초록 ▼

。새로운 기술인 중합효소연쇄반응 제한효소절편질량다형법(PCR-RFMP)을 인유두종바이러스(HPV)의 유전자형검사에 적용하여 그 성능 및 임상적 유용성을 알아보고자 하였음
。상용화된 표준균주(ATCC HPV-16, 18, 11)를 이용하여 검증한 분석민감도는 기존 참고방법인 HPV 염기순서검사의 민감도를 상회할 정도로 매우 우수하였음
。2종씩의 HPV 표준균주를 서로 다르게 조합한 3쌍의 혼합검체 반복검사에서 PCR-RFMP의 다중감염 검출성능은 100%의 정확도를 보였음
。423개의 세포진검사용 임상검체로 HP

。새로운 기술인 중합효소연쇄반응 제한효소절편질량다형법(PCR-RFMP)을 인유두종바이러스(HPV)의 유전자형검사에 적용하여 그 성능 및 임상적 유용성을 알아보고자 하였음
。상용화된 표준균주(ATCC HPV-16, 18, 11)를 이용하여 검증한 분석민감도는 기존 참고방법인 HPV 염기순서검사의 민감도를 상회할 정도로 매우 우수하였음
。2종씩의 HPV 표준균주를 서로 다르게 조합한 3쌍의 혼합검체 반복검사에서 PCR-RFMP의 다중감염 검출성능은 100%의 정확도를 보였음
。423개의 세포진검사용 임상검체로 HPV유전자형검사를 실시한 결과 PCR-RFMP와 염기순서검사 간의 일치도는 91.0%, K값 0.855로 두 검사의 상관성이 우수하였음
。423개 세포진검사용 임상검체에서 다중 HPV 유전자형 검출률은 PCR-RFMP가 15.6%로 염기순서검사 4.3%에 비해 크게 높았음
。이상의 결과로서 PCR-RFMP를 이용한 HPV 유전자형검사는 민감도가 높고 다중감염을 정확히 검출해 낼 수 있는 임상적으로 유용한 검사임을 입증할 수 있었음

Abstract ▼

Aims
PCR-restriction fragment mass polymorphism (PCR-RFMP) assay protocol using PGMY09/11 primers for detection and identification of human papillomavirus (HPV) has been recently developed. The purpose of this study was to evaluate analytical sensitivity and clinical usefulness of HPV genotyping

Aims
PCR-restriction fragment mass polymorphism (PCR-RFMP) assay protocol using PGMY09/11 primers for detection and identification of human papillomavirus (HPV) has been recently developed. The purpose of this study was to evaluate analytical sensitivity and clinical usefulness of HPV genotyping by PCR-RFMP assay.
Methods
Analytical sensitivity of HPV genotyping by PCR-RFMP assay was evaluated using serial dilution of cloned HPV DNA (HPV types 16, 18 for high risk, and 11 for low risk). Accuracy of genotyping by PCR-RFMP assay to detect double HPV infection was evaluated using three sets of HPV clone mixtures (HPV types 16+18, 16+11, and 18+11). Automated direct sequencing was used as a control method for both evaluations. For 423 cervical specimens categorized by cytological abnormality from normal to cancer, concordance rate between PCR-RFMP and direct sequencing was calculated.
Results
PCR-RFMP assay for HPV genotyping showed lower limit of detection (LOD) than direct sequencing, ranging from 21 copies/uL (type 16) to 1162 copies/uL (type 11). 100% accuracy was attained for detection of three sets of double HPV infection by PCR-RFMP assay. Agreement between the two methods for 423 clinical specimens was 91.0% with kappa value of 0.86. Incidence of multiple HPV infection among HPV positive cases was 19.0% by PCR-RFMP and 5.4% by sequencing.
Conclusion
HPV genotyping by PCR-RFMP assay is a novel method providing high analytical sensitivity, the advantage of detecting multiple HPV infection and good correlation with direct sequencing when applied to clinical specimens.

