초록 ▼

□ 연구의 목적 및 내용
● 목적 : 대장암환자의 혈액에서 종양으로부터 유리된 핵산물질의 후성유전적 변화를 비침습적인 방법으로 검출하여 대장암을 조기 진단하거나, 수술 치료 후 경과 상태를 모니터하고, 예후를 예측할 수 있는 대장암 혈액 진단용 핵산 바이오마커 패널을 개발.

● 내용
1. 4대 호발암 혈액과 대조군 혈액을 비교하여 대장암혈액을 변별할 수 있는 DNA 메틸화마커패널 발굴 및 개발
2. 대장암환자 혈액을 이용한 대장암 진단, 경과 및 예후·예측과 관련된 DNA 메틸화마커 패널 개발
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□ 연구의 목적 및 내용
● 목적 : 대장암환자의 혈액에서 종양으로부터 유리된 핵산물질의 후성유전적 변화를 비침습적인 방법으로 검출하여 대장암을 조기 진단하거나, 수술 치료 후 경과 상태를 모니터하고, 예후를 예측할 수 있는 대장암 혈액 진단용 핵산 바이오마커 패널을 개발.

● 내용
1. 4대 호발암 혈액과 대조군 혈액을 비교하여 대장암혈액을 변별할 수 있는 DNA 메틸화마커패널 발굴 및 개발
2. 대장암환자 혈액을 이용한 대장암 진단, 경과 및 예후·예측과 관련된 DNA 메틸화마커 패널 개발
- 대장암환자 혈액에 유리된 핵산의 DNA 메틸화마커 후생유전체 데이터 구축 및 유전체 전반적인 DNA 메틸롬 스크리닝 후에 대장암 특이적인 DNA 메틸화마커들을 결정하고, 이들을 선택적으로 검사할 수 있는 패널을 제작.
3. MethyLight assay를 droplet digital PCR(ddPCR)에 적용한 ddMethyLight을 셑엎하여, 대장암 특이 cfDNA 메틸화마커 검사를 통해 대장암 진단율 평가
- 대장암환자 혈액내 cfDNA를 추출하여 ddMethyLight을 수행하여 개별 메틸화 마커들의 대장암 검출 민감도와 특이도를 평가함.
- 개별 메틸화마커들의 조합을 통해 대장암 진단 메틸화마커 패널을 개발하여 대장암 검출 민감도와 특이도를 평가함.

□ 연구개발성과
○ 대장암을 혈액에서 진단할 수 있는 ddMethyLight기법의 셑엎 그리고, NGS기반의 메틸화검사 방법인 Methyl-Seq기법 셑엎

○ ddMethyLight기법으로 혈액에서 대장암을 진단할 수 있는 대장암 특이 cfDNA 메틸화마커 패널 개발

○ 대장암 특이 cfDNA 메틸화마커 패널에 대한 대장암 검출의 민감도와 특이도를 평가하는 밸리데이션 연구 수행.

□ 연구개발성과의 활용계획(기대효과)
1. 대장암의 수술 후 치료경과 추적에 활용
2. 재발, 전이, 예후 예측 등을 위해 정기적으로 대장암을 모니터하는데 활용
3. 대장암의 비침습적 체외진단에 활용

(출처 : 요약문 4p)

목차 Contents

• 표지 ... 1
• 제 출 문 ... 2
• 보고서 요약서 ... 3
• 요약문 ... 4
• 목차 ... 5
• 1. 연구개발과제의 개요 ... 6
• 2. 연구수행내용 및 성과 ... 7
• 가. 인체 각 장기의 정상 조직과 암종의 유전체 메틸화 정도에 대한 데이터 수집·분석 ... 7
• 나. 한국인 호발암 환자와 만성질환자, 정상인의 혈액 내 cfDNA 추출 후 DNA메틸화 분석 ... 7
• 다. 혈액 내 cfDNA 추출방법 개선 ... 10
• 라. Cell line genomic DNA와 nucleosomal DNA의 DNA메틸화프로필이 일치하는지에 대한 조사 ... 10
• 마. 기존에 타연구자들이 개발한 대장암 특이적인 cfDNA DNA메틸화마커의 MethyLight assay를 통한 대장암 민감도와 특이도에 대한 조사 ... 11
• 바. 혈장 cfDNA DNA메틸롬 구축 ... 13
• 사. 정상인의 혈액 내 cfDNA 및 말초혈액단핵세포(PBMC)와 대장암 환자 혈액 내 cfDNA의 DNA 메틸롬을 비교 분석하여 대장암 특이 cfDNA 메틸화마커 선별 ... 15
• 아. droplet digital PCR기법 기반으로 혈액 cfDNA에서 암특이 DNA메틸화마커를 진단하는 기법의 셑업 ... 17
• 자. MethyLight ddPCR(ddMethyLight) 기법을 이용하여, 종양의 증가에 따라 cfDNA상 DNA메틸화마커의 검출수가 증가하는지에 대한 분석 ... 17
• 차. 환자 혈장cfDNA에서 ddMethyLight이 과연 통상적인 MethyLight assay에 비해 더 민감도가 높은 것일까?에 대한 검사를 시행하였음 ... 19
• 카. 대장암 특이 메틸화 바이오마커 선별 ... 21
• 파. 대장암 조직 DNA 메틸롬 데이터를 통해 발굴한 7개 메틸화마커를 혈장 cfDNA 대상으로 ddMethyLight 테스트를 수행함 ... 22
• 파. 본 과제에서 발굴한 8개의 대장암 cfDNA메틸화마커와 Laird의 2개 메틸화마커(THBD, C9orf50)를 이용하여 대장암 cfDNA의 메틸화 검출에 대한 민감도와 특이도를 평가함 ... 29
• 하. 대장암 진단용 cfDNA 메틸화마커의 국내 및 국외 특허 출원하였음 ... 32
• 3. 목표 달성도 및 관련 분야 기여도 ... 33
• 3-1. 목표 ... 33
• 3-2. 목표 달성여부 ... 33
• 3-3. 목표 미달성 시 원인(사유) 및 차후대책(후속연구의 필요성 등) ... 35
• 4. 연구개발성과의 활용 계획 등 ... 35
• 가. 현장적용 방안 (계획) ... 35
• 나. 실용화 제품화 방안 ... 35
• 붙임. 참고문헌 ... 36
• 끝페이지 ... 36