[논문]토양에서 분리된 Herbaspirillum sp. meg3의 유전체 염기서열 분석

김예은; 도경탁; 운노 타쯔야; 박수제

doi:10.7845/kjm.2017.7059

토양에서 분리된 Herbaspirillum sp. meg3의 유전체 염기서열 분석
Complete genome sequence of Herbaspirillum sp. meg3 isolated from soil 원문보기

Korean journal of microbiology = 미생물학회지, v.53 no.4, 2017년, pp.326 - 328

김예은 (제주대학교 생물학과) , 도경탁 (제주대학교 생명공학부 동물생명공학전공) , 운노 타쯔야 (제주대학교 생명공학부 분자생명공학전공) , 박수제 (제주대학교 생물학과)

초록
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Betaproteobacteria에 속하는 Herbaspirillum sp. meg3을 제주도 토양으로부터 분리하였다. 본 연구에서는 대략 5.47 Mb의 크기와 57.1%의 평균 G + C 함량을 가진 meg3 균주의 완전한 유전체를 보고한다. 유전체는 4,816개의 코딩 서열, 9개의 리보솜 RNA 및 51개의 전사 RNA 유전자가 존재하며, 두 개의 불완전한 프로파지 영역이 발견되었다. 또한 유전체 분석 결과는 meg3 균주가 방향족 화합물에 대한 분해능을 가지고 있음을 제시하고 있다.

Abstract ▼ AI-Helper

Herbaspirillum sp. meg3 belonging to Betaproteobacteria was isolated from soil in Jeju island. Here, we report the complete genome sequence of strain meg3 with a size of approximately 5.47 Mb and a mean G + C content of 57.1%. The genome included 4,816 coding sequences, and 9 ribosomal RNA and 51 transfer RNA genes. In the genome, two incomplete prophage regions have been identified. Also, we propose that strain meg3 has a potential capability for aromatic-compounds degradation based on the result of genome analysis.

주제어

AI 본문요약
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문제 정의

meg3을 제주도 토양으로부터 분리하였다. 본 연구에서는 대략 5.47 Mb의 크기와 57.1%의 평균 G + C 함량을 가진 meg3 균주의 완전한 유전체를 보고한다. 유전체는 4,816개의 코딩 서열, 9개의 리보솜 RNA 및 51개의 전사 RNA 유전자가 존재하며, 두 개의 불완전한 프로파지 영역이 발견되었다.

대상 데이터

1%의 평균 G + C 함량을 가진 meg3 균주의 완전한 유전체를 보고한다. 유전체는 4,816개의 코딩 서열, 9개의 리보솜 RNA 및 51개의 전사 RNA 유전자가 존재하며, 두 개의 불완전한 프로파지 영역이 발견되었다. 또한 유전체 분석 결과는 meg3 균주가 방향족 화합물에 대한 분해능을 가지고 있음을 제시하고 있다.

성능/효과

유전체는 4,816개의 코딩 서열, 9개의 리보솜 RNA 및 51개의 전사 RNA 유전자가 존재하며, 두 개의 불완전한 프로파지 영역이 발견되었다. 또한 유전체 분석 결과는 meg3 균주가 방향족 화합물에 대한 분해능을 가지고 있음을 제시하고 있다.

참고문헌 (15)

Bajerski, F., Ganzert, L., Mangelsdorf, K., Lipski, A., Busse, H.J., Padur, L., and Wagner, D. 2013. Herbaspirillum psychrotolerans sp. nov., a member of the family Oxalobacteraceae from a glacier forefield. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 63, 3197-3203.

상세보기
Baldani, J.I., Baldani, V.L.D., Seldin, L., and Dobereiner, J. 1986. Characterization of Herbaspirillum seropedicae gen. nov., sp. nov., a root-associated nitrogen-fixing bacterium. Int. J. Syst. Bacteriol. 36, 86-93.