목차 Contents

• 표지 ...1
• 목차 ...3
• I. 총괄현황 ...6
• 제출문 ...8
• 보고서 요약서 ...9
• 요약문 ...10
• SUMMARY ...11
• 6.1 총괄연구개발과제의 연구성과 실적 및 향후 계획 ...12
• 6.2 연구성과 유형별 세부 내역 ...13
• 6.2.1 연구논문 ...13
• 6.2.2 지적재산권 ...13
• 6.2.3 인력지원 성과 ...13
• 6.2.4 장？단기 연수지원 성과 ...13
• 참여연구원 현황표 ...14
• II. 총괄연구과제 연구결과 ...16
• 1. 연구개발과제의 배경 및 필요성 ...18
• 2. 국내외 기술개발 현황 ...20
• 2.1 국내에서 임상검사로 시행중인 HPV DNA 검사법 ...20
• 2.1.1 Digene Hybrid Capture 2 (HC2) HPV Test ...20
• 2.1.2 HPV DNA chip (HPV microarray) ...21
• 2.1.3 PCR-based HPV DNA 검사 ...22
• 2.2 최근 개발된 HPV DNA 검사 ...23
• 2.2.1 Cervista HPV HR과 HPV 16/18 ...23
• 2.2.2 HPV E6/E7 mRNA 검사 (Real-time NASBA) ...24
• 3. 연구개발과제의 추진체계 ...25
• 3.1 연구개발 추진체계 ...25
• 3.2 연구개발 수행일정 ...25
• 4. 연구개발수행 내용 및 결과 ...26
• 4.1 연구개발수행 내용 ...26
• 4.1.1 HPV 16, 18, 11형 표준균주(Strain)의 확립 및 DNA 제조 ...26
• 4.1.2 HPV DNA의 검출한계(Limit of detection, LOD) 설정 ...26
• 4.1.3 HPV 혼합유전자형 검출성능의 평가 ...26
• 4.1.4 액상세포진(Thin-prep specimen) 검체의 수집과 처리 ...27
• 4.1.5 HPV PCR-RFMP ...27
• 4.1.6 HPV 염기순서검사(direct sequencing) ...28
• 4.1.7 HPV 16형과 18형에 대한 유전자형 특이 PCR 시행 ...29
• 4.1.8 통계학적 분석 ...29
• 4.2 연구개발수행 결과 ...29
• 4.2.1 PCR-RFMP와 염기순서검사의 검출한계(LOD) ...29
• 4.2.2 HPV 혼합검체로부터의 각 유전자형 검출성능 ...30
• 4.2.3 임상검체의 HPV DNA를 대상으로 한 PCR-RFMP와 염기순서검사의 결과 비교 ...32
• 4.2.4 PCR-RFMP의 임상적 민감도, 특이도, PPV, NPV ...33
• 4.3 연구개발수행 결과의 분석과 고찰 ...34
• 4.3.1 HPV 유전자형검사(genotyping)의 필요성과 임상적 의의 ...34
• 4.3.2 PCR-RFMP를 통한 HPV 유전자형검사의 민감도 제고 ...35
• 4.3.3 PCR-RFMP를 통한 HPV 다중감염의 정확한 검출 ...36
• 4.3.4 PCR-RFMP의 임상적 이용 ...37
• 4.3.5 PCR-RFMP의 임상적 민감도, 특이도, PPV, NPV ...37
• 5. 목표달성도 및 관련분야 기여도 ...38
• 5.1 총괄연구개발과제의 목표달성도 ...38
• 5.2 관련분야 기여도 ...38
• 6. 향후 연구성과 추진 계획 ...40
• 7. 연구개발결과의 파급효과 ...42
• 7.1 기술적 파급효과 ...42
• 7.2 경제？산업적 파급효과 ...42
• 7.3 사회적 파급효과 ...42
• 8. 연구개발결과의 활용계획 ...43
• 8.1 연구개발결과의 활용계획 및 추가연구의 필요성 ...43
• 8.2 사업화(기업화) 목표 달성도 및 계획(※해당과제만 작성함) ...43
• 8.3 사업화 수준(계획 및 완료 포함)(※해당과제만 작성함) ...43
• 9. 연구개발과정에서 수집한 해외과학기술정보 ...44
• 9.1 HPV 고위험군 양성 및 세포진 음성 환자 관리를 위한 ASCCP 최신 권고사항 ...44
• 9.2 최초 자궁경부암 선별검사 시기에 관한 ACOG의 최신 권고사항 ...44
• 9.3 HPV 검사의 분석 민감도와 임상적 민감도의 관계 ...45
• 9.4 HPV 유전자형검사에 관한 최근의 국제 신빙도 조사 결과 소개 ...46
• 참고문헌 ...53
• III. 첨부서류 ...56
• 목차 ...58
• 1. 자체평가의견서 ...59
• 1. 과제현황 ...59
• 2. 평가일 : 2010년 10월 25일 ...59
• 3. 평가자 확인 ...59
• I. 연구개발실적 ...60
• 1. 연구개발결과의 우수성 및 창의성 ...60
• 2. 연구개발결과의 파급효과 ...60
• 3. 연구개발결과에 대한 활용가능성 ...60
• 4. 연구개발 수행노력의 성실도 ...60
• 5. 공개발표된 연구개발성과(논문？지식재산권？제품화 등) ...61
• II. 연구목표 달성도 ...61
• III. 종합의견 ...62
• 1. 연구개발결과에 대한 종합의견 ...62
• 2. 평가시 고려할 사항 또는 요구사항 ...62
• 3. 연구개발결과의 활용방안 및 향후조치에 대한 의견 ...62
• IV. 보안성 검토 ...62
• 1. 연구책임자의 의견 ...62
• 2. 연구기관 자체의 검토결과 ...62