[논문]소의 도체, 육질형질과 CSRP3, ACOX1 유전자들과의 상관관계

이종관; 조용민; 이준헌

doi:10.7744/cnujas.2010.37.2.231

소의 도체, 육질형질과 CSRP3, ACOX1 유전자들과의 상관관계
Association of Bovine CSRP3 and ACOX1 Genes with Carcass and Meat Quality Traits 원문보기

농업과학연구 = CNU Journal of agricultural science, v.37 no.2, 2010년, pp.231 - 238

이종관 (충남대학교 농업생명과학대학 동물자원생명과학과) , 조용민 (농촌진흥청 녹색미래전략팀) , 이준헌 (충남대학교 농업생명과학대학 동물자원생명과학과)

Abstract ▼ AI-Helper

There is no investigation has yet been conducted for ACOX1 and CSRP3 gene polymorphisms in Korean cattle (Hanwoo), and their associations with carcass and meat quality traits. In this study, SNPs in ACOX1 and CSRP3 genes were identified and their associations with carcass and meat quality traits were investigated in 227 Hanwoo animals. Two SNPs (g.224G> A and g.19491G>A) in ACOX1 gene and one SNP (g.14859C>T) in CSRP3 gene were identified in Hanwoo and sequence analysis indicated that these SNPs were located in the coding regions. The allele frequencies of ACOX1 g.224G>A and g.19491G>A SNPs were 0.57, 0.43, and 0.56 and 0.44, respectively, For CSRP3 g.14859C>T polymorphism, the C and T allele frequencies were 0.64 and 0.36, respectively. The Hanwoo cattle were used to detect PCR-RFLP patterns for estimating the allele frequencies. Single marker association analyses were performed between genotype of each SNP, and carcass and meat quality association traits to evaluate the relationships in Hanwoo. The g.224G>A SNP genotypes of ACOX1 gene, which was significantly associated with meat quantity grade at slaughter (PT SNP was used in this study and the obtained genotype and allele frequencies are almost similar with the previous results reported by Bhuiyan et al. (2007). However, no significant association was found between g.19491G>A SNP in the ACOX1 and g.14859C>T SNP genotypes of CSRP3 gene and considered carcass and meat quality traits. In conclusion, the information on the identified SNPs in CSRP3 and ACOX1 genes could be useful for further association study and haplotype analysis for the development of carcass and meat quality traits in Hanwoo.

주제어

AI 본문요약
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문제 정의

However, no investigation has yet been conducted for these two candidate genes polymorphisms and their association study with carcass and meat quality traits. Therefore, the objectives of this study were to identify SNPs in ACOX1 and CSRP3 genes and to investigate the possible association of the identified SNPs with carcass and meet quality traits in Hanwoo.
ACOX1과 CSRP3 유전자들은 도체와 육질에 중요한 역할을 하는 것으로 보고되고 있으나 한우에서 이들 유전자의 연구는 전무한 실정이다. 따라서 본 실험은 한우의 도체와 육질관련 후보유전자인 ACOX1과 CSRP3 유전자의 단일염기 다형성을 확인하고 형질과의 연관성을 알아보기 위하여 실시하였다. 본 연구에 사용된 227두의 한우에서 혈액샘플을 채취해 DNA를 추출하였으며 ACOX1과 CSRP3 유전자들의 단일염기다형(SNP)을 찾기 위하여 NCBI database에서 유전자들의 정보를 얻어 6개의 primer들을 만들었다.

