초록 ▼

연구목표
• 유전체 기반 식중독균 특이 유전자 분석영역 선정 (16종)
• NGS 기반 식중독균 특이 유전자 확인을 위한 동시 검출법 개발
• 식중독균 특이 유전자에 대한 데이터베이스(DB) 구축
• 식품 내 특이 유전자 검출을 위한 분석 파이프라인 개발 및 최적화

연구내용
• 유전체 기반 식중독균 특이 유전자 분석영역 선정 (17종)
√ 인체 유해 식중독균 17종의 종특이 유전자 및 병원성 인자 바이오마커 발굴
✓ 바이오마커 기반으로 설계된 primer를 통해 바이오마커 검증

연구목표
• 유전체 기반 식중독균 특이 유전자 분석영역 선정 (16종)
• NGS 기반 식중독균 특이 유전자 확인을 위한 동시 검출법 개발
• 식중독균 특이 유전자에 대한 데이터베이스(DB) 구축
• 식품 내 특이 유전자 검출을 위한 분석 파이프라인 개발 및 최적화

연구내용
• 유전체 기반 식중독균 특이 유전자 분석영역 선정 (17종)
√ 인체 유해 식중독균 17종의 종특이 유전자 및 병원성 인자 바이오마커 발굴
✓ 바이오마커 기반으로 설계된 primer를 통해 바이오마커 검증
√ 17종 식중독균을 동시검출할 수 있는 바이오마커 선정

• NGS 기반 식중독균 특이 유전자 확인을 위한 동시 검출법 개발
√ 확정된 바이오마커 기반으로 17종 식중독균을 동시검출할 수 있는 primer 설계 및 검증
√ 17종 식중독균 동시검출 NGS panel 구성 설계
√ DNA level, cell level, 식품 실험을 통한 NGS panel 검증
√ NGS panel 교차 검증

• 식중독균 특이 유전자에 대한 DB 구축
√ 17종 식중독균 및 병원성 인자 유무 확인을 위한 염기서열 정보 DB 구축

• 식품 내 특이 유전자 검출을 위한 분석 파이프라인 개발 및 최적화
√ 구축한 DB 기반 유전체 분석 알고리즘 개발
√ 식품 내 메타게놈 분석을 통한 파이프라인 검증
√ DB 기반 자동화 분석 파이프라인 구축 및 안정적인 구동력 확보
√ 17종 식중독균 NGS panel 분석이 가능한 분석 software 개발

기대성과 및 활용방안
• NGS 기반 신규 진단법 개발
• 식품 또는 식품제조설비 내 식중독균 뿐만 아니라 의료, 농수축산물 등 여러분야 활용 가능

(출처 : 요약문 7p)

Abstract ▼

Purpose of this project
• Selection of species-specific genes (16 foodborne pathogens)
• Develompent of NGS-assisted foodborne pathogen detection system
• DB construction of foodborne pathogens species-specific genes
• Development and optimization of bioinformatic analysis pipeline for f

Purpose of this project
• Selection of species-specific genes (16 foodborne pathogens)
• Develompent of NGS-assisted foodborne pathogen detection system
• DB construction of foodborne pathogens species-specific genes
• Development and optimization of bioinformatic analysis pipeline for foodborne pathogen detection

Contents of this project
• Selection of species-specific genes (17 foodborne pathogens)
✓ Development of ID and virulece factor (VF) biomarker in 17 foodborne pathogens
✓ Biomarker validation of biomarker based primer sets
✓ Selection of biomarkers for 17 foodborne pathogens detection

• Develompent of NGS-assisted foodborne pathogen detection system
✓ Design and validation of primer sets for 17 foodborne pathogens detection
✓ Design of simultaneous detection NGS panel for 17 foodborne pathogens detection
✓ Validation of NGS panel (DNA level, cell level, and food model test)
✓ Crosscheck of the NGS panel

• DB construction of foodborne pathogens species-specific genes
✓ DB construction of foodborne pathogens species-specific genes sequences

• Development and optimization of bioinformatic analysis pipeline for foodborne pathogen detection
✓ Development of DB based genomic analysis algorithm
✓ Validation of analysis pipeline by metagenome analysis of food
✓ Construction of DB based automatic and stable analysis pipeline
✓ Development of 17 foodborne pathogens detection NGS panel analysis software

Expectation and application
• Development of novel NGS diagnostic system
• Detection of foodbrone pathogens in food, food industry, medical, agricultural and livestock

(source : Summary 9p)

목차 Contents

• 표지 ... 1
• 제출문 ... 2
• 목차 ... 4
• Ⅰ. 총괄연구개발과제 요약문 ... 7
• 국문 요약문 ... 7
• Summary ... 9
• Ⅱ. 종괄연구개발과제 연구결과 ... 11
• 제1장 총괄연구개발과제의 목적 및 필요성 ... 11
• 제2장 총괄연구개발과제의 내용 및 방법 ... 37
• 제3장 총괄연구개발과제의 최종결과 및 고찰 ... 48
• 제4장 총괄연구개발과제의 연구성과 ... 61
• 제5장 총괄주요연구 변경사항 ... 65
• 제6장 총괄참고문헌 ... 66
• 제7장 총괄첨부서류 ... 67
• Ⅲ. 제 1세부 연구개발과제 연구결과 ... 68
• 제 1세부 연구개발과제 요약문 ... 69
• 제2장 1세부 연구개발과제의 목적 ... 72
• 제3장 1세부 연구개발과제의 내용 및 방법 ... 74
• 제4장 1세부 연구개발과제의 결과 및 고찰 ... 84
• 제5장 1세부 참고문헌 ... 149
• Ⅳ. 제 2세부 연구개발과제 연구결과 ... 150
• 제 2세부 연구개발과제 요약문 ... 151
• 제2장 2세부 연구개발과제의 목적 ... 154
• 제3장 2세부 연구개발과제의 내용 및 방법 ... 157
• 제4장 2세부 연구개발과제의 결과 및 고찰 ... 164
• 제5장 2세부 참고문헌 ... 179
• Ⅴ. 제 3세부 연구개발과제 연구결과 ... 180
• 제 3세부 연구개발과제 요약문 ... 181
• 제2장 3세부 연구개발과제의 목적 ... 184
• 제3장 3세부 연구개발과제의 내용 및 방법 ... 186
• 제4장 3세부 연구개발과제의 결과 및 고찰 ... 194
• 제5장 3세부 참고문헌 ... 202
• 끝페이지 ... 203