련된 유전자를 포함하고 있다.

이론/모형

, 2015). The resulting assembled sequences were annotated by NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline with GeneMarkS + version 4.5, using the best-placed reference protein method (Angiuoli et al., 2008). The draft genome size of the strain KCTC 19750^T is ca.

성능/효과

6% G + C content. The result from CheckM estimation observed genome completeness at 97.0% with 0.58% contamination and no strain heterogeneity.
Total 3,006 genes have been predicted in the draft genome, in which 2,957 coding sequences (total CDSs), and 2 ribosomal RNA and 44 transfer RNA genes (Table 1). Only 1,037 CDSs were matched in KEGG database (about 35.

후속연구

또한, 삼투압과 관련된 유전자를 포함하고 있다. 본 유전체 서열의 가용성은 Miniimonas 속의 유일한 구성원으로 KCTC 19750^T에 대한 더 많은 이해를 제공할 것이다.

내보내기 구분	파일저장 인쇄 메일전송
구성항목	기본정보 상세정보 관리번호, 논문명, 저널/프로시딩명, 저자 , 발행년, 권, 호, 시작페이지, 끝페이지, 발행기관 관리번호, 논문명, 대등논문명, 저자 , 저널/프로시딩명, 발행기관, 발행년, 발행언어, 권, 호, 시작페이지, 끝페이지, ISBN, ISSN, 주제분야, 키워드, 초록(한글), 초록(영문), 저자(소속기관)
저장형식	Text(ASCII format) Excel format RefWorks Direct Export RIS format (for Reference Manager, ProCite, EndNote), Scholar's Aids, Mendeley
메일정보	받는사람 (필수) @ 보내는사람 (선택) @ 제목 내용 KISTI 검색결과 이메일 서비스
안내	총 건의 자료가 검색되었습니다. 다운받으실 자료의 인덱스를 입력하세요. (1-10,000) 검색결과의 순서대로 최대 10,000건 까지 다운로드가 가능합니다. 데이타가 많을 경우 속도가 느려질 수 있습니다.(최대 2~3분 소요) 다운로드 파일은 UTF-8 형태로 저장됩니다. 파일의 내용이 제대로 보이지 않을실 때는 웹브라우저 상단의 보기 -> 인코딩 -> 자동선택 여부를 확인하십시오. ~ Text(ASCII format) Excel format

연합인증

해양모래로부터 분리된 Miniimonas arenae KCTC 19750T의 유전체 분석
Draft genome sequence of Miniimonas arenae KCTC 19750T isolated from sea sand 원문보기

초록
AI-Helper

Abstract ▼ AI-Helper

주제어

표/그림 (1)

표/그림 (1)