상세보기
Baldani, J.I., Pot, B., Kirchhof, G., Falsen, E., Baldani, V.L., Olivares, F.L., Hoste, B., Kersters, K., Hartmann, A., Gillis, M., et al. 1996. Emended description of Herbaspirillum; inclusion of [Pseudomonas] rubrisubalbicans, a milk plant pathogen, as Herbaspirillum rubrisubalbicans comb. nov.; and classification of a group of clinical isolates (EF group 1) as Herbaspirillum species 3. Int. J. Syst. Bacteriol. 46, 802-810.

상세보기
Carro, L., Rivas, R., Leon-Barrios, M., Gonzalez-Tirante, M., Velazquez, E., and Valverde, A. 2012. Herbaspirillum canariense sp. nov., Herbaspirillum aurantiacum sp. nov. and Herbaspirillum soli sp. nov., isolated from volcanic mountain soil, and emended description of the genus Herbaspirillum. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 62, 1300-1306.

상세보기
Ding, L. and Yokota, A. 2004. Proposals of Curvibacter gracilis gen. nov., sp. nov. and Herbaspirillum putei sp. nov. for bacterial strains isolated from well water and reclassification of [Pseudomonas] huttiensis, [Pseudomonas] lanceolata, [Aquaspirillum] delicatum and [Aquaspirillum] autotrophicum as Herbaspirillum huttiense comb. nov., Curvibacter lanceolatus comb. nov., Curvibacter delicatus comb. nov. and Herbaspirillum autotrophicum comb. nov. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 54, 2223-2230.

상세보기
Dobritsa, A.P., Reddy, M.C., and Samadpour, M. 2010. Reclassification of Herbaspirillum putei as a later heterotypic synonym of Herbaspirillum huttiense, with the description of H. huttiense subsp. huttiense subsp. nov. and H. huttiense subsp. putei subsp. nov., comb. nov., and description of Herbaspirillum aquaticum sp. nov. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 60, 1418-1426.

상세보기
Grissa, I., Vergnaud, G., and Pourcel, C. 2007. CRISPRFinder: a web tool to identify clustered regularly interspaced short palindromic repeats. Nucleic Acids Res. 35, W52-W57.

상세보기
Im, W.T., Bae, H.S., Yokota, A., and Lee, S.T. 2004. Herbaspirillum chlorophenolicum sp. nov., a 4-chlorophenol-degrading bacterium. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 54, 851-855.

상세보기
Jung, S.Y., Lee, M.H., Oh, T.K., and Yoon, J.H. 2007. Herbaspirillum rhizosphaerae sp. nov., isolated from rhizosphere soil of Allium victorialis var. platyphyllum. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 57, 2284-2288.

상세보기
Kirchhof, G., Eckert, B., Stoffels, M., Baldani, J.I., Reis, V.M., and Hartmann, A. 2001. Herbaspirillum frisingense sp. nov., a new nitrogen-fixing bacterial species that occurs in C4-fibre plants. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 51, 157-168.

상세보기
Lagier, J.C., Gimenez, G., Robert, C., Raoult, D., and Fournier, P.E. 2012. Non-contiguous finished genome sequence and description of Herbaspirillum massiliense sp. nov. Stand Genomic Sci. 7, 200-209.

상세보기
Rothballer, M., Schmid, M., Klein, I., Gattinger, A., Grundmann, S., and Hartmann, A. 2006. Herbaspirillum hiltneri sp. nov., isolated from surface-sterilized wheat roots. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 56, 1341-1348.

상세보기
Seemann, T. 2014. Prokka: rapid prokaryotic genome annotation. Bioinformatics 30, 2068-2069.

상세보기
Valverde, A., Velazquez, E., Gutierrez, C., Cervantes, E., Ventosa, A., and Igual, J.M. 2003. Herbaspirillum lusitanum sp. nov., a novel nitrogen-fixing bacterium associated with root nodules of Phaseolus vulgaris. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 53, 1979-1983.

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Zhou, Y., Liang, Y., Lynch, K.H., Dennis, J.J., and Wishart, D.S. 2011. PHAST: a fast phage search tool. Nucleic Acids Res. 39, W347-W352.

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