보건소 정보화 사업은 지역단위 공공보건의료의 최일선 기관인 보건소에 정보시스템을 설치하여 내부운영을 효율화하고 생산성을 증대시킴으로써 양질의 보건의료 서비스를 제공하고, 동시에 지역보건의료의 효과적인 정보체계 구축과 정보의 원활한 교류를 통하여 국가보건정책수립을 위한 기본정보를 제공하며, 이를 통해 공공보건의료의 환경변화를 이끌어 갈 기반을 확충하려는 목적으로 추진되었다. 보건소 전산화 사업을 근간으로 하는 지역보건의료분야 정보화 사업은 보건 의료부문의 정보화를 위한 국민복지망 기본계획에 의거하여 94년 12월부터 2기로 나누어 8차 년도에 걸쳐('94.12 $\sim$ '01. 10) 연차사업으로 시행 중에 있다. 보건소 정보화 프로그램 개발을 목적으로 시행된 제1기 정보화 사업('94.12 $\sim$ '98.7)을 통해 개발된 보건소 정보시스템이 현재 242개 보건소 중 108개 보건소에서 사용중이며, 이를 통해 보건소 업무의 효율화와 함께 지역보건의료분야 전산화 구축의 기초단계가 확립되었다. 제2기 사업은('98.10 $\sim$ '01.10) 보건소 중심의 지역보건의료망 구축과, 보건소 정보시스템의 전국 확산, 관련기관 정보망과의 연계를 통한 정보교류 확대와 정보활용도 제고 등의 목표로 시행중이다. 2기 1차 사업을 통하여 보건소-보건지소 진료소간 지역보건의료망의 기본 하부골격의 토대가 구축되었고, 2기 2차 사업에서는 보건의료원의 전산화 프로그램이 개발되었다. 또한 현재 진행중인 2기 3차 사업에서는 지역보건정책 수립을 지원하는 진료현황, 보건사업현황 등의 자료를 통합D/B로 구축하여 시범적으로 운영함으로써 정보망의 활용도를 높이고, 광역단위의 지역보건정보 의사결정시스템(EIS) 개발을 추진하고 있다. 한편, 최근 급속한 정보기술의 발달과 보건의료 환경의 변화로 인하여 보건정보시스템의 변화 필요성이 증대되고 있다. 이를 위해서 중앙정부와 광역자치단체, 보건소를 연결하는 전국 단위 정보네트워크 구축에 있어 신기술 적용방안 연구를 통하여 보건소 정보화 사업의 발전 방향(ISP)을 모색 중에 있으며, 시군구 행정정보망과 연계를 통해 생애주기에 따른 주민 평생건강관리를 위한 정보시스템 구축을 도모하고 있다.