초록 ▼

제1세부연구과제 : 벼 도열병균 비교유전체 및 생물정보 시스템 구축
가. 비교유전체 연구
- 도열병균 Guyll 균주의 염기서열 scaffolding 및 hybrid sequence 생성 : 새롭게 갱신된 contig 염기서열을 사용하여 70-15 유전체와 비교한 결과를 기반으로 scaffolding 작업을 수행한다. 이 작업을 통해 Guyll 염기서열이 미처 결정되지 못한 부분을 보완할 수 있으며, 유전자가 쪼개져서 예측되는 문제점을 어느 정도 해소할 수 있을 것이다. Guyll 균주는 70-15의 모균주 중 하나이므로

제1세부연구과제 : 벼 도열병균 비교유전체 및 생물정보 시스템 구축
가. 비교유전체 연구
- 도열병균 Guyll 균주의 염기서열 scaffolding 및 hybrid sequence 생성 : 새롭게 갱신된 contig 염기서열을 사용하여 70-15 유전체와 비교한 결과를 기반으로 scaffolding 작업을 수행한다. 이 작업을 통해 Guyll 염기서열이 미처 결정되지 못한 부분을 보완할 수 있으며, 유전자가 쪼개져서 예측되는 문제점을 어느 정도 해소할 수 있을 것이다. Guyll 균주는 70-15의 모균주 중 하나이므로 염기서열이 결정되지 않은 부분은 70-15 염기서열로 대치하여 거의 완전한 형태의 "가상" 염기서열을 구성하는 작업을 병행하여 진행하도록 한다.
- 도열병균 Guyll 균주의 최종 유전자 예측 작업 : 2차년도(2009년)에 진행된 4가지 방법의 유전자 예측이 안고 있는 문제를, 위에서 언급한 scaffolding과 hybrid sequence를 기반으로 해결하는 작업을 진행한다.

Abstract ▼

This research project was conducted to understand the underlying biological mechanisms of pathogenesis by the rice blast fungus, Magnaporthe orvzae, which is a critical rice pathogen causing serious yield loss worldwide. To achieve the final goal, comparative genornics, bioinformatic systems with re

This research project was conducted to understand the underlying biological mechanisms of pathogenesis by the rice blast fungus, Magnaporthe orvzae, which is a critical rice pathogen causing serious yield loss worldwide. To achieve the final goal, comparative genornics, bioinformatic systems with relational databases, functional gene characterization, and proteornics were cooperated. In comparative genornics and bioinformatic research, genome sequencing of M. oryzae strain Guyll was performed with gene annotation, functional gene classification, and genome-level comparisons among three different strains (Guyl l , 70-15 and KJ20n Addition to this, bioinformatic analysis of several gene groups about virulence/avirulence genes, drug-resistance genes, transcnption factors, cytochrome P450s, secreted proteins, and DNAJ/K proteins was fulfilled with establishment of relational databases. To support the systems biology, it maintained the standardized data warehouse, and also provided user-interfaces as well as visualization tools of genome information. In functional gene characterization assay, several putative genes related to pathogenesis, drug-resistance, and avirulence were manipulated and characterized. In proteomics research, lots of apoplastic effectors secreted during M. oryzae-rice interaction were identified and analyzed. Taken together, this project produced valuable results and platforms for systems biology of M oryeae, which can also be applied to other fungal species.

목차 Contents

• 표지 ... 1
• 제출문 ... 3
• 요약문 ... 4
• SUMMARY ... 13
• CONTENTS ... 14
• 목차 ... 15
• 제 1 장 서론 ... 16
• 제 1 절 연구개발의 목적 ... 16
• 제 2 절 연구개발의 필요성 ... 16
• 제 3 절 연구개발의 범위 ... 18
• 제 2 장 국내외 기술개발 현황 ... 21
• 제 1 절 국내 연구 현황 ... 21
• 제 2 절 국외 연구 현황 ... 21
• 제 3 절 국내외 연구현황 비교 및 필요 연구 분야 ... 21
• 제 3 장 연구개발수행 내용 및 결과 ... 23
• 제 1 절 1세부과제의 연구개발수행 내용 및 결과 ... 23
• 1. 서론 ... 23
• 2. 연구개발수행 내용 및 결과 ... 25
• 제 2 절 1협동과제의 연구개발수행 내용 및 결과 ... 88
• 1. 서론 ... 88
• 2. 연구개발수행 내용 및 결과 ... 91
• 제 3 절 2협동과제의 연구개발수행 내용 및 결과 ... 137
• 1. 서론 ... 137
• 2. 연구개발수행 내용 및 결과 ... 137
• 제 4 절 3협동과제의 연구개발수행 내용 및 결과 ... 160
• 1. 서론 ... 160
• 2. 연구개발수행 내용 및 결과 ... 161
• 제 4 장 연구개발목표 달성도 및 대외기여도 ... 181
• 제 1 절 벼 도열병균 비교유전체 및 생물정보 시스템 구축 ... 181
• 제 2 절 벼 도열병균 상호작용에서 도열병균 분비 단백질체 기능연구 ... 181
• 제 3 절 벼 도열병균 약제저항상 관련 유전자군의 특성분석 ... 182
• 제 4 절 벼 도열병균 비병원 관련 유전자군 특성분석 ... 183
• 제 5 절 정량적 연구성과 요약 및 리스트 ... 184
• 제 5 장 연구개발결과의 활용계획 ... 206
• 제 6 장 연구개발과정에서 수집한 해외과학기술정보 ... 207
• 제 7 장 기타 중요 변동사항 ... 209
• 제 8 장 국가과학기술종합정보시스템에 등록한 연구장비 현황 ... 210
• 제 9 장 참고문헌 ... 211
• 끝페이지 ... 214