제안 방법

4 pmol of each primer and 1 U Taq polymerase (Ampli Tag Gold^TM, applied Bio system, USA) in a final volume of 20 µl. The PCR amplification was performed in a GeneAmp 2700 (Applied Biosystems, USA) thermocycler with an initial denaturation temperature 94℃ for 10 min followed by 32～35 cycles of 30 second at 94℃, 30 second at specific annealing temperature for each primer set (Table 2), and 30～40 second at 72℃, final extension temperature at 72℃ for 10 minute. All the PCR products were run on agarose gel and the bands confirmed under UV light.
Phenotypic data on growth and carcass related traits were collected from the data sheet maintained by the Dong-il slaughter house according to the guidelines of animal products grading service (APGS). The following phenotypic traits were included in this study; backfat thickness (BF), carcass weight (CW), fat color (FC), longissimus muscle area (LMA), meat color (MC), marbling score (MS), meat quantity index (MQNI), meat quantity grade (MQNG), meat grade 1st (MG1), meat texture (MT), meat maturity (MM) and meat quality grade (MQLG). These phenotypic traits (LMA, BF, CW, MS, MC, FC, MQNI, MQNG, MG1, MT, MM, MQLG) were measured at the 11^th ～12^th rib interface after an hour chill.
따라서 본 실험은 한우의 도체와 육질관련 후보유전자인 ACOX1과 CSRP3 유전자의 단일염기 다형성을 확인하고 형질과의 연관성을 알아보기 위하여 실시하였다. 본 연구에 사용된 227두의 한우에서 혈액샘플을 채취해 DNA를 추출하였으며 ACOX1과 CSRP3 유전자들의 단일염기다형(SNP)을 찾기 위하여 NCBI database에서 유전자들의 정보를 얻어 6개의 primer들을 만들었다. 그 후 PCR을 실시하여 sequencing한 결과 ACOX1 유전자에서 2개의 단일염기 다형성(SNP)을, CSRP3 유전자에서 1개의 SNP를 확인하였다.

데이터처리

그 후 PCR을 실시하여 sequencing한 결과 ACOX1 유전자에서 2개의 단일염기 다형성(SNP)을, CSRP3 유전자에서 1개의 SNP를 확인하였다. 또한 PCR-RFLP 방법을 이용하여 이 SNP들의 유전자 빈도와 유전자형 빈도를 한우에서 구할 수 있었으며 도체와 육질관련 형질들과의 관계를 SAS program을 이용하여 유의성 검정을 실시하였다. 그 결과, ACOX1 유전자 g.

이론/모형

Single marker association analyses were performed between genotype of each SNP, and carcass and meat quality association traits to evaluate the relationships in Hanwoo. In this population, the PROC GLM (generalized linear model) procedure of SAS, was used.

성능/효과

C). For this SNP, the frequencies of CC, CT and TT genotypes in Hanwoo population were 0.434, 0.413 and 0.153, respectively, and the C and T allele frequencies were 0.64 and 0.36, respectively.
Hanwoo with AA genotype had 8.8% and 19.0% higher MQNG than those from GG and GA genotypes, respectively (P < 0.05).
그 결과, ACOX1 유전자 g.224G > A SNP 유전자형에서 도체 육량등급과 유의적 상관관계가 있음이 밝혀졌다(P <0.03).
본 연구에 사용된 227두의 한우에서 혈액샘플을 채취해 DNA를 추출하였으며 ACOX1과 CSRP3 유전자들의 단일염기다형(SNP)을 찾기 위하여 NCBI database에서 유전자들의 정보를 얻어 6개의 primer들을 만들었다. 그 후 PCR을 실시하여 sequencing한 결과 ACOX1 유전자에서 2개의 단일염기 다형성(SNP)을, CSRP3 유전자에서 1개의 SNP를 확인하였다. 또한 PCR-RFLP 방법을 이용하여 이 SNP들의 유전자 빈도와 유전자형 빈도를 한우에서 구할 수 있었으며 도체와 육질관련 형질들과의 관계를 SAS program을 이용하여 유의성 검정을 실시하였다.

후속연구

Therefore, it would be better to investigate SNPs in the entire sequence of this gene and association study between the identified SNPs with carcass and meat quality traits in Hanwoo. In conclusion, the information on the identified SNPs in CSRP3 and ACOX1 genes could be useful for further association study and haplotype analysis for the development of carcass and meat quality traits in Hanwoo.
, 2007) were detected. Therefore, it would be better to investigate SNPs in the entire sequence of this gene and association study between the identified SNPs with carcass and meat quality traits in Hanwoo. In conclusion, the information on the identified SNPs in CSRP3 and ACOX1 genes could be useful for further association study and haplotype analysis for the development of carcass and meat quality traits in Hanwoo.
그러나 본 연구에서 CSRP3 유전자의 SNP와 형질과의 연관성을 확인할 수 없었다. 본 논문의 결과는 분자유전학적인 정보를 이용하여 소의 도체와 육질을 개량하기 위한 기초자료로 이용될 수 있을 것으로 사료된다.

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동의어: Packet Collision Rate

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용어 설명: PCR은 세균 특이성이 있는 primer를 이용하여 적은 수의 세균이 있을지라도 쉽게 검출할 수 있는 유용한 방법이며, 이를 이용하여 구강 내 치면세균막이나 타액에서 직접 세균을 검출할 수 있게 되었다[8].

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